#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 2:46 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Medina M., & Walsh P. 2000. Molecular Systematics of the Order Anaspidea Based on Mitochondrial DNA Sequence (12S, 16S, and COI). Molecular Phylogenetics and Evolution, 15(1): 41-58. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S713] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS Akera_bullata Aplysia_cervina Aplysia_punctata Bulla_gouldiana Bursatella_leachii Dolabella_auricularia_Guam Dolabella_auricularia_Mexico Dolabrifera_dolabrifera Haminoea_virescens Notarchus_indicus_Japan Notarchus_indicus_Philippines Petalifera_ramosa_Canary_Islands Petalifera_ramosa_Philippines Phyllaplysia_sp. Phyllaplysia_taylori Stylocheilus_longicauda ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3698] TITLE 12S; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=377; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3699] TITLE COI; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=658; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TACACTATATATGATCTTTGGGATGTGGTGTGGACTAGTCGGAAGAGGATTAAGTTTATTAATTCGTTTTGAGCTAGGTACGGCTGGTTCTCTTTTAGGAGATGATCACTTTTACAATGTGATTGTCACAGCCCACGCTTTTGTAATAATTTTTTTTATAGTAATACCCATTATAATTGGTGGATTTGGAAACTGAATAGTTCCTTTATTAATTGGGGCTCCGGATATGAGTTTTCCTCGTATAAATAATATAAGTTTCTGATTACTTCCCCCTTCTTTCATTTTACTCTTAGTCTCTAGTTTAATAGAAGGAGGAGCGGGAACCGGTTGAACTGTATACCCCCCTCTATCAGGGCCTATTGCCCACGGAGGTACTTCTGTAGATTTGGCCATTTTTTCACTTCATTTGGCCGGGATGTCTTCGATTTTAGGTGCTATTAATTTCATTACTACTATTTTCAACATACGTTCTCCAGGTATCACCTTTGAACGACTAAACCTGTTTGTTTGGTCTGTATTAGTTACAGCATTCTTACTTCTACTCTCCTTGCCGGTACTTGCGGGGGCAATTACTATGTTATTAACTGATCGTAATTTTAACACTAGCTTTTTCGATCCTGCAGGAGGGGGAGACCCTATTTTATACCAACACTTATTT Aplysia_cervina AACATTATACATAATTTTTGGAATGTGATGTGGTTTAGTGGGAACAGGTTTAAGTCTTTTAATTCGATTTGAGCTTGGTACTGCTGGAGCTTTCCTAGGGGATGATCACTTCTATAATGTTATTGTAACTGCTCACGCTTTCGTAATAATTTTTTTCATAGTTATACCTATTATAATTGGTGGATTTGGAAATTGAATGGTACCTTTATTAATTGGTGCCCCTGATATGAGATTTCCTCGTATAAATAACATGAGTTTCTGACTCCTTCCTCCTTCCTTTTTACTTCTTTTAGTTTCTAGACTAATAGAAGGTGGAGCTGGAACAGGATGAACAGTTTATCCTCCCTTGTCAGGTCCTATTGCACATGGAGGAACTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCCTTACACTTAGCAGGGATATCTTCAATTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACTACTATTTTTAATATACGATCGCCAGGAATTACTTTTGAGCGATTAAGCTTATTTGTTTGATCTGTCCTGGTAACAGCTTTCTTACTTCTTCTCTCTCTACCAGTACTAGCCGGTGCTATTACGATGCTTTTAACGGATCGTAATTTTAATACGAGCTTCTTTGATCCTGCGGGAGGAGGAGATCCTATTTTATATCAACACTTGTTC Aplysia_punctata 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AACTTTATACATAATTTTCGGGATGTGATGTGGGTTAGTAGGAACTGGATTAAGTCTCCTTATTCGATTCGAGTTAGGAACTGCTTCAGCTTTCCTGGGAGACGATCATTTCTATAATGTAATCGTAACTGCCCACGCCTTCGTGATAATTTTCTTTATAGTAATGCCCTTAATAATTGGAGGGTTCGGAAATTGAATAGTGCCCCTGTTGATTGGTGCTCCTGACATGAGGTTTCCTCGTATAAATAATATGAGTTTCTGACTTCTTCCTCCATCTTTTATTTTACTTCTTGTATCAAGTATGATTGAAGGTGGGGCTGGAACTGGATGAACGGTATACCCGCCTCTATCCGGACCTATTGCTCACGGATCTACTTCAGTGGATTTAGTAATTTTTTCTTTACACTTAGCTGGGATATCTTCTATTTTAGGTGCAATTAATTTTATTACTACTATTATCAATATACGATCCCCTGGAATCACTTTCGAGCGATTAAGCTTATTCGTGTGATCAGTGTTCGTAACTGCTTTCCTTTTACTATTGTCATTACCTGTACTGGCTGGAGCTATTACTATGCTTTTAACTGATCGGAATTTTAATACTAGCTTCTTCGACCCAGCGGGTGGTGGAGATCCTATTTTATATCAACACTTGTTT Bursatella_leachii AACATTATATATAATTTTTGGGATGTGATGTGGTCTAGTAGGAACTGGATTAAGTCTACTAATTCGATTTGAGTTAGGGACTGCAGGCTCTTTCCTAGGTGACGATCACTTTTACAATGTAATTGTAACGACTCATGCTTTCGTAATAATTTTTTTCATAGTAATGCCTATTATAATTGGAGGTTTCGGAAATTGAATGGTTCCCTTACTTATTGGGGCCCCTGATATAAGTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGTTTTTGACTTCTTCCTCCTTCATTCCTTTTACTATTAGTCTCAAGTTTAATAGAGGGAGGAGCTGGAACAGGGTGGACGGTGTACCCTCCATTATCTGGACCAATTGCTCACGGAGGAACTTCCGTAGATCTCGCCATTTTCTCTCTTCATTTAGCGGGAATATCTTCTATTTTAGGAGCTATTAATTTTATTACTACTATTTTTAATATACGCTCTCCCGGAATTACGTTTGAGCGACTAAGTTTATTTGTTTGATCTGTTTTAGTAACAGCTTTCCTTCTTTTACTATCCCTTCCTGTACTAGCTGGGGCTATTACTATGTTGTTAACAGATCGAAATTTCAATACTAGTTTCTTTGATCCTGCGGGAGGAGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTC Dolabella_auricularia_Guam 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TACGTTATATATAATCTTTGGAATATGATGTGGACTTGTAGGAACTGGACTAAGTCTTCTAATTCGATTTGAGTTAGGAACTGCTGGTTCTTTCTTAGGTGATGATCATTTTTATAACGTAATTGTAACGGCTCATGCCTTTGTTATGATTTTTTTTATAGTAATGCCTATTATAATTGGAGGATTCGGAAATTGAATAGTTCCTTTATTAATTGGAGCTCCTGATATGAGATTTCCTCGAATGAATAATATAAGTTTTTGACTTCTTCCCCCTTCTTTCTTGTTGCTTTTAGTTTCAAGTTTGATGGAAGGAGGAGCTGGAACCGGGTGAACTGTGTATCCTCCTTTATCTGGGCCAATTGCCCACGGTGGGACATCAGTTGATCTGGCTATTTTTTCTCTTCATTTAGCGGGAATGTCTTCAATTTTAGGGGCTATTAATTTTATTACCACGATTTTTAATATGCGGTCTCCTGGAATTACTTTCGAACGATTAAGTCTTTTTGTTTGGTCTGTTTTAGTGACGGCCTTTCTTTTATTATTATCTTTACCTGTATTGGCTGGGGCTATTACTATGTTATTAACTGATCGAAATTTTAATACTAGTTTCTTCGATCCTGCGGGAGGGGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTGTTC Dolabrifera_dolabrifera 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TACTTTATATATGATTTTTGGAATGTGATGTGGTTTAGTTGGGACTGGTTTAAGTCTTCTTATTCGTTTTGAATTAGGAACTGCTGGTTCTTTACTAGGTGACGATCATTTCTATAATGTTATTGTTACAGCCCATGCCTTTGTTATAATTTTTTTCATAGTAATGCCTATTATAATTGGAGGGTTTGGAAACTGAATAGTTCCCCTTCTTATTGGTGCTCCTGATATGAGTTTTCCTCGTATAAATAATATGAGTTTCTGGTTATTACCTCCTTCATTCCTGTTACTTTTAGTTTCTAGTTTGATGGAAGGAGGGGCTGGGACTGGTTGAACGGTGTACCCACCTCTTTCTGGTCCTATTGCTCATGGAGGTACTTCAGTTGATTTAGCTATTTTTTCACTACACTTAGCAGGTATGTCTTCTATTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACCACCATTTTTAATATGCGATCTCCTGGTATTACCTTTGAGCGATTAAGTCTTTTTGTTTGATCAGTTCTTGTAACTGCTTTCTTATTATTACTTTCTTTACCTGTTTTAGCTGGTGCTATTACTATGCTTCTTACTGATCGAAATTTCAATACAAGTTTTTTCGATCCAGCAGGTGGTGGAGACCCTATTCTTTACCAACACTTGTTT Notarchus_indicus_Philippines 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AACGTTATATATAATCTTCGGAATGTGATGTGGACTAGTAGGGACTGGGTTAAGTCTTTTAATTCGTTTCGAGTTAGGGACTGCAGGTTCTTTTTTAGGTGATGATCATTTTTATAATGTGATTGTTACAGCACACGCTTTCGTGATGATTTTTTTCATGGTAATGCCTATTATAATTGGAGGGTTTGGGAACTGAATAGTTCCTTTACTTATTGGGGCCCCTGACATAAGTTTTCCCCGAATAAATAATATGAGTTTTTGACTTTTACCTCCTTCTTTCTTGTTACTTTTAGTTTCGAGACTGATGGAAGGGGGAGCAGGAACTGGGTGGACAGTGTACCCGCCTCTTTCTGGGCCAATCGCTCACGGGGGGACATCTGTAGATTTGGCTATTTTCTCTCTTCATCTGGCAGGGATGTCTTCAATTCTAGGTGCGGTTAATTTTATTACAACTATTTTTAACATGCGTTCTCCTGGGATTACTTTCGAGCGACTAAGCTTGTTTGTTTGATCTGTACTAGTTACAGCTTTCTTGCTTTTACTTTCTCTTCCTGTTCTAGCGGGAGCTATTACTATGCTTCTGACTGATCGGAATTTTAATACTAGCTTCTTTGATCCTGCTGGAGGGGGAGATCCAATCCTATATCAACACCTGTTC Phyllaplysia_sp. AACATTATATATAATCTTTGGGATGTGATGTGGACTAGTAGGAACAGGACTGAGTTTATTAATTCGTTTTGAGTTGGGAACTCCGGGTTCTTTTCTAGGTGACGACCACTTTTACAATGTGATTGTAACGGCCCATGCTTTTGTGATGATTTTTTTTATAGTAATGCCTATTATGATTGGGGGTTTTGGAAATTGAATGGTTCCTCTGCTTATTGGGGCCCCTGATATAAGATTTCCCCGAATAAATAATATAAGTTTCTGACTTCTTCCGCCTTCTTTTTTATTATTATTAGTGTCTAGACTAATAGAAGGAGGTGCAGGAACTGGGTGAACAGTTTATCCCCCTCTTTCAGGACCTATTGCTCATGGAGGGACGTCAGTGGATTTAGCCATTTTCTCTCTTCATCTAGCGGGAATGTCTTCTATTTTAGGGGCTATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATGCGTTCTCCTGGAATTACCTTTGAGCGGCTTAGTCTATTTGTCTGGTCTGTGCTGGTGACACGGTTTTTACTTCTTCTTTCTCTTCCCGTATTAGCTGGTGCTATTACTATGTTATTAACTGACCGTAATTTTAACACTAGCTTCTTTGATCCTGCGGGGGGAGGAGACCCTATTTTATACCAACACCTGTTC Phyllaplysia_taylori AACATTTTACATAATTTTTGGAATGTGGTGTGGATTAGTAGGAACAGGGCTCAGTCTTTTAATTCGGTTTGAATTAGGGACTCCTGGTTCTTTCCTAGGTGACGACCACTTTTACAATGTAATTGTAACGGCTCATGCCTTTGTAATGATTTTTTTTATAGTAATGCCTATTATGATTGGGGGGTTTGGAAACTGAATAGTTCCGCTGCTCATTGGAGCTCCTGACATAAGTTTCCCCCGTATAAATAATATAAGTTTCTGACTCTTACCGCCTTCTTTCTTGTTACTTTTAGTCTCGAGTCTAATAGAAGGGGGAGCAGGAACTGGTTGAACGGTTTACCCTCCTCTCTCTGGGCCAATTGCTCATGGAGGAACGTCTGTGGATTTAGCGATTTTTTCTCTTCATTTAGCAGGAATGTCTTCTATTTTAGGGGCTATCAATTTTATTACAACTATTTTTAACATACGTGCCCCTGGAATCACTTTCGAGCGTCTTAGACTGTTTGTTTGATCTGTGCTAGTAACACGGTTTCTACTGCTTCTTTCACTTCCTGTGCTAGCTGGTGCGATTACTATGTTACTAACTGATCGAAATTTTAATACTAGTTTCTTTGACCCTGCTGGGGGAGGGGATCCTATTTTGTATCAACACCTGTTT Stylocheilus_longicauda AACATTATACATAATTTTTGGAATATGATGTGGTTTAGTCGGAACTGGGTTAAGTTTATTAATTCGTTTTGAGTTAGGAACTGCTGGTTCTTTCTTAGGTGACGATCATTTCTACAATGTAATTGTGACGGCTCATGCCTTCGTAATAATTTTCTTCATGGTGATACCAATTATAATTGGAGGATTCGGAAACTGAATAGTTCCCTTACTTATTGGTGCTCCCGATATAAGATTCCCTCGAATAAATAATATAAGTTTCTGACTTCTTCCTCCTTCTTTTCTATTACTACTAGTTTCAAGTTTAATAGAAGGAGGGGCTGGAACTGGATGAACAGTTTATCCACCTCTTTCTGGGCCTATTGCTCACGGAGGAACTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTTCACCTAGCAGGGATGTCTTCAATTTTAGGAGCCATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATACGTTCTCCTGGAATTTCCTTCGAACGTTTAAGTTTATTTGTTTGATCTGTTTTAGTAACTGCTTTCCTTTTACTACTTTCTCTTCCTGTACTTGCAGGTGCAATTACCATACTTTTAACAGATCGGAATTTCAATACTAGATTCTTCGATCCAGCTGGAGGAGGGGATCCTATTTTATATCAACACTTGTTC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = COI) = 1: 2-656\3, 2: 3-657\3, 3: 1-658\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = COI) = 1: 2-656\3, 2: 3-657\3, 3: 1-658\3; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3697] TITLE 16S; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=432; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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AGTCTAGAGA-AAAGTTATTCTAGATGAAGCCTGCCCGGTGATCAGA--TTTAACGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGTAATCAGTTGACTTTTAAATGAAGTCTTGTATGAATGGATTTATGGGATTAAGCTGTCTCTTCCGCACTCTATTGAAATTACTAACTAGGTGAAAAGGCCTAGAAATGAAAAAGGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTTTATAAAGAATTTTTGTTGGGGCGACAAGAAGACATCTA-TAACTCTTCTGTTGTAAAGTTT---ACTGCCGGGTTTTTCAAGAACGGATAAACTACCTGAGGGATAACAGCATAATCCA--TTAATGGGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAACTTGCATTCTAGCAGAATGTATAGTAAGGTTCTGTTCGAACTTTTTATCCT Phyllaplysia_taylori AGCCTAGAGA--AAATTATTCTAGGTGAAGCCTGCCCGGTGATTTAA--TTTAACGGCCGCGGTACTT-GACCGTGCTAAGGTAGCGTAATCAGTTGACTTTTAAATGAAGTCTTGTATGAATGGATTTATGGGATTAAGCTGTCTCTTCTGTACTTTATTGAAATTACTAACTAGGTGAAAAGGCCTAGGAATGAAAAAGGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTTTATA-ACGATTTTTGTTGGGGCGACAAGAAGACATCTA-TAACTCTTCTATTATAAAACTT-ATCTTGCCGGGTTTTCCAAGTATGGATAAACTACCTGAGGGATAACAGCATAATCCA--TTAATGGGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAACTTACATCCTAGCAGGATGTATAGTTAGGTTCTGTTCGAACTTTTTCTCCT Stylocheilus_longicauda AGCTTAGAGA---AATTATTCTAGGTGAAGCCTGCCCGGTGAAGA----TTTAACGGCCGCGGTACCCTGACCGTGCTAAGGTAGCGTAATCAGTTGACTTTTAAATGAAGTCTAGTATGAATGGATCAATGGGATTAAGCTGTCTCTTTTTTATTTTATTGAAATTACTAATTAGGTGAAAAGGCCTAAAAGTGAAAAAGGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTTAATAATAAATTTTTGTTGGGGCGACAAGAAGACATAAT-TAACTCTTCTAAAATAAAATTT--ACTTGCCGGTTTTTCCAAGAATGGATAAACTACCTAAGGGATAACAGCATAATCCA--TTTATGGGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAACTTGTATCCTAGCAGGATATATAGTTAGGTTCTGTTCGAACTTTTTCTCCT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 16S) = N: 1-432; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 16S) = N: 1-432; END; BEGIN TREES; TITLE Tb5876; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Stylocheilus_longicauda, 2 Phyllaplysia_taylori, 3 Phyllaplysia_sp., 4 Petalifera_ramosa_Philippines, 5 Petalifera_ramosa_Canary_Islands, 6 Notarchus_indicus_Philippines, 7 Notarchus_indicus_Japan, 8 Dolabrifera_dolabrifera, 9 Dolabella_auricularia_Mexico, 10 Dolabella_auricularia_Guam, 11 Bursatella_leachii, 12 Aplysia_punctata, 13 Aplysia_cervina, 14 Akera_bullata, 15 Haminoea_virescens, 16 Bulla_gouldiana; TREE Fig._5a = [&R] (16,(15,(14,((13,12)Aplysia,((((11,1),(5,4)Petalifera_ramosa),(8,(3,2)Phyllaplysia)),((10,9)Dolabella_auricularia,(7,6)Notarchus_indicus))Notharchidae))Anaspidea)); END;