#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 12:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Halanych K., & Robinson T. 1997. Phylogenetic relationships of cottontails (Sylvilagus, Lagomorpha): Congruence of 12S rDNA and cytogenetic data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 7: 294-302. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S266] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=9; TAXLABELS Brachylagus Lepus Pronolagus Sylvilagus_aquaticus Sylvilagus_audubonii Sylvilagus_floridanus Sylvilagus_nuttallii Sylvilagus_obscurus Sylvilagus_palustris ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M145] TITLE Table_x; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=728; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Brachylagus CCCGCACCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAGTTCAAAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTATTAAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTATACTACTC-AGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAACACTCGGCGTAAAGCGTGATTAGGATTAGACGTAACAAAATAGAATCAAATATCAACTAAACTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATTAACAACGAAAGTGGTTTTATTATCTTCGAATTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCGATAATTTCATAACAAAATTACCCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTCAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAGACCTCACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGGACAAAAGTAAGCTCAATTATTTCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGGAAGCAATGGGCTACATTTTCTATATCAGAATACACGAAGACCCTGATGAAACTCAAAGGGTTAAAGGAGGATTT Lepus CCCTCCCCAGTGAGAATGCCCTTAATATCAAT--CTAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTAACTAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGCTATGCTACTCCAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACATAAGAAAAAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTATAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTAGATAATTCCAGAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACTCTAAAAAGGAGCAAAAGTAAGCTCAATCATCACCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACTTTAGAACACACGAAAGCCCCTATGAAACTCTAGAGGCCAAAGGAGGATTT Pronolagus CCCATGCCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAAC--CCAGATCAAGAGGAGTAGGCATTAAGCACACCAGCCGGTAGCTCACGACGCCTTGCTCACCCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGAATTAAACTTAGCAATGAACGAAAGTTCGACTGAGTTATGCTACTTAAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATACCCGGCGTAAAGTGTGATTAGAAGTAAAT---GAAAAATAAAATCAAATAGCGTTTAAGCTGTAAAAAGTACTAACCACGAACAAAAATAATCAACGAAAGTGATCTTATAATTTTCGAACTCACGAGAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTTAATAGTTTCATAACAAAACTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCCCGATAAACCCTACCTCTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTCCAGCGAACCCTGAAAAGGAGCAAAAGTGAGCTCAATCA-CCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATGGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACTATAGAATACACGGAACTCCCTGTGAAAC-CTAGGGACCAAAGGAGGATTT Sylvilagus_aquaticus 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CCCGCGCCGGTGAGAATGCCCTTAACATCAGC--TTAGATCAAGAGGAGCAGGCATTAAGCACACTAATTAGTAGCTCAAGATGCCTT-CTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGCAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATTTCCGGCGTAAAGCGTGATTAGTATCTAAA---CAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACGACGAAAGTGATTTTATAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCTTAAACTTAAATAATTC?ATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTT?AAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTCAATTATCTCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGTAATGGGCTACATTTTCTTCTTCAGAACATACGAAAGCCCTTATGAAACCCTAAGGGCCAAAGGAGGATTT Sylvilagus_palustris 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((((((4,5),(6,9)),(8,7))Sylvilagus,2),3),1)Lagomorpha; END;