#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 21:40 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Xiang Y., & Zhu R. 2019. Sphaerocarpales (Marchantiophyta) new to China, with special references to a new species of Sphaerocarpos from Hengduan Mountains. The Bryologist, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S25031] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Austroriella_salta Geothallus_tuberosus Monocarpus_sphaerocarpus Riella_helicophylla Sphaerocarpos_cristatus Sphaerocarpos_donnellii Sphaerocarpos_drewiae_I Sphaerocarpos_drewiae_II Sphaerocarpos_michelii_I Sphaerocarpos_michelii_II Sphaerocarpos_michelii_III Sphaerocarpos_michelii_IV Sphaerocarpos_michelii_IX Sphaerocarpos_michelii_V Sphaerocarpos_michelii_VI Sphaerocarpos_michelii_VII Sphaerocarpos_michelii_VIII Sphaerocarpos_michelii_X Sphaerocarpos_siguniangensis Sphaerocarpos_stipitatus_I Sphaerocarpos_stipitatus_II Sphaerocarpos_texanus_I Sphaerocarpos_texanus_II Sphaerocarpos_texanus_III Sphaerocarpos_texanus_IV Sphaerocarpos_texanus_IX Sphaerocarpos_texanus_V Sphaerocarpos_texanus_VI Sphaerocarpos_texanus_VII ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M52583] TITLE 'Sphaerocarpales rbcL psbA-trnH 26S'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=3112; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Sphaerocarpos_cristatus 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Sphaerocarpos_texanus_III 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Sphaerocarpos_texanus_IV 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Sphaerocarpos_texanus_IX AGGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAAATTATCGATTAACTTACTATACTCCGGATTATGAGACCAAGGATACGGATATTTTGGCAGCATTTAGAATGACTCCTCAGCCTGGAGTACCACCAGAAGAAGCAGGAGCAGCTGTTGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACTACAGTTTGGACTGATGGTCTTACTAACCTTGATCGTTATAAAGGTCGATGTTATGATATTGAACCTGTTCGTGGAGAAACAAATCAATATATTGTTTATGTAGCTTATCCTTTAGATTTATTCGAAGAGGGCTCTGTTACAAACTTGTTTACTTCTATTGTAGGTAATGTATTTGGATTTAAAGCTTTAAGAGCTTTACGTCTTGAAGATTTAAGAATTCCTCCAGCTTATACAAAAACTTTTCAAGGTCCTCCTCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAATAAATATGGTCGTCCTTTATTAGGATGTACTATTAAACCAAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAATTACGGTAGAGCTGTGTATGAATGTCTTCGTGGTGGGCTTGATTTTACTAAAGATGATGAAAACGTAAATTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTTTTATTTGTAGCAGAAGCTATTTTCAAATCTCAAGCAGAAACTGGAGAAATCAAAGGACATTACTTAAATGCTACTGCACACGCATGTGAAGAAATGCTAAAAAGAGCAGCATGTGCTAGAGAATTAGGTGTACCTATTATTATGCATGATTATTTAACTGGTGGTTTTACTGCAAATACTAGTTTAGCTTTTTATTGTCGTGACAATGGTTTACTTCTTCATATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAAAAAAATCATGGTATCCATTTTCGTGTATTAGCTAAAGCCTTACGTTTATCTGGTGGAGACCATATTCATGCTGGTACTGTTGTAGGTAAACTTGAAGGAGACCGTGAAGTAACTTTAGGGTTTGTAGACTTACTTCGTGATGATTATATAGAAAAAGATAGAAGTCGTGGTGTTTATTTCACACAAGATTGGGTTTCTCTACCAGGTGTTTTCCCTGTAGCATCTGGAGGAATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTTTAACTGAAATTTTTGGAGATGATTCTATATTACAATTTGGTGGTGGTACTTTAGGTCATCCGTGGGGTAACGCACCTGGTGCAGTTGCTAACCGAGTTGCTTTAGAAGCTTGTGTACAAGCACGTAACGAAGGTCGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAGTTCTTCGTGAAGCATGTAAGTGGAGTCCTGAATTGGCTGCTGCTTGCGAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGGATTC-CCCTAGTAGCGGCGAGCGAACCGGGAGAAGCCCAGCTTGAAAATCGCGCCGTCGTTTTTCGGCGGCGCGAGTTGTAGTCTGGAGAAGCGTCCTCTGCGGCGGACCGGTCCCAAGTTCCCTGGAAAGGGACGTCAGAGAGGGTGAGAACCCCGTCGGGATCGGACCCTGCTGCTCCACGAGGCGCTGTCGACGAGTCGGGCTGTTTGGGAATGCAGCCCTAAGCGGGAGGTAAATTCCTTCCAAGGCTAAATACAGGCGGGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAAAGGACTTTGAAAAGAGAGTTAAAGAGTGCTTGAAATTGCTGGGAGGGAAGCGAATGGAGGCCTCGTGTGCGCCCCGGTCGGATGCGGAACGGCGTCATGCTGGTCCGCCGCTCGACGCGGGGCGCTTGTCAGCGTGGGCTTTCTCGGCGGGACAAACGTCGTCTCCCCCGGCCTTCG-GGTCGGGGGCGACGGCCTACATGCCGTCGGGAAGGCCGAGGAACGAAGCGCGCGCCCTCTT--TTGGGCGGGTCGCCCCTCTC--GGGGGGCGGCACCTGCGTGCTCGGGACGCTGGCGTAGTGGGCTTTTCATCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCACGCGAGCCGGTGGGCGGCAAACCCAA--CCGAGGCGCAAAGAAATTGACAGGTGTGATCCCCTCT---CTCGGGGGGGTGCAACATCGACCGACCATGATCTTCTGTGAAGGGT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Sphaerocarpos_texanus_V AGGCGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAAATTATCGATTAACTTACTATACTCCGGATTATGAGACCAAGGATACGGATATTTTGGCAGCATTTAGAATGACTCCTCAGCCTGGAGTACCACCAGAAGAAGCAGGAGCAGCTGTTGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACTACAGTTTGGACTGATGGTCTTACTAACCTTGATCGTTATAAAGGTCGATGTTATGATATTGAACCTGTTCGTGGAGAAACAAATCAATATATTGTTTATGTAGCTTATCCTTTAGATTTATTCGAAGAGGGCTCTGTTACAAACTTGTTTACTTCTATTGTAGGTAATGTATTTGGATTTAAAGCTTTAAGAGCTTTACGTCTTGAAGATTTAAGAATTCCTCCAGCTTATACAAAAACTTTTCAAGGTCCTCCTCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAATAAATATGGTCGTCCTTTATTAGGATGTACTATTAAACCAAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAATTACGGTAGAGCTGTGTATGAATGTCTTCGTGGTGGGCTTGATTTTACTAAAGATGATGAAAACGTAAATTCTCAACCATTTATGCGTTGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTAGGTATCTCTGGTACTTTCAATTTCATGATTGTATTCCAAGCTGAACACAATATCCTTATGCACCCATTCCATATGTTGGGTGTAGCTGGTGTATTCGGCGGCTCTTTATTTAGTGCTATGCATGGTTCTTTGGTAACTTCTAGTTTAATCCGAGAAACTACTGAGAATGAGTCTGCTAACGCAGGTTACAAGTTTGGTCAAGAAGAAGAAACTTACAACATTGTAGCTGCTCATGGTTACTTTGGTAGATTAATCTTCCAATACGCTAGCTTTAACAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTCTTGGCTGCTTGGCCTGTTGTAGGTATTTGGTTTACTGCTTTAGGTATCAGCACTATGGCTTTCAACTTAAATGGTTTTAACTTTAACCAATCTGTAGTTGATAGTCAAGGTCGTGTAATTAACACTTGGGCTGATATTATCAACCGTGCTAACCTTGGTATGGAAGTTATGCATGAACGTAACGCTCACAACTTTCCTCTAGATTTAGCTGCTGTTGAAGCTCCTGCTGTAAATGGTTAATAACTTTAATAAGGTTAAAAAATAATAAAAAATATTTATTATTTTAGTCATAATTTTAAAGACTAAAAATTTAAAAAAGGAAAAAACTAAAAAATAATGACCTTTAAGATTTTAAGTCTTAAAGGTCATTATTTTTTTTATACAT-------------AAAAAAAAGGGCGGACGTAGCCAAGTGGATT-AAGGCAGTGGATTGT-GGATCCTCTACGCGCGG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Sphaerocarpos_texanus_VI AGGCGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAAATTATCGATTAACTTACTATACTCCGGATTATGAGACCAAGGATACGGATATTTTGGCAGCATTTAGAATGACTCCTCAGCCTGGAGTACCACCAGAAGAAGCAGGAGCAGCTGTTGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACTACAGTTTGGACTGATGGTCTTACTAACCTTGATCGTTATAAAGGTCGATGTTATGATATTGAACCTGTTCGTGGAGAAACAAATCAATATATTGTTTATGTAGCTTATCCTTTAGATTTATTCGAAGAGGGCTCTGTTACAAACTTGTTTACTTCTATTGTAGGTAATGTATTTGGATTTAAAGCTTTAAGAGCTTTACGTCTTGAAGATTTAAGAATTCCTCCAGCTTATACAAAAACTTTTCAAGGTCCTCCTCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAATAAATATGGTCGTCCTTTATTAGGATGTACTATTAAACCAAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAATTACGGTAGAGCTGTGTATGAATGTCTTCGTGGTGGGCTTGATTTTACTAAAGATGATGAAAACGTAAATTCTCAACCATTTATGCGTTGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTAGGTATCTCTGGTACTTTCAATTTCATGATTGTATTCCAAGCTGAACACAATATCCTTATGCACCCATTCCATATGTTGGGTGTAGCTGGTGTATTCGGCGGCTCTTTATTTAGTGCTATGCATGGTTCTTTGGTAACTTCTAGTTTAATCCGAGAAACTACTGAGAATGAGTCTGCTAACGCAGGTTACAAGTTTGGTCAAGAAGAAGAAACTTACAACATTGTAGCTGCTCATGGTTACTTTGGTAGATTAATCTTCCAATACGCTAGCTTTAACAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTCTTGGCTGCTTGGCCTGTTGTAGGTATTTGGTTTACTGCTTTAGGTATCAGCACTATGGCTTTCAACTTAAATGGTTTTAACTTTAACCAATCTGTAGTTGATAGTCAAGGTCGTGTAATTAACACTTGGGCTGATATTATCAACCGTGCTAACCTTGGTATGGAAGTTATGCATGAACGTAACGCTCACAACTTTCCTCTAGATTTAGCTGCTGTTGAAGCTCCTGCTGTAAATGGTTAATAACTTTAATAAGGTTAAAAAATAATAAAAAATATTTATTATTTTAGTCATAATTTTAAAGACTAAAAATTTAAAAAAGGAAAAAACTAAAAAATAATGACCTTTAAGATTTTAAGTCTTAAAGGTCATTATTTTTTTTATACAT-------------AAAAAAAAGGGCGGACGTAGCCAAGTGGATT-AAGGCAGTGGATTGT-GGATCCTCTACGCGCGG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Sphaerocarpos_texanus_VII AGGCGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAAATTATCGATTAACTTACTATACTCCGGATTATGAGACCAAGGATACGGATATTTTGGCAGCATTTAGAATGACTCCTCAGCCTGGAGTACCACCAGAAGAAGCAGGAGCAGCTGTTGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACTACAGTTTGGACTGATGGTCTTACTAACCTTGATCGTTATAAAGGTCGATGTTATGATATTGAACCTGTTCGTGGAGAAACAAATCAATATATTGTTTATGTAGCTTATCCTTTAGATTTATTCGAAGAGGGCTCTGTTACAAACTTGTTTACTTCTATTGTAGGTAATGTATTTGGATTTAAAGCTTTAAGAGCTTTACGTCTTGAAGATTTAAGAATTCCTCCAGCTTATACAAAAACTTTTCAAGGTCCTCCTCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAATAAATATGGTCGTCCTTTATTAGGATGTACTATTAAACCAAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAATTACGGTAGAGCTGTGTATGAATGTCTTCGTGGTGGGCTTGATTTTACTAAAGATGATGAAAACGTAAATTCTCAACCATTTATGCGTTGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTAGGTATCTCTGGTACTTTCAATTTCATGATTGTATTCCAAGCTGAACACAATATCCTTATGCACCCATTCCATATGTTGGGTGTAGCTGGTGTATTCGGCGGCTCTTTATTTAGTGCTATGCATGGTTCTTTGGTAACTTCTAGTTTAATCCGAGAAACTACTGAGAATGAGTCTGCTAACGCAGGTTACAAGTTTGGTCAAGAAGAAGAAACTTACAACATTGTAGCTGCTCATGGTTACTTTGGTAGATTAATCTTCCAATACGCTAGCTTTAACAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTCTTGGCTGCTTGGCCTGTTGTAGGTATTTGGTTTACTGCTTTAGGTATCAGCACTATGGCTTTCAACTTAAATGGTTTTAACTTTAACCAATCTGTAGTTGATAGTCAAGGTCGTGTAATTAACACTTGGGCTGATATTATCAACCGTGCTAACCTTGGTATGGAAGTTATGCATGAACGTAACGCTCACAACTTTCCTCTAGATTTAGCTGCTGTTGAAGCTCCTGCTGTAAATGGTTAATAACTTTAATAAGGTTAAAAAATAATAAAAAATATTTATTATTTTAGTCATAATTTTAAAGACTAAAAATTTAAAAAAGGAAAAAACTAAAAAATAATGACCTTTAAGATTTTAAGTCTTAAAGGTCATTATTTTTTTTATACAT-------------AAAAAAAAGGGCGGACGTAGCCAAGTGGATT-AAGGCAGTGGATTGT-GGATCCTCTACGCGCGG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN TREES; TITLE 'Sphaerocarpales rbcL psbA-trnH 26S'; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Austroriella_salta, 2 Geothallus_tuberosus, 3 Monocarpus_sphaerocarpus, 4 Riella_helicophylla, 5 Sphaerocarpos_cristatus, 6 Sphaerocarpos_donnellii, 7 Sphaerocarpos_drewiae_I, 8 Sphaerocarpos_drewiae_II, 9 Sphaerocarpos_michelii_I, 10 Sphaerocarpos_michelii_II, 11 Sphaerocarpos_michelii_III, 12 Sphaerocarpos_michelii_IV, 13 Sphaerocarpos_michelii_IX, 14 Sphaerocarpos_michelii_V, 15 Sphaerocarpos_michelii_VI, 16 Sphaerocarpos_michelii_VII, 17 Sphaerocarpos_michelii_VIII, 18 Sphaerocarpos_michelii_X, 19 Sphaerocarpos_siguniangensis, 20 Sphaerocarpos_stipitatus_I, 21 Sphaerocarpos_stipitatus_II, 22 Sphaerocarpos_texanus_I, 23 Sphaerocarpos_texanus_II, 24 Sphaerocarpos_texanus_III, 25 Sphaerocarpos_texanus_IV, 26 Sphaerocarpos_texanus_IX, 27 Sphaerocarpos_texanus_V, 28 Sphaerocarpos_texanus_VI, 29 Sphaerocarpos_texanus_VII; TREE Imported_tree_1 = [&R] ((1:0.0175577931,4:0.0165919145):0.02059072735,(3:0.0278156691,(2:0.0340659311,(5:0.0303104301,((20:0.0015687778,21:0.0017426611):0.0224424734,(19:0.0077489332,(((17:2.841E-6,(10:3.638879E-4,11:3.351597E-4):0.0013588477):0.0033296524,((12:2.841E-6,(14:2.841E-6,15:0.0011250446):0.0011204292):0.0017323762,(16:0.0016867689,(9:3.574694E-4,(13:2.841E-6,18:2.5681E-6):3.427918E-4):0.0037059536):0.0025830048):0.0026616143):0.0037337407,((8:0.0016119561,(7:8.362152E-4,(22:0.002938238,(6:0.0026745521,23:0.0024331712):0.0025563626):0.004815827):2.807E-6):0.0064912295,(26:0.0014060054,((27:0.0,29:0.0):2.841E-6,(28:2.841E-6,(24:2.1393E-6,25:2.841E-6):2.4259E-6):2.1788E-6):0.0030151484):0.0061878139):0.0043293793):0.0021176234):0.0067270924):0.0031128433):0.0086404143):0.0067751859):0.02059072735); TREE BI = [&R] ((1:0.01340353,4:0.0147966):0.0161696,(3:0.02426986,(2:0.02628173,(5:0.02199443,((20:0.001975737,21:0.002072935):0.01797248,(19:0.006798089,(((17:5.597646E-4,(10:6.164109E-4,11:5.767017E-4):0.001014373):0.002663785,((12:5.322045E-4,(14:5.407016E-4,15:8.596659E-4):0.002101987):0.001164464,(16:0.00211176,(9:5.390346E-4,13:5.381961E-4,18:4.967895E-4):0.003705137):0.002522057):0.002854197):0.003748523,((7:0.001287344,8:0.001916512,(22:0.002690978,(6:0.002320878,23:0.002725013):0.002913214):0.003905269):0.004905111,(24:8.077405E-4,25:5.325932E-4,26:5.591953E-4,27:5.218796E-4,28:5.258421E-4,29:5.305106E-4):0.006235455):0.004569801):0.002331393):0.006397274):0.00333723):0.007221825):0.005379095):0.0161696); END;