#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 9:57 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ekman S. 2001. Molecular phylogeny of the Bacidiaceae (Lecanorales, lichenized Ascomycota). Molecular Ecology, 105(7): 783-797. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S717] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=67; TAXLABELS Arthrosporum_populorum Bacidia_absistens Bacidia_arceutina Bacidia_auerswaldii Bacidia_bagliettoana Bacidia_beckhausii Bacidia_biatorina Bacidia_circumspecta Bacidia_diffracta Bacidia_fraxinea Bacidia_hemipolia Bacidia_hostheleoides Bacidia_incompta Bacidia_laurocerasi_ssp_laurocerasi Bacidia_lutescens Bacidia_medialis Bacidia_polychroa Bacidia_rosella Bacidia_rubella Bacidia_sabuletorum Bacidia_schweinitzii Bacidia_scopulicola Bacidia_subincompta Bacidia_suffusa Bacidia_vermifera Bacidina_arnoldiana Bacidina_caligans Bacidina_chloroticula Bacidina_delicata Bacidina_egenula Bacidina_inundata Bacidina_phacodes Biatora_sphaeroides Biatora_vernalis Catillaria_globulosa Cliostomum_griffithii Lecania_cyrtella Lecania_naegelii Leifidium_tenerum Megalaria_grossa Megalaria_laureri Ramalina_fastigiata Ramalina_siliquosa Sphaerophorus_globosus Thamnolecania_brialmontii Toninia_alutacea Toninia_aromatica Toninia_candida Toninia_cinereovirens Toninia_coelestina Toninia_lutosa Toninia_nordlandica Toninia_opuntiodes Toninia_pennina Toninia_philippea Toninia_plumbina Toninia_rosulata Toninia_sculpturata Toninia_sedifolia Toninia_squalida Toninia_talparum Toninia_taurica Toninia_toniniana Toninia_tristis_ssp_tristis Toninia_verrucarioides Tylothallia_biformigera Waynea_californica ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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TAGAG-AG-------------G-GGC--TTCGC--GCCCCA-G----------------GGGG-TTC-CG----GCCTCC-G-CCTCT----CCA-CCCCGTGAA-TAC-TCTACCG-CTA--------------C-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGAG--GTA---A--T--G--C----------TCATGCC-CGG--TC---------G-------CCG-GC-------G--AGTGCGCCCGCCGA-AAGC---CC-ACC--A--GA--ACTC--G----TTTT--A-TTTC--A-ACGTCTGA-G--TA---------TTAT--ATC-AATG-----AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-ACCCTCAAGCGT-AGCTTGGTCTTGGGTCC--ACGC--------CCCTGT--TAC------------GGGCGGGCCTGAAAAGAAGTG-GCGGTCC-GG-TGT-GACTTT-GAGCGTAGTAATTTGA-TC------TC-CCGCTT-TGAAA--G---T--T-TG--CACT-----G-CG-GCCCGCCAAA------ACCC---CCC-TATA--TT-CT------------TC-CAA- Bacidia_laurocerasi_ssp_laurocerasi 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CTGAG-AG-------------G-AGC--TTCGT--GCTCCA-G----------------GGGG-CTC-CG----GCCCCC-G-CCTCT----CAA-CCCTGTGAA-GAT--ATTCC-AAT----ATA----CTCTT-GT-TGCCTTGGCGGG-----GG--TTT---A--G--G--C----------CC-----------------------------------------------------CCGCCAG-CAGC---GC-ACC--A--AA--ACTC--G----TTTT--A-TCAA--G-TCGTCAGA-G--TA---------AAAA--CTA-AAT------AAG----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGG-TATTCCGGAGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTG-CA-ACCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CC--TCGC--------CCCGC---------------AAGGAGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GGTGTCC-GG-TGT-GACTTT-GGGCGTAGTAAATTT--TC------TC-CCGCTC-TGAAA--G--CC--T-CG--CAT---C--G-TG-AT-GCCCAGA------ACCC---CCC--A-A--TT-CTC-----------TC-AAG- Bacidia_sabuletorum CAGAG-AG-G-----------G-GGCG-TCCGC--GCCCTC-G----------------GGGG-CTC-CG----GCCCCC-A-CCTCT----ACA-CCC-GTGCT-CAC--GTACCG-TTTTCC-----------T-GT-TGCCTTGGCGGGCCTTGGGCCCTC---AC-C--G--C----------CCACGCC-GGC--CC-----ACCTG-------CCG-GC-------G--CGTG--CCCGCCAA-TTGC---CC-CCC--A--CA--AATC--G----TTTG--A-TCGG-TG-AAGTCTGA-G--CG---------TGATGTATC-AAT------AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCCGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-CCCCTCAAGCGT-AGCTTGGTCTTGGGTCC--GCGC--------CGCCC------------------CGGCGTCCCCGAAAAGCATTG-GCGGTCCGGG-GGC-GACTTC-CAGCGTAGTAGATCAA-CC------TC-CCGCTG-CGAAGC-G--CC--------CCCG-----G-TG-GC-CCCCAGAC-----AAGC---CCC----ATCAG-CC------------TC-AAT- Bacidia_schweinitzii 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CAGAG-AG-------------G-GGC--TTCGC--GCTCCA-G----------------GGGG-TTT-CG----GCCCCC-G-ACTCT----CAA-CCCTGTGAA-TAT--TTACCG-TTA--------------C-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGGG--CCC------T--G--C----------TCATGCC-GGT--TC---------G-------CCG-GC-------G--AGCG--CCCGCCGG-AAGC---CC--CC--A--AC--ATTC--G----TATT--A-TTAT-TG-TCGTCCGA-G--CA---------TCAT--AAG-AAT------AAA----T-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TACTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTA-CA-CCCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CG--TCGC--------CCCCCC--GCC---------AAGGGGCGTGCCCCAAAAGTAGTG-GCGGTCC-GG-TGC-GACTTT-GAACGTAGTAAAACT--TA------TC-CCGTTC-TGAAA--G--CCT-T-CG--CGCT-----G-TG-GCCGGCCAAA------AGCC---ACCG------AT-TT------------TC-CAC- Bacidia_suffusa CTGAG-AG-------------G-AGC--TTCGC--GCTCCA-G----------------GGGG-CTC-CG----GCCCCT-G-CCTCT-----CA-CCCTGTGAA-GAT--ATTCC-ATT----CTA----CCTTT-GT-TGCCTTGGCGGG---------------G--T--G--C----------TCCGGCC-----------------------------------------------CCCGCCAG-CAGC---GC-ACC--A--AA--ACTC--G----TTCT--T-AACG--G-CCGTCCGA-G--TC---------TATAC-TTT-AAT------AAG----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACACTGCGCCCCCTGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTG-CA-ACCCTCAAGCGT-AGCTTGGTCATGGG-CG--TCGC--------CCCGC---------------GAGGAGCGTGCCTGAAAATCAGTG-GGTGTCC-GG-CGT-GACTTT-GGGCGTAGTCAATTC--TC------TC-CCGCTC-TGAAA--G--CC--T-CG--CGC---C----T--GC-TGCCCAA------ACCC---CCCC------CA-CT------------CT-CAA- Bacidia_vermifera AAGAG-AG-------------G-GGC--TTCG---GCTCCA-G----------------GGGG-TTT-CG----GCCCCC-G-ACTCT----CCA-CCCTGTGAA-TAT--CTACCT-TTA--------------C-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGGG--GTC---A--T--G--C----------CCATGCC-GGT--TC---------G-------CTG-GC-------G--AGTG--CCCGTCAG-AAGC---CC-ACC--A--AA--AATC--AAT--TTTA--T-TCAG-TG-TCGTCTGA-G--TC---------TTAT--ATC-AAT------AAG----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTA-CA-CCCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CG--TCGC--------TTACCT--GCC---------AGGGAGCGTGCCTGAAAAGCAGTG-GCGGTTC-GG-CGC-GACTTT-GAACGTAGTAAATCT--TC------TC-CCGTTC-TGAAA--G--C---T-CG--CGC---C--G-TG-ATCAGCCAGA------AAAC---CACC-A-A--AT-CT------------TC-AAT- Bacidina_arnoldiana CAGAG-AG-------------G-AGC--TTCGC--GCTCCA-G----------------GGGG--TT-C-----GCCTCC-G-CCTCT----CAA-CCCCGTGTA-AATC-ATACC---TC--------------T-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGAG--GTC---A--T--G--C----------TCATGCC-GGG--CG-----AAC-GC------CCG-GC-------G--AGTG--CCCGCCGG-AAGC---CC-ACC--A--AA--ATTC--G----TTTT-AA-TTTA-TG-CTGTCAGA-G--TC---------GAAAC-ACA-AATAA----AAG----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-CATTCCGGGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCATTA-CA-CCCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CC--TCGC--------CCCC---CCCC---------AAGGGGCGTGCCTGAAAAGCAGTG-GCGGTCC-GG-CGC-GGCCTT-GAACGTAGTAAATTT--TC------TC-CCGTTC-TGAAG--G--TC--T--G--CGT---C--G-CG-GCTTGCCAGA------ATCG---CCC----A--TG-TT------------TT-CAA- Bacidina_caligans AAGAG-AG-------------G-AGC--TCCGC--GCTCCA-G----------------GGGG--TT-C-----GCCCCC-G-CCTCT----CAA-CCCTGTGTA-AATC-ATACC---TA--------------T-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGAG--GTC---A--T--G--C----------TCATGCC-GAG--CG------TCAGC------CCG-GC-------G--AGTG--CCCGCCGG-AAGC---CC-ACC--A--AA--ATTC--G----TTTA--A-TTTA-TG-CCGTCAGA-G--TC---------TAAAC-ACA-AATA-----AAG----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCATTA-CA-CCTCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CC--TCGC--------TCCC----TCA---------AAAGGGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GCGGTCC-GG-CGT-GGCCTT-GAACGTAGTAAATTT--TC------TC-CCGTTC-TGAAG--G--TC--G--G--CGT---C--G-CG-GCTGGCCAGA------ATTG---CCC----AC-AT-TT------------TC-AAG- Bacidina_chloroticula CAGAG-AG-------------G-AGC--TCCGC--GCTCCA-G----------------GGGG--TT-C-----GCCCCC-G-CCTCT----CAA-CCCTGTGAA-AA-C-ATACC--TT---------------T-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGGG--GTC---A--T--G--C----------CCATGCC-GGG--CCTT---ACC-GC------CCG-GC-------G--CGCG--CCCGCCAG-AAGC---CC-ACC--A--AA--ACTC--G----TTTA--A-ATA--TG-TCGTCAGA-G--TC---------TAAAC-ACA-AATA-----AAG----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCATTA-CA-CCTCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CC--TCGC--------TCCCCC-CTCCG--------GGGGGGCGTGCCTGAAAAGCAGTG-GCGGTCC-GG-CGT-GGCCTT-GAACGTAGTAATTTT--TC------TC-CCGTTC-TGAAG--G--TT--C-CG--CGC---C--G-CG-GCTGGCCAG-GA----AACC---CAC----AC-TT-TT------------TC-AAT- Bacidina_delicata CAGAG-AG-------------G-AGC--TCCGC--GCTCCA-G----------------GGGG--TT-C-----GCCCCC-G-CCTCT----CAG-CCCTGTGAA-AAT--ATACC--TT---------------T-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGGG--GTC---A--T--G--C----------TCATGCC-GGG--CT-------CTGC------CTG-GC-------G--AGCG--CCCGCCGA-AAGC---CC-ACC--A--AA--ACTC--G----TTTC--A-TTTA-TG-CAGTCAGA-G--TC---------TTAAA-ACA-AACA-----AAG----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGG-TATTCCGGGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCATTA-CA-CCTCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CC--TCGC--------TCCC----TCA---------AAAGGGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GCGGTCC-GG-CGT-GGCCTT-GAACGTAGTAATTTT--TC------TC-CCGTTC-TGAAG--G--TC----CG--CGT---C--G-CG-GCTGGCCAGA------ATCA---CCC----AC-AT-TT------------TC-AAG- Bacidina_egenula AAGAG-AG-------------G-AGC--TCCGC--GCTCCA-G----------------GGGG--TT-C-----GCCCCC-G-CCTCT----CAA-CCCTGTGTA-AATT-ATACC---CA--------------T-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGAG--GTC---A--T--G--C----------TCATGCC-GGG--CG------TCAGC------TCG-GC-------G--AGTG--CCCGCCGG-AAGC---CC-ACC--A--AA--ACTC--G----TTTA--A-TTTA-TG-CTGTCAGA-G--TC---------TAAAC-ACA-AATA-----AAG----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCATTA-CA-CCTCTCAAGCGT-AGCTTGGCATTGGG-CC--TCGC--------TCCC----TCA---------AAAGGGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GCGGTCC-GG-CGT-GGCCTT-GAACGTAGTACATTT--TC------TC-CCGTTC-TGAAG--G--TC----CG--CGG---C--G-TG-GCTTGCCAGA------AATA---TTT----A--CA-TT------------TT-CAA- Bacidina_inundata CAGAG-AG-------------G-AGC--TTCGA--GCTCCA-G----------------GGGG--TT-C-----GCCCCC-G-CCTCT----CAA-CCCCGTGTA-AATC-ATACC--TT---------------T-GT-TGCTTCGGCGGGCCTTGAG--GTC---A--T--G--C----------TCATGCC-GGG--CC------TTTGC------CCG-GC-------G--AGCG--CCCGCCGG-AAGC---CC-ACC--A--AA--AATC--G----TTTA--A-TCTA-TG-CTGTCAGA-G--TC---------TAAAC-ACA-AATA-----AAG----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCATTA-CA-CCTCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CC--TCGC--------TCCC----CCA---------AAAGGGCGGGCCTGAAAAGTAGTG-GCGGTCC-GG-CGT-GGCCTT-GAACGTAGTAAATCT--TC------TC-CCGTTC-TGAAG--G--TC----CG--CGC---C--G-TG-GCTTGCCAAAAC----AACC---CAC----A--TT-TC------------TT-CAA- Bacidina_phacodes AAGAG-AAAATAATGCGGCTTG-GGG--TTCGT---CCCCAAGCCG----CCTACGGGTGAGG-CCT-CG----GCCCCC-G-TCTCT----CTAACCCTGTGAT-TAT--CTACC--AT---------------T-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGAT--GCC---A--C--G--CCAGTCGTGGCTCATGCCAGGT--TC---------GC------CCG-GC-------G--AGTG--CCCGTCGA-AAGC---CC-CAC--A--AA--ACTC--G----TTTT--A-TCAA-TG-TCGTCCGA-G--TC---------TTGT--ATC-AAT-TA---AGT----A-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATCCCGGGGGGCATACCTGTCCGAGCGTCATTA-CA-TCCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGGCCC--TCGC--------TCCC---CGCC---------AAGGGGCGTGCCTGAAAAGTAGTG-GCGGTCC-GG-TGT-GACCTT-GAACGTATTAAAATT--TT------TC-TCGTTC-CAAAG--GTTCC--T-CA--CGC---C--G-TG-GCCTGCCAGC------AAAC---CAT----T--TT-TT------------AT-CAC- Biatora_sphaeroides AAGAG-AA-------------G-GGCTCTTC-C--GGCCTC-G----------------TCCG-CTC-CG----GCGGAC-A-CCTCT----GCA-CCCTGTGAACTAT--CTACCT-TTT-C------------T-GT-TGCTTTGGCGGG-CTTCGG--TTT------T--G--C----------TT--GAC-G------------------------------------G--AGTG--CCCGCCAA-TAGC---CC-TTC--C--AA--AACCTTG----CTTC--A-CACG-TG-TTGTCTGA-G--TG---------GAAAA-ACA-AATA-----TATA---C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGAGGGGTATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-TCCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGGTC---TCGC--------TCCCT------------------GGGCGTGCCCGAAAGACATGG-GCGGTCC-GG-AGT-GACTTTCAGGCGTAGTAAAATATATC------TC-CCGCTT-CGAAA--G--CT--T-C---CCC---C--G--G-GTCTGCCCGAT-----AACC---CCCTT--A--GA-CC------------AT-AAT- Biatora_vernalis CAGAG-AG-------------G-GGC--TTCGC--GCTCCA-G----------------GGGG-CTT-CG----GTCCCC-G-ACTCT----AAA-CCCTATGAC-TAT--CTACCT-ATC--------------C-GT-TGCTTTGGCAGGCCTTGGG--CTT---A--C--A--C----------CCATGCC-GGT--CC---------G-------CCG-GC-------G--AGTG--CTTGTCGA-TAGC---CC-CCT--T--AA--ATTC---AT--CTTG--T-AATG-TG-TTGTCTGA-G--TA---------AAAT--CCA-AATA-----AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-AA-ATCCTCAAGCGT-AGCTTGGTGTTGGGTTTA-TCGC--------CCCCT------------------GGGCGTGCCCGAAAAGTATTG-GCGTCCC-GG-TGT-GACTTCAAAGCGTAGTAAACTA--TC------TC-CCGCTT-TGAAA--G--TT--C-TG--CATT-----G-TG-GT-TGCCAGAC-----AAAC---CCCAT--A--AT-TC--TA--------TC-CAT- Catillaria_globulosa CAGAG-AG-------------G-GGC--TTCGC--GCTCCA-G----------------GGGA-CTT-CG----GTCCCC-G-CCTCT----CAA-CCCTGTGAT-TAT--TTACC--TAT--------------T-GT-TGCTTTGGCAGGCCTTGGG--GTC---A--T--G--C----------CCATGCC-GGT--CC-------TA--------CCG-GT-------G--AGTG--CCCGCCAA-TAGC---CT-CCT--G--AA--ATTC-------TTTT--A-ATCG-TG-AAGTCTGA-G--TA---------AAAT--TCT-AATA-----AAT----T-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAA-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-ACCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGGCCC--TCGC--------TCCCT------------------GGGCGTGCCCGAAAAGCATTG-GCGGTCC-GG-TGT-GACTTT-AAGCGTAGTAAATTTA-TC------TC-CCGCTT-TGAAA--G--CT--T-CA--CAT---C--G-TG--CCTGCCGGACA----ACCC---CACA------TT-TTTTTA--------TC-AAT- Cliostomum_griffithii AAGAG-AG-------------G-GGC--CTCGC--GCTCCA-G----------------GGGA-CTT-CG----GTTCCC-G-CCTCT----ACA-CCCTGTGAT-TATC-TTACC--TTT--------------T-GT-TGCTTTGGCGGG----AA---GCC---G--A--C--C----------TC---CG-GGT--TG---------G-------TCG-GCCTTCACGG--ACCGC-CCCGCCAG-CAGC---CC-CCT--C--AA--ACTC--G----TCTT--A-TTCA-TGCAAGTCAGA-G--TA---------CATCA-TAT-AATG-----AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-CCACTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGGTTTCTTCGCCCGGGG--TTCC----------------CCGCGGCGTGCCCGAAAAGCATTG-GCGGTCC-GG-TGT-GACTTT-AAGCGTAGTACATTTT-TC------TC-CCGCTT-TGAAA--G--CC--T-CG--CAC---C--G-CG-TCCGGCCAGAC-----AACC---CCCATATAT-TT-TT------------AT-CAC- Lecania_cyrtella CAGAG-AC-------------G-GGCT-CTCGG--GCTC-G-G----------------GGGA-CTC-CG----GTCCCA-A-ACTCT----TAA-CCCT-TGAA-TAT--CTACCT-ATTC-------------T-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGGG--GTC---A--A--G--C----------CCATGCT-GGT--CGC----------------CCG-GC-------G--TGAG--CCCGCCAA-CAGC---CC-CCC--A--CA--ATTC--G----TTTT--A-TCAG-TA-ATATCTGA-G--TC---------TATAC-AT--AATA-----AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTA-CA-CCCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGGTCC--TCGC--------CCCCC-T----------------GGGCGTGCCCGAAAGATATTG-GCGGTCC-GG-AGT-GACTTT-GAGCGTAGTAAATTT--TC------TC-CCGCTT-TGAAA--G---T--T-CG--CCC---C--G-TG-GC-TGCCAGAC-----AACC---CCATG--A--TG-TT---A--------TC-AAT- Lecania_naegelii AAGAG-AA-------C-----G-AGCAACTCGCTTGCTTCA-G----------------GGGG-CTT-CG----GCCTCC-G-ACTCT----ACA-CCCTATGTT-TAT--TTACC--AT---------------T-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGGG--GTT---A--T--G--C----------CCATGCC-AGG--TT------TCGGC------CCG-GC-------G--TGTG--CCCGTCAG-AAGC---CC-CCT--AA-AA--AATC--G----TTTT--A-TCAG-TG-TCGTCCGA-G--TC---------TTAT--ATC-AAT------AAG----CAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGGAAATTCCGGGGGGCATACCTGTCCGAGCGTCATTA-CA-CCCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CT--TCGT--------CCCCC-----CAAA------CGGGGGCGTGCCTGTAAAGTAGTG-GCGGCCC-GG-GGT-GGCCTT-GAACGTAGTAAAATT--TC------TC-CCGTTC-TAAAG--G---T--T-CT--CCCT-----G-CG-GCCTGCCAGA------ATGC---GCC----A--AC-TTTCAAAGTTGCCTCT-GAC- Leifidium_tenerum CCGAG-AGA------------G-GGC--CTCGC--GCCCC--G----------------GGGG-CTT-CG----GCTCCC---ACTCT----TCA-CCCTATGTT-T-T--ATACGT-CCA--------------C-GT-TGCTTTGGCGGGTCTTGGG--GTC---A--T--A--C----------TCATGCC-GGC--TCCGGGCGTCTGCCCGTG-CCG-GT-------G--CGTA--CCCGCCGG-AGGC------TAT--C--AC--ATTC-T-A---TTAT--A-CCGA-TG-AAGTCTGA-G--TG---------AATT--AT--AATA-----AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTCGG-TATTCCGGAGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-CCCCTCAAGCTT-AGCTTGGTATTGGGTCC--TCGC--------CCCTA------------------AAGCGTGCCCGAAAATCAATG-GCGGTCC-GG-TGA-GACTTC-AAGCGTAGTAAATTC--A-------ACCCCGCTT-TGGAA--GG-CC--T-TA--CA-------G-GG-ACTCGCCC--------ACTC---CTA----A--AT-TT------------TC-AAT- Megalaria_grossa CAGAG-AG-------------G-AGC--TTCGA--GCTCCA-G-----------------GGG--TT-CA----CCCCCC-G-CATCT----CTA-CCCCATGATAAAT--CTACTT-TCT--------------TGGT-TGCTTTGGCGGG---------TTC---------G--C----------TC-------------------------------------------------------GCCAA-AACC---CCCCCC--C--CATGAATC--G----TTTT--A-TGTG--GC-AGTCCGA-G--GC---------AAAAG-ACC-AATC-----AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCACGG-TATTCCGCGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-CCACTCAAGCTC-CGCTTGGTATTGGG-CG--TCGC--------CTCCC------------------CGGCGTGCCTGAAAAACATGG-GCGGTCC-GG-CGT-GACTTT-AAGCGTAGTAAAGT--ACC------TC-TCGCTT-TGAAA--G---T--T-CG--CGC---C--GTTG-GCCAGCCCGA------CAAC---CCC-----T-TC-TT------------CA-GAA- Megalaria_laureri CCAAG-A------------------C--TTGGG--GAGCCT-GTAAC------------AGGG--TT-C--------CCC-T-CCTCT----CAA-CCCTGTGAT-TAT--TTACC--TCA--------------T-GT-TGCTTTGGCGAG---------C-C---A--C--G--CGACTA-----GCACGCCTGAC--TG---------G-------GCGTGC-------GAAAGCG--CTCGTCAAACGGC---CC-ATC--C--AA--ATTC--GT---TTTT--A-TCCG-TGC-AGTCAGA-G--TA---------TTAT--ATC-AATCA----AAT----T-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCATGG-TATTCCGTGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-TCACTCAAGCTC-AGCTTGGTATTGGGTCC--TCGC--------CCCCG-T----------------CGGCGTGCCCGAAAAGAATTG-GCGGTCC-GG-TGT-GACTTT-AAGCGTAGTAAATA-CACC------TC-TCGCTT-TGAAA--G--CT--T-CG--CAC---T--G-TG-GCTGGCCAGAG-----AACC---CCA-----T-AT-TT-TTA--------CAAGAC- Ramalina_fastigiata AAGAG-AG-------------G-GGC--TTCGC--GCTCCA-G----------------GGGA-TTC-CG----GTCCCC-G-CCTCT----ACA-CCCTGTGAT-TACG-TTACC--CTT--------------T-GT-TGCTTTGGCGGG---------GGC---A--------C----------TC----------------------------------------------------CCCGCCAG-CAGC---CC-ACC--G--AA--ACTC--G----TTTT--A-TCCA-TGTTCGTCCGA-G--TC---------TAATT-CAT-AATG-----AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-CCACTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGGTCCA-TCGCCCGGGAT-CTCC----------------CCGCGGCGTGCCCGAAAAGCATTG-GCGGTCC-GG-TGT-GACTTT-AAGCGTAGTAAATTT--TC------TC-CCGCTT-TGAAA--G--CC--T-CA--CGC---C--G-TG-GCCGGCCAGAC-----AACC---CCCAC--A--TA-TT------------AT-CAC- Ramalina_siliquosa AAGAG-AG-------------G-GGC--TTCGC--GCTCCA-G----------------GGGA-CTT-CG----GTCCCC-G-CCTCT----GCA-CCCCGTGAT-TACC-TTACCT-TTT--------------T-GT-TGCTTTGGCGAG---------------G--A--G--T----------CC----------------------------------------------------CTCGCCAG-CAGC---CC-ACC--G--AA--ACTC--G----TTTT--A-TCCA-TGCCCGTCTGA-G--TA---------GAATT-CAT-AATG-----AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-CCATTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGGTCT--TCGC-CGGGGTCCCCCC------------------CGGCGTGCCCGAAAAGCATTG-GCGGTCC-GG-TGT-GACTTT-AAGCGTAGTAAATTT--TC------GC-CCGCTT-TGAAA--G--CC--T-CA--CGC---C--G-TG-GCCGGCCAGAC-----AACC---CCA----C--AC-TT------------CT-CAC- Sphaerophorus_globosus CCGAG-AGA------------G-GGC--CCCGC--GCCCC--G----------------GGGG-CTC-CG----GCCCCC---ACTCT----TCA-CCCTGTGTT-T----ATACGT-CCA--------------T-GT-TGCTTTGGCGGGTCTTGGG--GTC---A--T--G--C----------CCATGCC-GGC--TCCGGGCGTCTGCCCGCG-CCG-GT-------G--CGTG--CCCGCCGG-AGGC---CC-TTT--A--CC--ATTC-T-----GTTT--A--CG--TG-AAGTCCGA-G--TC---------CATC--AT--AATG-----AAT----T-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTCGG-TATTCCGGAGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTG-CA-CCCCTCAAGCTC-TGCTTGGTCTTGGGTCG--TCGC--------CCCTA------------------AAGCGTACCCGAAAAGCAACG-GCGGTCC-GG-TGA-GACTTC-GAGCGTAGTAAATTT--AC------ACCCCGCTC-GGGAA--G--CC--T-T---CAC--A---G-GG-ACCTGCCC--------ACCC---CTC----A--AT-TT------------TC-AAT- Thamnolecania_brialmontii CAGAG-AG-------------G-GGC--CTCACC-GCCCCG-GT---------------GGGG-GTC-AA--ACCCCGCC-G-CCTCT----ACA-CCCTGTGAA-AAT--TTACC--TT---------------T-GT-TGCTTTGGCGGGCCTTGGG--GTC---A--C--G--C----------TCATGCC-GGC--TCT--------G-------CCG-GT-------G--AGAG--CCCGCCGA-CAGC---CC-CAC--C--AA--AATC--G----TTTT--A-TCAG-TG-TCGTCTGA-A--TA---------CCAT--ATC-AAT------AAT----C-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-CACTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTG-CA-CCCCTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGGCCC--TCGT--------CCAGC-A----------------GGGCGTGCCCGAAAAGCATTG-GCGGTCC-GG-GGC-GACTTT-AAGCGTAGTAAACAA--AC----T-TC-CCGCTT-TGAAA--G---C--T-CG--CGC---C--G-TG-GC-TGCCAGACA----ACCC---CCC----A--TA-TTG-AA--------TC-AAT- Toninia_alutacea 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CAGAG-AG-------------G-GGC--TTCGC--GCTCCA-G----------------GGGG-CTT-CG----GCCCCC-G-CCTCT----TCA-CCCCGTGAT-AGT--ATACC--TC---------------T-GT-TGCTTTGGCGTGC--------TTC---C--C--G--C----------CCCTTCA-GGT--CG------------------------------G--AG----CTCGTCAG-TGGC---CC-ACT--TC-AA--ACTC-T-----TTTA--T-TGCG-TG-CAGTCAGG-G--TA---------CAAAC-CAT-AATCA----AAG----C-AAAACTATCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAT-AAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG-TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTA-CA-CCACTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGG-CTCTTCGC-------CTCCTCCTT-CCGG-------GGGGGGCGTGCCTGAAAAGCATTG-GCGGTCC-GG-TGC-GACTTT-AAGCGTAGTAAATTT--TCAAATTCTCCCCGCTT-TGAAA--G--CC--T-CG--CAT---C--G-CGTGCCTGCCAGAC-----AACCAACCTCA------TA-TT------------CC-AAT- Waynea_californica 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Toninia_coelestina, 3 Toninia_aromatica, 4 Bacidia_subincompta, 5 Bacidia_circumspecta, 6 Bacidia_bagliettoana, 7 Bacidia_auerswaldii, 8 Toninia_rosulata, 9 Toninia_sedifolia, 10 Toninia_opuntiodes, 11 Toninia_taurica, 12 Toninia_candida, 13 Toninia_alutacea, 14 Toninia_toniniana, 15 Toninia_lutosa, 16 Toninia_nordlandica, 17 Toninia_philippea, 18 Toninia_pennina, 19 Toninia_sculpturata, 20 Bacidia_vermifera, 21 Toninia_talparum, 22 Toninia_plumbina, 23 Arthrosporum_populorum, 24 Toninia_tristis_ssp_tristis, 25 Toninia_cinereovirens, 26 Toninia_squalida, 27 Bacidia_medialis, 28 Lecania_naegelii, 29 Bacidina_phacodes, 30 Waynea_californica, 31 Bacidina_chloroticula, 32 Bacidina_delicata, 33 Bacidina_caligans, 34 Bacidina_egenula, 35 Bacidina_inundata, 36 Bacidina_arnoldiana, 37 Bacidia_incompta, 38 Bacidia_suffusa, 39 Bacidia_diffracta, 40 Bacidia_polychroa, 41 Bacidia_fraxinea, 42 Bacidia_rubella, 43 Bacidia_rosella, 44 Bacidia_absistens, 45 Bacidia_scopulicola, 46 Bacidia_arceutina, 47 Bacidia_lutescens, 48 Bacidia_hostheleoides, 49 Bacidia_schweinitzii, 50 Bacidia_biatorina, 51 Bacidia_laurocerasi_ssp_laurocerasi, 52 Tylothallia_biformigera, 53 Ramalina_siliquosa, 54 Ramalina_fastigiata, 55 Cliostomum_griffithii, 56 Megalaria_laureri, 57 Megalaria_grossa, 58 Catillaria_globulosa, 59 Bacidia_hemipolia, 60 Bacidia_beckhausii, 61 Biatora_vernalis, 62 Bacidia_sabuletorum, 63 Biatora_sphaeroides, 64 Lecania_cyrtella, 65 Thamnolecania_brialmontii, 66 Leifidium_tenerum, 67 Sphaerophorus_globosus; TREE Fig._3 = [&R] (67,(66,(((65,63),62),((64,(61,(60,(59,58)))),((((57,56),(55,(54,53))),52),((((((51,50),49),((46,45),(44,(43,((42,41),(40,(39,38))))))),(48,47)),((((((((((36,(35,34)),33),32),31),28),(29,27)),(23,(22,21))),(7,5)),(((20,((4,(3,1)),2)),((19,((18,17),16)),15)),(14,(13,12,(11,(10,(9,8))))))),(30,(26,(25,(24,6)))))),37)))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb5887; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Toninia_verrucarioides, 2 Toninia_coelestina, 3 Toninia_aromatica, 4 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