#NEXUS

[!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file.


Generated on April 20, 2024; 3:02 GMT

TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Piel W.H., & Nutt K. 2000. One species or several? Discordant patterns of geographic
variation between allozymes and mtDNA sequences among spiders in the genus Metepeira
(Araneae: Araneidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 15(3): 414-418.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S586]

BEGIN TAXA;
        TITLE  Taxa1;
        DIMENSIONS NTAX=7;
        TAXLABELS
            Metepeira_atascadero_Guanajuato
            Metepeira_atascadero_San_Miguel
            Metepeira_incrassata_Fortin
            Metepeira_incrassata_SLP
            Metepeira_spinipes_Durango
            Metepeira_spinipes_Tepotzotlan
            Metepeira_spinipes_Toluca
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2225]

	TITLE 12S_mtDNA;
	LINK TAXA = Taxa1;
	DIMENSIONS NCHAR=256;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                           10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250      ]
[                                            .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .      ]
Metepeira_atascadero_Guanajuato     ACCTGCCTATTAATCGATTCTCCACGATATATTTTACTTTTATTTAAATCTTATATACCTCCATCTCAAGGATTAATAATTATATTCTCCCCCTAATAGAAATTCTAAAAAGTTAGGTAAAGGTGTAGACTACATAAAAGCTGGGGTGGGTTACAATAAATCTTATTTAAGGATGTTTAATTAAAATTTTAATTGAAAAAGGATTTATAAGTAATTTAAGAATAATATTCCTTAATGAACCTGATAAATAATGTGC
Metepeira_atascadero_San_Miguel     ACCTGCCTATTAATCGATTCTCCACGATATATTTTACTTTTATTTAAATCTTATATACCTCCATCTCAAGGATTAATAATTATATTCTCCCCCTAATAGAAATTCTAAAAAGTTAGGTAAAGGTGTAGACTACATAAAAGCTGGGGTGGGTTACAATAAATCTTATTTAAGGATGTTTAATTAAAATTTTAATTGAAAAAGGATTTATAAGTAATTTAAGAATAATATTCCTTAATGAACCTGATAAATAATGTGC
Metepeira_incrassata_Fortin         ACCTGCCTATTAATCGATTCTCCACGATATATTTTACTTTTATTTAAATCTTATATACCCCCATCTCAAGGATTAATATCTATATTCTCCCCCTAATAGAAACTCTAAGAAGTTAGGTAAAGGTGTAGACTACATAAAAGCTGGGGTGGGTTACAATAAACCTTATTTAAGGATATTTAATTAAAATTTTAATTGAAAAAGGATTTATAAGTAATTTAAGAATAATATTCCTTAATGAACCTGATAAATAATGTGC
Metepeira_incrassata_SLP            ACCTGCCTATTAATCGATTCTCCACGATATATTTTACTTTTATTTAAATCTTATATACCCCCATCTCAAGGATTAATATCTATATTCTCCCCCTAATAGAAACTCTAAGAAGTTAGGTAAAGGTGTAGACTACATAAAAGCTGGGGTGGGTTACAATAAACCTTATTTAAGGATATTTAATTAAAATTTTAATTGAAAAAGGATTTATAAGTAATTTAAGAATAATATTCCTTAATGAACCTGATAAATAATGTGC
Metepeira_spinipes_Durango          ACCTGCCTATTAATCGATTTTCCACGATATATTTCACTTTTATTTAAATCTTATATACCTCCATCTCAAGGATTAATATTTATATTCTTCCCATAATAGAAATTCTAAAAAGTTAGGTAAAGGTGTAGACCACATAAAAGTTAGGGTGGGTTACAATAAATCTAATTTAAGGATATTTATTTAAAATTT-AGTTGAAAAAGGATTTATAAGTAATTTAAGAATAATATTCTTTAATGAATT?GATAAATAATGTGT
Metepeira_spinipes_Tepotzotlan      ACCTGCCTATTAATCGATTCTCCACGATATATTTCACTTTTATTTAAATCTTATATACCTCCATCTCAAGGATTAATATTTATATTCTTCCCATAATAGAAATTCTAAAAAGTTAGGTAAAGGTGTAGACCACATAAAAGTTAAGGTGGGTTACAATAAATCTAATTTAAGAATATTTATTTAAAATTTTAGTTGAAAAAGGATTTATAAGTAATTTAAGAATAATATTCTTTAATGAATT?GATAAATAATGTGT
Metepeira_spinipes_Toluca           ACCTGCCTATTAATCGATTCTCCACGATATATTTCACTTTTATTTAAATCTTATATACCTCCATCTCAAGGATTAATATTTATATTCTTCCCATAATAGAAATTCTAAAAAGTTAGGTAAAGGTGTAGACCACATAAAAGTTAAGGTGGGTTACAATAAATCTAATTTAAGGATATTTGTTTAAAATTTTAGTTGAAAAAGGATTTATAAGTAATTTAAGAATAATATTCTTTAATGAATT?GATAAATAATGTGT
;
END;

BEGIN TREES;
      TITLE Tb5629;
      LINK TAXA = Taxa1;
         TRANSLATE
            1    Metepeira_spinipes_Durango,
            2    Metepeira_spinipes_Tepotzotlan,
            3    Metepeira_spinipes_Toluca,
            4    Metepeira_atascadero_Guanajuato,
            5    Metepeira_atascadero_San_Miguel,
            6    Metepeira_incrassata_SLP,
            7    Metepeira_incrassata_Fortin;
      TREE Fig._2 = [&R] ((1,(3,2))Metepeira_spinipes,((7,6)Metepeira_incrassata,(5,4)Metepeira_atascadero))Metepeira;



END;