#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 5:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Rokas A., Atkinson R., Nieves-aldrey J., West S., & Stone G. 2002. The incidence and diversity of Wolbachia in gallwasps (Hymenoptera; Cynipidae) on oak. Molecular Ecology, 11(9): 1815-1829. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S865] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Wolbachia_in_Aedes_albopictus_U28206_B Wolbachia_in_Anastrentha_suspensa_U28184_A Wolbachia_in_Andricus_solitarius_AY095162_A Wolbachia_in_Aramigus_tesselatus_U28193_B Wolbachia_in_Armadillium_vulgare_U28208_B Wolbachia_in_Biorhiza_pallida_AY095164_A Wolbachia_in_Callirhytis_glandium_AY095167_A Wolbachia_in_Ceroptres_cerris_AY095168_B Wolbachia_in_Diplolepis_bicolor_AF034985_B Wolbachia_in_Diplolepis_californica_AF034983_A Wolbachia_in_Diplolepis_eglanteriae_AF034978_B Wolbachia_in_Diplolepis_fructuum_AF034981_B Wolbachia_in_Diplolepis_mayri_AF034982_B Wolbachia_in_Diplolepis_nodulosa_AF034986_B Wolbachia_in_Diplolepis_radicum_AF034984_A Wolbachia_in_Diplolepis_rosae_AF034980_B Wolbachia_in_Diplolepis_rosae_U83885_U83887_B Wolbachia_in_Diplolepis_rosae_U83888_B Wolbachia_in_Diplolepis_spinosa_AF034987_A Wolbachia_in_Diplolepis_spinosissimae_AF034977_B Wolbachia_in_Drosophila_orientacea_U28177_A Wolbachia_in_Drosophila_recens_U28174_A Wolbachia_in_Ephestia_cautella_U28207_B Wolbachia_in_Gryllus_pennsylvanicus_U28195_B Wolbachia_in_Leptopilina_australis_U28210_B Wolbachia_in_Liposthenes_glechomae_AF034979_B Wolbachia_in_Neuroterus_macropterus_AY095163_A Wolbachia_in_Phlebotomus_papatasi_U80585_A Wolbachia_in_Plagiotrochus_quercusilicis_AY095169_A Wolbachia_in_Protocalliphora_sp_U28202_B Wolbachia_in_Sitophilus_oryzae_U28197_B Wolbachia_in_Synergus_crassicornis_AY095165_A Wolbachia_in_Synergus_diaphanus_AY095160_A Wolbachia_in_Synergus_gallaepomiformis_AY095166_A Wolbachia_in_Synergus_reinhardi_AY095159_A Wolbachia_in_Synergus_umbraculus_AY095161_A Wolbachia_in_Tribolium_confusum_U28192_A Wolbachia_in_Tribolium_confusum_U28194_B Wolbachia_in_Trichogramma_brevicornis_U28198_B Wolbachia_in_Trichopria_drosophilae_U28190_A ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=41; TAXLABELS Wolbachia_in_Aedes_albopictus_AF020058_A Wolbachia_in_Aedes_albopictus_AF020059_B Wolbachia_in_Andricus_solitarius_strain_1_AY095153_A Wolbachia_in_Andricus_solitarius_strain_2_AY095151_A Wolbachia_in_Andricus_solitarius_strain_3_AY095150_A Wolbachia_in_Apoanagyrus_diversicornis_AF071916_B Wolbachia_in_Armadillidium_vulgare_AF071917_B Wolbachia_in_Biorhiza_pallida_AF339629_A Wolbachia_in_Callyrhytis_glandium_AY095156_A Wolbachia_in_Ceroptres_cerris_AY095157_B Wolbachia_in_Coleomegella_maculata_lengi_AF217720_B Wolbachia_in_Culex_quinquefasciatus_AF020060_B Wolbachia_in_Diplolepis_rosae_AF071922_B Wolbachia_in_Drosophila_melanogaster_AUB_AF020063_A Wolbachia_in_Drosophila_melanogaster_wMelPop_AF338346_A Wolbachia_in_Drosophila_simulans_Coffs_Harbour_AF020067_A Wolbachia_in_Drosophila_simulans_Hawaii_AF020068_A Wolbachia_in_Drosophila_simulans_Riverside_AF020070_A Wolbachia_in_Encarsia_formosa_AF071918_B Wolbachia_in_Ephestia_cautella_AF020075_A Wolbachia_in_Ephestia_cautella_AF020076_B Wolbachia_in_Ephestia_kuehniella_AF071911_A Wolbachia_in_Glossina_austeni_AF020077_A Wolbachia_in_Glossina_brevipalpis_AF164685_A Wolbachia_in_Glossina_morsitans_AF020079_A Wolbachia_in_Muscidifurax_uniraptor_AF020071_A Wolbachia_in_Neuroterus_macropterus_AY095152_A Wolbachia_in_Perithemis_tenera_AF217725_B Wolbachia_in_Phlebotomus_papatasi_AF020082_A Wolbachia_in_Plagiotrochus_quercusilicis_AY095158_A Wolbachia_in_Synergus_crassicornis_AY095154_A Wolbachia_in_Synergus_diaphanus_AY095148_A Wolbachia_in_Synergus_gallaepomiformis_AY095155_A Wolbachia_in_Synergus_reinhardi_AY095147_A Wolbachia_in_Synergus_umbraculus_AY095149_A Wolbachia_in_Telenomus_nawai_AB037893_A Wolbachia_in_Tribolium_confusum_AF020083_B Wolbachia_in_Trichogramma_deion_Texas_AF020084_B Wolbachia_in_Trichogramma_nubilale_234_AF071926_B Wolbachia_in_Trichogramma_sibericum_AF071923_B Wolbachia_in_Trichopria_drosophilae_AF071910_A ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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TTATGTGATAAAAAAATTCAGCTTGGCATTAATTTAACTAAGGGGCTTGGTGCTGGTGCTTTGCCTGATGTTGGCAAAGGTGCAGCAGAAGAGTCAATTGATGAGATTATGGAGCATATAAAAGATAGTCATATGCTTTTCATCACAGCAGGAATGGGCGGTGGTACTGGAACCGGTGCAGCGCCGGTAATTGCAAAAGCAGCCAGAGAAGCAAGAGCCGCAGTTAAGGATAGAGCGCCAAAAGAAAAAAAGATATTGACTGTTGGAGTTGTAACTAAACCGTTCGGTTTTGAAGGTGTGCGCCGTATGCGCATTGCAGAGCTTGGACTTGAAGAACTGCAAAAATACGTGGATACACTTATTGTCATTCCAAATCAGAATTTATTTAGAATTGCAAATGAAAAAACTACATTTTCTGATGCATTTAAACTTGCTGATAATGTTCTGCACATTGGCATCAGAGGAGTAACTGACTTGATGGTCATGCCAGGGCTTATCAATCTTGACTTCGCTGATATAGAAACAGTAATGAGCGAGATGGGCAAAGCGATGATCGGCACCGGAGAGGCAGAAGGAGAAGATAGAGCAATTAGTGCTGCAGAGGCTGCAATATCTAATCCATTGCTTGATAATGTATCAATGAAAGGTGCGCAAGGAATATTAATTAACATTACTGGTGGCGGAGAT Wolbachia_in_Synergus_reinhardi_AY095159_A TTATGTGATAAAAAAATTCAGCTTGGCATTAATTTAACTAAGGGGCTTGGTGCTGGTGCTTTGCCTGATGTTGGCAAAGGTGCAGCAGAAGAGTCAATTGATGAGATTATGGAGCATATAAAAGATAGTCATATGCTTTTCATCACAGCAGGAATGGGCGGTGGTACTGGAACCGGTGCAGCACCGGTAATTGCAAAAGCAGCCAGAGAAGCAAGAGCCGCAGTTAAGGATAGAGCGCCAAAAGAAAAAAAGATATTGACTGTTGGAGTTGTAACTAAACCGTTCGGTTTTGAAGGTGTGCGCCGTATGCGCATTGCAGAGCTTGGACTTGAAGAACTGCAAAAATACGTGGATACACTTATTGTCATTCCAAATCAGAATTTATTTAGAATTGCAAATGAAAAAACTACATTTTCTGATGCATTTAAACTTGCTGATAATGTTCTGCACATTGGCATCAGAGGAGTAACTGACTTGATGGTCATGCCAGGGCTTATCAATCTTGACTTCGCTGATATAGAAACAGTAATGAGCGAGATGGGCAAAGCGATGATCGGCACCGGAGAGGCAGAAGGAGAAGATAGAGCAATTAGTGCTGCAGAGGCTGCAATATCTAATCCATTGCTTGATAATGTATCAATGAAAGGTGCGCAAGGAATATTAATTAACATTACTGGTGGCGGAGAT Wolbachia_in_Synergus_umbraculus_AY095161_A TTATGTGATAAAAAAATTCAGCTTGGCATTAATTTAACTAAGGGGCTTGGTGCTGGTGCTTTGCCTGATGTTGGCAAAGGTGCAGCAGAAGAGTCAATTGATGAGATTATGGAGCATATAAAAGATAGTCATATGCTTTTCATCACAGCAGGAATGGGCGGTGGTACTGGAACCGGTGCAGCACCGGTAATTGCAAAAGCAGCCAGAGAAGCAAGAGCCGCAGTTAAGGATAGAGCGCCAAAAGAAAAAAAGATATTGACTGTTGGAGTTGTAACTAAACCGTTCGGTTTTGAAGGTGTGCGCCGTATGCGCATTGCAGAGCTTGGACTTGAAGAACTGCAAAAATACGTGGATACACTTATTGTCATTCCAAATCAGAATTTATTTAGAATTGCAAATGAAAAAACTACATTTTCTGATGCATTTAAACTTGCTGATAATGTTCTGCACATTGGCATCAGAGGAGTAACTGACTTGATGGTCATGCCAGGGCTTATCAATCTTGACTTCGCTGATATAGAAACAGTAATGAGCGAGATGGGCAAAGCGATGATCGGCACCGGAGAGGCAGAAGGAGAAGATAGAGCAATTAGTGCTGCAGAGGCTGCAATATCTAATCCATTGCTTGATAATGTATCAATGAAAGGTGCGCAAGGAATATTAATTAACATTACTGGTGGCGGAGAT Wolbachia_in_Tribolium_confusum_U28192_A TTGTGTGATAAAAAAATTCAACTGGGTATTAACTTAACCAAGGGGCTTGGTGCTGGTGCTTTGCCTGATGTTGGCAAAGGTGCAGCAGAAGAATCAATCGATGAAATTATGGAGCATATAAAAGATAGTCATATGCTTTTCATCACAGCAGGAATGGGCGGTGGTACTGGAACCGGTGCAGCACCGGTAATTGCAAAAGCAGCGAGAGAAGCAAGAGCTGCAGTTAAGGATAGAGCGCCAAAAGAAAAAAAGATATTGACTGTTGGAGTTGTAACTAAACCGTTCGGTTTTGAAGGTGTGCGCCGCATGCGCATTGCAGAACTTGGACTTGAAGAATTGCAAAAATACGTAGATACACTTATTGTCATTCCAAATCAGAATTTATTTAGGATTGCAAATGAAAAAACTACATTTTCTGATGCATTTAAACTTGCTGATAATGTTCTGCATATTGGCATCAGAGGAGTAACTGACTTGATGGTCATGCCAGGACTTATTAATCTTGACTTCGCTGATATAGAAACAGTAATGAGCGAGATGGGCAAAGCGATGATCGGCACTGGAGAGGCAGAAGGAGAAGATAGAGCAATTAGCGCTGCAGAGGCTGCAATATCTAATCCATTGCTTGATAATGTATCAATGAAAGGTGCGCAAGGAATATTAATTAACATTACTGGTGGCGGAGAT Wolbachia_in_Tribolium_confusum_U28194_B TTATGTGATAAAAAAATTCAGCTTGGTATTAACTTAACTAAGGGTCTTGGTGCCGGCGCTTTGCCTGATGTTGGTAAAGGTGCAGCAGAAGAATCAATTGATGAAATTATGGAGCATATAAAAGATAGCCATATGCTCTTTATCACAGCAGGGATGGGTGGTGGTACTGGAACAGGTGCTGCACCGGTAATTGCAAAGGCAGCCAGAGAAGCAAGAGCGGTAGTTAAAGATAAAGGAGCAAAAGAAAAAAAGATACTGACTGTTGGAGTTGTAACTAAGCCGTTCGGTTTTGAAGGTGTGCGACGTATGCGCATTGCAGAGCTTGGACTTGAAGAGTTGCAAAAATACGTAGATACACTTATTGTCATTCCCAATCAAAATTTATTTAGAATTGCTAACGAGAAAACTACATTTGCTGACGCATTTCAACTCGCCGATAATGTTCTGCATATTGGCATAAGAGGAGTAACTGATTTGATGATCATGCCAGGACTGATTAATCTTGATTTTGCTGATATAGAAACAGTAATGAGTGAGATGGGTAAGGCAATGATTGGTACTGGAGAGGCAGAAGGAGAAGATAGGGCAATTAGTGCTGCAGAGGCTGCGATATCTAATCCATTGCTTGATAATGTATCAATGAAAGGTGCGCAAGGAATATTGATTAATATTACTGGTGGTGGAGAT Wolbachia_in_Trichogramma_brevicornis_U28198_B TTATGTGATAAAAAAATTCAGCTTGGTATTAACTTAACTAAGGGCCTTGGCGCCGGCGCTTTGCCTGATATTGGTAAAGGTGCAGCAGAAGAATCAATTGATGAAATTATGGAGCATATAAGGGACACCCATATGCTCTTTATCACAGCAGGGATGGGTGGTGGTACTGGAACAGGTGCTGCACCGGTAATTGCAAAAGCAGCCAGAGAAGCAAGAGCGGTGGTTAAAGATAAAGGAGCAAAAGAAAAAAAGATACTGACTGTTGGAGTTGTAACTAAGCCGTTCGGTTTTGAGGGTGTGCGACGTATGCGCACTGCAGAGCTTGGACTTGAAGAGTTGCAAAAATACGTAGATACACTTATTGTCATTCCCAATCAAAATTTATTTAGAATTGCTAACGAGAAAACTACATTTGCTGATGCATTTCAACTCGCCGATAATGTTCTGCATATTGGCATAAGAGGAGTAACTGATTTGATGATCATGCCAGGACTGATTAATCTTGATTTTGCTGATATAGAAACGGTAATGAGTGAGATGGGTAAAGCAATGATTGGTACTGGAGAGGCGGAAGGAGAAGATAGGGCAATTAGTGCTGCAGAGGCTGCGATATCTAATCCATTGCTTGATAATGTATCAATGAAAGGTGCGCAAGGAATATTGATTAATATTACTGGTGGTGGAGAT Wolbachia_in_Trichopria_drosophilae_U28190_A TTGTGTGATAAAAAAATTCAACTGGGTATTAACTTAACTAAGGGGCTTGGTGCTGGTGCTTTGCCTGATGTTGGCAAAGGTGCAGCAGAAGAATCAATCGATGAAATTATGGAGCATATAAAAGACAGTCATATGCTTTTCATCACAGCAGGAATGGGCGGTGGTACTGGAACCGGTGCAGCACCGGTAATTGCAAAAGCAGCCAGAGAAGCAAGAGCTGCAGTTAAGGATAGAGCGCCAAAAGAAAAAAAGATATTGACTGTTGGAGTTGTAACTAAACCGTTCGGTTTTGAAGGTGTGCGCCGTATGCGCATTGCAGAACTTGGACTTGAAGAATTGCAAAAATACGTGGATACACTTATTGTCATTCCAAATCAGAATTTATTTAGAATTGCAAATGAAAAAACTACATTTTCTGATGCATTTAAACTTGCTGATAATGTTCTGCACATTGGCATCAGAGGAGTAACTGACTTGATGGTCATGCCAGGGCTTATTAATCTTGATTTTGCTGATATAGAAACAGTAATGAGCGAGATGGGCAAAGCGATGATCGGCACCGGAGAGGCAGAAGGAGAAGATAGAGCAATTAGTGCTGCGGAAGCTGCAATATCCAATCCATTGCTTGATAATGTATCAATGAAAGGTGCGCAAGGAATATTAATTAACATTACTGGTGGCGGAGAT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ftsZ) = N: 1-687; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = ftsZ) = N: 1-687; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6217; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Wolbachia_in_Ephestia_cautella_AF020076_B, 2 Wolbachia_in_Diplolepis_rosae_AF071922_B, 3 Wolbachia_in_Plagiotrochus_quercusilicis_AY095158_A, 4 Wolbachia_in_Telenomus_nawai_AB037893_A, 5 Wolbachia_in_Tribolium_confusum_AF020083_B, 6 Wolbachia_in_Trichogramma_deion_Texas_AF020084_B, 7 Wolbachia_in_Trichogramma_nubilale_234_AF071926_B, 8 Wolbachia_in_Trichogramma_sibericum_AF071923_B, 9 Wolbachia_in_Apoanagyrus_diversicornis_AF071916_B, 10 Wolbachia_in_Perithemis_tenera_AF217725_B, 11 Wolbachia_in_Coleomegella_maculata_lengi_AF217720_B, 12 Wolbachia_in_Ceroptres_cerris_AY095157_B, 13 Wolbachia_in_Culex_quinquefasciatus_AF020060_B, 14 Wolbachia_in_Aedes_albopictus_AF020059_B, 15 Wolbachia_in_Trichopria_drosophilae_AF071910_A, 16 Wolbachia_in_Armadillidium_vulgare_AF071917_B, 17 Wolbachia_in_Drosophila_simulans_Riverside_AF020070_A, 18 Wolbachia_in_Callyrhytis_glandium_AY095156_A, 19 Wolbachia_in_Synergus_gallaepomiformis_AY095155_A, 20 Wolbachia_in_Drosophila_simulans_Coffs_Harbour_AF020067_A, 21 Wolbachia_in_Aedes_albopictus_AF020058_A, 22 Wolbachia_in_Drosophila_melanogaster_wMelPop_AF338346_A, 23 Wolbachia_in_Drosophila_melanogaster_AUB_AF020063_A, 24 Wolbachia_in_Muscidifurax_uniraptor_AF020071_A, 25 Wolbachia_in_Ephestia_kuehniella_AF071911_A, 26 Wolbachia_in_Biorhiza_pallida_AF339629_A, 27 Wolbachia_in_Synergus_crassicornis_AY095154_A, 28 Wolbachia_in_Andricus_solitarius_strain_1_AY095153_A, 29 Wolbachia_in_Neuroterus_macropterus_AY095152_A, 30 Wolbachia_in_Glossina_brevipalpis_AF164685_A, 31 Wolbachia_in_Glossina_morsitans_AF020079_A, 32 Wolbachia_in_Glossina_austeni_AF020077_A, 33 Wolbachia_in_Phlebotomus_papatasi_AF020082_A, 34 Wolbachia_in_Andricus_solitarius_strain_2_AY095151_A, 35 Wolbachia_in_Andricus_solitarius_strain_3_AY095150_A, 36 Wolbachia_in_Synergus_umbraculus_AY095149_A, 37 Wolbachia_in_Synergus_diaphanus_AY095148_A, 38 Wolbachia_in_Synergus_reinhardi_AY095147_A, 39 Wolbachia_in_Ephestia_cautella_AF020075_A, 40 Wolbachia_in_Drosophila_simulans_Hawaii_AF020068_A, 41 Wolbachia_in_Encarsia_formosa_AF071918_B; TREE Fig._2 = [&R] (((15,((32,(33,(39,38,37,36,35,(40,34)))),(24,((17,(25,(29,28,27,(26,(31,30))))),(21,(18,(23,(22,(20,19))))))))),(4,3)),((16,(41,(2,1))),((14,13),((10,(12,9)),(5,(11,(7,(8,6)))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6218; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Wolbachia_in_Plagiotrochus_quercusilicis_AY095169_A, 2 Wolbachia_in_Callirhytis_glandium_AY095167_A, 3 Wolbachia_in_Neuroterus_macropterus_AY095163_A, 4 Wolbachia_in_Biorhiza_pallida_AY095164_A, 5 Wolbachia_in_Andricus_solitarius_AY095162_A, 6 Wolbachia_in_Synergus_umbraculus_AY095161_A, 7 Wolbachia_in_Synergus_reinhardi_AY095159_A, 8 Wolbachia_in_Synergus_gallaepomiformis_AY095166_A, 9 Wolbachia_in_Synergus_diaphanus_AY095160_A, 10 Wolbachia_in_Synergus_crassicornis_AY095165_A, 11 Wolbachia_in_Ceroptres_cerris_AY095168_B, 12 Wolbachia_in_Liposthenes_glechomae_AF034979_B, 13 Wolbachia_in_Diplolepis_spinosa_AF034987_A, 14 Wolbachia_in_Diplolepis_nodulosa_AF034986_B, 15 Wolbachia_in_Diplolepis_bicolor_AF034985_B, 16 Wolbachia_in_Diplolepis_radicum_AF034984_A, 17 Wolbachia_in_Diplolepis_californica_AF034983_A, 18 Wolbachia_in_Diplolepis_mayri_AF034982_B, 19 Wolbachia_in_Diplolepis_fructuum_AF034981_B, 20 Wolbachia_in_Diplolepis_rosae_AF034980_B, 21 Wolbachia_in_Diplolepis_eglanteriae_AF034978_B, 22 Wolbachia_in_Diplolepis_spinosissimae_AF034977_B, 23 Wolbachia_in_Diplolepis_rosae_U83888_B, 24 Wolbachia_in_Diplolepis_rosae_U83885_U83887_B, 25 Wolbachia_in_Leptopilina_australis_U28210_B, 26 Wolbachia_in_Trichogramma_brevicornis_U28198_B, 27 Wolbachia_in_Tribolium_confusum_U28194_B, 28 Wolbachia_in_Tribolium_confusum_U28192_A, 29 Wolbachia_in_Trichopria_drosophilae_U28190_A, 30 Wolbachia_in_Ephestia_cautella_U28207_B, 31 Wolbachia_in_Drosophila_recens_U28174_A, 32 Wolbachia_in_Phlebotomus_papatasi_U80585_A, 33 Wolbachia_in_Anastrentha_suspensa_U28184_A, 34 Wolbachia_in_Drosophila_orientacea_U28177_A, 35 Wolbachia_in_Protocalliphora_sp_U28202_B, 36 Wolbachia_in_Aedes_albopictus_U28206_B, 37 Wolbachia_in_Armadillium_vulgare_U28208_B, 38 Wolbachia_in_Gryllus_pennsylvanicus_U28195_B, 39 Wolbachia_in_Aramigus_tesselatus_U28193_B, 40 Wolbachia_in_Sitophilus_oryzae_U28197_B; TREE FTSZ_tree_not_shown = [&R] (40,(39,((((((((((((((((34,2),4),10),16),13),8),31),9),7),6),5),3),33),((32,29),1)),17),28)),((((((((38,22),20),15),((30,21),14)),18),((((35,24),11),23),19)),(26,12)),(((37,36),27),25))); END;