#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 15:12 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Baker R., & Desalle R. 1997. Multiple sources of character information and the phylogeny of Hawaiian Drosophilids. Systematic Biology, 46(4): 654-673. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S378] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Drosophila_adiastola Drosophila_adunca Drosophila_cyrtoloma Drosophila_dasycnemia Drosophila_disjuncta Drosophila_iki Drosophila_lineosetae Drosophila_melanogaster Drosophila_mimica Drosophila_mulleri Drosophila_petalopeza Drosophila_silvestris Drosophila_soonae Drosophila_sp. Drosophila_tanythrix Engiscaptomyza_crassifemur Scaptomyza_albovittata ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3519] TITLE ACHE; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=323; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3521] TITLE wg; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=429; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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AGATACCATTTCCAACTAAATCCACACAATCCCGAGCATAAGGCGCCGGGTCCCAAGGACATTGTCTACTTGGAGCCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGAGGCAGGGCATTCTGGGCACACACGGACGTCAGTGCAACCACACCTCGCTGGGCGTCGATGGTTGTGACCTGATGTGCTGTGGGCATGGTGATCGCACACAGGAGGTTGTCGTTGTCGAGCGCTGCGCCTGTACATTTCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCACGGTATGTCCGGCTCGTGTACGGAGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTCATAGGCGACAATCTGAAGGCGCGCTTCGATGGCGCCACACGCGTCCAAGTCAGCAACAGTCTGCGGCAGAGCAGCAATGCCGTCGCC???GTCATCAGCCCA Drosophila_lineosetae AGATATCATTTCCAACTAAATCCACACAATCCCGAGCATAAGCCGCCGGGTCCCAAGGACATTGTCTATTTGGAGCCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGAGGCAGGGCATCCTGGGCACACACGGACGTCAGTGCAACGACACCTCGCTGGGCGTCGATGGTTGTGACCTGATGTGCTGTGGGCGTGGCTATCGCACCCAGGAGGTTGTTGTTGTCGAGCGCTGCGCCTGCACTTTCCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCACGGCATGTCAGGCTCGTGTACGGTGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTTATAGGCGACAATCTGAAGGCGCGCTTCGATGGCGCTACACGCGTCCAGGTCAGCAATAGTCTGCGGCAGAGCAGTAATGCGGTCGCC???GTCATCAGCCCC Drosophila_melanogaster 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AGATATCACTTCCAGCTGAATCCGCACAATCCGGAACACAAGCCGCCAGGTCCGAAGGACATTGTCTATTTGGAGCCCTCGCCTAGTTTCTGTGAGAAGAACCTGAGGCAGGGCATTTTGGGCACACACGGTCGGCAGTGCAACGACACCTCGTTGGGCGTCGATGGTTGCGATCTGATGTGCTGTGGGCGTGGCTATGCACGCCAGGAGGTCGTCGTTGTCGAGCGGTGCGCGTGCACATTTCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCACGGTATGTCCGGCTCATGTACGGTGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTCATTGGCGACAATCTAAAAGCTCGCTTCGATGGCGCCACACGCGTCCAGGTGAGCAACAGTCTGCGCCAGAGTAGCAATGCCGTCGCC???GTCATCAGTCCC Drosophila_petalopeza AGATATCATTTCCAACTAAATCCACACAATCCCGAGCATAAGCCGCCCGGTCCCAAGGACATTGTCTACTTGGAGCCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGAGGCAGGGCATCCTGGGCACACATGGACGTCAGTGCAACGACACCTCGCTGGGCGTCGATGGTTGTGACCTGATGTGCTGTGGGCATCGTGATCGCACCCAAGAGGTTGTCGTTGTCGAGCGATGCGCCTGCACTTTTCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCACGGTATGTCCGGCTCGTGTACGGAGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTTATAGGCGACAATCTGAAGGCGCGCTTCGATGGCGCCACACGCGTCCAGGTCAGCAACAGTCTGCGGCAGAGCAGTAACGCCGTCGCC???GACATCAGCCCC Drosophila_silvestris AGATATCATTTCCAACTAAATCCACACAATCCCGAGCATAAGCCGCCCGGTCCCAAGGACATTGTCTACTTGGAGCCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGAGGCAGGGCATCCTGGGCACACATGGACGTCAGTGCAACGACACCTCGCTGGGCGTCGATGGTTGTGACCTGATGTGCTGTGGGCATCGTGATCGCACCCAAGAGGTTGTCGTTGTCGAGCGATGCGCCTGCACTTTTCACTGGTGCGAGTCCAAATCTCATGGGATGTCAGGCCCGTGTACGGTGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTTATAGGCGACAATCTGAAGGCGCGCTTCGATGGCGCAACACGCGTCCAGGTCAGCAATAGTCTGCGGGAGAGCAGTAATGCATCG??????GTCATCAGCCCC Drosophila_soonae AGATATCATTTCCAACTAAATCCACACAATCCCGAGCATAAGCCGCCCGGTCCCAAGGACATTGTCTATTTGGAGCCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGAGGCAGGGCATCCTGGGCACACACGGACGTCAGTGCAACGACACCTCGCTGGGCGTCGATGGTTGTGACCTGATGTGCTGTGGGCGTGGCTATCGCACCCAGGAGGTTGTCGTTGTCGAGCGGTGCGCCTGTACCTTCCACTGGTGCGAGTGCAAATCCCACGGTATGTCCGGCTCGTGTACGGTGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTTATAGGCGACAATCTGAAGGCGCGCTTCGATGGCGCCACACGCGTCCAGGTCAGCAACAGTTTGCGGCAGAGCAGTAATGCAGTCGCC???GTCATCAGCCCC Drosophila_sp. AGATATCATTTCCAACTAAATCCACACAAACCCGAGCATAAGCCACCGGGTCCCAAGGACATTGTCTACTTGGAGCCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGAGGCAGGGCATTCTGGGCACACATGGACGTCAGTGCAATGACACCTCGCTGGGTGTCGATGGTTGTGATCTGATGTGCTGTGGGCATGGTGATCGCACACAGGAGGTTGTCGTTGTCGAGCGCTGCGCCTGTACATTTCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCACGGAATGTCCGGCTCGTGTACGGAGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTCATAGGCGACAATCTGAAGGCGCGCTTCGACGGCGCCACACGCGTCCAGGTCAGCAACAGTCTGCGGCAGAGCAGCAATGCCGTCGCC???GTCATCAGCCCC Drosophila_tanythrix AGATATCATTTCCAACTAAATCCACACAATCCCGAGCATAAGCCGCCCGGTCCCAAGGACATTGTCTACTTGGAGCCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGAGGCAGGGCATCCTGGGCGCACATGGACGTCAGTGCAACGACACCTCGCTGGGCGTCGATGGTTGTGACCTGATGTGCTGTGGGCGTGGCTATCGCACCCAGGAGGTTGTCGTTGTCGAGCGCTGTGCCTGTACTTTCCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCATGGGATGTCCGGCTCGTGTACGGTGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTTATAGGCGACAATCTGAAGGCGCGCTTCGATGGCGCCACACGCGTCCAGGTCAGCAACAGTCTGCGGCAGAGCAGTAATGCCGTGGCC???GTCATCAGCCCC Engiscaptomyza_crassifemur AGATATCACTTCCAACTAAATCCGCACAACCCCGAGCATAAGCCGCCTGGTCCCAAGGACATTGTTTACTTGGAACCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGCGGCAGGGCATTCTGGGCACACATGGACGTCAGTGGAATGATACTTCGCTGGGTGTCGATGGTTGTGATCTGATGTGCTGCGGGCGTGGCTATCGCACCCAGGAGGTTGTCGTCGTGGAGCGATGCGCCTGTACTTTTCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCACGGTATGTCCGGCTCATGTACGGTGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTCATTGGCGACAATCTTAAAGCTCGCTTCGATGGCGCCACACGCGTCCAGGTCAGCAACAGTCTGCGGCAGAGTAGCAATGCCGTCGCC???GTCATCAGTCCC Scaptomyza_albovittata AGATATCACTTCCAACTGAATCCACACAATCCCGAGCACAAGCCGCCTGGTCCCAAGGACATTGTCTACTTGGAACCGTCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGCGGCAGGGCATTCTGGGCACACATGGACGCCAGTGCAATGATACTTCGCTGGGCGTCGATGGCTGTGATCTGATGTGCTGTGGGCGTGGCTATCGCACCCAGGAGGTTGTCGTTGTCGAGAGATGCGCCTGTACATTCCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCACGGTATGTCCGGCTCATGTACGGTGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTCATTGGCGACAATCTAAAAGCTCGCTTCGATGGCGCCACACGCGTCCAGGTGAGCAACAGTCTGCGCCAGAGTAGCAATGCCGTCGCC???GTCATCAGTCCC ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3518] TITLE COIII; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=229; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2745] TITLE 16S; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=360; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Drosophila_adunca 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Drosophila_cyrtoloma 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Drosophila_dasycnemia TGGTACAGCAGCATGTTTGCCGCGAACATCAAGCAGGAGCCCATCTCGCATCATCATCACCATCATCATGCCCATAATGCAAGCAGCCCGCACCAATCGCCGTTGCCCTCACCCAATCCGCCCAGCCACACCAATCTGCAACTGGAGCAATATCTCAAGCAACAGCAACAACCCATGGATACACTTTGTGCTGCTGCCATGACACCATCGCCCAGCAACAATGATCAGAATAGC??CTTGGATGGTTGGTCGGATTGCCCAATCCCATGCAGACTATTATGCCAGCCAATATGCGTCCCAGTCCCACAGCAACAACAGCGACACAAGCCAATGACAAATTACAGGCACTAACGCCACCCATGGATGTGACGCCTCCAAAGTCACCGGCCAAGTCCCAGCAATCGTGTGCGGAGCCCGAGAAGGAGCATGATTTAATGTCCAATTCGAGCGAGGACATGAAGTACATGGCCAAGCCAGATATCATTTCCAACTAAATCCACACAATCCCGAGCATAAGCCGCCCGGTCCCAAGGACATTGTCTACTTGGAGCCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGAGGCAGGGCATCCTGGGCACACACGGACGTCAGTGCAACGACACCTCGCTGGGCGTCGATGGTTGTGACCTGATGTGCTGTGGGCGTCGTGATCGCACCCAAGAGGTTGTCGTTGTCGAGCGTTGCGCCTGCACATTCCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCACGGTATGTCCGGCTCGTGTACGGTGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTTATTGGCGACAATCTGAAGGCGCGCTTCGATGGCGCCACACGCGTCCAGGTCAGCAACAGTCTGCGGCAGAGCAGTAATGCCGTAGCC???GTCATCAGCCCCGAGATGAGGAATCCCAATACTAATGTATCCGAGGACTGCCTGTACATAAATATTTGGGCGCCAACTAAGGCTCGC???CGTCATGGACGAGGCACCAACGGAGCTGAGGTAGGTGCCAGA?AAACAAAGCAGGCGGACACGGATCATCTTATACACAACGGCAATCCGCAGAACACGACCAACGGACTGCCCGTACTGATATGGGTCTATGGCGGTGGCTTCATGACCGGCTCGGCCACTCTGGATATCTACAATGCAGATATTATGGCCGCTGTGGGCAATGTGATCGTTGCCTCCTTTCAGTATCGGGTGGGCGCCTTTGG??????????????????GATGTTACCGTTCCATTGGCTGAAACCAAAAAGCTATTGAAGACAATCTTCGACAAGCTGAAGACAGTTGATCTGCTCATCAATGGGGCTGGTATCCTGGACGATAATCAGATTGAGCGCACCATTGCGGTGAATTTTACAGGTACTGTGAACACCACTACTGCGATCATGGATTTCTGGGACAAGCGTAAGGGCGGCCCAGGCCATAGATTAATGGAAGGAAATCACTCTCAAACAACTCAAGCTTTATTTTTTACAGTACTTTTAGGAGTTTATTTTACTATACTTCAAGCTTACGAATATATTGAAGCTCCTTTCACTATTGCTGATTCAGTTTATGGATCAACTTTTTATATAGCAACAGGATTTCATGG?GCTTCATGTTTTAATTGGAACAACATTTTTACTAGTATGTTTATTACGACATTTAAATTTTTTATAGAATTTTATTTTTTAGTCAAAAAGCTAAAATAAATTTAAAAGACGAGAAGACCCTATAAATCTTTATATTTTATTTATTTTAATTATAAAGATTATTTTTATTATAATAAATTAAAATATTTTATTGGGGTGATATTAAAATTTAAAAACTTTTAATTTTGAAAACCATTAATTTATGAATAAATGATCCATTAATAATGATTAAAAATTTAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTAATTTTTTTTTTTTAAATAAGAATGTTATTAATTATTTAAAAACTATTTTGGCAGATTAGTGCACTAAATTTAGAATTTATTTATGTAATTTATATTACAAATAGTACAAGTTTTATATAGAATTAATTATGTCATTAATTGGAAGTTTATTATTAATTATTTGTGTATTAGTAAGAGTAGCTTTTTTAACATTGTTAGAACGTAAAGTTTTAGGTTATATTCAGATTCGTAAGGGTCCTAATAAA???????????????????AAAAAGAATTGGTCATCAATGATACTGAAGTTATGAATATTCAGATTTTAATAA?GTAGAATTTGATTCTTATATAATTCCTACTAATGAATTAGCTAATGATGG?TTCCGATTACTAGACGTTGATAATCGAATCGTTTTACCAATAAATTCCCAAATTCGAATCTTAGTAACAGCTGCTGATGTTATTCATTCATGAACAATTCCTGCTTCAGGAGTAAAGGTAGATGGAACTCCTGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTTTTATCAACCGACCAGGTTTATTTTATGGACAATGTTCAGAAATTTGTGGAGCTAATCATAGTTTTATACCTATTGTAATTGGAAGTGTTCCTGTTAATTAT Drosophila_disjuncta TGGTACAGCAGCATGTTCGCCGCCAACATCAAGCAGGAGCCCATCTCGCATCACCATCACCATCATCATGCTCATAATGCAAGCAGTCCACACCAATCGCCGTTGCCCTCACCCAATCCGCCCAGTAACACCAATCTGCAACTGGAGCAATACCTCAAGCAACAGCAACAACTCATGGATACACTTTGTGCTGCTGCCATGACTCCATCGCCCAGCAACAATGATCAGAATAGC{AT}TCCGTTGATGCTGCCCGGTTTGCCAAATCCCATGCAGTCTATTATGCTAGCCAATTTACGTCCCAGTCCAACAGCAACAACAACAACACAAGCAAATGACAAATTACAGGCACTAACTCCACCCATGGATGTGACGCCACCAAAGTCACCGGCCAAGTCCCAGCAATCCTGTGCGGAGCCAGAGAAGGAGCATGATCTAATGTCCAATTCGAGTGAAGATATGAAGTACATGGCAAAGCCAGATATCATTCCCAACTAAATCCACACAATCCCGAGCATAAGCCGCCGGGTCCCAAGGACATTGTCTATTTGGAGCCATCGCCCAGTTTCTGTGAGAAGAACTTGAGGCAGGGCATCCTGGGCACACACGGACGCCAGTGCAACGACACCTCGCTGGGCGTCGATCCTTCTGACCTGATGTGCTGTGGGCGTGGCTATCGCACCCAGGAGGTTGTTGTTGTCGAGCGCTGCGCCTGCACTTTCCACTGGTGCGAGTGCAAATCTCATGGGATGTCAGGCTCGTGTACGGTGAAAACCTGCTGGATGCGTCTGGCCAATTTCCGTGTTATAGGCGACAATCTGAAGGCGCGCTTCGATGGCGCCACACGCGTCCAGGTCAGCAAGAGTCTGCCGCAGAGCAGTAATGCAGTCGCC???GTTATCAGCCCCGAGATCTGGAATCCCAATACCAATGTATCCGAGGACTGTCTGTACATAAATATTTGGGCGCCGGCCAAGGCTCGC???CGTCATGGACGAGGCACCAATGGAGCTGAGGTGGGTCACTTAAAAACAAAGCAGGCTGACACGGATCACCTTATACACAATGGCAATCCGCAGAACACGACCAACGGACTGCCCGTGCTGATATGGGTCTATGGCGGTGGCTTCATGACCGGCTCGGCCACTCTGGAGATCTACAATGCGGATATTATGGCCCCTGTGGGCAATGTGATCGTTGCCTCCTTTCAGTACCGAGTGGGCGCCTTTGGGTTACATTCTATCCGTATGATGTAACCGTGCCGTTGGCTGAAACCAAAAAGCTATTGAAGACAATCTTCGACAAGCTGAAGACAGTTGATCTGCTCATCAATGGCGCTGGTATCCTGGACGATAATCAGATTGAGCGCACCATAGCGGTGAATTTTACAGGTACAGTGAACACCACAACTGCGATCATGGATTTCTGGGACAAGCGTAAGGGCGGCCCAGGTCATAGATTAATAGAAGGAAACCATTCACAAACAACACAAGGATTATTTTTTACTGTACTTTTAGGAATTTATTTTACTATTTTACAAGCTTATGAATATATTGAAGCTCCCTTTACAATTGCAGACTCAGTTTACGGATCTACTTTTTTTATGGCAACAGGATTCCACGG?TATTCATGTTTTAATTGGAACAACTTTCATATTAATTTGTTTATTACGACACTTAAATTTTATATAGAATTTTATTTTTTAGTCAAAAAGCTAAAATAAATTTAAAAGACGAGAAGACCCTATAAATCTTTATATTTTATTTATTTTAATTATAAAGATTATTTTTATTATAATAAATTAAAATATTTTATTGGGGTGATATTAAAATTTAAAAACTTTTAATTTTTAAAACCATTAATTTATGAATAAATCATCCATTAATAATGATTAAAAATTTAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTAATTTTTTTTTTTTTAATAAGAATATTATTAATTTTAAAAATGCTATTTAGGCAGATTAGTGCAATAAATTTAGAATTTATTTATGTAATTTATTTTACAAATAGTACTTGTTTTATATAGAATTAATTATGTCATTAATTGGAAGTTTGTTATTAATTATTTGTGTATTAGTAAGAGTAGCTTTTTTAACATTATTAGAGCGTAAGGTTTTAGGTTATATTCAAATTCGTAAAGGTCCTAATAAAGTTGGTTTAATAGGAATTCAAAAAGAATTGGACATCAATGATACTGAAGTTATGAATATTCAGATTTTAATAATGTTGAATTTGATTCATATATAATTCCTACAAATGAATTAGCAAATGATGGATTTCGACTATTAGATGTTGATAACCGAATTATTTTACCTATAAATTCTCAAATTCGAA?TT?AGTAACAGCAGCAGATGTAA?TCAT?CATGAACAATTCCCGCTTTAGGGGTAAAAGTTGATGGAACTCCTGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTTTTATTAACCGACCAGGTTTATTTTATGGACAATGTTCAGAAATTTGTGGTGCTAATCATAGTTTTATACCTATTGTAATTCGAAGTGTTCCTGTAAATTAT 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Drosophila_melanogaster 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Drosophila_mimica 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Drosophila_mulleri 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Drosophila_petalopeza 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Drosophila_soonae 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Drosophila_sp. 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Drosophila_silvestris TGGTACAGCGGCATGTTCGCCCCGAACATCAAGCAGGAGCCCATCTCGCATCATCATCACCATCATCATGCTCATAATGCAAGCAGTCCACACCAATCGCCGTTGCCCTCACCCAATCCGCCCAGCAACACCAATCTGCAACTGGAGCAATACCTCAAGCAACAGCAACAACCCATGGATACACTTTGTGCTGCTGCCATGACTCCATCGTCCAGCAACAATGATCAGAATAGC{AC}{AC}CCGTTGATGCCGCCCGGTTTGCCCAATCCCATGCAGTCTATTATGCCAGCCAATTTGCGTCCCAGTCCAACAGCAACAACAACA???CAAGCCAATGACAAATTACAGGCACTAACTCCACCCATGGATGTGACGCCACCAAAGTCACCGGCCAAATCCCAGCAATCCTGTGCGGAGCGAGAGAAGGAGCATGATTTAATGTCCAATTCGAGTGAAGACATGAAGTACATGGCCAAGCC Drosophila_soonae TGGTATAGCAGCATGTTTGCCGCCAACATCAAGCAGGAGCCCATCTCGCATCATAATCATCATCATCATCATCATAATGCAAGCAGTCCACACCAATCGCCGTTGCCT????????????????????????AATCTGCAACTGGAGCAATATCTCAAGCAACAGCAACAA???????????????????????????????????????????????????????????????A?CCGTTGATGTGGTCCGGTCTGCCCAATCCCATGCAGACTATTATGCCAGCCAATATGCGTCCCAGTCCCACAGCAGCAACAGCAGCACAGGCCAATGACAAATTACAGGCACTAACTCCACCCATGGATGTGACGCCACCAAAGTCACCGGCCAAGTCCCAGCAATCGTGTGCGGAGCCAGAAAAGGAGCATGATCTAATGTCCAATTCGAGTGAGGACATGAAGTACATGGCCAAGCC Drosophila_sp. 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2674] TITLE ND1; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=148; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 ] [ . . . . . . . . . . . . . . ] Drosophila_adiastola ATAGAATTAATTATGTCATTAATTGGAAGTTTATTATTAATTATTTGTGTATTAGTAAGAGTTGCTTTTTTAACTTTATTAGAACGTAAAGTTTTAGGGTATATCCAGATTCGTAAAGGACCAAATAAAGTTGGTTTAATAGGAATTC Drosophila_adunca ATAGAATTAATTATGTCATTAATTGGAAGTTTATTATTAATTATTTGTGTATTAGTGAGAGTAGCTTTTTTAACGTTATTAGAACGTAAAGTTTTAGGTTATATTCAGATTCGTAAAGGTCCTAATAAA??????????????????? Drosophila_cyrtoloma ATAGAATTAATTATATCATTAATTGGAAGTTTATTACTAGTTATTTGTGTATTAGTAAGCGTAGCTTTTTTAACATTATTAGAACGTAAAGTTTTAGGCTATATTCAAATTCGTAAGGGGCCCAATAAAGTGGGTTTAATAGGAATTC Drosophila_dasycnemia ATAGAATTAATTATGTCATTAATTGGAAGTTTATTATTAATTATTTGTGTATTAGTAAGAGTAGCTTTTTTAACATTGTTAGAACGTAAAGTTTTAGGTTATATTCAGATTCGTAAGGGTCCTAATAAA??????????????????? 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Drosophila_lineosetae ATAGAATTAATTATATCATTAATTGGAAGTTTATTATTAATTATTTGTGTATTAGTAAGAGTAGCTTTTTTAACATTATTAGAGCGTAAAGTTTTAGGTTATATTCAAATTCGTAAAGGTCCTAATAAAGTTGGTTTGATAGGAATTA Drosophila_melanogaster ATAGAATTTATTTTATCATTAATTGGAAGTTTATTATTAATTATTTGTGTATTAGTAAGTGTAGCTTTTTTAACTTTATTAGAACGTAAAGTTTTAGGGTATATTCAAATTCGTAAAGGACCTAATAAAGTTGGTTTAATAGGAATTC Drosophila_mimica ATAGATTTAATTATGTCATTAATTGGAAGTTTATTATTAATTATTTGTGTATTAGTAAGAGTGGCTTTTTTAACATTATTAGAGCGTAAAGTATTAGGTTATATTCAAATTCGTAAAGGACCAAATAAAGTTGGTTTAATAGGAATTC Drosophila_mulleri ATAGAATTAGTTATATCTTTAATTGGGAGTTTATTAATTATTATTTGTGTACTTGTAAGAGTGGCTTTTTTAACTTTATTAGAACGTAAAGTTTTAGGTTATATTCAAATTCGTAAAGGACCTAATAAAGTTGGTTTAATAGGAATTC Drosophila_petalopeza ATAGAATTATATATGTCATTAATTGGAAGTTTATTATTAATTATTTGTGTATTAGTAAGAGTAGCTTTTTTAACATTGTTAGAACGTAAAGTTTTGGGGTATATTCAGATTCGTAAGGGTCCTAATAAA??????????????????? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3517] TITLE COII; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=366; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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AAAAAGAATTGGCCATCAATGATATTGAAGTTACGAATACTCAGATTTTAACAGAATTGAATTTGATTCATATATAATTCCTACAAATGAGTTAGCAAATGATGGATTCCGACTCCTAGATGTTGATAACCGAATTGTTTTACCCATAAATTCTCAAATCCGAATTTTAGTAACCGCCGCAGATGTAATCCATTCTTGAACAATCCCCGCTCTTGGGGTAAAAGTTGATGGAACTCCTGGCCGATTAAACCAAACTAATTTTTTTATCAACCGGCCAGGCTTATTCTATGGGCAATGTTCAGAAATTTGTGGAGCTAACCATAGTTTTATACCTATTGTAATTGGAAGTGTTCCTGTGAACTATTT Drosophila_soonae AAAAAGAATTGGTCATCAATGATATTGAAGTTATGAATATTCAGATTTTAATAATGTAGAATCTGACTCTTATATAATTCCTACAAATGAATTAACAAATGATGGTTTCCGACTTCTAGACGTTGATAACCGAATTGTTTTACCTATAAATTCTCAAATCCGAATTTTAGTAACAGCAGCCGATGTAATTCATTCATGAACAATTCCTGCTTTAGGAGTAAAAGTAGATGGTACCCCTGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTTTTATCAACCGACCAGGATTATTTTATGGTCAATGTTCAGAAATCTGTGGAGCTAATCATAGTTTTATGCCTATTGTAATTGGAAGTGTTCCATGTAACTATTT Drosophila_sp. AAAAAGAATTGGACATCAATGATATTGAAGTTATGAATATTCAGATTTTAATAATGTTGAATTTGATTCCTATATAATCCCTACAAATGAGCTTGCAAATGATGGATTTCGACTTTTAGATGTTGATAATCGAATTGCTTTACCTATAAATTCTCAAATTCGAATTTTAGTAACAGTAGCAGATGTAATTCATTCATGAACAGTCCCTGCCCTAGGGGTAAAAGTAGATGGAACACCAGGTCGATTAAATCAAACTAATCTTTTTATTAACCGACCTGGTTTATTCTATGGGCGATGTTCAGAAATTTGTGGAGCTAATCATAGTTTTATACCTATTGTAAGTCGAAGTGTTCCTGTAAATTATTT Drosophila_tanythrix AAAAGGAATTGGACACCAATGATATTGAAGTTATGAATATTCAGATTTTAACGATGTAGAATTTGATTCATATATAATTCCTACTAATGAACTTGCTAATGATGGATTTCGATTATTAGATGTTGATAACCGAATTGTTTTACCAATAAATTCTCAAATTCGAATTTTAGTGACACCCGCAGATGTAATTCATTCATGAACAAATCCTGCTTTAGGGGTAAAAGTTGATGGAACCCCTGGTCGATTAAACCAAACTAATTTTTTCATTAACCGACCAGGTTTATTTTATGGACAATGTTCAGAAATTTGTGGAGCTAACCATAGTTTTATACCTATTGTAATTGGAAGTGTTCCTGTGAATTATTT Engiscaptomyza_crassifemur AAAAAGAATTGGACATCAATGATACTGAAGCTATGAATATTCAGATTTTAATAATGTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCTACTAATGAATTAGCTAATGACGGATTTCGATTATTAGATGTCGATAACCGCATTGTTTTACCAATAAATTCTCAAATTCGAATTTTAGCGACCGCAGCTGATGTAACCCACTCGTGAACAATTCCTGCTTTAGGAGTAAAGGTAGATGGAACCCCTGGTCGCTTAAATCAAACAAATTTTTTTATTAATCGACCTGGTTTATTTTATGGTCAATGTTCAGAAATTTGTGGGGCAAACCATAGTTTTATACCAATTGTAATTGAAAGTGTACCTGTAAATTATTT Scaptomyza_albovittata AAAAAGAATCGGACATCAATGATATTGAAGCTATGAATATTCAGATTTTAATAATGTAGAATCCGACTCATATATAATTCCTACAAATGAATTAGCTAATGATGGAGTTCGTTCATCAGATGTCGATAACCGAATCGTTTTACCTATAAA?CCTCAAATTCGAATCTTAGTGACAGCAACTGATGTAATTCATTCATGAACAGTACCTGCTTTAGGAGTAAAGGTAGACGGAACCCCGGGCCGATTAAACCAAACTAATTTTTTTATTAACCGTCCTGGATTATTCTATGGACAATGTTCAGAAATTTGTGGAGCAAATCATAGTTTTAT?CCAATTGTAATTGAAAGTGTCCCTGTAAATTATTT ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb5190; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._3e = [&R] (1,8,((2,16),((6,17),12)),((4,14),7,(10,15)),5,3,13,11,9); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5198; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._8 = [&R] ((((1,((4,14),(5,7))),((2,16),(12,17)),(10,15)),(6,8)),(3,13),(9,11)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5189; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._3h = [&R] (((1,(2,16),(3,13),(4,14),5,7,(10,15),11,(12,17)),(6,8)),9); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5197; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._7 = [&R] (((((((1,5),((4,14),7)),(10,15)),((2,16),(12,17))),(6,8)),11),((3,13),9)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5186; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._3b = [&R] ((((1,(((4,(7,5)),10),15)),2,(6,8),((12,14),17),16),3,13),11,9); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5187; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._3c = [&R] (((1,(((2,16),17),12)),((4,14),(5,7),((6,8),10,15))),(3,13),(11,9)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5188; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._3d = [&R] (((((((((1,(10,15)),(12,17)),(2,16)),(4,14)),5),(7,8)),6),11),(3,13),9); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5194; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._4b = [&R] ((((1,(2,(12,17),16)),((4,14),(5,7)),(10,15)),(6,8)),(3,13),(9,11)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5192; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._3g = [&R] (1,(2,16),(12,17),(4,14),5,(6,8),7,15,10,11,(3,13),9); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5196; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._5b = [&R] ((1,((2,16),(12,17)),(4,14),(5,7),(6,8),(10,15)),(3,13),(9,11)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5191; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._3f = [&R] (1,(((2,16),(6,8),10,(12,17),15),(4,14),5,7,11),3,13,9); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5184; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._2 = [&R] (((((1,((4,14)Drosophila_planitibia,(7,5)Drosophila_grimshawi)),(10,15)),((2,16)Antopocerus,(12,17))),(6,8)),(3,13),(11,9))Drosophila; END; BEGIN TREES; TITLE Tb5185; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._3a = [&R] (((1,((2,(12,17)),16),((4,14),(5,7)),(6,8),(10,15)),(3,13)),11,9); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5193; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._4a = [&R] (((((1,11),5),((4,14),7)),((2,16),(12,17)),(6,8),(10,15)),(3,13),9); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5195; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Drosophila_adiastola, 2 Drosophila_adunca, 3 Engiscaptomyza_crassifemur, 4 Drosophila_cyrtoloma, 5 Drosophila_disjuncta, 6 Drosophila_iki, 7 Drosophila_lineosetae, 8 Drosophila_sp., 9 Drosophila_melanogaster, 10 Drosophila_mimica, 11 Drosophila_mulleri, 12 Drosophila_petalopeza, 13 Scaptomyza_albovittata, 14 Drosophila_silvestris, 15 Drosophila_soonae, 16 Drosophila_tanythrix, 17 Drosophila_dasycnemia; TREE Fig._5a = [&R] (((1,((2,16),(12,17)),((4,14),(5,7)),(10,15)),(6,8)),(3,13),(9,11)); END;