#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 10:35 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jesus A.L., Jeronimo G.H., & Pires-zottarelli C.L. 2020. Two new species of Chytriomycetaceae (Chytridiales, Chytridiomycota): morphological, phylogenetical and ultrastructural characterization. Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S26713] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=59; TAXLABELS Asterophlyctis_michiganensis Avachytrium_platense_ARG050 Avachytrium_platense_ARG123 Boothiomyces_elyensis_PLAUS09 Boothiomyces_macroporosum_PLAUS021 Chytridium_lagenaria_ARG066 Chytridium_olla_ARG100 Chytriomyces_hyalinus_ATCC28165 Chytriomyces_hyalinus_CCIBt4410 Chytriomyces_hyalinus_SP512558 Chytriomyces_sp_ARG012 Chytriomyces_sp_ARG039 Cladochytrium_tenue_CCIBt4013 Cladochytrium_tenue_CCIBt4389 Cladochytrium_tenue_CCIBt4392 Cladochytrium_tenue_CCIBt4412 Delfinachytrium_mesopotamicum Delfinachytrium_mesopotamicum_2 Dendrochytridium_crassum_JEL353 Dendrochytridium_crassum_JEL354 Dinochytrium_kinnereticum_JEL364 Entophlyctis_luteolus_CCIBt4018 Entophlyctis_luteolus_JEL129 Fayochytriomyces_spinosus_JEL059 Irineochytrium_annulatum_JEL729 Obelidium_mucronatum_JEL57 Odontochytrium_milleri_JEL103 Pendulichytrium_sphaericum_KS93 Phlyctochytrium_aureliae_KP061 Phlyctochytrium_bullatum_ARG112 Phlyctochytrium_bullatum_JEL754 Phlyctochytrium_planicorne Phlyctochytrium_planicorne_2 Phlyctorhiza_endogena_JEL80 Podochytrium_dentatum_JEL30 Pseudorhizidium_endosporangiatum Rhizidium_crepaturum_SP512582 Rhizidium_phycophilum_JEL378 Rhizidium_phycophilum_KP013 Rhizoclosmatium_globosum_ARG043 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4413 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4415 Rhizoclosmatium_globosum_WB266C Rhizoclosmatium_globosum_WM200_1 Rodmanochytrium_pyriforme_MP72 Rodmanochytrium_sphaericum_CCIBt4546 Rodmanochytrium_sphaericum_MP41 Rodmanochytrium_sphaericum_MP59 Siphonaria_aurea_CCIBt3846 Siphonaria_aurea_CCIBt4124 Siphonaria_aurea_CCIBt4685 Siphonaria_petersenii_JEL102 Siphonaria_sp_JEL065 Wheelerophlycti_interiexterior_2 Wheelerophlyctis_interiexterior Wheelerophlyctis_interior_JEL524 Wheelerophlyctis_interior_MP058 Zopfochytrium_polystomum_JEL891 Zopfochytrium_polystomum_WB228 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Dendrochytridium_crassum_JEL353 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Fayochytriomyces_spinosus_JEL059 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Irineochytrium_annulatum_JEL729 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Obelidium_mucronatum_JEL57 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Odontochytrium_milleri_JEL103 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Phlyctochytrium_planicorne 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Rhizidium_crepaturum_SP512582 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Rhizidium_phycophilum_JEL378 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Siphonaria_petersenii_JEL102 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Siphonaria_sp_JEL065 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Zopfochytrium_polystomum_WB228 ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTCAACTTTGGAA-TCTCGCCGGCCTAGCCC-GCCGGCGCGAATTGTAGTTTCAAGGCACGCGTCTTTCGGGGGTGGCGTT----GGGCCCAAGTCCGTTGGAACACGGCACCGTAGAGGG-TGAGAGTCCCGTAC-----GGCCCGCCGCGCCGCTCCTGTGCGATCGCGTTTTGCCAAAGAGTCGGATAGCTTGGGAACGCTGTCCAAA-GTGGGTGGTAAACACCATCTAAAGCTAAATACAGGCAAGAGACCGATAGCGCACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTGAAACAGTACGTGAAATTGCCAATAGGGAAGCGTTCGGCACCGGTGTATCGTCCTACCGCGGGATCAGCCCGTCCTATCTCCCCGATAAAAAGGGGGGAAAAGGCGGGTGCACTCTCGTTTGACTGGGCGGGGTCAGCGTCGGTTCGGGGGTTCCGGGATAAAAGCCGCTGGGCCAAAGGTGTCTCGCGCGCTGCGCGCTCTCTCTCTCGGGGGGGGGCGCGCCGCGCGCGGGTGGTTAGAGGGGCCTGCTGGTGTAATGTCTCCCGCCCCG-----GACCGAGGATCGCAGCCGTAGCTACTGCTCGCCGT-GGGGTGCGTC-CGTTTGCGGGGA--TTGTTAGTGGACCGTTTGACCGCCTGGCGGACAGCGGACCCGGTCCCCGTGTCGCCCGCCCCGCGCGCGTTGTCATCT--CACGGTCTTGGGATGCTGGCGAACCGGTATCGAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTGCAACAGGCGCGCGAGTGTTTGGGCGTCAAAAACCCTGTACGCGTAGTGAAAGCGAGAGCTTTTCGCTCTGGTGCGAAGCGCCGTCCACCTCAAAAATGGGCGGCTGCCGCTGCATCGGCCGGTCTCGGAGGGACACCCGTTCCGCCGTTTCTGAGCAGGAGCGCGCCTGTTGCGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGTAGGGCGAAGCCAGAGGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTGTCGTTTACTTGACCGTCTCTATTACTACTTGGATATCCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAATCAAAGCCGTGACCTCTGGAAGCGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAACCTCGTCCCCCCTTTCGAGTTCTTTGGTGATTCATAGAAACTGGTCAGATCGCATGGCCTCTGTGCCGGCGACAGGTCATTTAAACTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTGGGATAGAGGCCCACCATGGTTGTTACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATCCAGGGTCCGTTGGGCCTTGGAATTGGAATGAGAACCATTTAAAGCCCGTAACGAGGAACGACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGTAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAATAGCTCGTAGTTGGACCTTGGACCCGTCCGCCGGTGGGGGG----------------------CCGGCGGTTTGGGGGGTTGCGCGCGAGCGGGCCGCCGGTTTTGGGTTTCACCGCGGGGACCG---AACCCCTTTCTCCCGCGAAGCGCGCGGGCCCTCGCGGGTCCGCGCGCGGAGCGGGGACCAG-----TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCGGTGGCGCTCGCATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACCGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGTTGCGGTAATGATTAATAGGGACAGTTGGGGGCATTAGTATTTAAT?GTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATAAAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTGGAGATC ; END; BEGIN TREES; TITLE Chytriomycetaceae_ML; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Asterophlyctis_michiganensis, 2 Avachytrium_platense_ARG050, 3 Avachytrium_platense_ARG123, 4 Boothiomyces_elyensis_PLAUS09, 5 Boothiomyces_macroporosum_PLAUS021, 6 Rodmanochytrium_sphaericum_CCIBt4546, 7 Rhizidium_crepaturum_SP512582, 8 Chytridium_lagenaria_ARG066, 9 Chytridium_olla_ARG100, 10 Chytriomyces_hyalinus_SP512558, 11 Chytriomyces_hyalinus_CCIBt4410, 12 Chytriomyces_hyalinus_ATCC28165, 13 Chytriomyces_sp_ARG012, 14 Chytriomyces_sp_ARG039, 15 Cladochytrium_tenue_CCIBt4389, 16 Cladochytrium_tenue_CCIBt4412, 17 Cladochytrium_tenue_CCIBt4392, 18 Cladochytrium_tenue_CCIBt4013, 19 Delfinachytrium_mesopotamicum, 20 Delfinachytrium_mesopotamicum_2, 21 Dendrochytridium_crassum_JEL353, 22 Dendrochytridium_crassum_JEL354, 23 Dinochytrium_kinnereticum_JEL364, 24 Entophlyctis_luteolus_CCIBt4018, 25 Entophlyctis_luteolus_JEL129, 26 Fayochytriomyces_spinosus_JEL059, 27 Irineochytrium_annulatum_JEL729, 28 Obelidium_mucronatum_JEL57, 29 Odontochytrium_milleri_JEL103, 30 Pendulichytrium_sphaericum_KS93, 31 Phlyctochytrium_aureliae_KP061, 32 Phlyctochytrium_bullatum_ARG112, 33 Phlyctochytrium_bullatum_JEL754, 34 Phlyctochytrium_planicorne, 35 Phlyctochytrium_planicorne_2, 36 Phlyctorhiza_endogena_JEL80, 37 Podochytrium_dentatum_JEL30, 38 Pseudorhizidium_endosporangiatum, 39 Rhizidium_phycophilum_JEL378, 40 Rhizidium_phycophilum_KP013, 41 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4413, 42 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4415, 43 Rhizoclosmatium_globosum_ARG043, 44 Rhizoclosmatium_globosum_WB266C, 45 Rhizoclosmatium_globosum_WM200_1, 46 Rodmanochytrium_pyriforme_MP72, 47 Rodmanochytrium_sphaericum_MP41, 48 Rodmanochytrium_sphaericum_MP59, 49 Siphonaria_aurea_CCIBt4124, 50 Siphonaria_aurea_CCIBt3846, 51 Siphonaria_aurea_CCIBt4685, 52 Siphonaria_petersenii_JEL102, 53 Siphonaria_sp_JEL065, 54 Wheelerophlyctis_interiexterior, 55 Wheelerophlycti_interiexterior_2, 56 Wheelerophlyctis_interior_JEL524, 57 Wheelerophlyctis_interior_MP058, 58 Zopfochytrium_polystomum_JEL891, 59 Zopfochytrium_polystomum_WB228; TREE Imported_tree_1 = [&R] ((4:0.013704037561172224,5:0.006952906814116296)100:0.5785868839730707,((((58:1.00000050002909E-6,59:0.0020715518815917974)100:1.2883578289250537,(15:1.00000050002909E-6,(17:1.00000050002909E-6,(16:0.0031812534981891464,18:0.004670514261961972)56:0.006970292906057689)55:0.003422984578468902)100:1.6554858417368492)100:1.1061794487506342,((27:0.4741613680504177,(21:1.00000050002909E-6,22:1.00000050002909E-6)100:0.6764181932452573)55:0.04523178725445386,(9:0.23173375548654992,(31:0.4724003935696765,((34:0.010101001980016927,35:1.00000050002909E-6)100:0.2500933754214231,(8:0.22653491620434915,(23:0.0695332826249765,(32:0.08359092324122233,33:0.04740852784850812)100:0.19658832808864263)41:0.03493050105797564)54:0.04774484200688523)41:0.027398006224643872)84:0.06925254765352723)100:0.11859376025522504)91:0.1854966761627505)55:0.05827988203346487,((38:0.1962736073819709,(19:1.00000050002909E-6,20:1.00000050002909E-6)100:0.15044210200997116)100:0.370389305657183,(30:0.6662913845589538,((1:0.16483401099328984,(56:1.00000050002909E-6,(57:0.0034735310902479053,(54:1.00000050002909E-6,55:0.006933319803286744)72:0.02168410148885647)49:0.007068760248642058):0.3757417265347452)100:0.3076635936642097,(((11:0.004757741902363555,(10:1.00000050002909E-6,12:0.0026478211725930604)93:0.004037601993147408)100:0.2309636451060061,(46:0.14323380754736165,((14:0.011143247323995903,48:0.0764865085699341)100:0.036829731461200395,(47:0.004721671022210456,(6:0.002018728717679427,13:1.00000050002909E-6)100:0.01208626870738457)100:0.0909930976836012)100:0.07329346202438175)100:0.10625812484979837)97:0.1065018554655132,((26:0.6649660187930858,(24:0.10097114362784697,25:0.14741404275164582)100:0.43617365655739476)100:0.8025644469639339,(((43:0.0163492127113291,44:0.009159181746232896)96:0.025700516724394433,(45:0.04969794813836056,(41:1.00000050002909E-6,42:1.00000050002909E-6)100:0.00526419349786367)99:0.026768320024231164)100:0.16256939336995738,(36:0.2554626084273549,(37:0.22270611217252437,(((39:0.05492253346417821,40:0.047149320701371136)100:0.09752829290051117,(7:0.07252411580590745,(2:1.00000050002909E-6,3:1.00000050002909E-6)100:0.062228462768289645)99:0.03685815171468223)100:0.11200027600643446,(29:0.241848499998304,(28:0.07765372192719812,(52:0.11913222124498601,(53:0.0011259716177015723,(50:1.00000050002909E-6,(49:1.00000050002909E-6,51:1.00000050002909E-6)82:1.00000050002909E-6)100:0.036621260521955606)85:0.01850854033142629)98:0.04840609184136857)99:0.06468697332720785)22:0.017072452305114134)18:0.03647901582839188)36:0.02812593656303333)51:0.03444083287240099)100:0.5152627441673783)59:0.08815379361387822)96:0.21051339230843985)100:0.042766061532065726)48:0.1431862774361021)98:0.16206489418716957)93:0.5785868839730707); END; BEGIN TREES; TITLE Chytriomycetaceae_BI; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Asterophlyctis_michiganensis, 2 Avachytrium_platense_ARG050, 3 Avachytrium_platense_ARG123, 4 Boothiomyces_elyensis_PLAUS09, 5 Boothiomyces_macroporosum_PLAUS021, 6 Rodmanochytrium_sphaericum_CCIBt4546, 7 Rhizidium_crepaturum_SP512582, 8 Chytridium_lagenaria_ARG066, 9 Chytridium_olla_ARG100, 10 Chytriomyces_hyalinus_SP512558, 11 Chytriomyces_hyalinus_CCIBt4410, 12 Chytriomyces_hyalinus_ATCC28165, 13 Chytriomyces_sp_ARG012, 14 Chytriomyces_sp_ARG039, 15 Cladochytrium_tenue_CCIBt4389, 16 Cladochytrium_tenue_CCIBt4412, 17 Cladochytrium_tenue_CCIBt4392, 18 Cladochytrium_tenue_CCIBt4013, 19 Delfinachytrium_mesopotamicum, 20 Delfinachytrium_mesopotamicum_2, 21 Dendrochytridium_crassum_JEL353, 22 Dendrochytridium_crassum_JEL354, 23 Dinochytrium_kinnereticum_JEL364, 24 Entophlyctis_luteolus_CCIBt4018, 25 Entophlyctis_luteolus_JEL129, 26 Fayochytriomyces_spinosus_JEL059, 27 Irineochytrium_annulatum_JEL729, 28 Obelidium_mucronatum_JEL57, 29 Odontochytrium_milleri_JEL103, 30 Pendulichytrium_sphaericum_KS93, 31 Phlyctochytrium_aureliae_KP061, 32 Phlyctochytrium_bullatum_ARG112, 33 Phlyctochytrium_bullatum_JEL754, 34 Phlyctochytrium_planicorne, 35 Phlyctochytrium_planicorne_2, 36 Phlyctorhiza_endogena_JEL80, 37 Podochytrium_dentatum_JEL30, 38 Pseudorhizidium_endosporangiatum, 39 Rhizidium_phycophilum_JEL378, 40 Rhizidium_phycophilum_KP013, 41 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4413, 42 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4415, 43 Rhizoclosmatium_globosum_ARG043, 44 Rhizoclosmatium_globosum_WB266C, 45 Rhizoclosmatium_globosum_WM200_1, 46 Rodmanochytrium_pyriforme_MP72, 47 Rodmanochytrium_sphaericum_MP41, 48 Rodmanochytrium_sphaericum_MP59, 49 Siphonaria_aurea_CCIBt4124, 50 Siphonaria_aurea_CCIBt3846, 51 Siphonaria_aurea_CCIBt4685, 52 Siphonaria_petersenii_JEL102, 53 Siphonaria_sp_JEL065, 54 Wheelerophlyctis_interiexterior, 55 Wheelerophlycti_interiexterior_2, 56 Wheelerophlyctis_interior_JEL524, 57 Wheelerophlyctis_interior_MP058, 58 Zopfochytrium_polystomum_JEL891, 59 Zopfochytrium_polystomum_WB228; TREE con_50_majrule = [&R] ((4:0.008149826,5:0.00443362):0.31027525,((((58:0.001667671,59:0.001876592):0.6574848,((15:0.00198359,17:0.00130572):0.003742662,(16:0.001889783,18:0.003358821):0.003619705):1.058183):0.685902,((27:0.2396341,(21:0.001106763,22:0.001079307):0.3761469):0.02933828,(9:0.1188682,(31:0.2529254,((34:0.006954514,35:0.001522267):0.1369314,((8:0.1114682,23:0.04698314):0.02830493,(32:0.0525596,33:0.02843474):0.1077415):0.02360495):0.01691253):0.04222201):0.06207143):0.1050048):0.03959614,((38:0.1091926,(19:3.551752E-4,20:3.591181E-4):0.07621393):0.1838289,(30:0.3496477,((1:0.08439761,((54:0.001454661,55:0.005420018):0.01208515,(56:0.004445696,57:0.00345591):0.008977461):0.2114435):0.1598978,(((11:0.003396331,(10:3.484679E-4,12:0.001792068):0.002463684):0.1228035,(46:0.07722867,((14:0.007397197,48:0.04183105):0.02094506,(47:0.003244856,(6:0.001500504,13:4.112314E-4):0.006833273):0.04927355):0.0394079):0.05687182):0.05059914,((26:0.3323849,(24:0.05948309,25:0.0896446):0.2258302):0.430154,(29:0.1148903,(((39:0.03035079,40:0.02825125):0.05505995,(7:0.04147683,(2:4.84457E-4,3:4.300903E-4):0.03495596):0.02055767):0.06196232,(28:0.04469291,(52:0.06611346,(53:0.002780698,(49:3.792073E-4,50:4.213179E-4,51:3.855788E-4):0.02134634):0.01184657):0.02615614):0.03504479,(37:0.1168143,(36:0.1332737,((43:0.009561465,44:0.0057686):0.01718904,(45:0.02853472,(41:0.001784318,42:6.355067E-4):0.0023296):0.01332737):0.09622336):0.0198467):0.02923452):0.0253475):0.2847041):0.05245558):0.1101562):0.031255):0.08174965):0.09111815):0.31027525); END;