#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 10:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Wang C., Yu L., Li Z., Li J., Hidayat A., Huang L., & Jin X. 2020. Phylogenomics of Cucurbitaceae with emphasis on Trichosanthes based on plastid genome. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S25673] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=64; TAXLABELS 'Alnus glutinosa NC_039930' 'Betula cordifolia NC_037473' 'Carpinus cordata NC_036723' 'Castanea henryi NC_033881' 'Castanopsis echinocarpa NC_023801' 'Citrullus lanatus NC_032008' 'Coccinia grandis NC_031834' 'Coccinia rehmannii PT_6011' 'Corylus chinensis NC_032351' 'Corynocarpus laevigata NC_014807' 'Cucumis hystrix NC_023554' 'Cucumis sativus NC_007114' 'Cucurbita pepo NC_038229' 'Cyclocarya paliurus NC_034315' 'Fagus engleriana NC_036929' 'Gomphogyne cissiformis MH_256801' Gymnopetalum_chinense_18206 'Gynostemma pentaphyllum NC_029484' 'Hemsleya lijiangensis NC_039653' 'Hodgsonia macrocarpa NC_039628' 'Juglans hindsii NC_035965' 'Lagenaria siceraria NC_036808' 'Lithocarpus balansae NC_026577' Luffa_aegyptiaca_23488 'Momordica charantia NC_036807' 'Morella rubra NC_035006' 'Ostrya trichocarpa NC_034295' 'Platycarya strobilacea NC_035413' 'Quercus dolicholepis NC_031357' 'Siraitia grosvenorii NC_043881' Thladiantha_dentata_14433 Thladiantha_nudiflora_17964 'Trichosanthes cordata HLQW090042_01' 'Trichosanthes cucumerina PT_6996' Trichosanthes_dafangensis_Seed 'Trichosanthes dunniana HLQW090025_08' 'Trichosanthes homophylla PE_05012' 'Trichosanthes kerrii PT_6962' Trichosanthes_kirilowii_16080 'Trichosanthes laceribractea HLQW090055_08' 'Trichosanthes lepiniana HLQW090095_03' 'Trichosanthes lepiniana HLQW090098_02' 'Trichosanthes parviflora PE_6072' 'Trichosanthes pedata HLQW090080_01' 'Trichosanthes pilosa HLQW090041_03' 'Trichosanthes pilosa HLQW090073_02' 'Trichosanthes reticulinervis HLQW090052_05' 'Trichosanthes rubriflos HLQW090018_01' Trichosanthes_schlechteri_PEBO4150 'Trichosanthes sericeifolia HLQW090094_01' Trichosanthes_smilacifolia_T299 Trichosanthes_sp1_HLQ090003_01 Trichosanthes_sp2_HLQ090031_01 Trichosanthes_sp3_PEBO4545 Trichosanthes_sp4_HLQ090035_01 Trichosanthes_sp5_16625 Trichosanthes_subrosea_16567 Trichosanthes_tetragonosperma_16801 Trichosanthes_tricuspidata_PEBO4048 Trichosanthes_tridentata_16598 Trichosanthes_truncata_21003 Trichosanthes_villosa_PEBO4037 'Trigonobalanus doichangensis NC_023959' Zehneria_sp_PEBO4401 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M53519] TITLE Cucurbitaceae; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=73278; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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'Betula cordifolia NC_037473' 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'Carpinus cordata NC_036723' 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'Castanea henryi NC_033881' 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'Castanopsis echinocarpa NC_023801' 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'Citrullus lanatus NC_032008' 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'Corylus chinensis NC_032351' 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'Corynocarpus laevigata NC_014807' 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'Cucumis hystrix NC_023554' 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'Cucumis sativus NC_007114' 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'Cucurbita pepo NC_038229' 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'Cyclocarya paliurus NC_034315' 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'Fagus engleriana NC_036929' 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'Gomphogyne cissiformis MH_256801' 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'Gynostemma pentaphyllum NC_029484' 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'Hemsleya lijiangensis NC_039653' 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'Hodgsonia macrocarpa NC_039628' 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'Juglans hindsii NC_035965' 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'Lagenaria siceraria NC_036808' 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'Lithocarpus balansae NC_026577' 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'Momordica charantia NC_036807' 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'Ostrya trichocarpa NC_034295' 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'Platycarya strobilacea NC_035413' 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'Quercus dolicholepis NC_031357' 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'Trichosanthes cordata HLQW090042_01' 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'Trichosanthes dunniana HLQW090025_08' 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'Trichosanthes kerrii PT_6962' 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'Trichosanthes lepiniana HLQW090095_03' 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'Trichosanthes lepiniana HLQW090098_02' 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'Trichosanthes parviflora PE_6072' 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'Trichosanthes pedata HLQW090080_01' 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'Trichosanthes sericeifolia HLQW090094_01' 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; END; BEGIN TREES; TITLE Cucurbitaceae; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 'Alnus glutinosa NC_039930', 2 Zehneria_sp_PEBO4401, 3 'Betula cordifolia NC_037473', 4 'Carpinus cordata NC_036723', 5 'Castanea henryi NC_033881', 6 'Castanopsis echinocarpa NC_023801', 7 'Citrullus lanatus NC_032008', 8 'Coccinia grandis NC_031834', 9 'Corylus chinensis NC_032351', 10 'Corynocarpus laevigata NC_014807', 11 'Cucumis hystrix NC_023554', 12 'Cucumis sativus NC_007114', 13 'Cucurbita pepo NC_038229', 14 'Cyclocarya paliurus NC_034315', 15 'Fagus engleriana NC_036929', 16 'Gomphogyne cissiformis MH_256801', 17 Gymnopetalum_chinense_18206, 18 'Gynostemma pentaphyllum NC_029484', 19 'Hemsleya lijiangensis NC_039653', 20 'Hodgsonia macrocarpa NC_039628', 21 'Juglans hindsii NC_035965', 22 'Lagenaria siceraria NC_036808', 23 'Lithocarpus balansae NC_026577', 24 Luffa_aegyptiaca_23488, 25 'Momordica charantia NC_036807', 26 'Morella rubra NC_035006', 27 'Ostrya trichocarpa NC_034295', 28 'Platycarya strobilacea NC_035413', 29 'Quercus dolicholepis NC_031357', 30 'Trichosanthes kerrii PT_6962', 31 'Trichosanthes dunniana HLQW090025_08', 32 'Trichosanthes sericeifolia HLQW090094_01', 33 'Trichosanthes pilosa HLQW090041_03', 34 'Trichosanthes lepiniana HLQW090098_02', 35 Trichosanthes_sp4_HLQ090035_01, 36 Trichosanthes_sp2_HLQ090031_01, 37 'Trichosanthes pilosa HLQW090073_02', 38 Trichosanthes_sp1_HLQ090003_01, 39 'Trichosanthes cordata HLQW090042_01', 40 Trichosanthes_sp5_16625, 41 'Trichosanthes pedata HLQW090080_01', 42 'Trichosanthes laceribractea HLQW090055_08', 43 'Trichosanthes lepiniana HLQW090095_03', 44 Trichosanthes_villosa_PEBO4037, 45 'Trichosanthes cucumerina PT_6996', 46 Trichosanthes_schlechteri_PEBO4150, 47 'Coccinia rehmannii PT_6011', 48 Trichosanthes_smilacifolia_T299, 49 Trichosanthes_tricuspidata_PEBO4048, 50 Trichosanthes_tetragonosperma_16801, 51 'Siraitia grosvenorii NC_043881', 52 Thladiantha_dentata_14433, 53 Thladiantha_nudiflora_17964, 54 Trichosanthes_dafangensis_Seed, 55 'Trichosanthes homophylla PE_05012', 56 Trichosanthes_kirilowii_16080, 57 'Trichosanthes parviflora PE_6072', 58 'Trichosanthes reticulinervis HLQW090052_05', 59 'Trichosanthes rubriflos HLQW090018_01', 60 Trichosanthes_sp3_PEBO4545, 61 Trichosanthes_subrosea_16567, 62 Trichosanthes_tridentata_16598, 63 Trichosanthes_truncata_21003, 64 'Trigonobalanus doichangensis NC_023959'; TREE MLT = [&R] 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