#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 11:34 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hedin M. 2001. Molecular Insights into Species Phylogeny, Biogeography, and Morphological Stasis in the Ancient Spider Genus Hypochilus (Araneae: Hypochilidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 18(1): 238-251. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S716] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=22; TAXLABELS Hypochilus_bernardino Hypochilus_bonnetti Hypochilus_coylei Hypochilus_gertschi_isolate_GERT_1 Hypochilus_gertschi_isolate_GERT_2 Hypochilus_jemez Hypochilus_kastoni_isolate_KAST_1 Hypochilus_kastoni_isolate_KAST_2 Hypochilus_petrunkevitchi_isolate_PETR_1 Hypochilus_petrunkevitchi_isolate_PETR_2 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_1 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_2 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_3 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_4 Hypochilus_sheari_isolate_SHEA_1 Hypochilus_sheari_isolate_SHEA_2 Hypochilus_sp._South_Fork_Colorado Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_1 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_2 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_3 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_4 Sphodros_abbotti ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=11; TAXLABELS Hypochilus_bernardino Hypochilus_bonnetti Hypochilus_cf._jemez Hypochilus_coylei Hypochilus_gertschi Hypochilus_jemez Hypochilus_kastoni Hypochilus_petrunkevitchi Hypochilus_pococki Hypochilus_sheari Hypochilus_thorelli ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=10; TAXLABELS Hypochilus_bernardino Hypochilus_bonnetti Hypochilus_gertschi Hypochilus_jemez Hypochilus_kastoni Hypochilus_petrunkevitchi Hypochilus_pococki Hypochilus_sheari Hypochilus_thorelli Sphodros_abbotti ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=12; TAXLABELS Ectatosticta Hypochilus_bernardino Hypochilus_bonnetti Hypochilus_cf._jemez Hypochilus_coylei Hypochilus_gertschi Hypochilus_jemez Hypochilus_kastoni Hypochilus_petrunkevitchi Hypochilus_pococki Hypochilus_sheari Hypochilus_thorelli ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2279] TITLE COI; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=349; FORMAT DATATYPE=Protein SYMBOLS= "A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y" MISSING=? 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Hypochilus_thorelli 1211110114100GAPDMAFPRMNNLSFWLLPPSLILLLLSSLNEVGAGTGWTIYPPLSSVIAHAGASVDMAIFSLHLAGASSIMGAINFITTIINMRLKGISMEKVPLFVWSVLITAVLLLLSLPVLAGAITMLLTDRNFNTSFFDPAGGGDPILFQHLFWFFGHPEVYILILPGFGIVSHIISYSAGKREPFGVLGMIYAMAGIGGMGFVVWAHHMFSVGMDVDTRAYFTAATMVIAVPTGIKIFSWMATLHGAYYKFNSSLLWSMGFIFLFTLGGITGVVLANSSLDIVLHDTY-----------------------------------------------------------------GGCCCTCGAAATCCTGTGGCGGGGGGATTCAGTCAGGAGGGGCGGAGGTGT-CGCCGGCCATCCTCGATGGACCC--TTTACGGGCCGGTCCGGTGGCAC-TGTCTCTGTTCCGCCTGACGCATTTCCTCCCGCACGAAGGACGCCGCAGCCGGTTGGGTAGCTGCGCGTGTCGGCCTTAAGGACGGGCAACGGAAGGTGACCGGTGGCGTCGCTTC------GGCTTCGTCGCCGGTTGTTATCCAGCCCGCCCGTGGCGCGACACCCGACCGAGG--TTTGTAAGGTCCCTT-TCC----GGGACCTC------------GCCGTCCCCTCCCGCTTCGGAAG--TGGGCGATCCGGCAAGCACATCGCGGCGCC-----GTCACGCCACTCTTCGTAGTGGTCGACGCGCCGAG-GTTGCCGTTGGTTTCGGATCTCGTCCCACGGGGGTGTTCTGGCGGCTAGCGGCGAGTAGGTCGGTCACCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGTGCGCGAGTCACGGGGTCTTGAATAGGCCGCAGAGGCGCAATGAAAGTGAAGGTCGACCTCGACGTCGACTGTGTTGGGA--CTCTCCGCCC---ACTCCGGGCGGGGAAGCACCAACGACCCGTCCTATCCGAT--TTATCGGTTGGGCGGAGTCTGAGCGTACACGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGGGCAGGACGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGTCCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAGACCCGGGTATAG ; END; BEGIN SETS; CHARSET 28S (CHARACTERS = 28S_COIaa_morph) = 363-1171; CHARSET morphology (CHARACTERS = 28S_COIaa_morph) = 1-13; CHARSET COI_aa (CHARACTERS = 28S_COIaa_morph) = 14-362; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2281] TITLE Appendix_I; LINK TAXA = Taxa4; DIMENSIONS NCHAR=13; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3 4" MISSING=? GAP= -; CHARSTATELABELS 1 black_thumbprint_mark_on_retrolateral_surface_of_male_pedipalpal_tarsus / absent present, 2 intensity_of_dark_pigmentation_on_male_sternum / absent light heavy, 3 length_of_male_pedipalpal_conductor_in_retrolateral_view / '0.45-0.60 mm' 0.70–1.00_mm, 4 length_of_male_pedipalpal_tarsus_in_retrolateral_view / '>2.5 mm' '1-<1.3 mm', 5 diameter_of_anterior_eye_pupil / '0-0.07–0.12 mm' '1-0.16–0.24 mm', 6 'shape of male pedipalpal tibia maximum width in retrolateral view in mm/length i' / 0.11–0.15 0.17–0.22 0.24–0.29, 7 Spermathecal_ducts / not_convoluted convoluted, 8 primary_web_construct / sheet lampshade, 9 sigilla / three_pairs_clearly_defined poorly_defined_labial_sigilla_only, 10 shape_of_apex_of_conductor / 'boat-shaped' hooked twisted corkscrewed 'beak-shaped', 11 number_of_promarginal_cheliceral_teeth / eight five six, 12 retromarginal_cheliceral_teeth / 1–6_large_teeth_distributed_along_entire_length group_of_6_–15_denticles_situated_distally, 13 palpal_conductor_distal_apophysis / absent present, ; MATRIX Ectatosticta 0000000000000 Hypochilus_bernardino 0101021112101 Hypochilus_bonnetti 0001000111110 Hypochilus_cf._jemez 0001010111{12}10 Hypochilus_coylei 1211110114200 Hypochilus_gertschi 1111121113100 Hypochilus_jemez 0001000111210 Hypochilus_kastoni 0101010112100 Hypochilus_petrunkevitchi 0101021112101 Hypochilus_pococki 1111110113100 Hypochilus_sheari 1211110114200 Hypochilus_thorelli 1211110114100 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2282] TITLE COI; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1047; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Hypochilus_bernardino 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Hypochilus_bonnetti 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Hypochilus_coylei 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Hypochilus_gertschi_isolate_GERT_1 ---------------------------ATAAATAATTTAAGTTTTTGGTTGTTACCGCCTTCTTTAATTTTATTATTGTTATCGTCTTTGAGAGAAATAGGTGTCGGAACAGGGTGGACTATTTATCCACCTTTAAGAAGATCAATTGCCCATGCTGGGGTATCCGTAGATATAGCAATTTTTTCTTTACATTTGGCTGGGGCTTCTTCTATTATAGGAGCTATTAATTTTATTACTACTATTATTAATATACGTTTAAAGGGTGTAAGAATGGACAAAGTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTGCTTATTACAGCAGTTCTTCTTCTTCTTTCTTTACCTGTTTTGGCTGGAGCTATTACTATATTGCTAACTGACCGTAATTTTAATACTTCTTTTTTTGACCCGGCTGGGGGCGGGGATCCTATTTTGTTTCAACATTTATTCTGGTTTTTTGGTCACCCTGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGGATTTGGTATTGTATCGCATATTATTAGTTATTCTGCTGGTAAACGTGAGCCCTTCGGAGTCTTAGGTATAATTTATGCTATAGCTGGTATTGGGGGGATGGGGTTTGTAGTTTGAGCTCATCATATATTTTCTGTTGGGATGGATGTGGATACTCGAGCTTATTTTACGGCTGCGACTATAGTTATCGCTGTGCCCACGGGAATTAAAATTTTTAGTTGGATAGCTACTTTGCACGGTGCTTATTTTAAATTTAATAGCCCGTTATTGTGGAGAATAGGCTTTATTTTTTTATTCACTTTAGGGGGGATTACAGGGGTAGTGTTAGCTAATTCTTCTTTAGATATTGTTTTGCATGACACCTATTATGTAGTAGCGCACTTTCATTATGTTCTTAGAATAGGGGCGGTATTTACTATTATAGCGGGTATTACTTATTGATTTTCTTTATTTTTTGGTGTTAGTTTAAACGATAAAATAGCTAAGTTGCAATTTTATGTAATATTTATTGGGGTTAATATAACTTTCTTTCCTCAGCATTTTTTAGGTCTAAATGGTATG Hypochilus_gertschi_isolate_GERT_2 GGGGCTCCCGATATGGCGTTTCCTCGGATAAATAATTTAAGTTTTTGGTTATTACCTCCTTCTTTAATTTTATTATTGTTGTCTTCTTTAAATGAGATAGGAGCTGGTACGGGGTGAACGATTTACCCTCCATTAAGAAGATCTATTGCGCATGCAGGGGTTTCTGTAGACTTAGCTATTTTTTCTTTGCATTTAGCTGGGGCGTCTTCTATTATAGGGGCCATTAATTTTATCACTACTATTATTAATATGCGTTTAAAGGGTGTTAGAATGGACAAAGTGCCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTTATTACAGCTGTACTCCTTCTTCTTTCGTTACCAGTTTTAGCTGGTGCTATTACTATATTGTTAACAGATCGTAATTTCAATACATCTTTTTTTGATCCTGCTGGAGGGGGGGATCCAATTTTGTTTCAACATTTATTTTGGTTCTTTGGGCACCCCGAGGTGTACATTTTAATTTTACCAGGGTTTGGTATTGTATCTCATATTATTAGTTATTCTGCGGGTAAACGTGAGCCTTTTGGGGTGTTGGGGATAATTTATGCTATAGCTGGTATTGGGGGTATAGGATTTGTGGTTTGAGCTCATCACATGTTTTCTGTAGGAATAGATGTAGACACTCGTGCGTATTTTACGGCTGCGACTATAGTTATCGCGGTGCCTACAGGTATTAAAATTTTTAGTTGAATAGCTACTTTGCACGGTGCTTATTTTAAATTTAATAGTCCTTTATTATGAAGCATAGGTTTTATTTTTTTATTTACTTTAGGGGGGGTCACGGGGGTAGTGTTAGCTAATTCTTCTTTAGACATTGTTTTGCATGATACTTATTATGTAGTAGCTCATTTTCATTATGTGTTGAGAATAGGGGCTGTTTTTACTATTATAGCTGGAATTACTTATTGATTTTCTTTATTTTTTGGTGTTAGTTTAAATGAAAAGATAGCAAAATTGCAATTTTTTGTAATATTCATTGGTGTAAATTTAACCTTTTTCCCCCAGCATTTTTTAGGCTTGAACGGGATA 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Hypochilus_pococki_isolate_POCK_3 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Hypochilus_pococki_isolate_POCK_4 ------------------------CGTATGAATAATTTAAGTTTTTGGTTGTTACCTCCTTCTCTAATCTTGTTGTTGTTGTCGTCTTTAAATGAGACAGGTGTAGGTACTGGGTGGACTATTTACCCCCCTTTAAGAAGAGCTATTGCGCATGCTGGGGCTTCTGTAGATATGGCTATTTTTTCTTTGCATTTAGCTGGGGCTTCTTCTATTATGGGTGCTATTAATTTTATTACTACTATTATCAACATGCGATTAAAGGGTGTGAGAATAGAAAGGGTTCCTTTATTTGTTTGGTCGGTGCTAATTACGGCTATTTTACTTCTTTTGTCGTTACCGGTTTTGGCTGGGGCTATTACTATGTTGTTGACTGATCGAAACTTTAATACTTCTTTTTTTGATCCTGCTGGAGGTGGGGATCCAATTTTGTTTCAGCATTTATTTTGATTTTTTGGGCATCCTGAAGTGTATATTTTAATTTTACCAGGGTTTGGTATTGTATCTCATATTATTAGATATTCTGCTGGGAAACGTGAGCCTTTCGGTGTGTTAGGCATGATTTATGCTATGGCTGGTATTGGGGGGATAGGCTTTGTCGTATGAGCTCATCATATGTTTTCTGTTGGGATGGATGTTGATACGCGAGCGTACTTTACTGCTGCGACGATAGTGATCGCTGTTCCCACAGGAATTAAAATTTTTAGATGGATAGCTACGTTGCATGGAGCTTATTTTAAGTTTAATAGTCCTTTATTGTGAAGAATAGGGTTTATTTTTTTATTTACTTTAGGTGGTATTACTGGAGTGGTTTTAGCTAACTCTTCTTTAGACATTGTGCTTCACGATACTTATTATGTTGTGGCGCATTTTCATTATGTTTTAAGAATGGGGGCGGTGTTTACTATTATGGCGGGAATAACTTATTGGTTTTCTTTATTTTTTGGGATTAGTTTAAATGAAAATATAGCGAAGTTGCAGTTTTTTGTTATATTTATTGGGGTCAATTTAACTTTTTTCCCTCAGCATTTTTTAGGGTTAAATGGGATA Hypochilus_sheari_isolate_SHEA_1 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Hypochilus_sheari_isolate_SHEA_2 ---------------------------ATAAACAATTTAAGTTTTTGGTTGCTACCTCCCTCTTTAGTTTTATTACTTGCTTCTTCTTTGAGCGAGATAGGGGCAGGCACTGGGTGAACAATTTACCCGCCTCTTAGAAGATCTATTGCTCACGCAGGGGTATCTGTCGATATAGCAATTTTTTCTTTACATTTAGCGGGGGCTTCTTCTATTATAGGGGCCATTAATTTTATTACTACAATTTTAAATATACGCTTAAAGGGTGTTAGAATAGAAAAGGTGCCTTTATTTGTTTGATCAGTTCTTATTACGGCTGTTTTGCTTCTTTTATCGTTACCTGTCTTGGCGGGAGCTATTACTATGTTGTTAACAGACCGAAATTTTAATACTTCTTTTTTTGATCCAGCTGGAGGAGGTGATCCAGTTTTATTTCAACACTTATTTTGATTTTTTGGGCATCCTGAGGTATATATTTTAATTTTACCAGGGTTTGGTATTGTGTCGCATATTATTAGCTATTCGGCTGGAAAGCGAGAACCTTTTGGTGTATTAGGTATAATTTATGCTATAGCTGGAATTGGGGGTATGGGATTTGTAGTTTGAGCTCATCATATATTTTCTGTAGGAATAGATGTAGATACACGAGCATATTTTACTGCTGCCACTATAGTAATTGCAGTTCCCACAGGAATTAAAATTTTTAGATGAATAGCTACTTTACACGGGGCCTATTTTAAGTTTAATAGTCCTTTATTATGAAGAATAGGATTTATTTTTTTATTTACTTTAGGAGGGATTACTGGAGTGGTGTTAGCTAATTCTTCTTTAGACATTGTATTACATGATACTTATTATGTAGTGGCCCATTTTCACTATGTTTTGAGAATAGGGGCTGTATTTACTATTATGGCTGGTATAACTTATTGATTTTCCTTGTTTTTTGGTGTTAGATTAAATGAAAATATAGCTAAATTGCAATTTTTTGTTATATTTATTGGGGTAAATTTAACCTTTTTCCCTCAACATTTTTTAGGTCTAAATGGTATA Hypochilus_sp._South_Fork_Colorado 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Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_1 GGTGCGCCGGATATAGCGTTTCCTCGTATAAATAATTTAAGATTTTGGTTGTTACCTCCTTCGTTAATTTTGTTGTTGTTATCGTCATTAAATGAAGTGGGAGCGGGAACGGGGTGAACAATTTACCCTCCTTTAAGAAGAGTTATTGCGCATGCAGGGGCTTCTGTGGATATAGCGATTTTTTCACTTCATTTAGCAGGGGCTTCTTCTATTATGGGGGCTATTAATTTTATTACTACTATTATCAATATGCGGTTAAAGGGGATTAGTATAGAAAAAGTGCCCTTATTTGTTTGATCTGTCCTTATTACGGCGGTGCTTCTTCTCTTATCTTTGCCGGTTTTGGCTGGGGCTATTACTATGTTGTTGACTGATCGAAATTTTAACACATCTTTCTTTGACCCCGCAGGAGGGGGAGATCCAATTTTGTTTCAGCATCTGTTTTGATTTTTTGGTCATCCCGAAGTGTATATTCTTATTTTACCAGGATTTGGTATTGTCTCTCATATCATTAGCTATTCTGCAGGTAAGCGAGAGCCTTTTGGTGTATTAGGCATAATCTATGCTATAGCTGGGATTGGCGGCATAGGTTTTGTAGTTTGGGCTCATCATATATTTTCTGTTGGTATGGATGTAGACACGCGTGCGTATTTTACTGCGGCGACGATAGTAATTGCTGTCCCCACAGGAATCAAAATTTTTAGCTGGATAGCCACATTGCATGGGGCTTATTATAAGTTTAACAGTTCTTTATTGTGAAGAATGGGGTTTATTTTTTTGTTTACTTTGGGGGGTATCACTGGAGTAGTATTGGCTAATTCTTCTTTAGATATTGTTTTGCATGATACTTAT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 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Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_3 GGCGCGCCGGATATGGCGTTTCCTCGTATAAATAATTTAAGATTTTGGTTATTACCCCCTTCGTTAGTTCTGTTGTTATTGTCGTCATTAAATGAAGTAGGAGCAGGCACAGGGTGAACAATTTACCCACCTTTAAGAGGGGTTATCGCGCATGCAGGGGTTTCTGTAGATATAGCTATTTTTTCATTACATTTAGCAGGTGCTTCTTCTATTATAGGGGCAATTAATTTTATTACTACTATTATTAATATGCGATTAAAGGGGGTCAGTATAGAAAAAGTGCCTTTATTTGTGTGATCTGTTCTAATTACGGCAGTGCTTCTCCTGTTATCTTTACCGGTTTTGGCCGGGGCTATTACTATACTGCTGACTGATCGAAATTTTAATACATCTTTCTTTGATCCTGCCGGAGGTGGAGATCCAATTTTGTTTCAGCATTTGTTTTGATTTTTTGGCCATCCTGAAGTGTATATTCTTATTTTGCCAGGGTTTGGCATTGTTTCTCATATTATTAGATATTCTGCAGGTAAGCGTGAGCCTTTTGGTGTGTTGGGTATGATTTATGCTATAGCTGGTATTGGGGGTATAGGTTTTGTAGTTTGGGCTCATCATATATTTTCTGTCGGCATGGATGTGGATACGCGTGCTTATTTTACTGCGGCGACTATAGTAATTGCTGTTCCCACAGGGATTAAAATTTTTAGTTGGATAGCTACGTTGCATGGTGCTTATTATAAATTTAACAGTTCTCTGTTGTGAAGAATGGGGTTTATTTTTTTGTTTACTTTGGGAGGTATTACTGGAGTAGTATTGGCGAATTCTTCTTTAGATATTGTTTTGCATGATACTTATTACGTTGTGGCTCATTTTCATTATGTTTTAAGAATAGGGGCGGTGTTTACTATTATGGCTGGTATAACTTATTGATTTTCTTTGTTTTTCGGTGTTAGTTTGAATGAGAATTTGGCTAAGTTGCAATTTTTTGT{CT}ATGTTTGTTGGTGTCAATTTAACATTTTTCCCTCAACATTTTTTGGGGTTAAATGGTATA Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_4 GGCGCGCCGGATATGGCGTTTCCTCGTATAAATAATTTAAGATTTTGGTTATTACCCCCTTCGTTAGTTCTGTTGTTATTGTCGTCATTAAATGAAGTAGGAGCAGGCACAGGGTGAACAATTTACCCACCTTTAAGAGGGGTTATCGCGCATGCAGGGGTTTCTGTAGATATAGCTATTTTTTCATTACATTTAGCAGGTGCTTCTTCTATTATAGGGGCAATTAATTTTATTACTACTATTATTAATATGCGATTAAAGGGGGTCAGTATAGAAAAAGTGCCTTTATTTGTGTGATCTGTTCTAATTACGGCAGTGCTTCTCCTGTTATCTTTACCGGTTTTGGCCGGGGCTATTACTATACTGCTGACTGATCGAAATTTTAATACATCTTTTTTTGATCCTGCCGGAGGTGGAGATCCAATTTTGTTTCAGCATTTGTTTTGATTTTTTGGCCATCCTGAAGTGTATATTCTTATTTTGCCAGGGTTTGGCATTGTTTCTCATATTATTAGATATTCTGCAGGTAAGCGTGAGCCTTTTGGTGTGTTGGGTATGATTTATGCTATAGCTGGTATTGGGGGTATAGGTTTTGTAGTTTGGGCTCATCATATATTTTCTGTCGGCATGGATGTGGATACGCGTGCTTATTTTACTGCGGCGACTATAGTAATTGCTGTTCCCACAGGGATTAAAATTTTTAGTTGGATAGCTACGTTGCATGGCGCTTATTATAAATTTAACAGTTCTCTGTTGTGAAGAATGGGGTTTATTTTTTTGTTTACTTTGGGAGGTATTACTGGAGTAGTATTGGCGAATTCTTCTTTAGATATTGTTTTGCACGATACTTATTACGTTGTGGCTCATTTTCATTATGTTTTAAGAATAGGGGCGGTGTTTACTATTATGGCTGGCATAACTTATTGATTTTCTTTG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Sphodros_abbotti GGAGCGCCTGATATAGCTTTTCCTCG{AT}TTAAATAATTTAAGTTTTTGGTTGTTACCTCCTTCTTTGTTTTTTTTAATGTTGTCTTCTTTTTTAGATGTTGGGGTTGGTACTGGTTGGACTTTATACCCCCCTCTTTCTTCTTTGATAGGGCAGAGAGGTGTTAGATTAGATTTTGCTATTTTTTCTTTGCATTTGGCTGGAGCTTCTTCTATTTTGGGAGCTATTAATTTTATTTCTACGATTTTAAATATGCGATCTTTTGGAATGAGAATGGATAAAGTACCTCTTTTTGTTTGATCAGTGATAGTAACTGCTGTTTTGTTATTGTTGTCTTTACCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATATTGTTGACTGATCGAAATTTTAATACTACTTTTTTTGATCCTTCTGGAGGTGGGGATCCTATTTTATTTCAACATTTGTTTTGGTTTTTTGGCCATCCTGAAGTTTATATTTTGATTTTACCAGGGTTTGGAATAATTTCTCATATTGTTAGAAGTTCGGTTGGTAAACGTGAACCTTTTGGCTCTTTAGGGATGATTTATGCTATAGTTGGCATTGGCGGTATAGGCTTTGTTGTTTGAGCTCATCATATATTTTCTGTTGGAATGGATGTTGATACTCGAGCTTATTTTACTTCAGCTACGATGATTATTGCAGTACCTACAGGAATTAAAATCTTTAGATGAATGGCTACTTTATATGGATCTTATTTTAAGCTGGATGCCTCTATTTTGTGAAGAATTGGGTTTATTTTTTTGTTTACTATTGGGGGTATTACTGGAGTAGTATTGGCTAATTCTTCTTTGGATGTGGTTCTTCATGATACTTATTATGTAGTAGCTCATTTTCATTATGTTTTAAGAATGGGAGCGGTTTTTGCTATTATGGGAGGGATAGTATATTGGTTTCCTTTATTTTTTGGTTTAGTGATTAATGCTAAGCATTTGGTGTTGCAGTTTGTTATTATATTTGTAGGGGTAAATTTAACTTTTTTTCCTCAACATTTTTTAGGATTGAATGGGATA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = COI) = 1: 1-1045\3, 2: 2-1046\3, 3: 3-1047\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = COI) = 1: 1-1045\3, 2: 2-1046\3, 3: 3-1047\3; END; BEGIN TREES; TITLE Tb5884; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Hypochilus_bonnetti, 2 Hypochilus_jemez, 3 Hypochilus_kastoni, 4 Hypochilus_petrunkevitchi, 5 Hypochilus_bernardino, 6 Hypochilus_pococki, 7 Hypochilus_gertschi, 8 Hypochilus_sheari, 9 Hypochilus_thorelli, 10 Sphodros_abbotti; TREE Fig._2A = [&R] ((1,2),((5,(4,3)),(7,(6,8,9)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5881; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_3, 2 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_4, 3 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_2, 4 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_1, 5 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_3, 6 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_1, 7 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_2, 8 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_4, 9 Hypochilus_sheari_isolate_SHEA_1, 10 Hypochilus_sheari_isolate_SHEA_2, 11 Hypochilus_coylei, 12 Hypochilus_gertschi_isolate_GERT_1, 13 Hypochilus_gertschi_isolate_GERT_2, 14 Hypochilus_kastoni_isolate_KAST_2, 15 Hypochilus_kastoni_isolate_KAST_1, 16 Hypochilus_petrunkevitchi_isolate_PETR_2, 17 Hypochilus_petrunkevitchi_isolate_PETR_1, 18 Hypochilus_bernardino, 19 Hypochilus_bonnetti, 20 Hypochilus_sp._South_Fork_Colorado, 21 Hypochilus_jemez, 22 Sphodros_abbotti; TREE Fig._3 = [&R] ((21,(19,20)),((17,(18,16)),((14,15),(((4,((1,2),3)),11),((7,((9,10),(12,13))),(6,(5,8))))))); TREE 'Fig. 3 + OG' = [&R] (22,((21,(19,20)),((17,(18,16)),((14,15),(((4,((1,2),3)),11),((7,((9,10),(12,13))),(6,(5,8)))))))Hypochilus); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5883; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Ectatosticta, 2 Hypochilus_gertschi, 3 Hypochilus_thorelli, 4 Hypochilus_pococki, 5 Hypochilus_coylei, 6 Hypochilus_sheari, 7 Hypochilus_kastoni, 8 Hypochilus_bernardino, 9 Hypochilus_petrunkevitchi, 10 Hypochilus_bonnetti, 11 Hypochilus_jemez, 12 Hypochilus_cf._jemez; TREE Fig._5A = [&R] (1,((10,11,12),(7,(8,9),(2,(3,(5,6),4))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5882; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Hypochilus_bonnetti, 2 Hypochilus_cf._jemez, 3 Hypochilus_coylei, 4 Hypochilus_gertschi, 5 Hypochilus_jemez, 6 Hypochilus_kastoni, 7 Hypochilus_petrunkevitchi, 8 Hypochilus_pococki, 9 Hypochilus_sheari, 10 Hypochilus_thorelli, 11 Hypochilus_bernardino; TREE Fig._5B = [&R] (((1,2),5),((6,(7,11)),((8,4),9,(10,3)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5885; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_3, 2 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_4, 3 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_2, 4 Hypochilus_thorelli_isolate_THOR_1, 5 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_3, 6 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_1, 7 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_2, 8 Hypochilus_pococki_isolate_POCK_4, 9 Hypochilus_sheari_isolate_SHEA_1, 10 Hypochilus_sheari_isolate_SHEA_2, 11 Hypochilus_coylei, 12 Hypochilus_gertschi_isolate_GERT_1, 13 Hypochilus_gertschi_isolate_GERT_2, 14 Hypochilus_kastoni_isolate_KAST_2, 15 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