#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 5:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Donoghue M.J., & Mathews S. 1998. Duplicate genes and the root of the angiosperms, with an example using phytochrome sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 9(3): 489-500. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S275] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=30; TAXLABELS Adiantum_capillus Arabidopsis_thaliana_PHYA Arabidopsis_thaliana_PHYB Arabidopsis_thaliana_PHYC Arabidopsis_thaliana_PHYD Arabidopsis_thaliana_PHYE Avena_sativa_PHYA Ceratodon_purpurea Cucurbita_sativa_PHYA Glycine_max_PHYA Glycine_max_PHYB Ipomoea_nil_PHYE Nicotiana_tabacum_PHYA Nicotiana_tabacum_PHYB Oryza_sativa_PHYA Oryza_sativa_PHYB Petroselinum_crispum_PHYA Physcomitrella_patens Picea_abies Pinus_sylvestris Pisum_sativa_PHYA Pseudotsuga_menziesii Psilotum_nudum Selaginella_martensii Solanum_tuberosum_PHYA Solanum_tuberosum_PHYB Sorghum_bicolor_PHYA Sorghum_bicolor_PHYB Sorghum_bicolor_PHYC Zea_mays_PHYA ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Annona_PHYA Annona_PHYC Aquilegia_PHYA Aquilegia_PHYC Arabidopsis_thaliana_PHYA Arabidopsis_thaliana_PHYC Austrobaileya_scandens_PHYA Austrobaileya_scandens_PHYC Calycanthus_florida_PHYA Calycanthus_florida_PHYC Canella_winterana_PHYA Canella_winterana_PHYC Chloranthus_spicatus_PHYA Chloranthus_spicatus_PHYC Cycas_revoluta Ephedra_major Ginkgo_biloba Hernandia_PHYA Hernandia_PHYC Magnolia_PHYA Magnolia_PHYC Nelumbo_PHYA Nelumbo_PHYC Picea_abies Pseudotsuga_menziesii Sagittaria_PHYA Sagittaria_PHYC Sorghum_bicolor_PHYA Sorghum_bicolor_PHYC ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2498] TITLE 'Phytochrome A, C'; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1008; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Annona_PHYA 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Arabidopsis_thaliana_PHYA 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Arabidopsis_thaliana_PHYC 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Austrobaileya_scandens_PHYC 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Calycanthus_florida_PHYA 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Calycanthus_florida_PHYC 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Canella_winterana_PHYA 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Cycas_revoluta 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Ephedra_major ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GATGACCATGGAGAAGTTATCTCGGAGATCAGGAGATCTGACCTCGAGCCTTATCTCGGCCTTCATTATCCTGCTACTGATGTCCCTCAGGCGTCGCGGTTTTTGTTTATGAAAAACAGGGTGAGAATGATTTGTGATTGTTACTCTCCACCGGTGAGAGTCATTCAGGACAAGAGACTGAAAAAAGAGCTGAGTTTCTGCGGTTCTACTCTGAGGGCACCTCATGGATGTCATGCTCAATACATGGCTAATATGGGTTCCGTTGCCTCACTTGTTATGGCCGTCATCGTGAATGAGAAGGAAGATGAGGAAGCAAAGGGGAGGAAGCTTTGGGGACTCGTCGTTTGTCATCATACAGGTCCTAGATTTGTGCCATTTCCATTGAGATATGCTTGTGAATTCATGATGCAGGTTTTCAGCATTCAGCTCAACAAGGAAGTTGAATTGGCCTGCCAGATGAGAGAGAAACAAATCCTCAGAACCCAAACACTTCTTTGCGATATGCTTCTCAGGGATACCCCTTTAGGAATCATCTCACAAAAACCAAGTATA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ginkgo_biloba 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Hernandia_PHYA 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Adiantum_capillus AGGAGAATCGCACAAACATCAGCAAATGCTAAGCTTTATGCCGCATATGAAGAGTCGTCCGAG---TCTGGGTCTTTCGACTACAGTCAATCTGTTACTGCCTACCTTCAGCGTATGCAACGCGGAGGTCTTGTTCAGCAATTTGGGTGCTTGATTGCAGTGGAGGAAGAG------------ACCTTCAGAGTCTTGCATATGTGCGAAGCACCT---GAGATGCTAGATGTAGCC---------------ACTCAAGCCGTGCCAACAATGATAGGTGCTGATGTAAGAACTCTGTTATCTCCGGCGAGTGCATCAGCATTGGATCGAGTCATCGGTGTTGTCGATGTGAGCATGTTCAATCCCATAACCGTGCAAAGCCGAAGCTCTGGAAAGCCCTTCTATGCAATTTTGCACAGAAATGATGTGGGGTTGGTAATTGACCTTGAGCCTATCAGGCCTGATGATGCATCTATCACT------GGCGGTGCCTTGCAGTCACATAAGCTGGCA---GCGAAGGCCATCGCTCGGTTGCAGTCTTTGCCAGGAGGTGATATTGGCCTCTTATGTGACTCAGTAGTGGAGGAGGTACATGAGCTTACGGGTTTCGACAGAGTGATGGCATATAAGTTTCATGAAGATGAGCATGGAGAGGTGGTTGCTGAGATAAGGCGTACGGATCTTGAGCCTTATATTGGGCTGCATTACCCAGCTACTGATATCCCACAAGCTGCTCGTTTTCTCTTCATGAAAAACAGAGTGAGGATGATATGTGATTGCAGGTTGCCGCCAGTTAAGCTTATTCAGGACAAGACGCTTAGCCAGCCCATGAGCTTGACAGGGTCAACGCTCCGCGCGCCGCATGGATGCCACACCCAATACATGGCCAACATGAATTCAATCTCCTCCTTGGTGATGGCTGTAATTGTGAATAAACTTTGGGGCTTGGTCGTATGCCACCATACGTCACCACGCTATGTACCTTTCCCCGTAAGGTCGGCTTGTGAGTTCTTGATGCAGGTCTTTAGTCTTCAACTAAATATGGAGGTGGGGATGGCTGCTCAGGTGAGAGAAAAGCACATCCTTCGCACACAAACACTTCTTTGTGATATGCTTCTCAGAGATGCT---CCCATTGGTATCGTCTCGCAATCACCCAACATCATGGATTTGGTGACATGTGATGGTGCAGCATTGTATTATGGGAAGAAATGCTGGCTTTTAGGTACTACACCAACAGAGGCGCAGATTGTGGACATTGCCGCGTGGTTGTTAGATTGCCACAAG---GACTCCACTGGCCTTAGTACCGACAGTCTTGCGAAAACCGGGTATCCAGAGGCTAGCTGCTTGGGTGATGCTGTCTGTGGATTGGCAGCTGCAAAGATAACAGCGACTGACTTCTTGTTTTGGTTTAGATCTCATACTGCGAAAGAGGTTAGGTGGGGAGGAGCCCGGCATGACCCCGAGGAGAGGGAT---------------GATGGCCGCCGCATGCATCCCCGGTCTTCGTTCAAGGCTTTCTTAGAAGTGGTTAAGCAGCAGAGCTTACCATGGGAGGATGTGGAGATGGATGCCATTCACTCATTGCAGCTAATCCTTCGGGGCTCGTTTCAAATTCATGCGCGTCTAAATGACCTGAAGCTTCAAGGTTTGGATGAGCTAAGCACTGTTGCAAGTGAAATGGTGCGACTTATTGAGACCGCGACCGCACCTATTTTGGCTGTCGATGGGCAAGGGCTTATCAATGGATGGAATGGGAAGGTTGCTGAATTGACTGGGCTTTCTTTTGAAACGGCGATGGGAAAATCACTAGCCAAAGAGCTTGTACACGAGGAGTCAAAAACGATTGTGGAAAGAGTTCTCCATCTTGCATTGGAAGGTGAAGAAGAACAAGATATAGAAATACACTTGAGAACTTATGACCAGCATAAGCAGAAAGGGGTA---------GTCATTCTAATTGTTAACACTTGCTGCAGCAGGGACGTTTCCAACAATGTTGTGGGCGTTTGTTTCGTGGGGCAGGATGTGACGGGTCAAAAGTTGGTGCTGGACAGGTTTATACGCATCCAAGGGGACTATAAAGCAATTGTGCAGAGTCTGAATCCGCTTATTCCCCCCATTTTTGGTGCAGATGAATATGGGTTTTGCTCAGAGTGGAATGCGGCCATGGAAAAGTTATCC------------------AATTGGAGAAGGGAGGAGGTCTTGGGGAAAATGCTCGTGGGTGAGATATTTGGATTGCAAATGGTTTGCTGCCGCTTGCAGGGGCAAGATGTCGTTACCAAATTGATGATAGTGCTGAATGATGCTGTCAATGGCCAAGAATCG---GAAAAATTTCCTCTAGTGTTTTATGACCGCAATGGGCGCCGTGTCGAAGCTCTACTCATCGCAAGCAAGAGAACTGATGCTGACGGGCGAATCACCGGTGTCTTCTGCTTTCTTCACACTGCAAGCCCCGAGCTGCTTCAGGCGTTGATCATAAAGAGAGCCAAGGAAAAGGTT------------GACAAAGAGTTGAGTTATGTGAAGGAGGAGTTGAAGAAGCCTTTGGAAGGACTTGCATTCACACGGACGGTGCTAGAAGGTACAAATCTAACTATAGAGCAGAGGCAGCTCATCAAGACAAATGCTTGGTGCGAAAGGCAGCTGCGAAAGATATTGGAAGAT---GACCTGAACAATATAGAAGAAGGG------TACATGGAT---TTGGAGATGTCCGAATTTTTCATGGGATCAGTTATTGATGCTGTGATAAGTCAAGGAATGGCTGCCTCAAGAGGGAAGGGAGTGCAGATTCTAACTGAGATTCCAAATGATGTGAAGTTGATGTGTTTGTTTGGCGACCAGGCACGGCTGCAGCAAGTGCTGGCAGATTTGTTGTTTTGTGCCATAAATCATGCAACAACGACGAATGAGGATGAGAAGGATTGGGTCACAATCAAGGTGTCACGTACCAAAACCAGACTTGATGATGGTGTACATTTGATGCACTTCGAGAGTCGGATTTCACATTCAGGGCAAGGGATTTCTGAAGCCTTGGTGGAGGAAATGACCAACAAGTCG------CAGAAATGGACACCAGAAGGTTTAGCCATATCAATAAGCTGCACGCTAATACGCCTCATGAAT---GGAGATGTCAAATACACCACCGATGCCGGAAACAAATGCTTTCTTGTGACTATCCAGTTCCCTTTGGCT Arabidopsis_thaliana_PHYA 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Arabidopsis_thaliana_PHYB 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Arabidopsis_thaliana_PHYC 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Petroselinum_crispum_PHYA 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Physcomitrella_patens 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Picea_abies 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Pisum_sativa_PHYA 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Psilotum_nudum 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Solanum_tuberosum_PHYB 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Sorghum_bicolor_PHYA 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Sorghum_bicolor_PHYB 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Zea_mays_PHYA AGGATATTAGCACAAACAACCCTTGATGCTGAACTCAATGCAGAGTACGAAGAATCT---------GGTGATTCCTTTGATTACTCCAAGTTGGTCATAGCCTACTTGCAGCATATTCAAAGAGGAAAGCTTATCCAACCATTTGGTTGCCTGTTGGCCCTTGACGAGAAG------------AGCTTCAGGGTCATTGCATTCAGTGAGAATGCACCTGAAATGCTTACAACGGTC---------------AGCCATGCTGTGCCGAACGTTATTGGCACCAATGTGCGATCCCTTTTCACTGACCCTGGTGCTACAGCACTGCAGAAGGCACTTGGATTTGCTGATGTTTCTTTGCTGAATCCTATCCTGGTTCAGTGCAAGACCTCAGGCAAGCCATTCTATGCCATTGTTCATAGGGCAACTGGTTGTCTGGTGGTAGATTTTGAGCCTGTGAAGCCTACAGAATTTCCTGCCACTGCT---GCTGGGGCTTTGCAGTCCTACAAGCTTGCT---GCCAAGGCAATCTCCAAGATCCAGTCACTACCAGGTGGAAGCATGGAGGCCTTATGCAATACCGTGGTTAAGGAAGTCTTTGACCTGACAGGTTATGACAGGGTTATGGCTTACAAGTTCCATGAAGATGAGCATGGGGAGGTCTTCGCTGAGATCACCAAACCTGGTATTGAGCCCTATATAGGCCTGCACTATCCAGCCACTGATATCCCTCAAGCTGCCAGGTTTCTCTTCATGAAGAACAAAGTCAGAATGATCTGTGATTGCCGTGCAAGATCCGTGAAGATTATTGAAGATGAGGCACTCTCCATTGATATTAGCTTGTGTGGTTCAACTCTTAGAGCACCACATAGCTGTCACCTTAAGTATATGGAGAACATGAACTCGATTGCATCCCTTGTCATGGCTGTTGTGGTCAATAGGCTGTGGGGTCTCATTGTTTGCCACCATGAGAGCCCCAGATATGTCCCTTTCCCACTGCGGTATGCCTGTGAATTCTTGGCCCAAGTGTTTGCTGTCCATGTAAACAAGGAGTTTGAATTGGAGAAGCAGATACGAGAGAAAAACATTCTGCGAATGCAAACAATGCTCTCTGACATGCTGTTCAAGGAATCATCTCCCTTGAGTATCGTGTCTGGGAGTCCAAATATCATGGACCTAGTTAAGTGTGATGGCGCTGCTCTTTTGTATGGGGACAAAGTATGGCGGCTTCAAACGGCTCCAACCGAGTCTCAGATTCGTGATATTGCCTTCTGGCTTTCAGAAGTTCATGGG---GATTCCACTGGCTTGAGTACTGATAGCCTCCAGGATGCTGGATATCCAGGAGCTGCTTCCCTTGGTGACATGATTTGTGGAATGGCAGTGGCCAAGATCACGTCCAAGGACATTCTTTTCTGGTTCAGGTCACATACAGCTGCTGAAATCAAATGGGGAGGTGCAAAGCATGATCCATCTGATAAGGAT---------------GACAACAGAAGGATGCACCCTAGGTTATCCTTTAAGGCTTTCCTTGAGGTTGTCAAGACGAAGAGTTTGCCATGGAGTGACTACGAGATGGATGCTATTCACTCATTGCAGCTTATTCTTAGAGGTACACTGAATTTAGATAACCAGATCGGTGATCTAAAACTTGATGGGCTTGCTGAATTGCAAGCAGTGACAAGTGAAATGGTCCGCCTGATGGAAACAGCAACTGTTCCGATCTTGGCAGTAGATGGCAATGGATTGGTCAATGGATGGAACCAAAAGGTAGCGGAGTTGTCAGGGCTGAGAGTTGATGAGGCTATAGGAAGA---CACATACTTACACTTGTGGAGGATTCTTCTGTATCACTTGTTCAGAGGATGCTATATTTAGCTCTGCAAGGCAGAGAAGAGAAGGAAGTTCGATTTGAGCTGAAAACACATGGCTCCAAGAGGGATGATGGCCCT---------GTTATCTTGGTCGTAAATGCTTGTGCCAGTCGTGATCTTCATGACCATGTTGTTGGGGTGTGCTTTGTAGCCCAGGACATGACTGTTCACAAGTTGGTCATGGACAAATTTACTCGGGTCGAGGGGGACTACAAGGCAATCATCCACAACCCGAACCCACTCATTCCTCCTATATTTGGTGCTGACCAGTTTGGATGGTGCTCTGAGTGGAATGCAGCCATGACCAAGCTTACC------------------GGGTGGCACAGAGATGAAGTGGTTGATAAGATGCTCCTTGGCGAGGTTTTTAACAGCAGCAATGCTTCCTGCCTTCTGAAGAGCAAAGATGCCTTTGTACGTCTTTGCATTGTCATCAACAGCGCATTAGCTGGTGAAGAGGCA---GAAAAGGCTTCATTCGGCTTCTTTGACCGCAATGAGAAATATGTCGAATGCCTTCTGTCGGTGAACAGGAAAGTAAATGCAGATGGTGTTGTCACTGGAGTGTTCTGTTTCATCCATGTTCCTAGTGATGACCTGCAGCATGCGCTACATGTGCAGCAAGCCTCTGAGCAGACAGCACAAAGAAAGTTGAAGGCTTTCTCGTACATGCGACATGCCATCAACAAACCTCTCTCAGGTATGCTTTATTCTAGGGAAACACTCAAGAGCACAGGTCTGAATGAAGAGCAGATGAGGCAGGTTCGCGTCGGAGACAATTGCCATCGCCAGCTAAACAAGATACTTGCCGACTTGGATCAAGATAACATCACTGACAAGTCAAGCTGCTTGGAT---TTGGATATGGCTGAATTTGTGTTGCAAGATGTGGTGGTGTCTGCTGTAAGTCAAGTGCTGATAGGTTGCCAGGCTAAAGGTATCAGAGTTGCTTGCAACCTGCCAGAGAGATCCATGAAGCAAAAGGTTTACGGGGATGGTATCCGACTCCAGCAGATCGTCTCTGACTTCCTATTTGTTTCGGTGAAGTTCTCTCCTGCTGGT---------------GGCTCTGTTGACATCTCTTCCAAGCTGACTAAGAACAGCATTGGGGAAAACCTTCACCTCATAGACTTCGAACTTAGGATCAAGCACCGAGGAGCAGGAGTCCCAGCGGAAATATTGTCGCAAATGTATGAGGAGGAC---AATAAAGAGCAGTCAGAGGAGGGCTTCAGCCTTGCTGTTTCTAGAAACCTTCTGAGGCTCATGAAT------?ACATTCGTCACCTCAGGGAAGCTGGCATGTCAACCTTCATTCTCACTGCTGAACTTGCTGCTGCT ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb5011; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Cycas_revoluta, 2 Picea_abies, 3 Pseudotsuga_menziesii, 4 Ginkgo_biloba, 5 Ephedra_major, 6 Annona_PHYA, 7 Aquilegia_PHYA, 8 Arabidopsis_thaliana_PHYA, 9 Austrobaileya_scandens_PHYA, 10 Calycanthus_florida_PHYA, 11 Canella_winterana_PHYA, 12 Chloranthus_spicatus_PHYA, 13 Hernandia_PHYA, 14 Magnolia_PHYA, 15 Nelumbo_PHYA, 16 Sagittaria_PHYA, 17 Sorghum_bicolor_PHYA, 18 Annona_PHYC, 19 Aquilegia_PHYC, 20 Arabidopsis_thaliana_PHYC, 21 Austrobaileya_scandens_PHYC, 22 Calycanthus_florida_PHYC, 23 Canella_winterana_PHYC, 24 Chloranthus_spicatus_PHYC, 25 Hernandia_PHYC, 26 Magnolia_PHYC, 27 Nelumbo_PHYC, 28 Sagittaria_PHYC, 29 Sorghum_bicolor_PHYC; TREE Fig._4 = [&R] (((((((6,14),(10,13)),11),(((7,(8,15)),9),12)),16),17)Phytochrome_A,((((((18,26),(22,25)),(((19,20),27),(21,24))),23),28),29)Phytochrome_C); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5010; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Physcomitrella_patens, 2 Ceratodon_purpurea, 3 Selaginella_martensii, 4 Adiantum_capillus, 5 Psilotum_nudum, 6 Picea_abies, 7 Pinus_sylvestris, 8 Pseudotsuga_menziesii, 9 Arabidopsis_thaliana_PHYC, 10 Arabidopsis_thaliana_PHYA, 11 Cucurbita_sativa_PHYA, 12 Petroselinum_crispum_PHYA, 13 Glycine_max_PHYA, 14 Pisum_sativa_PHYA, 15 Nicotiana_tabacum_PHYA, 16 Solanum_tuberosum_PHYA, 17 Oryza_sativa_PHYA, 18 Avena_sativa_PHYA, 19 Zea_mays_PHYA, 20 Arabidopsis_thaliana_PHYE, 21 Ipomoea_nil_PHYE, 22 Arabidopsis_thaliana_PHYB, 23 Arabidopsis_thaliana_PHYD, 24 Nicotiana_tabacum_PHYB, 25 Oryza_sativa_PHYB, 26 Solanum_tuberosum_PHYB, 27 Glycine_max_PHYB, 28 Sorghum_bicolor_PHYA, 29 Sorghum_bicolor_PHYB, 30 Sorghum_bicolor_PHYC; TREE Fig._3 = [&R] (1,(2,(3,(4,(5,(((6,8),((9,30)Phytochrome_C,((((10,11),(12,(15,16))),(13,14)),((17,(19,28)),18))Phytochrome_A)),(7,((20,21)Phytochrome_E,((((22,23),(24,26)),27),(25,29))Phytochrome_B)))))))); END;