#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 7:37 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Murrell A., Campbell N., & Barker S. 1999. Mitochondrial 12S rDNA indicates that the Rhipicephalinae (Acari: Ixodida: Ixodidae) is paraphyletic. Molecular Phylogenetics and Evolution, 12(1): 83-86. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S594] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=23; TAXLABELS Boophilus_decoloratus Boophilus_microplus Dermacentor_marginatus Dermacentor_reticulatus Dermacentor_rhinocerinus Dermacentor_variabilis Haemaphysalis_humerosa Haemaphysalis_longicornis Hyalomma_aegyptium Hyalomma_dromedarii Hyalomma_marginatum_rufipes Hyalomma_truncatum Nosomma_monstrosum Rhipicentor_nuttali Rhipicephalus_appendiculatus Rhipicephalus_compositus Rhipicephalus_evertsi_evertsi Rhipicephalus_evertsi_mimeticus Rhipicephalus_hurti Rhipicephalus_pulchellus Rhipicephalus_punctatus Rhipicephalus_simus Rhipicephalus_zambeziensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2235] TITLE 12S; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=332; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Boophilus_decoloratus AGTAAATAATAATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTTAATCTTACTTAAATTTGT-TAAAT-CAGTTTGTATACCACTATGAAATTAATTAATTATTTTAATTAATAAAATTTATTAATATT----TTAAAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAAACCAGTAAAATT-AAAATTATT--TTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA Boophilus_microplus AGTAAATATTAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTTGT-TAAGT-CAATTTGTATACCACTATTAAATTAATTATTAATTTTAATTTATAAAATTTATTTAA-AT----TTAAAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACAATTCTTTTAAGAGATTATTTAAATT-AAAATT-TTAATTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA Dermacentor_marginatus AGTATATAAATATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTATAATGGATAAAACACCTTAATCTTACTTTAATTGGTGTAAAAACAGTTTGTATACCACTATTAAAATAATAATATACAATTATTATTAAAGTATATTATTTATGTATTTAAATAAAGTTAAGTCAAGGTGCAGCAAAAATTAAAGTATGAAGTGAATTACACTGCTTTTTAGATA--AGA--AAATGAAAATAA---GTTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGGAAGTTAATTTGAATTAAGCTCTAGGATATGTACATA Dermacentor_reticulatus AGTATATAAATATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTATCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTTAATCTTACTTTAGTTTGT-TAAA-TCAGTTTGTATACCACTATTAAAATAATAATATACTATTATTATTATAATATA--ACTTTT----TTATAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCATAAATTAAAGTATGAAGTGAATTACATTGCTTATTAGAAA--GTAT-AAATGA-AATGATAA-TTTAGGATTTGAAAGTAAAATTGAAATAGAAAGTTAATTTGAATAAAGCTCTAGGATATGTACATA Dermacentor_rhinocerinus AGTAAATTCAAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTCTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTTGATTAGT-TAGA-TCAGTTTGTATACCACTATTAAAATAATAACGTACAATTATTATTTAAATATA----TAAAG----TATTAAAGATTAAGTCAAGGTGCAGCTTAAATCAAAGTATGAAGTGAATTACATTACTTATTAGAGG--GAAA-ATATGA-AAAAGAA--ATTAGGATTTGAAAGTAAAATTGAAATAAAAAGTTAACTTGAATTAAGCTCTAGAATATGTACATA Dermacentor_variabilis AGTAAATATTAATTATAAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTGTAATGGATAAAACACCCAAATCTTACTTTAATTAGT--AAAATCAATTTGTATACCACTATTAAAATAATAATATACAATTATTATTAGAATATA--ATTTA------TATAATAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTAAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTTAGAAAAAAA---AAATGAAAAATTA---TTTCGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGTATGTTAATTTGAATTTAGCTCTAAGATATGTACATA Haemaphysalis_humerosa AGTATATAAATATCATGAAAACAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTGTGATGGATAAAACACCAATATCTTACTAAAATTAGT-TAAG--CAGCTTGTATACCACTATTTAAGTAATAATTCATTATTATTACTAGAATCTA------TTGAAA-TAGAAAAAGTTAAGTCAAGGTGCAGCATAAGTTTTAGGATGAAGTGAATTACATTTCTTAAAAGAGA---ATA-AAATGAAAAGGAAA--TTTAGGATTTGAAAGTAAAATTTTAATAAGATGAAAATTTGAATTTAGCTCTAAAATATGTACATA Haemaphysalis_longicornis AGAATATAAATTGTATGAAAACAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTAAATTTAGT-TAAA--CAGTTTGTATACCACTATTTAAGTAATAATTTGCTATTATTACTAAAATTTA----TATT-AA-TTAAAAAAAGTTAAGTCAAGGTGCAGCATAAATTTTAGTATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAAA--AATT-TGTTGAAAATAAAA--TTTAGGATTTGAAAGTAAAATTTTAATAGAAGGAAAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA Hyalomma_aegyptium AGTAAATAATAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTGTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTAGTTAGAATTCAGTTTGTATACCACTATTAAAATAATAATTAACTATTATTATTAATATTCTTTATTA-------AGAAAAAAGTTAAGTCAAGGTGCAGCAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTAAAAGAAAAAA----AATTGA-AATTAAAA-TTTAGGATTTGATAGTAAAATTAAAATAAAAAGTTAATTTGAACTAAGCTCTAAGATATGTACATA Hyalomma_dromedarii AGTAAATATAAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCCAAATCTTACTTAGATTGGTTA-AAT-CAGTTTGTATACCACTATAAAAATTATAATTTACTTTTATTATTTCTCTTCTTTAA---------AGAAATAAATTAAGTCAAGGTGCAGCTAAAATTTAAGGTTGAAGTGAATTACATTTCTTTAAAGAAATGAAA--CAATGA-AATAAAA--TATAGGATTTGATAGTAAAATTAAAATAGAAAGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAGATATGTACATA Hyalomma_marginatum_rufipes AGTAAATATTAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAACCTTACTTAAATTAGTACC-TTTCAGTTTGTATACCACTATTATAATAATAATTTGTTATTATTATTAATATTCTTAAAT-------TAGAATAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCATAAATTTATGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTAAAGAAA--AATAAAATTGA-AATAAAACATTTAGGATTTGATAGTAAAGTTAAAATATTAAGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA Hyalomma_truncatum AGTAAATATTAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTAGTGCT-TTTCAGTTTGTATACCACTATTACAATAATAATTTGTTATTATTATTAATATTCTTATGT-------TAGAAGAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCATAAATTTATGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAAA--AATAAAATTGA-AATAGAATATTTAGGATTTGATAGTAAAATTAAAATATAAAGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA Nosomma_monstrosum AGTAAATATAAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCAAAATCTTACTTATATTAGT-TAATT-CAATTTGTATACCACTATAAAAACAATAATTTACTATTATTGTTTAAAATCA-----ATTGAAT-TGAAGAAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGGATGAAGTGAATTACATTACTTTAAAGTGAATAA---AATTGAAAAAATA--ATTTAGGATTTGAAAGTAAAGTTAAAATAGAAAGTTGACTTGAATTTAGCTCTAAGATATGTACATA Rhipicentor_nuttali AGTAAATATAAATTATGAAAGCAAAAAACTATGGCGGTACCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTTAATCTTACTTAAATTGGT-TAAAA-CAGTTTGTATACCACTATAAAAATAGTAATATGTAATTATTATTAAAATTCA--ATTT-----TTTGAAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACAATGCTTCTAAGAAA--GAAA-AATTGA-AATTAA--TTATAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAAAGTTAATTTAAATTAAGCTCTAAGATATGTACATA Rhipicephalus_appendiculatus AGTATATAATAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTTGT-CAAAT-CAACTTGTATACCACTATTAAAACAATTATTAACTCTAATTGTTAATATTTAAAAAC-ATA-AATTAATTTAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTACTTTTAAGAGA--AATAAAATT-A-AATAAA--ATTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA Rhipicephalus_compositus AGTAAATAAAAATTGTGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCCAAATCTTACTTAAATTTGT-TAAAT-CAATTTGTATACCACTATAAAAACAATTAATAACTTTAATTGTTAAAAATTA----TTTA-CA-TTAAATTATGTTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTTAGAAA--CAAGAAATT-A-AATTTAT-AAATAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA Rhipicephalus_evertsi_evertsi AGTAGATAGTTATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTGAATTTGT-TAAGG-CAATTTGTATACCACTATAAAATTAATTATTTGCTTTAATTAATAAAGTTTATAATTT------TTAAAACAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAGATTAATGCAATTAAAAATA--G-AATTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATATAATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA Rhipicephalus_evertsi_mimeticus AGTAAATAACTATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTGAATTTGC-TAAAC-CAATTTGTATACCACTATAAAATTAATTATTTGCTTTAATTAATAAAGTCTATAATCT------TTAAAACAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAGATTGATAAAATTAAAAATA--G-AGTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATACAATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA Rhipicephalus_hurti AGTAAATAATAATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCAAAATCTTACTTAGATTTGT-GATTT-CAATTTGTATACCACTATTAAAACAATTTATAACTTTAATTGTTTAAATTTA----CAAA--A-CTAAAATATATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGGATGAAGTGAATTACATTACTTTTTAGTGA--GATA-AATTTATAACAAT--ATTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGGATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA Rhipicephalus_pulchellus AGTACATACAAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTTGT-TAATA-CAATTTGTATACCACTATTAAAATAATTATTAACTTTAATTATTTAAATTTACA-ATAAA-----TAAAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGTATAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAGA--GGAAAAATT-AAAATGC---AGTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATCAAGCTCTAAAATATGTACATA Rhipicephalus_punctatus AGTAAATAGTAATTATGAAAGCATAAAGTTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTAGT-TAAGT-CAATTTGTATACCACTATAAAATTAATTATTAACTTTAATTAATAAAATTTATAAAG-TA----TTAAAATAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGTATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAGATTAAC-GCATT-AAAATT--A-AATTAGGATTTGAAAGTAAATTTAAAATAGTATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA Rhipicephalus_simus AGTAAATAAAAATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTGAATTTGT-TAAAT-CAATTTGTATACCACTATAAAAACAATTAATAACTTTAATTGTTAAAATTTA------TTGAA-TTAAATTATGTTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTCAGAAA--TAAAAAATT-A-AATTTAC-ATATAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA Rhipicephalus_zambeziensis AGTATATAAAGATTATGAAAGCAAAAAGTTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCAAAATCTTACTTAAATTTGT-CAAAT-CAACTTGTATACCACTATTAAAACAATTATTAACTCTAATTGTTAATATTTAAAATTT-TATAATTAATTAAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTACTTTTAAGGGA--AATAAAATT-A-AATAAA--TATTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 12S) = N: 1-332; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 12S) = N: 1-332; END; BEGIN TREES; TITLE Tb5645; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Rhipicephalus_punctatus, 2 Rhipicephalus_evertsi_mimeticus, 3 Rhipicephalus_simus, 4 Rhipicephalus_hurti, 5 Rhipicephalus_pulchellus, 6 Rhipicephalus_compositus, 7 Rhipicephalus_evertsi_evertsi, 8 Rhipicephalus_zambeziensis, 9 Rhipicephalus_appendiculatus, 10 Boophilus_decoloratus, 11 Boophilus_microplus, 12 Nosomma_monstrosum, 13 Rhipicentor_nuttali, 14 Hyalomma_marginatum_rufipes, 15 Hyalomma_truncatum, 16 Hyalomma_dromedarii, 17 Hyalomma_aegyptium, 18 Dermacentor_variabilis, 19 Dermacentor_marginatus, 20 Dermacentor_reticulatus, 21 Dermacentor_rhinocerinus, 22 Haemaphysalis_humerosa, 23 Haemaphysalis_longicornis; TREE Fig._1 = [&R] (22,23,((10,(((11,(1,(2,7))),5),((3,6),(8,9)))),((12,(16,(17,(14,15)))Hyalomma),(13,(18,(21,(20,19)))Dermacentor))))Ixodidae; END;