#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 21:14 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Inderbitzin P., Landvik S., Abdel-wahab M.A., & Berbee M. 2001. Aliquandostipitaceae, a new family for two new tropical ascomycetes with unusually wide hyphae and dimorphic ascomata. American Journal of Botany, 88(1): 52-61. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S641] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Aliquandostipite_khaoyaiensis Aliquandostipite_sunyatsenii Aspergillus_fumigatus Aureobasidium_pullulans Boletus_satanas Botryosphaeria_rhodina Botryosphaeria_ribis Bulgaria_inquinans Capronia_mansonii Ceramothyrium_linnaeae Chaetomium_elatum Coccodinium_bartschii Cucurbidothis_pityophila Cucurbitaria_elongata Dothidea_insculpta Eurotium_rubrum Lecanora_dispersa Leptosphaeria_maculans Lophiostoma_crenatum Malbranchea_filamentosa Monodictys_castaneae Morchella_elata Peltigera_neopolydactyla Pleospora_herbarum Pleospora_rudis Rhytidhysteron_rufulum Septoria_nodorum Setosphaeria_rostrata Solorina_crocea Sphaerophorus_globosus Tubeufia_helicoma Tubeufia_helicomyces Uncinocarpus_reesii Westerdykella_dispersa ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2824] TITLE Aliquandostipitaceae; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1799; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Ceramothyrium_linnaeae 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Chaetomium_elatum 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Coccodinium_bartschii 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Cucurbidothis_pityophila 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Cucurbitaria_elongata 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Dothidea_insculpta 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Eurotium_rubrum 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Lecanora_dispersa 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Leptosphaeria_maculans 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Lophiostoma_crenatum 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Malbranchea_filamentosa 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Monodictys_castaneae 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Morchella_elata 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Pleospora_herbarum 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Pleospora_rudis 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Rhytidhysteron_rufulum 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Septoria_nodorum 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Setosphaeria_rostrata --------------ATGCATGTCTAAGTATAAGCAAT--TATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAATACCTTACTACTTGGATAACC-GTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCC-GACTTCG--GAAGGGATGTGTTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTTCTT-GGTGATTCATGATAACTTTACGGATCGCATAGCCTTGCGCTGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAAT-CCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGG-CTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAACCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAAACTTGGGCCTGGCTGGCGGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTCGTCC-GGCCGGGC-CTT--CCTTCTGAAGAACCTCA-TGCCCTTCACTGGGCGTGTTGGGGAATCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAAAATAGGG-CGTGCGTTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGACGCCGCAATGATTAACAGGAACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCA-TTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTCAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTGACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTCTTTTTCT-GACTCGCTCGGCACCTTACGAGAAA-TCAAAGTTTTTGGGTTC-TGGGGGGATTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGTCACCACCAGGCGTGGAGCC-TG-CGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGATGAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTTCAGG-TGGTGGTGCATGGCCGTT-CTTAGTTCGTGGGGTGACTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAGCGAGACCTTCCTCTGCTAAATAGCCA-GGCTAGCTTTGGC-TGGTCGCCGGCT-TCTTAGAGAGACTATCAGCT--CAAGCT-GAT-GGAAGTTGGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAACGAGTTC-TTCA-CCTTGGCCGAAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGTGTCATCAGCATGCGTTGATTACGTCCCTGACCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCGTTCGGACTGGCTC-GGGGAGGTTGGCAACGACCACCCCAAGCCGGAAAGTTCGTCAAACTCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAAC-AAGG-------------------------------- Solorina_crocea --------------ATGCATGTCTAAGTATAAGCAATC-TATACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTCCTACTTGGATAACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCCCGACCCTGACGAAGGGGCGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC-TCCGGGGCTCCCT-GGTGATTCATAATAACTCAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATTGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCTACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAAT-CCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATAGGAGAGCTCTTTTGGGTTTTCTAGTTGGAATGAGTACAATTTAAATTTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAAACTCAGGCCTGGTCCGCCGGTCCGCCTCACAGCGAGCACTGGTCGCGGCCGGGCTCTTTACCTTCTGGGGATCCGCA-TGCCCTTCACTGGGTGCGTTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCATAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGAACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCA-TTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTACTATTTTCGACCCGTCCGGCACCTTACGAGAAA-TCAAAGTTTTTGGGTTC-TGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGACATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCC-TG-CGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACATTAAGGATTGACAGATTGAGCGTTCTTTCATGATCATGTGGG-TGGTGGTGCATGGCCGTTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTCGCATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCACGGTCAGCTTTGGCTTGGTCGCCGGCTCTCTTAGAGGGACTATCGGCTTTCAAGCC-GAT-GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGCT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAACGAGTCT-A?CAACCTTGGCCGAAAGGTCCGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Sphaerophorus_globosus ------------------------------------------------------------------TAAATCAGTTGTCGTCTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATA-CCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTC-GACTTCG--GAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTCCGGGGCTCCTT-GGTGATTCATGATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAAT-CCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATGAGCGG-CTCTTTCGGGCCGTTCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAAACTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGTTC-GGCCGGGC-CTTT-CCTTCTGGGGAACCGCA-TGCCCTTCGTTGGGTGTGCCGGGGATCCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGA-CGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCCGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACGAACTACTGCGAAAGCACTTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTATTATTTT-GACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAA-TCAAAGTTTTTGGGTTC-TGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGACATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCATGGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAGACTCACCAGGTCCAGACACATTAAGGATTG-CAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCATGTGGG-TGGTGGTGCATGGCCGTT-CTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCA-GGTCAGCTT------GGTCGCTGGCT-TCTTAGAGGGACTATCGGCT--CAAGCC-GAT-GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGACAACGAGTTC-ATCT-CCTTGGCCGGAAGGTCTGGGTAATCTTGGTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGC-TTCGGACTG-CCG-AGGGAGGTCGGCAACGACCAC-----------AAGTT-GTCAAACTTG-TCATTTAGAGGA-GTAAA-GTCGTACA------------------------------------- Tubeufia_helicoma ----------------------------ATAAGCA--CTTATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATAACC-GTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTC-GACTTCG--GAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTTCTT-GGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTATCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAAT-CCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGG-CTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCTCTTAACGAGGAACAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGTAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTTGGGCCTGGCTGGTCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCC-GGCCGGGC-CTTT-CCTTCTGGGGATCCACA-TGCCCTTCACTGGGCGTGCTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGA-CGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGTATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCA-TTTACCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACGATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCATTTT-GACTCGCTCGGCACCTTACGAGAAA-TCAAAGTTTTTGGGTTC-TGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCC-TG-CGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAGTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGG-TGGTGGTGCATGGCCGTT-CTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCA-GGCCAGCTTTGGC-TGGTCGCCGGCT-TCTTAGAGGGACTATCGGCT--CAAGCC-GAT-GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAACGAGTTC-ATT--CCTTGACCGGAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGTGTCATCAGCACGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAACGGCTCAGTGAGGCCTTCGGACTGGCTC-AGGG------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Tubeufia_helicomyces --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATGTT-CTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAACGAGTTT-ATT--CCTTGTCCGGAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGTGTCATCAGCACGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAACGGCTCAGTGAGGCCTTCGGACTGGCTC-AGGGAGGTCGGCAACGACCACCCAGAGCCGGAAAGTTCGTCAAACTTGGTCGTTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAAC-AAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTA Uncinocarpus_reesii 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Westerdykella_dispersa 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Aliquandostipitaceae) = N: 1-1799; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Aliquandostipitaceae) = N: 1-1799; END; BEGIN TREES; TITLE Tb5730; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Coccodinium_bartschii, 2 Tubeufia_helicomyces, 3 Tubeufia_helicoma, 4 Aliquandostipite_sunyatsenii, 5 Aliquandostipite_khaoyaiensis, 6 Monodictys_castaneae, 7 Lophiostoma_crenatum, 8 Dothidea_insculpta, 9 Lecanora_dispersa, 10 Sphaerophorus_globosus, 11 Solorina_crocea, 12 Peltigera_neopolydactyla, 13 Capronia_mansonii, 14 Ceramothyrium_linnaeae, 15 Chaetomium_elatum, 16 Uncinocarpus_reesii, 17 Malbranchea_filamentosa, 18 Eurotium_rubrum, 19 Aspergillus_fumigatus, 20 Bulgaria_inquinans, 21 Morchella_elata, 22 Boletus_satanas, 23 Westerdykella_dispersa, 24 Cucurbidothis_pityophila, 25 Pleospora_rudis, 26 Cucurbitaria_elongata, 27 Septoria_nodorum, 28 Leptosphaeria_maculans, 29 Setosphaeria_rostrata, 30 Pleospora_herbarum, 31 Rhytidhysteron_rufulum, 32 Botryosphaeria_ribis, 33 Botryosphaeria_rhodina, 34 Aureobasidium_pullulans; TREE Fig._18 = [&R] (22,(21,(20,((((((19,18),(17,16))Eurotiales,(14,13)Chaetothyriales),15),(((12,11)Peltigerales,10),9)),(((8,((((33,32)Botryosphaeriaceae,(3,2)Tubeufiaceae),(31,(((((30,29),((28,27),26)),25),24),((23,6),7))Pleosporales)),1)),34),(5,4)Aliquandostipitaceae))))Euascomycetes); END;