#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 13:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kelch D. 2001. Phylogenetic assessment of the monotypic genera Sundacarpus Page and Manoao Molloy (Coniferales: Podocarpaceae) utilising evidence from 18S rDNA sequences. Australian. Systematic Botany, 15: 29-35. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S866] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Acmopyle_pancheri Afrocarpus_falcatus Afrocarpus_gracilior Agathis_robusta Araucaria_heterophylla Cupressus_macrocarpa Dacrycarpus_dacrydioides Dacrycarpus_imbricatus Dacrydium_cupressinum Falcatifolium_papuanum Ginkgo Halocarpus_bidwillii Halocarpus_biformis Lagarostrobos_colensoi Lagarostrobos_franklinii Lepidothamnus_laxifolius Microcachrys_tetragona Microstrobos_fitzgeraldii Microstrobos_niphophilus Nageia_nagi Parasitaxus_ustus Phyllocladus_hypophyllus Phyllocladus_trichomanoides Pinus_elliotii Podocarpus_costalis Podocarpus_elatus 'Podocarpus novae-caledoniae' Podocarpus_totara Prumnopitys_amara Prumnopitys_ferruginea Prumnopitys_harmsiana Prumnopitys_ladei Prumnopitys_taxifolia Saxegothaea ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M325] TITLE 18S_rDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1769; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Acmopyle_pancheri 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Dacrydium_cupressinum 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Halocarpus_biformis 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Microstrobos_niphophilus 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Nageia_nagi 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Phyllocladus_hypophyllus 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Phyllocladus_trichomanoides 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Pinus_elliotii 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Podocarpus_costalis 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Podocarpus_elatus 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'Podocarpus novae-caledoniae' TGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATGAACTATTTCGGACTGTGAAACTG-CGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACCTTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCACCAAATCCCGACTCTC-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGCCGGCGCGGGTT-C-GCCCGTTTC-TCCG-GTG-ATTCATGATAACTCGACGGATCGCACGGCCCTGGTGCCGGC-GATGCTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGG-CGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACTGGGCTCTTAGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAA-CCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGTTAATTCCCGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGGTTGATCTCGGGTCGTGTCTGTCGGTCCGCCGCACCGGTGTGCACCGCCACTCGCGTCCCTTCTGCCGGCGACGCGTTCCTGGCCTTAACTGGTCGGGTCGCGGTTCCGGCGCTGTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACGTGATAGGAGTCCGGTCCTATTCCGTTGGCCTTTGGGACCGGAGTAATGATTAATAGGGACTGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGA-TTTATGGAAGACGAACCACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGG-ATCGGCGGATGTTGCTCTAAGGACTCCGCCGGCACCTTCTGAGAAATCAGAG-TGTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC?CCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACA-GATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACACGGAGGTTCCCCTTCGTGGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCAATCAGCGAGCTTTTTCGCCTGGTCCGAGAGGGTCGGGAAATCTTGCCAAATTGCATCGTGATGGGGATAGACCATTGCAATTATTGATCTTCAACGAGGAATTCCTAG-TAAG-C-GCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATCCGGTGAAGTGTTCCGATCGCGACGACGTTGGCGGTTCTCTGCCGACGACGTTGCGAGAAGTTCATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAG?AAAAAAAAAA Podocarpus_totara 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Prumnopitys_amara 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Prumnopitys_ferruginea 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Prumnopitys_harmsiana TGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATGAACTATTTCGGACTGTGAAACTG-CGGATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTCTTTGATGGTACCTTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCACCAAATCCCGACTCTC-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGCCGACGCGGGTT-C-GCCCGTTGC-TCCG-GTG-ATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTTGGTGCCGGC-GACGCTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGG-CGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACTGGGCTCTTAGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAA-CCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGGTCGTGTCTGTCGGTCCGCCGCACCGGTGTGCACCGAGACTCGCGTCCCTTCTGCCGGCGGCGCGTGCCTGGCCTTAACTGGTCGGGTCGCGGCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACGTGATAGGAGTCCGGTCCTATTCCGTTGGCCTTTGGGACCGGAGTAATGATTAATAGGGACTGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGA-TTTATGGAAGACGAACCACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGG-ATCGGCGGATGTTGCTCTAAGGACTCCGCCGGCACCTTCTGAGAAATCAGAG-TGTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACA-GATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGTTAACTAGCTACACGGAGGTTCCCCTTCGTGGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCAATCAGCGAGCTCTTT-GCCCGCTCCGAGAGGGTCGGGAAATCTACCTAAATTGCATCGTGATGGGGATAGACCATTGCAATTATTGATCTTCAACGAGGAATTCCTAG-TAAG-C-GCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATCCGGTGAAGTGTTCCGATGGCGACGACGCTGGCGGTTCTCTGCCGGCGACGTTGCGAGAAGTTCATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAG?AAAAAATAAA Prumnopitys_ladei 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Prumnopitys_taxifolia TGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATGAACTATTTCGGACTGTGAAACTG-CGGATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTCTTTGATGGTACCTTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCACCAAATCCCGACTCTC-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGCCGACGCGGGTT-C-GCCCGTTGC-TCCG-GTG-ATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTTGGTGCCGGC-GACGCTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGG-CGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACTGGGCTCTTAGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAA-CCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGGTCGTGTCTGTCGGTCCGCCGCACCGGTGTGCACCGAGACTCGCGTCCCTTCTGCCGGCGGCGCGTGCCTGGCCTTAACTGGTCGGGTCGCGGCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACGTGATAGGAGTCCGGTCCTATTCCGTTGGCCTTTGGGACCGGAGTAATGATTAATAGGGACTGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGA-TTTATGGAAGACGAACCACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGG-ATCGGCGGATGTTGCTCTAAGGACTCCGCCGGCACCTTCTGAGAAATCAGAG-TGTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACA-GATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATG?CCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAATGAGACCTCAGCCTGTTAACTAGCTACACGGAGGTTCCCCTTCGTGGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCATTTAGGCCATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTATGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCAATCAGCGAGCTTTTT-GCCCGCTCCGAGAGGGTCGGGAAATCTACCTAAATTGCATCGTGATGGGGATAGACCATTGCAATTATTGATCTTCAACGAGGAATTCCTAG-TAAG-C-GCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATCCGGTGAAGTGTTCCGATGGCGACGACGCTGGCGGTTTTCTGCCGGCGACGTTGCGAGAAGTTCATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAG?AAAAAATAAA Saxegothaea TGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATGAACTATTTCGGACTGTGAAACTG-CGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACCTTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCACCAAATCCCGACTCTC-GGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGCCGGCGCGGGTT-C-GCCCGCTGC-TCCG-GTG-ATTCGTGATAACTCGACGGATCGCACGGCCCTGGTGCCGGC-GATGCTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGATACCGCATCCAAGGAAGGCAGCAGG-CGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACTGGGCTCTTAGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAA-CCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGGTCGCGTCTGTCGGTCCGCCGCACCGGTGTGCACCGCCACTCGCGTCCCTTCTGCCGGCGGCGCGTTCCTGGCCTTAACTGGTCGGGTCGCGGTTCCGGCGCTGTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACGTGATAGGAGTCCGGTCCTATTCCGTTGGCCTTTGGGACCGGAGTAATGATTAATAGGGACTGTCGGGGGCATT-----------GTCAGAGGTGAAATTCTTGGA-TTTATGGAAGACGAACCACTGCGAAAACGTTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGG-ATCGGCGGATGTTGCTCTAAGGACTCCGCCGGCACCTTCTGAGAAATCAGAG-TGTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCT-AAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGCG???GCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCATACATAGTAAGGATTGACA-GATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCGGTTAACGAA?GAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACACGGAGGTTCCCCTTCGTGGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGC---GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCAATCAGCGAGCTTTTTCGCCTGGTCCGAGAGGGTCAGGAAATCTTGCCAAATTGCATCGTGATGGGGATAGACCATTGCAATTATTGATCTTCAACGAGGAATTCCTAG-TAAGACCGCGAGTCATCAGCTCGC-TTGACTACGTCCTTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATCCGGTGAAGTGTTCCGATCGCGACGACGTTGGCGGTCTTCTGCCGACGACGTTGC?????????????????????????????????????????AAATATAATT ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6219; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Podocarpus_totara, 2 Phyllocladus_hypophyllus, 3 Agathis_robusta, 4 Araucaria_heterophylla, 5 Cupressus_macrocarpa, 6 Pinus_elliotii, 7 Ginkgo, 8 Podocarpus_costalis, 9 'Podocarpus novae-caledoniae', 10 Parasitaxus_ustus, 11 Prumnopitys_ladei, 12 Prumnopitys_harmsiana, 13 Halocarpus_biformis, 14 Phyllocladus_trichomanoides, 15 Prumnopitys_ferruginea, 16 Prumnopitys_taxifolia, 17 Microstrobos_niphophilus, 18 Afrocarpus_falcatus, 19 Microcachrys_tetragona, 20 Microstrobos_fitzgeraldii, 21 Acmopyle_pancheri, 22 Nageia_nagi, 23 Afrocarpus_gracilior, 24 Dacrycarpus_dacrydioides, 25 Dacrycarpus_imbricatus, 26 Dacrydium_cupressinum, 27 Falcatifolium_papuanum, 28 Lagarostrobos_franklinii, 29 Lepidothamnus_laxifolius, 30 Halocarpus_bidwillii, 31 Lagarostrobos_colensoi, 32 Prumnopitys_amara, 33 Saxegothaea, 34 Podocarpus_elatus; TREE 18S_rDNA_strict_consensus = [&R] (7,(((4,3)Araucariaceae,6,5),((2,14)Phyllocladus,29,(11,32,16,(12,15))Prumnopitys,(((31,28)Lagarostrobos,(30,13)Halocarpus),10),(((20,19),17),33,21,(26,27),(24,25),1,(18,23),22,8,(9,34)))Podocarpaceae)); END;