#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 6:40 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Maier W., Begerow D., Weifl M., & Oberwinkler F. 2003. Phylogeny of the rust fungi: an approach using nuclear large subunit ribosomal DNA sequences. Canadian Journal of Botany, 81: 12-23. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S868] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=55; TAXLABELS Chrysomyxa_ledi Chrysomyxa_rhododendri Coleosporium_asterum Coleosporium_cacaliae Coleosporium_campanulae Coleosporium_tussilaginis Cronartium_flaccidum Cronartium_ribicola Cumminsiella_mirabilissima 'Endophyllum euphorbiae-sylvaticae' Eocronartium_muscicola Gymnosporangium_clavariiforme Gymnosporangium_cornutum Gymnosporangium_sabinae Herpobasidium_filicinum Hyalopsora_polypodii Kuehneola_uredinis Melampsora_euphorbiae Melampsora_helioscopiae Melampsora_hypericorum Melampsorella_caryophyllacearum Melampsoridium_betulinum Milesia_scolopendri Naohidemyces_vaccinii Ochropsora_ariae_I Ochropsora_ariae_III Phragmidium_fragariae Phragmidium_montivagum 'Phragmidium rubi-idaei' Phragmidium_sanguisorbae Phragmidium_violaceum Puccinia_coronata Puccinia_gigantea Puccinia_malvacearum 'Puccinia urticae-acutiformis' Pucciniastrum_agrimoniae Pucciniastrum_circaeae Pucciniastrum_epilobii Pucciniastrum_pyrolae Septobasidium_carestianum Thekopsora_areolata Thekopsora_guttata Thekopsora_symphyti Trachyspora_intrusa Tranzschelia_discolor Tranzschelia_fusca 'Tranzschelia pruni-spinosae' Triphragmium_ulmariae Uredinopsis_filicina Uredo_alpestris Uromyces_ficariae Uromyces_gageae Uromyces_junci Uromyces_pisi 'Uromyces viciae-fabae' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M327] TITLE 'nuc-lsu-rDNA'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=549; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTTTAAGAACTGTTTTCAGTGCTGGACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCGTAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGACTACCA-GTGCAAT-ATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGACTTGTTATTATTAGTTCAACCTTTTTT--------AAAGGAGTATTCTAATGATT--AACAGACCAACATCAATTTTTGAGT-GTTGGAGAAGGGTTTAAGGAAATGTAGCAGTCT-CTGACTGTGTT---ATAGTCCTGAG--CTTT--GATAC-AATGCTTAAGATTGAGGA---ATGC---AGTAAGC Puccinia_malvacearum 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ACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCCCTTTCTTGAAAGGGTCCGAATTGTAATTTTGAGAACTGTTTTCTGTGCTGGACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAACAGCATCATTGAGGGTGAAAATCCCGTAGATGATATGGACTACCA-GGGCAAT-ATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGACTTGTTATTGTTGGATCAGCTTCTTTATT-------GAGGTGTATTCTGATGATT--AACAGACCAGCATCAATTTTTGAGT-GCCGGAAAAAGGTATT-GGGAATGTAGCATCCT-CTGGTTGTGTT---ATAGACCTTTA--CTTCAGAATAC-GGTGCTTAGGATTGAGGA---ACGC---GGTAAGC Pucciniastrum_epilobii 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ACGGCGAGTGAAGAGGGAACAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTTT-TA-AGGGTCCGAGTTGTAATTTTGAGAACTGTTATCTGTGCTGGACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAACAGCATCGTTGAGGGTGAAAATCCCGTAAATGATATGGACTACCA-GGGCAATTATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGACTTGTTATTGTTGGTTCAACCTTTTTTTA-------AGGGTCTATTCCGATGATT--AACAGACCAACGTCAATTTTTGAGT-GTCAGAAAAGGGTCTT-GAGAATGTAGCAACT--TTGGTTGTGTT---ATAGCTCTTGA--TTAAACGATTATGATGCTTAGGATTGAGGT---ACGC---TGTGAGC Septobasidium_carestianum ACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCC-AAATTTGTAATCTGGCC--TTC-------AGTCCGAGTTGTAA-CTCGAGAACTGTTTTCCGTGCTGGACCGCGTACAAGTCTGTTGGAATATAGCTTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTACATGACGCGGACTACCA-GTACAAT-GTGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAACGCTTGAAGTCAGTCTTGTACTTTGTTGTTCAGCCCT-------------CGGGTGTATTCAACTTTG---AACAGGCCAGCATCAGTTTC-AGAT-GTCGGATAAGGGTAGAG-GAAACGTAGCAGTCT--CGGCTGTGTT---ATAGTCCTTTA--CTT---GATAC-GACGTTCGGGACTGAGGA---ACGC---AGTGACG Thekopsora_areolata ACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTT-AT--AGAGTCCGAGTTGTAATTTTGAGAACTGTTTTCCGTGCTGGACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAACAGCATCGTTGAGGGTGAAAATCCCGTAAATGATATGGACTACCA-GTGCAAT-GTGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGACTTGTTATTATTGGTTCAACTTTCTTTT--G-----AAGGTGTATTCCAATGGTT--AACGGACCAACATCAATTTTTGAGT-GTTAAAAAAGGGTCTT-GAGAATGTAGCAATT--TAGGTTGTGTT---ATAGCTCTTGA--CTTT--GATTTTAATGCTTAGGATTGAGGA---ACGC-GCAGTGAGC Thekopsora_guttata 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ACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAGATTTGTAATCTGACTCTTTTTAAG-GGAGTCTGAGTTGTAATTTTGAGAACTGTTTTCAATGCTGGACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAACAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGACTACCATGTGTGAT-ATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGTCTTGTTATTATTGGTTCAGCTTTTTATTT-------AAAGTGTATTCTGATTTTT--AACAGATCAACATCAATTCTTGGGT-GTTGGATAAGGGTCTTGAGAAATGTAGCAGCTTTTTTGCTGTGTT---ATAGTCTGTGAAACTTT--GATAC-AGTGCCTAGGATTGAGGA---TTGC---AGTGAGC Triphragmium_ulmariae ACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTTTGAGAACTGTTTTCCGTGCTGGACCATTTCTAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGACTCCCA-GTGCTAT-ATGATACAGTTTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTATGTGGGAAACAATTGAAGTTAGCCTTGTTCTTGTTAGTTCAGCTCTTTT----------AGAGTGTATTCTAATGATG--GACAGACCAACATCAGTTTCTGGGT-GCCGGATAAGGGTCTT-GGAAATGTAGCAGTCT--TGGCTGTGTT---ATAGTCCTTGA--CTTG--GATAC-AGTGCTTGAGACTGAGGA---ATGC---AGCAAGC Uredinopsis_filicina 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ACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGGGTCCGAATTGTAATTTTAAGAACTGTTTTCTGTGCTGGACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAACAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTCATGATATGGACTACCA-GTACTAT-ATGATACAGTTTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATGGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGCTGTAAGGGAAACGATTGAAGTTAGCCTTGTTATTGTCAGCTCAGCCCTTTT----------AGGGTGTATTCTGATGATT--AACAGACCAACATCAGTCTTTGAGT-GTTGGATAAGGGTAAT-GGAAATGTAGCAGCTT--AGGCTGTGTT---ATAGTCCTCTA--CTTT--GATAC-AATGCTTGGGATTGAGGA---TCGC---AGTAAGC Uromyces_ficariae ATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTTTAAGAACTGTTTTCAGTGCTGGACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGACTACCA-GTGCAAT-ATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGACTTGTTATTATTAGTTCAACCTTTTTT---------TGGGAGTATTCTAATGATT--AACAGACCAACATCAATTTTTGGGT-GTTGGAGAAGGGTTTAAGGAAATGTAGCAGTCT-CTGGCTGTGTT---ATAGTCCTGAG--CTTT--GATAC-AATGCTTAAGATTGAGGA---ATGC---AGTAAGC Uromyces_gageae ACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCTGAGTTGTAATTTTGAGAACTGTTTTCAGTGCTGGACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATTGAGGGTGATAATCCCGTTTATGATATGGACTACCA-GTGCATT-ATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATAGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACACTTGAAGTTAGACTTGTTATTATTAGTTCAACCTTTTTTT-------AAGGGAGTATTCTAATGATT--AACAGACCAACATCAATTTTTGAGT-GTTGGAGAAGGGTTTAAGGAAATGTAGCAGTCT-CTGACTGTGTT---ATAGTCCTGAG--CTTT--GATAC-AATGCTTAAGATTGAGGA---AGGC---AGTAAGC Uromyces_junci ATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTTTAAGAACTGTTTTCAGTGCTGGACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGACTACCA-GTGCAAT-ACGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGACTTGTTATTATTAGTTCAACCTTTTCT--------AAAGGAGTATTCTAATGATT--AACAGACCAACATCAATTTTTGGGT-ATTGGATAAGGGTTTAAGGAAACGTAGCAGTCT-TTGACTGTGTT---ATAGTCCTGAG--CTTT--GATAC-AATGCTTAAGATTGAGGA---ATGC---AGTAAGC Uromyces_pisi ATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGACTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTTTGAGAACTGTTTTCAGTGCTGGACCATGTATAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGACTACCA-GTGCAAT-ATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGACTTGTTATTATTAGTTCAACCTTTTTA--------AAGGGAGTATTCTGATGATT--AACAGACCAACATCAGTTTTTGAGT-GTTGGAGAAGGGTTTAAGGAAATGTAGCAGTCT-CTGACTGTGTT---ATAGTCCTGAG--CTTT--GATAC-AATGCTTAAGATTGAGGA---TTGC---AGTAAGC 'Uromyces viciae-fabae' ATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTTTGAGAACTGTTTTCAGTGCTGGACCATGTACAAGTCTGTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGACTACCA-GTGCAAT-ATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGACTTGTTATTATCAGTTCAACCTTTTC---------AAGGGAGTATTCTGATGATT--AACAGACCAACATCAATTTTTGGGT-GTTGGAGAAGGGTTCAAGGAAATGTAGCAGTCT-CTGACTGTGTT---ATAGTCCTGGG--CTTT--GATAC-AATGCTTAAGATTGAGGA---TTGC---AGTAAGC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'nuc-lsu-rDNA') = N: 1-549; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'nuc-lsu-rDNA') = N: 1-549; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6221; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Chrysomyxa_ledi, 2 Chrysomyxa_rhododendri, 3 Coleosporium_campanulae, 4 Coleosporium_cacaliae, 5 Coleosporium_tussilaginis, 6 Coleosporium_asterum, 7 Cronartium_ribicola, 8 Cronartium_flaccidum, 9 Naohidemyces_vaccinii, 10 Uredinopsis_filicina, 11 Milesia_scolopendri, 12 Thekopsora_areolata, 13 Pucciniastrum_agrimoniae, 14 Pucciniastrum_pyrolae, 15 Melampsorella_caryophyllacearum, 16 Thekopsora_guttata, 17 Thekopsora_symphyti, 18 Hyalopsora_polypodii, 19 Melampsoridium_betulinum, 20 Pucciniastrum_circaeae, 21 Pucciniastrum_epilobii, 22 Tranzschelia_fusca, 23 'Tranzschelia pruni-spinosae', 24 Tranzschelia_discolor, 25 Ochropsora_ariae_III, 26 Ochropsora_ariae_I, 27 Trachyspora_intrusa, 28 Triphragmium_ulmariae, 29 Kuehneola_uredinis, 30 Phragmidium_fragariae, 31 Phragmidium_sanguisorbae, 32 'Phragmidium rubi-idaei', 33 Phragmidium_violaceum, 34 Phragmidium_montivagum, 35 Uredo_alpestris, 36 Gymnosporangium_clavariiforme, 37 Gymnosporangium_cornutum, 38 Gymnosporangium_sabinae, 39 Uromyces_gageae, 40 Puccinia_coronata, 41 Cumminsiella_mirabilissima, 42 Puccinia_malvacearum, 43 Uromyces_ficariae, 44 Uromyces_junci, 45 'Puccinia urticae-acutiformis', 46 Uromyces_pisi, 47 'Endophyllum euphorbiae-sylvaticae', 48 'Uromyces viciae-fabae', 49 Puccinia_gigantea, 50 Melampsora_helioscopiae, 51 Melampsora_hypericorum, 52 Melampsora_euphorbiae, 53 Herpobasidium_filicinum, 54 Eocronartium_muscicola, 55 Septobasidium_carestianum; TREE Fig._1 = [&R] ((55,(54,53))outgroup_to_Uredinales,((52,(51,50))Melampsora._Melampsoraceae,(((((49,(48,(47,46)),44,43),45),(41,(40,39))),42)'Puccinia/Uromyces cluster. Pucciniaceae',((38,37),36)Gymnosporangium._Pucciniaceae,(35,(((((34,30),((33,32),31))Phragmidium,29),28),27)Phragmidiaceae),((26,25)Ochropsora,(24,(23,22))Tranzschelia)'Ochropsora/Tranzschelia cluster. Raveneliaceae-Uropyxideae'),(((21,20)Pucciniastrum,(17,16)Thekopsora),15),19,18,((((14,12),(8,7)Cronartium),13),((6,(5,4,3))Coleosporium,(2,1)Chrysomyxa)Coleosporiaceae),(11,10),9)Uredinales); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6222; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Chrysomyxa_ledi, 2 Chrysomyxa_rhododendri, 3 Coleosporium_campanulae, 4 Coleosporium_cacaliae, 5 Coleosporium_tussilaginis, 6 Coleosporium_asterum, 7 Cronartium_ribicola, 8 Cronartium_flaccidum, 9 Naohidemyces_vaccinii, 10 Uredinopsis_filicina, 11 Milesia_scolopendri, 12 Thekopsora_areolata, 13 Pucciniastrum_agrimoniae, 14 Pucciniastrum_pyrolae, 15 Melampsorella_caryophyllacearum, 16 Thekopsora_guttata, 17 Thekopsora_symphyti, 18 Hyalopsora_polypodii, 19 Melampsoridium_betulinum, 20 Pucciniastrum_circaeae, 21 Pucciniastrum_epilobii, 22 Tranzschelia_fusca, 23 'Tranzschelia pruni-spinosae', 24 Tranzschelia_discolor, 25 Ochropsora_ariae_III, 26 Ochropsora_ariae_I, 27 Trachyspora_intrusa, 28 Triphragmium_ulmariae, 29 Kuehneola_uredinis, 30 Phragmidium_fragariae, 31 Phragmidium_sanguisorbae, 32 'Phragmidium rubi-idaei', 33 Phragmidium_violaceum, 34 Phragmidium_montivagum, 35 Uredo_alpestris, 36 Gymnosporangium_clavariiforme, 37 Gymnosporangium_cornutum, 38 Gymnosporangium_sabinae, 39 Uromyces_gageae, 40 Puccinia_coronata, 41 Cumminsiella_mirabilissima, 42 Puccinia_malvacearum, 43 Uromyces_ficariae, 44 Uromyces_junci, 45 'Puccinia urticae-acutiformis', 46 Uromyces_pisi, 47 'Endophyllum euphorbiae-sylvaticae', 48 'Uromyces viciae-fabae', 49 Puccinia_gigantea, 50 Melampsora_helioscopiae, 51 Melampsora_hypericorum, 52 Melampsora_euphorbiae, 53 Herpobasidium_filicinum, 54 Eocronartium_muscicola, 55 Septobasidium_carestianum; TREE Fig._2 = [&R] ((55,(54,53))outgroup_to_Uredinales,((52,(51,50))Melampsora._Melampsoraceae,((((((((((49,43),44),(48,(47,46))),45),42),41),(40,39))'Puccinia/Uromyces cluster. Pucciniaceae',(((38,37),36)Gymnosporangium._Pucciniaceae,(35,((((34,(((33,32),31),30))Phragmidium,29),28),27)Phragmidiaceae))),((25,26)Ochropsora,(24,(23,22))Tranzschelia)'Tranzschelia/Ochropsora cluster. Raveneliaceae-Uropyxideae'),((((21,20)Pucciniastrum,15),(17,16)Thekopsora),(((19,18),((11,10),9)),((((14,12),(13,(8,7)Cronartium)),(6,((5,4),3))Coleosporium),(2,1)Chrysomyxa)))Pucciniastreae_sensu_Dietel_1938))); END;