#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 23:46 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Waters J., Saruwatar T., Kobayashi T., Oohara I., Mcdowall R., & Wallis G. 2002. Phylogenetic placement of retropinnid fishes: data set incongruence can be reduced using asymmetric character state transformation costs. Systematic Biology, 51(3): 432-449. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S838] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Allosmerus Aplochiton Galaxiidae Hypomesus Hypothetical_ancestor_for_osmeriforms Lepidogalaxias Lovettia Mallotus Osmerus Plecoglossus Prototroctes Retropinna Salangidae Spirinchus Stokellia Thaleichthys salmonoid ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=23; TAXLABELS Aplochiton_zebra Brachygalaxias_bullocki Esox_lucius Galalxias_zebratus Galaxias_fasciatus Galaxias_maculatus Galaxias_truttaceus Galaxiella_pusilla Hypomesus_nipponensis Lepidogalaxias_salamandroides Lovettia_sealii Neochanna_cleaveri Osmerus_mordax Paragalaxias_mesotes Plecoglossus_altivelis Prototroctes_maraena Retropinna_retropinna Retropinna_semoni Retropinna_tasmanica Salangichthys_microdon Salmo_salar Spirinchus_lanceolatus Stokellia_anisodon ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M282] TITLE morph; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=112; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3 4" MISSING=? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M281] TITLE cytb_and_16S; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=931; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ATGGCCAACCTTCGGAAGACCCACCCCCTCTTAAAAATTAGTAACGACGCACTCGTCGACCTGCCCGCCCCCTCAAACATTTCGATCTGGTGAAACTTTGGCTCTCTTCTTGGGCTTTGCCTTATCATCCAGATTCTTACCGGCCTATTTTTAGCCATGCACTACACAGCTGAGACCGCCACGGCGTTCTCCTCAGTTGTCCACCTCTGCCGTGACGTCAACTACGGCTGATTAATCCGGAACATGCATGCTAACGGAGCATCCTTCTTCTTCATCTGTATCTACCTTCACATTGGTCGAGGACTTTACTATGGGTCTTTCCTTTACAAAGAGACATGAAACATCGGTGTTGTCCTTCTCCTACTAGTTATGATAACTGCTTTTGTAGGCTACGTCCTTCCACCCGCCTGCCCGGTGACCC-TGGGTTAAACGGCCGCGGTATTTTAACCGTGCGAAGGTAGCGCAATCACTTGTCCTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCTAGACGAGGGCTTAACTGTCTCCTCCCCCCAGTCAATGAAATTGATCTCCCCGTGCAGAAGCGGGGATTCTCCCATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAGACACTAGACGGCCTACGTTAAGCTCCCTACTCTAA-TGGGGAAAAGCATTATAGCCC-CCGTCTCTCCTGTCTTCGGTTGGGGCGACCGCGGAGGACAAAAA-GCCTCCATGTGGACCAGGGTCAC-AGA-CCCCACAGCTGAGGGCTGCGGCCCCAAGCAACAGAAAATCTGACCAAAA-TGATCCGGCAAATTTGCCGATTAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTCTCCCAGAGTCCCTATCG-ACGAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTATTGGTGCAGCCGCTAATAAGGG Prototroctes_maraena 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?TGGCCAACATTCGAAAAACCCACCCCCTCCTGAAAATTACTAATGACGCTTTAGTTGACTTACCTGCGCCCTCGAGCATTTCAATTTGGTGAAATTTTGGCTCCCTACTTGGGTTGTGCCTTATTATCCAAATCCTCACAGGCCTCTTCCTCGCAATACACTACACCGCGGAGACCTCCACCGCATTCTCCTCTGTAGTTCACCTATGCCGGGACGTTAACTACGGCTGACTCATCCGAAATATGCATGCCAACGGAGCATCTTTCTTTTTCATTTGTATCTACCTCCATATTGGCCGCGGCCTCTACTACGGTTCCTTCCTCTACAAGGAGACTTGAAACGTTGGTGTCGTCCTCCTTCTCCTAGTGATGATAACTGCTTTTGTGGGCTACGTACTCCCTCCCGCCTGCCCGGTGACCCCTGGGTTAAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCGAAGGTAGCGCAATCACTTGTCCTTTAAATGAGGACCTGTATGAATGGCTAGACGAGGGCTTAGCTGTCTCCTCCCCCCAGTCAATGAAATTGATCTCCCCGTGCAGAAGCGGGGATTAACACATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAGACACTAGACAGCCCACGTTACACCCCCTCCATTAA-GAGGGGAAAACATTGTGGCTC-CTGCCTCCCCTGTCTTCGGTTGGGGCGACCGCGGAGGATAGCAAAGCCTCCTTGTGGACCAAGGTTAC-GAA-CCTCACACCTAAGGGCTGCCGCCCTAAGCAACAGAAATTCTGACCAAGA-TGATCCGGCGTAAC-GCCGATTAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTCTCCCAGAGTCCCTATCG-ACGAGGGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTATTGGTGCAGCCGCTAATAAGGG Salmo_salar 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Stokellia_anisodon ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCCGCCTGCCCGGTGACTC-TGGGTTAAACGGCCGCGGTATTTTAACCGTGCGAAGGTAGCGCAATCACTTGTCCTTTAAATGAAGACCTGTATGAATGGCTAGACGAGGGCTTGACTGTCTCCTCTCCCCAGTCAGTGAAATTGATCTCCCCGTGCAGAAGCGGGGATTGTAGCATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAGACACCAGACAACCCACGTCAAACACCCTTGGTCTGCCAGAAGAGAACATTGTGGCCC-TTGTCTCACCTGTCTTCGGTTGGGGCGACCGCGGAGGACAAAA-AGCCTCCATGTGGACTAAAGTAAC-TATCCTTCACAGCTCAGAGCCGCGGCTCTACGCAACAGAAATTCTGACCAAAAATGATCCGGCGC-AT-GCCGATTAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTCTCCCAGAGTCCCTATCG-ACGAGAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTATTGGTGCAGCCGCTAATAAGGG ; END; BEGIN SETS; CHARSET Cyt_b (CHARACTERS = cytb_and_16S) = 1-402; CHARSET 16S (CHARACTERS = cytb_and_16S) = 403-931; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = cytb_and_16S) = N: 1-931; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = cytb_and_16S) = N: 1-931; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6156; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Galaxiidae, 2 Lepidogalaxias, 3 Lovettia, 4 Aplochiton, 5 Stokellia, 6 Prototroctes, 7 Retropinna, 8 Thaleichthys, 9 Spirinchus, 10 Osmerus, 11 Allosmerus, 12 Salangidae, 13 Mallotus, 14 Plecoglossus, 15 Hypomesus, 16 salmonoid, 17 Hypothetical_ancestor_for_osmeriforms; TREE Fig._3 = [&R] ((((((7,5),6)Retropinnidae,((4,1),(3,2)),(15,(14,((13,12),((11,(9,8)),10))))Osmeridae),16)Osmeriforms,17)';'); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6155; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Salmo_salar, 2 Esox_lucius, 3 Lepidogalaxias_salamandroides, 4 Spirinchus_lanceolatus, 5 Salangichthys_microdon, 6 Plecoglossus_altivelis, 7 Osmerus_mordax, 8 Hypomesus_nipponensis, 9 Stokellia_anisodon, 10 Prototroctes_maraena, 11 Retropinna_semoni, 12 Retropinna_retropinna, 13 Retropinna_tasmanica, 14 Lovettia_sealii, 15 Aplochiton_zebra, 16 Galaxias_maculatus, 17 Galaxias_truttaceus, 18 Galaxias_fasciatus, 19 Paragalaxias_mesotes, 20 Galalxias_zebratus, 21 Brachygalaxias_bullocki, 22 Galaxiella_pusilla, 23 Neochanna_cleaveri; TREE Fig._2 = [&R] ((((((13,11),(12,9)),10)Retropinnidae,(((8,5),(7,4)),6)Osmeridae),((((23,((((22,14),17),19),18)),(21,20)),15),16)Galaxiidae),3,(2,1)); END;