#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 19:58 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jesus A.L., Jeronimo G.H., & Pires-zottarelli C.A. 2020. Two new species of Chytriomycetaceae: morphological, phylogenetic and ultrastructural characterization. Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S26980] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=60; TAXLABELS Asterophlyctis_michiganensis_JEL186 Avachytrium_platense_ARG053 Avachytrium_platense_ARG123 Avachytrium_sp_GHJ18 Boothiomyces_elyensis_PLAUS09 Boothiomyces_macroporosum_PLAUS021 Chytridium_lagenaria_ARG066 Chytridium_olla_ARG100 Chytriomyces_hyalinus_ATCC28165 Chytriomyces_hyalinus_CCIBt4410 Chytriomyces_hyalinus_SP512558 Chytriomyces_sp_ARG012 Chytriomyces_sp_ARG039 Cladochytrium_tenue_CCIBt4013 Cladochytrium_tenue_CCIBt4389 Cladochytrium_tenue_CCIBt4392 Cladochytrium_tenue_CCIBt4412 Delfinachytrium_mesopotamicum_ARG113 Delfinachytrium_mesopotamicum_ARG117 Dendrochytridium_crassum_JEL353 Dendrochytridium_crassum_JEL354 Dinochytrium_kinnereticum_JEL364 Entophlyctis_luteolus_CCIBt4018 Entophlyctis_luteolus_JEL129 Fayochytriomyces_spinosus_JEL059 Irineochytrium_annulatum_JEL729 Obelidium_mucronatum_JEL57 Odontochytrium_milleri_JEL103 Pendulichytrium_sphaericum_KS93 Phlyctochytrium_aureliae_KP061 Phlyctochytrium_bullatum_ARG112 Phlyctochytrium_bullatum_JEL754 Phlyctochytrium_planicorne_JEL047 Phlyctochytrium_planicorne_JEL388 Phlyctorhiza_endogena_JEL80 Podochytrium_dentatum_JEL30 Pseudorhizidium_endosporangiatum_JEL221 Rhizidium_crepaturum_SP512582 Rhizidium_phycophilum_JEL378 Rhizidium_phycophilum_KP013 Rhizoclosmatium_globosum_ARG043 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4413 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4415 Rhizoclosmatium_globosum_WB266C 'Rhizoclosmatium globosum WM200_1' Rodmanochytrium_pyriforme_MP72 Rodmanochytrium_sphaericum_CCIBt4546 Rodmanochytrium_sphaericum_MP41 Rodmanochytrium_sphaericum_MP59 Siphonaria_aurea_CCIBt3846 Siphonaria_aurea_CCIBt4126 Siphonaria_aurea_CCIBt4685 Siphonaria_petersenii_JEL102 Siphonaria_sp_JEL065 Wheelerophlyctis_interiexterior_JEL857 Wheelerophlyctis_interiexterior_JEL885 Wheelerophlyctis_interior_JEL524 Wheelerophlyctis_interior_MP058 Zopfochytrium_polystomum_JEL891 Zopfochytrium_polystomum_WB228 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M58448] TITLE Chytridiales_Partial_SSU_and_Partial_LSU; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2051; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Chytridium_olla_ARG100 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Delfinachytrium_mesopotamicum_ARG113 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Fayochytriomyces_spinosus_JEL059 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Irineochytrium_annulatum_JEL729 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Obelidium_mucronatum_JEL57 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Odontochytrium_milleri_JEL103 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Pendulichytrium_sphaericum_KS93 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Phlyctochytrium_aureliae_KP061 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Phlyctorhiza_endogena_JEL80 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Podochytrium_dentatum_JEL30 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Pseudorhizidium_endosporangiatum_JEL221 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Rhizidium_crepaturum_SP512582 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Rhizidium_phycophilum_JEL378 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Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4413 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Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4415 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Siphonaria_petersenii_JEL102 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Siphonaria_sp_JEL065 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TREE BIT = [&R] (((16:0.005045,18:0.001492):0.008164,(17:0.003069,19:0.004413):0.007752):0.307746,((59:0.001155,60:0.001275):0.350692,(((28:0.127932,(22:6.67E-4,23:6.64E-4):0.201086):0.01792,(10:0.041833,(32:0.09284,((35:0.002844,36:0.001005):0.043075,(9:0.043389,(24:0.027878,(33:0.02709,34:0.018812):0.058675):0.014129):0.013706):0.011526):0.022486):0.03474):0.065296,((5:0.010958,6:0.005969):0.302865,((39:0.044674,(20:6.0E-4,21:6.03E-4):0.030432):0.082447,(31:0.151121,((1:0.052948,(57:0.002305,58:0.002148,(55:9.25E-4,56:0.003274):0.007537):0.116094):0.093224,(((12:0.003499,(11:6.51E-4,13:6.31E-4):0.002499):0.063564,(47:0.045097,((15:8.98E-4,49:8.81E-4):0.011247,(7:0.001715,14:8.96E-4,48:8.97E-4):0.005281):0.024299):0.034595):0.024619,((27:0.172957,(25:0.040587,26:0.049103):0.113853):0.215189,(((44:0.004733,45:0.002788):0.005868,(46:0.00161,(42:6.3E-4,43:6.37E-4):0.001451):0.014206):0.031448,(37:0.079912,(30:0.028026,38:0.05286,((2:0.005935,3:6.38E-4,4:6.33E-4):0.00926,(8:0.008554,(40:0.003909,41:0.010802):0.020581):0.009082):0.025395,(29:0.013611,(54:0.001405,(53:0.024429,(50:6.15E-4,51:8.71E-4,52:6.39E-4):0.002817):0.003753):0.010001):0.011847):0.012815):0.016993):0.178364):0.042374):0.050952):0.012668):0.058116):0.024754):0.02584):0.366193):0.307746); END; BEGIN TREES; TITLE Chytridiales_ML; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Asterophlyctis_michiganensis_JEL186, 2 Avachytrium_platense_ARG053, 3 Avachytrium_platense_ARG123, 4 Avachytrium_sp_GHJ18, 5 Boothiomyces_elyensis_PLAUS09, 6 Boothiomyces_macroporosum_PLAUS021, 7 Rodmanochytrium_sphaericum_CCIBt4546, 8 Rhizidium_crepaturum_SP512582, 9 Chytridium_lagenaria_ARG066, 10 Chytridium_olla_ARG100, 11 Chytriomyces_hyalinus_SP512558, 12 Chytriomyces_hyalinus_CCIBt4410, 13 Chytriomyces_hyalinus_ATCC28165, 14 Chytriomyces_sp_ARG012, 15 Chytriomyces_sp_ARG039, 16 Cladochytrium_tenue_CCIBt4389, 17 Cladochytrium_tenue_CCIBt4412, 18 Cladochytrium_tenue_CCIBt4392, 19 Cladochytrium_tenue_CCIBt4013, 20 Delfinachytrium_mesopotamicum_ARG113, 21 Delfinachytrium_mesopotamicum_ARG117, 22 Dendrochytridium_crassum_JEL353, 23 Dendrochytridium_crassum_JEL354, 24 Dinochytrium_kinnereticum_JEL364, 25 Entophlyctis_luteolus_CCIBt4018, 26 Entophlyctis_luteolus_JEL129, 27 Fayochytriomyces_spinosus_JEL059, 28 Irineochytrium_annulatum_JEL729, 29 Obelidium_mucronatum_JEL57, 30 Odontochytrium_milleri_JEL103, 31 Pendulichytrium_sphaericum_KS93, 32 Phlyctochytrium_aureliae_KP061, 33 Phlyctochytrium_bullatum_ARG112, 34 Phlyctochytrium_bullatum_JEL754, 35 Phlyctochytrium_planicorne_JEL047, 36 Phlyctochytrium_planicorne_JEL388, 37 Phlyctorhiza_endogena_JEL80, 38 Podochytrium_dentatum_JEL30, 39 Pseudorhizidium_endosporangiatum_JEL221, 40 Rhizidium_phycophilum_JEL378, 41 Rhizidium_phycophilum_KP013, 42 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4413, 43 Rhizoclosmatium_globosum_CCIBt4415, 44 Rhizoclosmatium_globosum_ARG043, 45 Rhizoclosmatium_globosum_WB266C, 46 'Rhizoclosmatium globosum WM200_1', 47 Rodmanochytrium_pyriforme_MP72, 48 Rodmanochytrium_sphaericum_MP41, 49 Rodmanochytrium_sphaericum_MP59, 50 Siphonaria_aurea_CCIBt4126, 51 Siphonaria_aurea_CCIBt3846, 52 Siphonaria_aurea_CCIBt4685, 53 Siphonaria_petersenii_JEL102, 54 Siphonaria_sp_JEL065, 55 Wheelerophlyctis_interiexterior_JEL857, 56 Wheelerophlyctis_interiexterior_JEL885, 57 Wheelerophlyctis_interior_JEL524, 58 Wheelerophlyctis_interior_MP058, 59 Zopfochytrium_polystomum_JEL891, 60 Zopfochytrium_polystomum_WB228; TREE MLT = [&R] ((17:1.0E-6,(19:0.003527,(16:0.004158,18:1.0E-6):0.008757):0.003378):0.351046,((59:1.0E-6,60:0.001061):0.383264,(((28:0.137981,(22:1.0E-6,23:1.0E-6):0.216382):0.017407,(10:0.046906,(32:0.099252,((35:0.002811,36:6.8E-5):0.045806,(9:0.046106,(24:0.026583,(33:0.028082,34:0.019021):0.061874):0.014048):0.014753):0.009857):0.022948):0.036692):0.067963,((5:0.011518,6:0.005501):0.360676,((39:0.045442,(20:1.0E-6,21:1.0E-6):0.035532):0.095749,(31:0.165612,((1:0.053965,(57:1.0E-6,(58:0.001369,(55:1.0E-6,56:0.002737):0.00842):0.002767):0.123562):0.099367,(((12:0.002995,(11:1.0E-6,13:1.0E-6):0.00201):0.06913,(47:0.050299,((15:1.0E-6,49:1.0E-6):0.01183,(7:0.001137,(14:1.0E-6,48:1.0E-6):1.0E-6):0.004826):0.026151):0.038173):0.029758,((27:0.194116,(25:0.041632,26:0.053487):0.122499):0.242124,((44:0.003099,(45:0.001389,(46:0.001395,(42:1.0E-6,43:1.0E-6):1.0E-6):0.016757):0.003537):0.035999,(37:0.087316,(30:0.029804,((29:0.015259,(54:1.0E-6,(53:0.026271,(51:1.0E-6,(50:1.0E-6,52:1.0E-6):1.0E-6):0.002075):0.003835):0.010196):0.01258,(38:0.058612,((2:0.005717,(3:1.0E-6,4:1.0E-6):1.0E-6):0.009051,(8:0.008879,(40:0.003424,41:0.010835):0.021769):0.009667):0.026193):0.00475):0.008328):0.012912):0.014321):0.204641):0.044691):0.055432):0.011625):0.064288):0.025328):0.026557):0.410105):0.351046); END;