#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 17:40 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kasuga T., White T., & Taylor J. 2002. Estimation of Nucleotide Substitution Rates in Eurotiomycete Fungi. Molecular Biology and Evolution, 19(12): 2318-2324. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S927] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Arthroderma_incurvatum Ascosphaera_apis Aspergillus_flavus Aspergillus_fumigatus Aspergillus_niger Auxarthron_zuffianum Blastomyces_dermatitidis Byssochlays_nivea Capronia_pilosella Coccidioides_immitis Emmonsia_crescens Eremascus_albus Eupenicillium_crustaceum Eupenicillium_javanivum Eurotium_rubrum Geosmithia_namyslowskii Gymnoascus_reesii Histoplasma_capsulatum Malbranchea_dendritica Malbranchea_filamentosa Monascus_purpureus Neurospora_crassa Paracoccidioides_braziliensis Penicillium_chrysogenum Renispora_flavissima Talaromyces_falvus Thermoascus_crustaceus Trichophyton_rubrum Uncinocarpus_reesii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M106] TITLE 18S_rDNA_Eurotiomycetes; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1631; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Ascosphaera_apis 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Aspergillus_niger 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Auxarthron_zuffianum 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Capronia_pilosella 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Coccidioides_immitis 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Emmonsia_crescens 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Eremascus_albus 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Eupenicillium_crustaceum 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Eupenicillium_javanivum 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Eurotium_rubrum 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Geosmithia_namyslowskii 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Gymnoascus_reesii 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Histoplasma_capsulatum 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Malbranchea_dendritica 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Malbranchea_filamentosa 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Monascus_purpureus 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Neurospora_crassa 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Paracoccidioides_braziliensis 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Penicillium_chrysogenum 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Renispora_flavissima 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Talaromyces_falvus GAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCCTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGCAAAACCCCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAACCAATGCCCTTCGGGGTCCTTGGTGAATCATAATAACTTCACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAACCGATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGAACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCCGTCCTCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGATGGGCCTTTCTTTCTGGGGAATCCATGGCCTTCACTGGCTGTGCGGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGGATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCCTTAAATAGCCCGGTCCGCGTTTGCGCGCTGGCTTCTTAGGGGACTATCGGCTCAAGCCGATGGAAGTACGTGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCGAGTTCATCCTTGGCCGAGAGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTGGACTGCTCAGGGGGTTGGCAACGACGCTCAGAGCCGGAAAGTTGGTCAAACTTG Thermoascus_crustaceus 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Trichophyton_rubrum GAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAACCAATGCCCTCCGGGGTCTCTGGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAACCGATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTAGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGCCGGTCCGTCTCACGGCGTGCACTGGTCCGGCTGGGCCTTTCCTCTTGGGGAACCCATGGCCTTCACTGGCCGTGGGCGGAACCAGGGCTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGGATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCGGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCCGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGGTTTCTTTTATGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTCTAAATAGCCCGGTCGGCGTCCGCGCGCTGGCTTCTTAGAGGACTATCGACTCAAGTCGATGGAAGTTTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCGAGTCCATCCTTGGCCGAGAGCCCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAGGCACAAGTCATCAGCTTGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTGGACTGCCCAGGAGGTTGGAAACGACGCCCAGGGCCGGAAAGTTGGTCAAACTCG Uncinocarpus_reesii GAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAACCAATGCCCTTCGGGGTCTTTGGTGATTCATAATAACTTGTCGAATCGCATGGCCTTGCGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAACCAACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTCGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGCCGGTTCGCTTCGCGGCGTGCACTGGTCCGGCTGGACCTTTCCTTCTGGGAAACCCATGGCCTTTACTGGCTGTAGGGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGGATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCGGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGGAACTTTGAATAACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTCTAAATAGCCCGACCCACGTTTGTGCGCTGGCTTCTTAGAGGACTATCGGCTCAAGCCGATGGAAGTTTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCGAGTACATCCTTGGCCGAGAGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAGGCACAAGTCATCAGCTTGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTGGACTGCTCAGGAGGTTGGCAACGACACCCAGAGCCGGAAAGTTGGTCAAACTTG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 18S_rDNA_Eurotiomycetes) = N: 1-1631; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 18S_rDNA_Eurotiomycetes) = N: 1-1631; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6328; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Neurospora_crassa, 2 Aspergillus_flavus, 3 Capronia_pilosella, 4 Eupenicillium_crustaceum, 5 Geosmithia_namyslowskii, 6 Thermoascus_crustaceus, 7 Byssochlays_nivea, 8 Renispora_flavissima, 9 Ascosphaera_apis, 10 Auxarthron_zuffianum, 11 Penicillium_chrysogenum, 12 Malbranchea_filamentosa, 13 Malbranchea_dendritica, 14 Histoplasma_capsulatum, 15 Emmonsia_crescens, 16 Gymnoascus_reesii, 17 Paracoccidioides_braziliensis, 18 Blastomyces_dermatitidis, 19 Aspergillus_niger, 20 Coccidioides_immitis, 21 Uncinocarpus_reesii, 22 Trichophyton_rubrum, 23 Arthroderma_incurvatum, 24 Talaromyces_falvus, 25 Eurotium_rubrum, 26 Eremascus_albus, 27 Monascus_purpureus, 28 Eupenicillium_javanivum, 29 Aspergillus_fumigatus; TREE PAUP_1 = [&R] (((((26,9),(((((((((25,2),29),19),((((11,4),5),28),27)),24),7),6),(((18,15),17),14)),((23,22),16))),(((21,20),8),((13,12),10))),3),1); END;