#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 22:22 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Rodman J., Soltis P., Soltis D., Sytsma K., & Karol K. 1998. Parallel evolution of glucosinolate biosynthesis inferred from congruent nuclear and plastid gene phylogenies. American Journal of Botany, 85: 997-1006. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S671] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=33; TAXLABELS Acer_rubrum Akania_bidwillii Arabidopsis_thaliana Batis_maritima Bombax_ceiba Brassica_juncea Bretschneidera_sinensis Brexia_madagascariensis Capparis_hastata Carica_papaya Clarkia_xantiana Cleome_hassleriana Coleonema_pulchellum Cupaniopsis_anacardioides Drypetes_roxburghii Euonymus_alatus Euphorbia_polychroma Floerkea_proserpinacoides Francoa_sonchifolia Geranium_sp. Gossypium_hirsutum Gyrostemon_tepperi Koeberlinia_spinosa Limnanthes_douglasii Lythrum_hyssopifolia Moringa_oleifera Passiflora_quadangularis Pentadiplandra_brazzeana Reseda_alba Salvadora_angustifolia Setchellanthus_caeruleus Tovaria_pendula Tropaeolum_majus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3986] TITLE rbcL_and_18S; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=3332; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Batis_maritima 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Bombax_ceiba ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGAGTATAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAGTCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCCTTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACCGTGTGGACCGATGGGCTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGGCGATGCTACCACATTGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAATCAATATATATGTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCTCTACGTCTAGAGGATCTGCGAATCCCTACTTCTTATACTAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCATGGCATCCAGGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTACGG{CT}CGCCCCCTATTAGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTATCCGCTAAGAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTACGTGGCGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCCCAACCATTTATGCGCTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCAATTTATAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGGGCATTACTTGAATGCTACTGCGGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGGGCCATATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGTGGGTTCACTGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCATCGCGCAATGCACGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATACACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCTTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACAGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGAAAGGGACATAACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGATCGAAGCCGTGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTTTCTCTACCAGGTGTTCTGCCCGTAGCTTCGGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTTTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTACTACAATTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTTTAGAAGCATGTGTAAAAGCTCGTAATGAGGGACGTGACCTTGCCCGCGAGGGTAATGAAATTATCCGCGAGGCTAGCAAATGGAGTCCTGAACTAGCTGCTGCTTGTGAAGTATGGAAGGAGATCAAATTTGAATTCGAAGCAATGGATACTTTGTAATCCAGTAATTAGTGTTGGTTTGTTGAAT???????????????????????????????????????????GTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTATGAACTAATTCGGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATTT-GC-TACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA-CCCCGACTTCT-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTTT--GCCCG-TCGGTACGACGATT-CATGATAACTCGACGGATCGCAC-GGCCTTCGTGCCGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACTATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAG-CCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTAT--GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTAGGGGTGGGT-CGG-CCGGTCCGC-CTCAC--GGTGAGCACCGGTCGGCTCGTCCCTA-CGGCCGGCGATGCGCTCCTGGCCTTAATTGGCCGGGT-CGTTCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGCCT-ACGCT-TGTATACATTAGCATGGGATAACATCACAGGATTTCGGTCCTATTGTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGC-GAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCGGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCCGG-CACCTTATGAGAAATCAAAGTC-TTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGG-TCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAG-CCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATG?CCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGAATTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAA-CTAGCTACGCGG-AGG-TGATTCTCCGCGGCT-AGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGCTTA-GGCCAAGGAAGTTT-GAG{CG}CAATAACAGGTCTGTGAT-GCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTCTATA-GCCTTGG-CCGACGGGTCCGGGTAATCTTT-GAAA-TTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAGC-GCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCT-CCTACCGATTG-AATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGGCGACGTGGGCGGTTC-GCCGCC-CGCGAC-GTCGCGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAG?????????????????????????????????????????????? Brassica_juncea 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Bretschneidera_sinensis 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Cleome_hassleriana ???????????????????CTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGAGTATAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAGGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCGCCTGAAGAAGCAGGGGCTGCGGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTTACTAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCCGTTCCAGGAGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAGGGTTCGGTTACTAACATGTTTACTTCTATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTAGCCGCTCTACGTCTAGAGGATCTGCGAATCCCTCCTGCTTATACTAAAACTTTCCAGGGACCACCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGACGTCCCCTATTAGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTATCCGCTAAGAACTACGGTAGAGCTGTTTATGAATGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCTATTTATAAAGCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGGGCATTATTTGAATGCTACCGCGGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGCGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGTTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGTGCAATGCATGCTGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCTTTACGTCTATCTGGTGGAGATCATGTTCACGCGGGTACAGTAGTAGGGAAACTTGAAGGGGACAGAGAGTCAACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTATATTGAAAAAGATCGAAGCCGCGGTATTTTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCACTACCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCGGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTTTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTATTACAATTCGGTGGAGGAACTTTAGGCCACCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTCTGGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCAGTCGAGGGTAATGAAATTATCCGTGAGGCTACCAAATGGAGTCCTGAACTAGCTGCTGCTTGTGAAGTATGGAAGGAGATCAGATTTAACTTCCCAACCATAGATAAATTAGATGTCGCAGCGGCGTACATAAATTAGA?????????????????????????????????????????????????????????CTTGTCTCA?AGA?TAA?CCATGCATGTGTAAGTATGAACTAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTACCT-GC-TACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA-CCCCGACTTCT-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGTTCT--GCCCG-TTGCTCTGATGATT-CATGATAACTCGACGGATCGCAA-GGCCTTTGTGCCGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGATGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAG-CCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTC--GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATGGGT-CGT-CCGGTCCGC-CTTTC--GGTGTGCACCGGTCGGCTTGTCCCTT-CTGCCGGCGATACGCTCCCGTCCTTAACTGGACGGGT-CGTGCCTCCGGTACTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCT-ACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGTTGACCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGC-GAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGG-CACCTTATGAGAAATCAAAGTT-TTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGG-TCGCAAGTCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAG-CCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGACCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAA-CTAGCTACGTGG-AGG-TGACCCTTCACGGCC-GGCTTCTTAGAGGGACTTTTTTCGTATA-GGAAAAGGAAGTTT-GAGGCAATAACAGGTCTGTGAT-GCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTTCACA--CCTTGG-CCGACAGGCCCGGGTAATCTTT-GAAA-TTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGC-GCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCT-CCTACCGATTG-AATGATCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGGCGACGTGGGTGGTTC-GCCGCC-CGCGAC-GTCGCGAGAAGTCCACTAAACCTTATCATTTA???????????????????????????????????????????????????????? Coleonema_pulchellum 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Euonymus_alatus 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Euphorbia_polychroma 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Francoa_sonchifolia 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Geranium_sp. 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Koeberlinia_spinosa ??????????????????????????AAGTGTTGGATTCAAAGCAGGTGTTAAAGATTATAAATTGAATTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAGGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCTGCAGTAGCTGCTGAATCTTCTACAGGTACATGGACAACTGTCTGGACCGATGGGCTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTATAACATCGAGCCCGTTCCTGGAGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGCTTCAAAGCTCTGCGCGCTCTACGTCTAGAGGATTTGCGAATCCCCCCTGCTTATACTAAAACTTTCCAGGGTCCACCTCACGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTAGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTATCCGCGAAGAACTACGGTAGGGCGGTTTATGAATGTTTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTGTTTTGTGCCGAAGCTCTTTATAAAGCACAGGCTGAAACGGGTGAAATCAAGGGGCATTATTTGAATGCTACTGCGGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGGGCTGTATTTGCAAGAGAATTGGGAGTTCCTATTGTAATGCATGACTACTTAACCGGGGGATTCACCGCAAATACTAGTTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCACCGTGCCATGCATGCAGTTATTGATAGACAAAAGAATCATGGTATGCACTTTCGCGTACTAGCTAAAGCCTTACGTTTGTCTGGTGGAGATCATGTTCACGCGGGTACAGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGACAGAGAGTCAACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTATATTGAAAAAGATCGAAGCCGCGGTATATTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCTGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCTGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTTTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTCCTACAATTTGGTGGAGGAACTTTAGGCCACCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCCGTAGCTAATAGAGTAGCT??AGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTGTCGAGGGTAATGAAATTATTCGTGAGGCTAGCAAATGGAGTCCTGAACTAGCTGCTGCTTGTGAAGTATGGAAGGAGATCAGATTTAACTTCCCAACTGTGGATAAATTAGATGTGTAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGATTAA?CCATGCATGTGTAAGTATGAACTAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTACCT-GC-TACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA-CCCCGACTTCT-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTTG--TCCCG-TTGCTCTGATGATT-CATGATAACTCGACGGATCGCAC-GGCCATCGTGCCGGCGACGCATCATTCAAATTT{CG}TGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAG-CCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTAT--GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATGGGT-CGG-CCGGTCCGC-CTC----GGTGAGCACCGGTCGGCTCGTCCCTT-CTGCCGGCGATACGCTCCTGGCCTTAATTGGCCGGGT-CGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCT-ACG-TCTGTATACATTAGCATGGGATAACATTATAGGATTCTGATCCTATTGTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGC-GAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGG-CACCTTATGAGAAATCAAAGTT-TTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGG-TCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTG{AG}CGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAG-CCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTA?CGAACGAGACCTCAGCCTGCTAA-CTAGCTACGCGG-AGG-TGACCCTTCGCGGCT-GGCTTCTTAGAGGGACTATG?CCGCTTA-GACCACGGAAGTTT-GAGTCAATAACAGGTCTGTGAT-GCCCTTAGATGTTCTGGACCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTATATA-GCCTTG?-CCGACAGGCCCGGGTAATCTTT-GAAA-TTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGC-GCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCT-CCTACCGATTG-AATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGGCGACGTGAGCGGTTC-GCCGCC-TGCGAC-GTCGCGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTA???????????????????????????????????????????????????????? Limnanthes_douglasii ??????????????????????????AGGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAAATTGACTTATTATACTCCTGAGTATGAAACCAAGGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCAGGAGTTCCACCGGAGGAAGCAGGGGCCGCAGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCCGTTCCTGGAGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTATCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGC??TGCGCGCTCTACGTTTAGAGGATCTGCGAATCCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTTCAGGGACCCCCTCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTGTTAGGATGCACTATTAAACCTAAATTGGGATTATCCGCTAAGAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTTTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCAATTTATAAAGCACAGGCGGAAACGGGTGAAATCAAAGGGCATTATTTGAATGCTACTGCGGCTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGGGCTGTATTTGCCCGAGAATTAGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGTTTGTCTCATTATTGCCGTGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCATCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAACCATGGTATACACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCCTTACGTCTGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACAGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGACAGAGAGTCAACGTTGGGCTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTATATTGAAAAAGATCGAAGCCGCGGTATTTTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCAGGTGTTCTGCCCGTAGCTTCAGGGGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTTTAACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTACTACAATTTGGTGGGGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTCTAGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAACGAGGGGCGTGATCTTGCTGTCGAGGGTAATGAAATTATCCGTGAGGCTTGCAAATGGAGTCCTGAACTTGCTGCTGCTTGTGAAGTATGGAAGGAGATCACATTTGTCTTCCCAACAGTAGATGAATTAGATGTAGAGGTTAAGTAA???????????????????????????????????????????????????????????????????CTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTATGAACTAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGT{CT}TGTTTGATGGTATCT-GC-TACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA-CCCCGACTTCT-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTTT--GCCCG-TTGCTCTGATGATT-CATGATAACTCGACGGATCGCAC-GGCCATCGTGCCGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTATTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAG-CCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCATC--GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAG{AT}TAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATTGGT-CGG-CCGGTCCGC-CTAT---GGTGTGCACCGGTCGG{CT}TCGTCCCTT-CTGCCGGCGATACGCTCCTGGCCTTAATTGGCCGGGT-CGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCT-ACGCTCTGGATACATTA?CATGGGATAACATCATAGGATTTCGGTCCTATTCTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGC-GAAA{CG}CATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGA{AC}CGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTACTTTTAGGACTCCGCTGG-CACCTTATGAGAAATCAGAGTT-TTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGG-TCGCAAGTCTGAAACTTAAAGGAATTG?CGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAG-CCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGACCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAA-CTAGCTACGTGG-AGG-TAATC-TCCACGGCC-GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTA-GGCCAAGGAAGTTT-GAGGCAATAACAGGTCTGTGAT-GCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTATATA-GCCTTGG-CCGACAGGCCCGGGTAATCTTT-GAAA-TTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGC-GCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCT-CCTACCGATTG-AATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGGCGACGTAGGCGGTTC-GCCGCC-CGCGAC-GTCGCGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTT????????????????????????????????????????????????????????? Lythrum_hyssopifolia 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Moringa_oleifera 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Tovaria_pendula ??????????????????????????AAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGAGTATAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAGGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCTGCGGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAACCCGTTCCTGGAGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAGGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCTCTACGCCTAGAGGATCTGCGAATCCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTCCAAGGACCACCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGACGTCCCCTATTAGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTATCCGCGAAGAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCAATTTATAAAGCACAGGCTGAAACGGGTGAAATCAAAGGACATTATTTGAATGCTACTGCGGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGTTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCACCGTGCAATGCATGCTGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATACACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCCTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCGGGTACAGTAGTGGGTAAACTTGAAGGTGACAGAGAGTCAACCTTGGGTTTTGTTGATTTACTACGCGATGATTATATTGAAAAAGATCGAAGCCGCGGTATCTTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCTGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTTTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTACTACAATTCGGTGGAGGAACTCTAGGCCACCCTTGGGGAAATGCACCAGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTCTAGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCAGTCGAGGGTAATGAAATTATCCGTGAGGCTAGCAAATGGAGTCCTGAACTAGCTGCTGCTTGTGAAGTATGGAAGGAAATCAAATTTAACTTCCCAACTGTAGATACATTAGATGCCTAGGCTTAGTAATTACCGTTCGTTTTATTAG???????????????????????????????????????????????GCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTATGA?CTAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATTT-GC-TACTCGGATA?CCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA-CCCCGACTTCT-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCA--GCCCG-ATGCTCTGATGATT-CATGATAACTCGACGGATCGCAC-GGCCATCGTGCCGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAG-CCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTAA--GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATGGGT-CGG-CCGGTCCGC-CTAT---GGTGTGCACCGGTCGGCTCGTCCCTA-CTGTCGGCGATACGCTCCTGGCCTTAACTGGCCGGGT-CGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCT-TCGCTCTGTATACATTAGCATGGGATAACATCACAGGATTTCGGTCCTATTGTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGC-GAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCTGCTGG-CACCTTATGAGAAATCAAAGTT-TTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGG-TCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAG-CCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATG?CCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAA-CTAGCTACGTGG-AGG-TATCC-TCCACGGCC-GGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGCTTA-GGCCAAGGAAGTTT-GAGGCAATAACAGGTCTGTGAT-GCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTATATA-GCCTTGG-CCGACAGGCCCGGGTAATCTTT-GAAA-TTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGC-GCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCT-CCTACCGATTG-AATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGGCGACGTGGGCGGTTC-GCCGCC-TGCGAC-TTTGCGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTAGAGGA??????????????????????????????????????????????????? Tropaeolum_majus ??????????????????????????AAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATAAATTGACTTATTATACTCCGGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAATGTCTCCTCAACCCGGAGTTCCAGCTGAGGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGGCTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCAGATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCTCTACGTCTAGAGGATCTACGAATCCCTCCTGCTTATGTTAAAACTTTCCAGGGACCGCCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGCCGTCCCCTATTAGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTATCCGCTAAGAACTACGGCAGAGCCGTTTATGAATGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAATGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCAATTTATAAAGCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGGGCATTATTTGAATGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAAATGATGAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCATCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATACACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCTTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCGGGTACAGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGAAAGAGACATTACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGATCGAAGCCGCGGCATTTTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCAGGTGTTTTGCCCGTGGCTTCCGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTTTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCCGTCCTACAATTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTCTAGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTAGCGAGGGTAATGCAATTATCCGCGAGGCTAGCAAATGGAGTCCGGAACTAGCTGCTGCTTGTGAAGTATGGAAAGAGATCAAATTTGAATTCCCAGCAATGGATACTTTGTAA????????????????????????????????????????????????????TACTTGGTTGATCCTGCCAGTACTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTATGAACAAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATCT-TC-TACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAA-CCCCAACTTCT-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGTCGAC????GCTTT--GCCTG-TTGCTCTGATGATT-CATGATAACTCGACGGATCGCAA-GGCCATCGTGCCGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAG-CCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTAACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTA--GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGTTGGGT-TG--CCGGTCCGC-CTAT---GGTGTGCACCGGTCGGCTTGTCCCTT-CTGCCGG-GTTTCGCTCCTGTGCTTAATTGGCCGGGT-CGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCT-ACGCTCTGTATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGGTCCTATTCTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGC-GAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGG-CACCTTATGAGAAATCAAAGTT-TTTGGGTTCCGGGGGAGGTATGG-TCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAG-CCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAA-CTAGCTACGTGG-AGG-ACATCCTCTACGGCC-GGCTTCTTAGAGGGACCCTTGCCTTTTA-GGCAAAGGAAGTTT-GAGGCAATAACAGGTCTGTGAT-GCCCTTAGATGTTCTGGGGCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTTTATA-GCCTTGG-CCGACAGGCCCGGGTAATCTTT-GAAA-TTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTAAACGAGGAATTCCTAGTAAGC-GCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCT-CCTACCGATTG-AATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGCCGACGTTGGCGGTTC-GCTGCT-GGCGAC-GTCGTGAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = rbcL_and_18S) = N: 1-3332; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = rbcL_and_18S) = N: 1-3332; END; BEGIN ASSUMPTIONS; WTSET * CURRENT = 1: 1-3332 ; WTSET CURRENT = 1: 1-3332 ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb5778; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Cupaniopsis_anacardioides, 2 Passiflora_quadangularis, 3 Euphorbia_polychroma, 4 Geranium_sp., 5 Lythrum_hyssopifolia, 6 Clarkia_xantiana, 7 Acer_rubrum, 8 Bombax_ceiba, 9 Gossypium_hirsutum, 10 Drypetes_roxburghii, 11 Akania_bidwillii, 12 Bretschneidera_sinensis, 13 Moringa_oleifera, 14 Carica_papaya, 15 Tropaeolum_majus, 16 Floerkea_proserpinacoides, 17 Limnanthes_douglasii, 18 Setchellanthus_caeruleus, 19 Batis_maritima, 20 Koeberlinia_spinosa, 21 Tovaria_pendula, 22 Capparis_hastata, 23 Cleome_hassleriana, 24 Brassica_juncea, 25 Arabidopsis_thaliana, 26 Gyrostemon_tepperi, 27 Reseda_alba, 28 Pentadiplandra_brazzeana, 29 Coleonema_pulchellum, 30 Francoa_sonchifolia, 31 Brexia_madagascariensis, 32 Euonymus_alatus, 33 Salvadora_angustifolia; TREE PAUP_4 = [&R] ((((((((((((((25,24),23),22),(21,28)),(27,26)),(20,(19,33))),18),(17,16)),((15,(12,11)),(14,13))),((9,8),((7,1),29))),((6,5),(4,30))),(32,31)),(10,2)),3); TREE PAUP_3 = [&R] (((((((((((((((25,24),23),22),(21,28)),(27,26)),(20,(19,33))),18),(17,16)),(14,13)),(15,(12,11))),((9,8),((7,1),29))),((6,5),(4,30))),(32,31)),(10,2)),3); TREE PAUP_2 = [&R] ((((((((((((((25,24),23),22),(27,26)),(21,28)),(20,(19,33))),18),(17,16)),((15,(12,11)),(14,13))),((9,8),((7,1),29))),((6,5),(4,30))),(32,31)),(10,2)),3); TREE Fig._4 = [&R] (((((((((((((((25,24)Brassicaceae_sensu_strictu,23),22),(27,26)),(21,28))core_Capparales,(20,(19,33))),18),(17,16)Limnanthaceae),(14,13)),(15,(12,11)))Brassicales_sensu_APG.1998,((9,8)Malvales,((7,1),29)Sapindales)),((6,5)Myrtales,(4,30))),(32,31)Celastrales),(10,2)),3); END;