#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 12:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Xue L., Li C., James W.F., & Liu Y. 2020. Characterization of Pyrenophora species causing brown leaf spot on Italian ryegrass (Lolium multiflorum) in Sichuan Province, China. Plant Disease, 104(7): 1900-1907. 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Drechslera_nobleae_HMCD3 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'Pyrenophora tritici-repentis 10692' CATTACACA---------------------------------------------------------------------AATATGAAGCCGGACTGGG------ATAGGGCCTCGCTGCCT---------TGCCCGTCTGG-CGCCATATTCACCCATGTCTTTTTGCGTACTACTTGTTT-CCTTGGCGGGTCCGCCCGCCAATTGGACCTTATTCAAACCTTTTTTT------CAGTTGCAATCAGCGTCAGCAAAACAAATGTAATC-AATTACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCAAAGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTGTACCCTCAAGCTTTGCTTGGTGTTGGGCGTCTTGT--------CTCT--CTCCCGAGACTCGCCTTAAAATCATTGGCAGCCGGCCTACTGGTTTCGGAGCGCAGCACATT-ATTTGCGCTCTTGTCCAGCCG---CGGTCGCGCGTCCATGAAGCT------TCTTTCAACCTTTTGACCTCGGATCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CGCAACGCGTACGTACTCTCCAAACGCACCGTTTATCTCTGCATATGAGCCGTCATCGTAGACTGAAGTCCTACATGAGGCCCAAATAACTCACTCTTACTGCAATTCGCACATGACATGCAAGCTAACCGC----CTGCAGCGTCGAGCACAACGATGTCGACATCGTCGCCGTGAACGACCCCTTCATCGAGCCCCACTACGCTGTAAGCATCAC-------------------------------------------------------GACGCGATGGATC--------TGCAGGATACA-GCAGACTAATACACACGCAGGCATACATGCTCAAGTATGACAGCACACACGGCCAGTTCAAGGGCGAGATCAAGGTCGACGGCAACAACCTGACTGTCAACGGCAAGACCATCCGCTTCCACATGGAGAAGGACCCCGCCAACATCCCATGGAGCGAGACTGGTGCCTACTACGTCGTCGAGTCCACTGGTGTCTTCACCACCACCGAGAAGGCCAAGGCTCACTTGAAGGGTGGAGCCAAGAAGGTCGTCATCTCTGCTCCCTCCGCCGACGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACCACGAGACTTACAAGTCGGACATTGAG 'Pyrenophora tritici-repentis DAOM208990' CATTACACA---------------------------------------------------------------------AATATGAAGCCGGACTGGG------ATAGGGCCTCGCTGCCT---------TGCCCGTCTGG-CGCCATATTCACCCATGTCTTTTTGCGTACTACTTGTTT-CCTTGGCGGGTCCGCCCGCCAATTGGACCTTATTCAAACCTTTTTTT------CAGTTGCAATCAGCGTCAGCAAAACAAATGTAATC-AATTACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCAAAGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTGTACCCTCAAGCTTTGCTTGGTGTTGGGCGTCTTGT--------CTCT--CTCCCGAGACTCGCCTTAAAATCATTGGCAGCCGGCCTACTGGTTTCGGAGCGCAGCACATT-ATTTGCGCTCTTGTCCAGCCG---CGGTCGCGCGTCCATGAAGCT------TCTTTCAACCTTTTGACCTCGGATCAATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCTTTTAGAGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGGCGCTTTGGCTTTGGCAGCGGTCCAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGTGGTCGCTAGCTATTGCCGTGTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTCAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCTTGCAGTTGCTCACCCGGGCCTCTGTGCCCGGTGCATTCTTCTGCAGGCAGGCCAGCATCAGTTTGGGCGGTGGGATAAAGGTCTCTGTCACGTACCTCTCTTCGGGGAGGCCTTATAGGGGAGGCGACATACCACCAGCCTGGACTGAGGTCCGCGCA-TTTATGCTAGGATGCTGGCGTAATGGCTGTAAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAGCCCGAACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCCGCAAGGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGAAGGATTTGAGTAAGAGCATGGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGAATA?GGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTCGCAACGCGTACGTACTCTCCAAACGCACCGTTTATCTCTGCATATGAGCCGTCATCGTAGACTGAAGTCCTACATGAGGCCCAAATAACTCACTCTTACTGCAATTCGGACATGACATGCAAGCTAACCGC----CTGCAGCGTCGAGCACAACGATGTCGACATCGTCGCCGTGAACGACCCCTTCATCGAGCCCCACTACGCTGTAAGCATCAC-------------------------------------------------------GACGCGATGGATC--------TGCAGGATACA-GCAGACTAATACACACGCAGGCATACATGCTCAAGTATGACAGCACACACGGCCAGTTCAAGGGCGAGATCAAGGTCGACGGCAACAACCTGACTGTCAACGGCAAGACCATCCGCTTCCACATGGAGAAGGACCCCGCCAACATCCCATGGAGCGAGACTGGTGCCTACTACGTCGTCGAGTCCACTGGTGTCTTCACCACCACCGAGAAGGCCAAGGCTCACTTGAAGGGTGGAGCCAAGAAGGTCGTCATCTCTGCTCCCTCCGCCGACGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACCACGAGACTTACAAGTCGGACATTGAG 'Pyrenophora tritici-repentis DAOM226213' CATTACACA---------------------------------------------------------------------AATATGAAGCCGGACTGGG------ATAGGGCCTCGCTGCCT---------TGCCCGTCTGG-CGCCATATTCACCCATGTCTTTTTGCGTACTACTTGTTT-CCTTGGCGGGTCCGCCCGCCAATTGGACCTTATTCAAACCTTTTTTT------CAGTTGCAATCAGCGTCAGCAAAACAAATGTAATC-AATTACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCAAAGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTGTACCCTCAAGCTTTGCTTGGTGTTGGGCGTCTTGT--------CTCT--CTCCCGAGACTCGCCTTAAAATCATTGGCAGCCGGCCTACTGGTTTCGGAGCGCAGCACATT-ATTTGCGCTCTTGTCCAGCCG---CGGTCGCGCGTCCATGAAGCT------TCTTTCAACCTTTTGACCTCGGATCAATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCTTTTAGAGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGGCGCTTTGGCTTTGGCAGCGGTCCAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGTGGTCGCTAGCTATTGCCGTGTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTCAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCTTGCAGTTGCTCACCCGGGCCTCTGTGCCCGGTGCATTCTTCTGCAGGCAGGCCAGCATCAGTTTGGGCGGTGGGATAAAGGTCTCTGTCACGTACCTCTCTTCGGGGAGGCCTTATAGGGGAGGCGACATACCACCAGCCTGGACTGAGGTCCGCGCA-TTTATGCTAGGATGCTGGCGTAATGGCTGTAAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAGCCCGAACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCCGCAAGGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGAAGGATTTGAGTAAGAGCATGGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTCGCAACGCGTACGTACTCTCCAAACGCACCGTTTATCTCTGCATATGAGCCGTCATCGTAGACTGAAGTCCTACATGAGGCCCAAATAACTCACTCTTACTGCAATTCGCACATGACATGCAAGCTAACCGC----CTGCAGCGTCGAGCACAACGATGTCGACATCGTCGCCGTGAACGACCCCTTCATCGAGCCCCACTACGCTGTAAGCATCAC-------------------------------------------------------GACGCGATGGATC--------TGCAGGATACA-GCAGACTAATACACACGCAGGCATACATGCTCAAGTATGACAGCACACACGGCCAGTTCAAGGGCGAGATCAAGGTCGACGGCAACAACCTGACTGTCAACGGCAAGACCATCCGCTTCCACATGGAGAAGGACCCCGCCAACATCCCATGGAGCGAGACTGGTGCCTACTACGTCGTCGAGTCCACTGGTGTCTTCACCACCACCGAGAAGGCCAAGGCTCACTTGAAGGGTGGAGCCAAGAAGGTCGTCATCTCTGCTCC?TCCGCCGACGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACCACGAGACTTACAAGTCGGACATTGAG ; END; BEGIN TREES; TITLE 'Set of ML tree from ITS+LUS+gpd Analysis'; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 'Pyrenophora tritici-repentis 10692', 2 Drechslera_andersenii_CBS258.80, 3 Drechslera_nobleae_CBS259.80, 4 Drechslera_phlei_CBS315.69, 5 Drechslera_nobleae_CBS316.69, 6 Drechslera_fugax_CBS509.77, 7 Drechslera_nobleae_CBS966.87, 8 Drechslera_andersenii_CBS967.87, 9 Pyrenophora_bromi_DAOM127414, 10 'Pyrenophora tritici-repentis DAOM208990', 11 'Pyrenophora tritici-repentis DAOM226213', 12 Drechslera_andersenii_DAOM229292, 13 Drechslera_nobleae_DAOM229296, 14 Pyrenophora_dictyoides_DAOM63666, 15 Pyrenophora_dictyoides_DAOM75616, 16 Pyrenophora_dictyoides_HMCD2, 17 Pyrenophora_dictyoides_HMCD20, 18 Drechslera_nobleae_HMCD3, 19 Pyrenophora_dictyoides_HMCD9, 20 Bipolaris_zeae_NBC1, 21 Pyrenophora_bromi_SM101; TREE tree_1 = [&R] ((((((((((16:0.0,17:0.0):0.0,19:0.0):0.00224673,14:0.00224677):0.0,15:0.00452545):0.00467331,(2:0.0,(8:0.0,12:0.0):0.0):0.00213248):0.01431882,4:0.01497103):0.00897313,(1:0.0,(10:0.0,11:0.0):0.0):0.00502783):0.00985299,(9:0.0,21:0.0):0.01762503):0.07207054,(6:0.04283836,(3:0.0,(5:0.0,(7:0.0,(13:0.0,18:0.0):0.0):0.0):0.0):0.05496984):0.02469435):0.04520454,20:0.15961878); END;