#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 23:15 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Morero R.E., Deanna R., Barboza G., & Barrington D. 2019. Historical biogeography of the fern genus Polystichum (Dryopteridaceae) in Austral South America. Molecular Phylogenetics and Evolution, 137. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S24401] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=50; TAXLABELS Arachniodes_denticulata Ctenitis_eatonii Cyrtomium_macrophyllum Dryopteris_intermedia Phanerophlebia_nobilis Polystichum_acrostichoides Polystichum_altum Polystichum_andinum Polystichum_caudescens Polystichum_chilense Polystichum_chunii Polystichum_concinnum Polystichum_cystostegia Polystichum_disjunctum Polystichum_dubium Polystichum_dudleyi Polystichum_fallax Polystichum_hartwegii Polystichum_lehmannii Polystichum_lemmonii Polystichum_lentum Polystichum_lonchitis Polystichum_longipaleatum Polystichum_mohrioides_1.1604 Polystichum_mohrioides_2.1582 Polystichum_mohrioides_3.1596 Polystichum_montevidense Polystichum_multifidum_1.306 Polystichum_multifidum_2.370 Polystichum_munitum Polystichum_orbiculatum Polystichum_platyphyllum Polystichum_plicatum_1.288 Polystichum_plicatum_2.293 Polystichum_plicatum_3.302 Polystichum_proliferum Polystichum_punctiferum Polystichum_pungens Polystichum_rhizophyllum Polystichum_scopulinum Polystichum_semifertile Polystichum_stenophyllum Polystichum_subintegerrimum_1.166065 Polystichum_subintegerrimum_2.251 Polystichum_subintegerrimum_3.371 Polystichum_talamancanum Polystichum_tetragonum Polystichum_transkeiense Polystichum_tripteron Polystichum_vestitum ; 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END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=48; TAXLABELS Arachniodes_denticulata Ctenitis_eatonii Cyrtomium_macrophyllum Dryopteris_intermedia Phanerophlebia_nobilis Polystichum_acrostichoides Polystichum_altum Polystichum_andinum Polystichum_caudescens Polystichum_chilense Polystichum_chunii Polystichum_concinnum Polystichum_disjunctum Polystichum_dubium Polystichum_dudleyi Polystichum_hartwegii Polystichum_lehmannii Polystichum_lemmonii Polystichum_lentum Polystichum_lonchitis Polystichum_longipaleatum Polystichum_mohrioides_1.1604 Polystichum_mohrioides_2.1582 Polystichum_mohrioides_3.1596 Polystichum_montevidense Polystichum_multifidum_1.306 Polystichum_multifidum_2.370 Polystichum_munitum Polystichum_orbiculatum Polystichum_platyphyllum Polystichum_plicatum_1.288 Polystichum_plicatum_2.293 Polystichum_plicatum_3.302 Polystichum_proliferum Polystichum_punctiferum Polystichum_pungens Polystichum_rhizophyllum Polystichum_scopulinum Polystichum_semifertile Polystichum_stenophyllum Polystichum_subintegerrimum_1.166065 Polystichum_subintegerrimum_2.251 Polystichum_subintegerrimum_3.371 Polystichum_talamancanum Polystichum_tetragonum Polystichum_transkeiense Polystichum_tripteron Polystichum_vestitum ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M49940] TITLE Polystichum__rbCL_27.6.2018; LINK TAXA = Taxa4; DIMENSIONS NCHAR=1188; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Ctenitis_eatonii 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Dryopteris_intermedia 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Polystichum_andinum 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Polystichum_caudescens 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Polystichum_chilense 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Polystichum_mohrioides_1.1604 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Polystichum_mohrioides_2.1582 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Polystichum_rhizophyllum 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Polystichum_scopulinum ACAAGACCAAAGATACCGATATCTTAGCAGCCTTCAGAATGACCCCACAACCCGGAGTACCGGCTGAGGAAGCCGGAGCTGCGGTAGCTGCGGAATCCTCCACGGGTACGTGGACCACTGTATGGACAGATGGGTTGACCAGTCTTGACCGTTACAAGGGCCGATGCTATGACATCGAACCCGTCGCCGGGGAAGAAAACCAATATATCGCGTATGTAGCTTATCCTTTGGATTTATTCGAAGAAGGTTCCGTCACCAATTTGTTCACCTCTATTGTAGGTAATGTTTTTGGATTTAAGGCTCTACGCGCTTTACGCTTGGAAGACCTTCGAATTCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTCATTGGACCGCCTCATGGTATTCAGGTCGAAAGGGATAAACTGAACAAATATGGACGTCCTTTATTGGGATGTACAATCAAGCCAAAATTAGGTCTGTCTGCTAAAAATTATGGTAGAGCCGTCTACGAATGCCTTCGCGGCGGACTTGATTTCACAAAAGATGATGAAAATGTGAATTCTCAGCCATTCATGCGTTGGAGAGATCGCTTCCTATTCGTAGCAGAAGCTCTTTTCAAATCCCAGGCTGAAACAGGAGAAATTAAGGGGCATTACTTAAATGCTACTGCAGGTACGTGTGAAGAAATGTTGAAGAGAGCTGTTTTCGCTAGGGAGTTGGGTGTACCAATTGTCATGCATGACTACCTGACCGGAGGGTTTACCGCAAATACCAGCTTAGCTTATTACTGTAGAGACAATGGGCTGCTTCTTCATATTCACCGTGCGATGCATGCTGTGATCGATAGGCAACGAAATCACGGTATACATTTTCGTGTATTGGCCAAAGCATTACGCATGTCCGGTGGGGATCATATACACGCCGGAACTGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGAGAAGTAACCCTGGGTTTCGTCGATTTACTTCGCGACGATTACATTGAAAAAGATCGTAGTCGTGGTATCTATTTCACACAAGATTGGGTATCTATGCCGGGTGTACTCCCCGTAGCTTCGGGGGGTATCCACGTCTGGCACATGCCTGCTCTAACCGAAATCTTCGGGGACGACTCCGTATTACAGTTCGGTGGAGGAACCTTGGGACATCCTTGGGGAAACGCACCTGGTGCGGTAGCCAACCGAGTCGCATTAG Polystichum_semifertile ACAAGACCAAAGATACCGATATCTTAGCAGCCTTCAGAATGACCCCACAACCCGGAGTACCGGCTGAGGAAGCCGGAGCTGCGGTAGCTGCGGAATCCTCCACGGGTACGTGGACCACTGTATGGACAGATGGGTTGACCAGTCTTGACCGTTACAAGGGCCGATGCTATGACATCGAACCCGTCGCCGGGGAAGAAAACCAATATATCGCGTATGTAGCTTATCCTTTGGATCTATTCGAAGAAGGTTCCGTCACCAATTTGTTCACCTCTATCGTAGGTAATGTTTTTGGATTTAAGGCTCTACGCGCTTTACGCTTGGAAGACCTTCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCATTGGACCGCCTCATGGTATTCAGGTCGAAAGGGATAAACTGAACAAATATGGACGTCCTTTATTGGGATGTACAATCAAGCCAAAATTAGGTCTGTCTGCTAAAAATTATGGTAGAGCCGTCTACGAATGCCTTCGCGGCGGACTTGATTTCACAAAAGATGATGAAAATGTGAATTCTCAGCCATTCATGCGTTGGAGAGATCGCTTCCTATTCGTAGCAGAAGCTCTTTTCAAATCCCAGGCTGAAACAGGAGAAATCAAGGGGCATGACTTAAATGCTACTGCATGTACGTGTGAGGAAATGATGAACAGAGCTGTATTCGCTAGGGAGTTGGGTGCACCAATTGTCATGCATGACTATCTGACCGGAGGGTTTACCGCAAATACCAGCTTAGCTTATTACTGTAGAGACAATGGGCTGCTTCTTCATATTCACCGTGCGATGCATGCTGTGATCGATAGGCAACGAAATCACGGTATGCATTTTCGTGTATTGGCCAAAGCATTACGCATGTCCGGTGGGGATCATGTACACGCCGGAACTGTAGTAGGTAAACTGGAGGGAGAACGAGATGTAACCCTGGGTTTCGTCGATTTACTTCGCGACGATTACATTGAAAAAGATCGTAGTCGTGGTATCTACTTCACACAAGATTGGGTATCTATGCCGGGTGTACTCCCCGTAGCTTCGGGGGGTATCCACGTCTGGCACATGCCTGCTCTAACCGAAATCTTCGGGGACGACTCCGTGTTACAGTTCGGTGGGGGAACCTTGGGACATCCTTGGGGAAACGCACCTGGTGCGGTAG?????????????????? Polystichum_stenophyllum 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Ctenitis_eatonii 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Polystichum_acrostichoides 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Polystichum_mohrioides_2.1582 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Polystichum_semifertile TTACGGGTAAGGGTGAAACACCCAACTTGGGAGAATTTCGAGTTGCTACCGATCAATCAGCTTCGAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGGGGCCAAACAAAGATTACGTTTCAATTATGGATTGACGGAACGCTAACTACTAAAATACGTGCGTATCGCTAGAAAAACTAAGGGTTCAACGGGCCAGGTACCACTGCAACTACTCGAGATGCGTCTAGACAATGTGATTTTTCACTTAGGTATGGCTTCCACGATTCCAGCCGCTAGACAGTTAGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAACAATCGTATTGTAGATATACCAAGTTATCGCCGTAAGCCGAGAGATATTATTACTGTTCGAAATCGACCAACTTCCTGTAATGCACTGAAGGGTAAGTTTCCCGGAGGGGACAACCCACCGGATCACTTGGCCGTTTCTCTATCGGAAGGCAACAGGCCAGCAGGATTGGTGAATCGTATCGCCAGTCGAGAATCCGTCAATTTGAATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTTATTATTCCCGCAAAGCTTAGTGATCATTTATTAAATTAATAATTTAATCGAAAAAA-TTAGTCAGAAAAACTGGAGGTCTCTGCAATGGAAACCTAAGCAAAGGAAGGACTTGAGA-TGATGAAATTC----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCAAAAGTTTTTTGATCTAGCTTGTTCCTTTATTTGGGGCAAAAATTAAATCATAATAATTTACTTCATAGAACTATTCCACTTCCGAACAAATTAATTTAGTACATGA---AGTATCTGAATTACCCGTCCACATCACTTCAACTAAATCCGTACCGAGGGATTACCTAT-------------------------TTATTTTTATTGCTTCTACTGAGACGACCCTTCGGCT-----AAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCCGACTCCAGCCCGTCTCTTTCAAATCGGCAATTTAGCTAGATTCCGATGGGGGAAGGGAAGATAA Polystichum_stenophyllum TTACGGGTAAGGGTGAAACACCCAACTTGGGAGAATTTCGAGTTGCTACCGATCAATCAGCTTCGAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGGGGCCAAACAAAGATTACGTTTCAATTATGGATTGACGGAACGCTAACTACTAAAATACGTGCGTATCGCTAGAAAAACTAAGGGTTCAACGGGCCAGGTACCACTGCAATTACTCGAGATGCGTCTAGACAATGTGATTTTTCACTTAGGTATGGCTTCCACGATTCCAGCCGCTAGACAGTTAGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAACAATCGTATTGTAGATATACCAAGTTATCGCCGTAAGCCGAGAGATATTATTACTGTTCGAAATCGACCAACTTCCTGTAATGCACTGAAGGGTAAGTTTCCTGGAGGGGACAACCCACCGGATCACTTGGCCGTTTCTCTATCGGAAGGCAACAGGCCAACAGGATTGGTGAATCGTATCGCCAGTCGAGAATCCGTCAATTT??????????????????????????????ATTACTCCCGCAAAGCTTAGTGATCGTTTATTAAATTAATAATTTAATCGAAAAAA-TTAATCAGAAAAATTGGAGGTCTCTGCAATGGAAACCTAAGCAAAGGA----CTTGAGA-TGATGAAATTC----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCGAAAGTTTTTTGATCTAGCTTGTTCCTTTATTTGGGGCAAAAATTAAATCATAATAATTTACTTCATAGAACTATTCTACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACATGA---AGTATCTGAATTACCCGTCTACATCACTTCAACTAAATCCGTACCGAGGGATTACCTAT-------------------------TTATTTTTATTGCTTCTACTGAGACGATCCTTCGGCT-----AAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCCGACTCCAGCCCGTCTTCTTCAAA--GCG???????????????????????????????????? Polystichum_subintegerrimum_1.166065 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGTTAGTTGTTGAGTTATTACTCCCGCAAAGCTTAGTGATCATTTATTAAATTAATAATTTAATCGAAAAAA-TTAATCAGAAAAATTGGAGGTCTCTGCAATGGAAACCTAAGCAAAGGA----CTTGAGA-TGATGAAATTA----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCAAAAGCTTTTTAATCTAGCTTGTTCCTTTATTTGGGGCAAAAATAAAATCATAATAATTTACTTTATAGAACTATTCTACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACATGA---AGTATCTGAATTACCCGTCCACATCACTTCAACTAAATCCGTACTGAGGGATTACCTAT-------------------------TTATTTTTATTGTTTCTACTGAGACGATCCTTCGGCT-----AAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCCGACTCCAGCCCGTCTTCTTCAAATCGGCAATTTAGTTAGATTCCGGTGAGGAAAGGGAAAATAA Polystichum_subintegerrimum_2.251 TTACGGGTAAGAGTGAAACACCCAACTTGGGAGAATTTCGAGTTGCTACCGATCAATCAGCTTCAAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGGGGCCAAACAAAGATTACGTTTCAATTATGGATTGACGGAACGCTAACTACTAAAATACGTGCGTATCGCTAGAAAAACTAAGGGTTCAACGGGCCAGGTACCACTGCAATTACTCGAGATGCGTCTAGACAATGTGATTTTTCACTTAGGTATGGCTTCCACGATTCCAGCCGCTAGACAGTTAGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAACAATCGTATTGTAGATATACCAAGTTATCGCCGTAAGCCAAGAGATATTATTACTGTTCGAAATCGGCCAACTTCCTGTAATGCACTGAAGGGTAAGTTTCCCGGAGGGGACAACCCACCGGATCACTTGGCCGTTTCTCTATCAGAAGGCAACAGGCCAACAGGATTGGTGAATCGTATCGCCAGTCGAGAATCCGTCA-----------------TTGTTAGTTGTTGAGTTATTACTCCCGCAAAGCTTAGTGATCATTTATTAAATTAATAATTTAATCGAAAAAA-TTAATCAGAAAAATTGGAGGTCTCTGCAATGGAAACCTAAGCAAAGGA----CTTGAGA-TGATGAAATTA----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCAAAAGCTTTTTAATCTAGCTTGTTCCTTTATTTGGGGCAAAAATAAAATCATAATAATTTACTTTATAGAACTATTCTACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACATGA---AGTATCTGAATTACCCGTCCACATCACTTCAACTAAATCCGTACTGAGGGATTACCTAT-------------------------TTATTTTTATTGTTTCTACTGAGACGATCCTTCGGCT-----AAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCCGACTCCAGCCCGTCTTCTTCAAATCGGCAATTTAGTTAGATTCCGGTGAGGAAAGGGAAAATAA Polystichum_subintegerrimum_3.371 ????????????????????????????????????????????????????????????CTTCGAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGGGGCCAAACAAAGATTACGTTTCAATTATGGATTGACGGAACGCTAACTACTAAAATACGTGCGTATCGCTAGAAAAACTAAGGGTTCAACGGGCCAGGTACCACTGCAATTACTCGAGATGCGTCTAGACAATGTGATTTTTCACTTAGGTATGGCTTCCACGATTCCAGCCGCTAGACAGTTAGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAACAATCGTATTGTAGATATACCAAGTTATCGCCGTAAGCCAAGAGATATTATTACTGTTCGAAATCGGCCAACTTCCTGTAATGCACTGAAGGGTAAGTTTCCCGGAGGGGACAACCCACCGGATCACTTGGCCGTTTCTCTATCAGAAGGCAACAGGCCAACAGGATTGGTGAATCGTATCGCCAGTCGAGAATCCGTCAATTTGAATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTTATTACTCCCGCAAAGCTTAGTGATCATTTATTAAATTAATAATTTAATCGAAAAAA-TTAATCAGAAAAATTGGAGGTCTCTGCAATGGAAACCTAAGCAAAGGA----CTTGAGA-TGATGAAATTA----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCAAAAGCTTTTTAATCTAGCTTGTTCCTTTATTTGGGGCAAAAATAAAATCATAATAATTTACTTTATAGAACTATTCTACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACATGA---AGTATCTGAATTACCCGTCCACATCACTTCAACTAAATCCGTACTGAGGGATTACCTAT-------------------------TTATTTTTATTGTTTCTACTGAGACGATCCTTCGGCT-----AAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCCGACTCCAGCCCGTCTTCTTCAAATCGGCAATTTAGTTAGATTCCGGTGAGGAAAGGGAAAATAA Polystichum_talamancanum ?????????????????????????????????????????????????????????????????AAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGGGGCCAAACAAAGATTACGTTTCAATTATGGATTGACGGAACGCTAACTACTAAAATACGTGCGTATCGCTAGAAAAACTAAGGGTTCAACGGGCCAGGTACCACTGCAATTACTCGAGATGCGTCTAGATAATGTGATTTTTCACTTAGGTATGGCTTCCACGATTCCAGCCGCTAGACAGTTAGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAACAATCGTGTTGTAGATATACCAAGTTATCGCCGTAAGCCGAGAGATATTATTACTGTTCGAAATCGACCAACTTCCTGTAATGCGCTGAGGGGTAAGTTTCCCGGAGGGGACAACCCACCGGATCACTTGTCCGTTTCTTTATCGGAAGGCAACAGGCCAACAGGATTGGTGAATCGTATCGCCAGTCGAGAATCCGTCAATTTGAATATAAATGAATTATTAGTTGTTGAGTTATTACTCCCGCAAAGCTTAGTGATCATTTATTAAATTAATAATTTAATCGAAAAAA-TTAATCAGGAAAATTGGAGGTCTCTGCAATGGAAACCTAAGCAAAGGA----CTTGAGA-TGATGAAATTC----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCAAAAGTTTTTTGATCTAGCTTGTTCCTTT-TTTGGGGCAAAAATTAAATCATAATAATTTACTTCATAAAACTATTCTACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACATGA---AGTATCTGAATTACCCGTCCACATCACTTCAACTAAATCCGTACTGAGGGATTACCTAT-------------------------TTATTTTTATTGCTTCCATTGAGACGATCCTTCGGCT-----AAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCCG-----------TCTTTTTCAAATCGGCAATTTAG????????????????????????????? Polystichum_tetragonum ???????????AGTGAAACACCCAACTTAGGAGAATTTCGAGTTGCTACCGATCAATCAGCTTCGAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGGGGCCAAACAAAGATTACGTTTCAATTATGGATTGACGGAACGCTAACTACTAAAATACGTGCGTATCGCTAGAAAAACTAAGGGTTCAACGGGCCAGGTACCACTGCAATTACTCGAGATGCGTCTAGACAATGTGATTTTTCACTTAGGTATGGCTTCCACGATTCCAGCCGCTAGACAGTTAGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAACAATCGTATTGTAGATATACCAAGTTATCGCCGTAAGCCAAGAGATATTATTACTGTTCGAAATCGGCCAACTTCCTGTAATGCACTGAAGGGTAAGTTTCCCGGAGGGGACAACCCACCGGATCACTTGGCCGTTTCTCTATCAGAAGGCAACAGGCCAACAGGATTGGTGAATCGTATCGCCAGTCGAGAATCCGTCAATTTGAATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTTATTACTCCCGCAAAGCTTAGTGATCATTTATTAAATTAATAATTTAATTGAAAAAA-TTAATCAGAAAAATTGGAGGTCTCTGCAATGGAAACCTAAGCAAAGGA----CTTGAGA-TGATGAAATTA----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCAAAAGTTTTTTAATCTAGCTTGTTCCTTTATTTGGGGCAAAAATGAAATCATAATAATTTACTTTATAGAACTATTCTACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACATGA---AGTATCTGAATTACCCGTCCACATCACTTCAACTAAATCCGTACTGAGGGATTACCTAT-------------------------TTATTTTTATTATTTCTACTGAGACGATCCTTCGGCT-----AAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCCGACTCCAGCCCGTCTTCTTCAAATCGGCAATTTAGCTAGATTCCGGTGAGGAAAGGGAAAATAA Polystichum_transkeiense ??????????GAGTGAAACACCCAACTTGGGAGAATTTCGAGTTGCTACCGATCAATCAGCTTCGAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGGGGCCAAACAAAGATTACGTTTCAATTATGGATTGACGGAACGCTAACTACTAAAATACGTGCGTATCGCTAGAAAAACTAAGGGTTCAACAGGCCAGGTACCACTGCAATTACTCGAGATGCGTCTAGACAATGTGATTTTTCACTTAGGTATGGCTTCCACGATTCCAGCCGCTAGACAGTTAGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAACAATCGTATTGTAGATATACCAAGTTATCGCCGTAAGCCGAGAGATATTATTACTGTTCGAAATCGACCAACTTCCTGTAATGCACTGAAGGGTAAGTTTCCCGGAGGGGACAACCCACCGGATCACTTGGCCGTTTCTCTATCGGAAGGCAACAGGCCAACAGGATTGGTGAATCGTATCGCCAGTCGAGAATCCGTCAATTTGAATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTTATTACTCCCGCAAAGCTTAGTGATCATTTATTAAATTAATAATTTAATAGAAAAAA-TTAATCAGAAAAATTGGAGGTCTCTGCAATGGAAACCTAAGCAAAGGA----CTTGAAA-TGATGAAATTC----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCAAAAGTTTTTTGATCTAGCTTGTTCCTTTATTTGGAGCAAAAATTAAATCATAATAATTTACTTCATAGAACTATTCTACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACATGA---AGTATCTGAATTACCCGTCCACATCACTTCAACTAAATCCGTACTGAGGGATTACCTAT-------------------------TTATTTTTATCGTTTCTACTGAGACGATCCTTCGGCT-----AAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCTCGACTCCAGCCCGTCTTCTTCAAATCGGCAACTTAG????????????????????????????? Polystichum_tripteron TTACGGGTAAGGGTGAAACACCCAACTTGGGAGAATTTCGAGTCGCCACCGATCAATCAGCTTCGAAAAAAATTTCTCAATTTTGCGTGCGTTTGGGGGCCAAACAAAGATTACGTTTCAATTATGGATTAACGGAACGCTAACTACTAAAATACGTGCGTATCGCTAGAAAAACTAAGGGTTCGACGGGACAGGTACCACTGCAATTACTCGAGATGCGTCTAGACAATGTGATTTTTCACTTAGGTATGGCTTCCACGATTCCAGCCGCTAGACAGTTAGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAACAATCGTATTGTAGATATACCAAGTTACCGCTGTAAGCCGAGAGATATTGTTACTATTCGAAATAGACCAACTTCCTGTAATGCACTGAGGGGTAAGTTTCCCGGAGGGGACAACCCACCGGATCACTTGGCCGTTTCTATATCGGAAGGCAACAGGCCAACAGGATTGGTGAATCGTATCGCCAGTCGAGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTTATTACTCTCGCAAAGCTTAGTAATCATTTATTAAATTAATAATTTAGTCGAAAAAA-TTAATCATAAAAATTGGAGGTCTCTGCAACGGAAAACTAAGCAAAGGG----CTTGAGG-TGATGAAATTC----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCAAAA-TTTTTTGATCTAGCTTGTTCTTTT-TTTGGGGCAAAAATTAAATCATAATAATTTACTTCATAGAAATATTCCACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACACGA---AGTATCTGAATTACCCGTCCACATCACTTCAACTAAATTCGTACCGAGGTATTACCTAT-------------------------TTATTCTTATTGCCTCCACTGAGATGATCCTTCGGCTTCTCTAAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCCGGC-----------TTCTTCAAATTGGCAATTTAGCTAGATTCCGATGGGGGAAGGGAAAATAA Polystichum_vestitum ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGATCATTTATTAAATTAATAATTTAATCGAAAAAA-TTAATCAGAAAAATTGGAGGTCTCTGCAATGGAAACCTAAGCAAAGGA----CTTGAGA-TGATGAAATTC----AATAAGCAGATTACTTA-GGAAG----TGGCAAAAGTTTTTTGATCTAGCTTGTTCCTTTATTTGGGGCAAAAATTAAATCATAATAATTTACTTCATAGAACTATTCTACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACATGA---AGTATCTGAATTACCCGTCCACATCACTTCAACTAAATCCGTACTGAGGGATTACCTAT-------------------------TTATTTTTATTGTTTCTACTGAGACGATCCTTCGGTT-----AAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCCGACTCCAGCCCG-CTTCTTCAAATCGGCAATTTAGCTAGATTCCGGTGGGGAAAGGGAAAATAA ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Polystichum_cystostegia, 18 Polystichum_vestitum, 19 Polystichum_altum, 20 Polystichum_chunii, 21 Polystichum_lentum, 22 Polystichum_disjunctum, 23 Polystichum_semifertile, 24 Polystichum_longipaleatum, 25 Polystichum_punctiferum, 26 Polystichum_stenophyllum, 27 Polystichum_acrostichoides, 28 Polystichum_dudleyi, 29 Polystichum_lemmonii, 30 Polystichum_scopulinum, 31 Polystichum_munitum, 32 Polystichum_caudescens, 33 Polystichum_pungens, 34 Polystichum_transkeiense, 35 Polystichum_concinnum, 36 Polystichum_talamancanum, 37 Polystichum_hartwegii, 38 Polystichum_dubium, 39 Polystichum_lehmannii, 40 Polystichum_montevidense, 41 Polystichum_platyphyllum, 42 Polystichum_orbiculatum, 43 Polystichum_rhizophyllum, 44 Polystichum_lonchitis, 45 Polystichum_tripteron, 46 Cyrtomium_macrophyllum, 47 Phanerophlebia_nobilis, 48 Arachniodes_denticulata, 49 Dryopteris_intermedia, 50 Ctenitis_eatonii; TREE Imported_tree_1 = [&R] ((((((((((((((1:4.73E-4,2:4.73E-4):1.34E-4,3:6.07E-4):0.001948,((4:6.02E-4,5:6.02E-4):2.79E-4,((6:6.05E-4,7:6.05E-4):2.17E-4,(8:6.08E-4,9:6.08E-4):2.14E-4):6.0E-5):0.001674):7.41E-4,(((10:4.12E-4,11:4.12E-4):2.54E-4,12:6.66E-4):8.9E-4,13:0.001556):0.00174):0.003068,14:0.006364):0.001985,(15:0.004259,16:0.004259):0.00409):6.73E-4,(17:0.00309,18:0.00309):0.005931):0.003971,(((19:0.008264,((20:0.004342,21:0.004342):0.00187,(22:0.003399,23:0.003399):0.002812):0.002052):0.002254,(24:0.005992,25:0.005992):0.004526):0.001002,26:0.01152):0.001472):0.002083,((27:0.010426,(28:0.006954,((29:0.002483,30:0.002483):0.001781,31:0.004264):0.002691):0.003471):0.001792,(32:0.007736,(33:8.68E-4,34:8.68E-4):0.006868):0.004482):0.002858):0.006202,(((((35:0.002238,36:0.002238):0.002472,37:0.00471):0.00694,(((38:0.005566,39:0.005566):0.002197,(40:0.003094,41:0.003094):0.004669):0.003243,42:0.011006):6.43E-4):0.002624,43:0.014273):0.004786,44:0.01906):0.002218):0.006591,45:0.027869):0.004163,(46:0.028642,47:0.028642):0.00339):0.019037,(48:0.038671,49:0.038671):0.012398):0.008736,50:0.059805); END; BEGIN TREES; TITLE Polystichum_RaxM_all_samples; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Arachniodes_denticulata, 2 Dryopteris_intermedia, 3 Cyrtomium_macrophyllum, 4 Phanerophlebia_nobilis, 5 Polystichum_tripteron, 6 Polystichum_lonchitis, 7 Polystichum_rhizophyllum, 8 Polystichum_hartwegii, 9 Polystichum_talamancanum, 10 Polystichum_concinnum, 11 Polystichum_orbiculatum, 12 Polystichum_platyphyllum, 13 Polystichum_montevidense, 14 Polystichum_lehmannii, 15 Polystichum_dubium, 16 Polystichum_transkeiense, 17 Polystichum_pungens, 18 Polystichum_caudescens, 19 Polystichum_acrostichoides, 20 Polystichum_lemmonii, 21 Polystichum_munitum, 22 Polystichum_scopulinum, 23 Polystichum_dudleyi, 24 Polystichum_subintegerrimum_3.371, 25 Polystichum_subintegerrimum_1.166065, 26 Polystichum_subintegerrimum_2.251, 27 Polystichum_plicatum_3.302, 28 Polystichum_plicatum_2.293, 29 Polystichum_mohrioides_3.1596, 30 Polystichum_mohrioides_1.1604, 31 Polystichum_mohrioides_2.1582, 32 Polystichum_plicatum_1.288, 33 Polystichum_tetragonum, 34 Polystichum_chilense, 35 Polystichum_multifidum_2.370, 36 Polystichum_multifidum_1.306, 37 Polystichum_andinum, 38 Polystichum_vestitum, 39 Polystichum_cystostegia, 40 Polystichum_fallax, 41 Polystichum_proliferum, 42 Polystichum_stenophyllum, 43 Polystichum_punctiferum, 44 Polystichum_longipaleatum, 45 Polystichum_altum, 46 Polystichum_chunii, 47 Polystichum_lentum, 48 Polystichum_semifertile, 49 Polystichum_disjunctum, 50 Ctenitis_eatonii; TREE Imported_tree_1 = [&R] 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