#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 0:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Mcdaniel S., & Shaw A. 2003. Phylogeographic structure and cryptic speciation in the trans-Antarctic moss, Pyrrhobryum mnioides. Evolution, 57(2): 205-215. 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Pyrrhobryum_mnioides_Victoria_Australia_24 TACGGACTTAAATAATTTGAGCGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTGGGTTGAAAAAAAAATAT--AAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTCGTTTAAAAA---------TAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATACTATTTTTAAAATTATTTAATTGAATTT------------TCTTTATTAAT------------------AAAAG---------------------TAAAAAAAAATTATTGAAAATTTATTTTTTAGATATTAGGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTA---ATCTCAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTAAAAATTTTTATTGACATAAACTAGAAGTTTATGTTAGCATAAGCCGATTAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTGTAAGAATAATACGTCGTTTAGGAGCTTTACCGGGGTTAACTAATAAAATACCCCAATTAAAATCTAGTTCTATCAATCAATCAACATCTAATAAAAAAATTTCTCAGTATCGTATTCGTTTGGAAGAGAAACAAAAATTACGTTTTCATTATGGAATAACAGAACGACAATTACTTAATTATGTACGTATTGCTAGAAAAGCAAAAGGGTCAACAGGTGAAGTTTTATTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAATGTTATTTTTCGATTAGGTATGGCTCCTACAATTCCTGGAGCAAGGCAATTAGTAAATCATAGACATATTTTAGTTAATAATCGGATAGTAGATATACCAAGTTATCGGTGTAAACCTCAGGATTTTATTACTATAAAAGATCGACAGAAATCTCAGGCTATAAT---------------TGGTAAAAATCTAGATTTTTATCAAAAATATAAAATACCAAATCATTTAACTTATAATTCTTTAGAAAAAAAAGGATTAGTTAATCAAATACTAGATCGTGAATCAATTGGTTTAAAAATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGTCAGGCTTAACTAAGAACTAA--------TAGTATTTCCAATTACATAC-ATAATAAAAA-TTTGCAACTTCGGAAAGAGAG--------------------------------------------------CCCAAACGTACGAGAATCTGTTTTCATAGAATTTAAAAGTAATAAATTAGTTGCTGATTATATTGAAAAAAA-TATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAAGAAAAGAATTACCTCGACCTAATTACTTATATATAGATATAAGCATATAAAATAAAAAAAATTAAAAAGTGTAA----------GAAATAAATCTTTTTTGCAATCTAAAAATATTAGTAAATAATAAATATATTTAAATAAAAAATATTTAAATAAAAAAATATTTAAATAAATTATTGCCTAATTTATTTTA-TTTTTTTTTTT-ATTTTTTAACACGTTTCTAATCAAATTTTATTTTTATTAATCAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGC-TTAGACAAATAAAACTCATTTATTAAAAATAATCTGAGTTGCATCAAATGTAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAGTAAAATAACTTTGTCTAAAAA-TAGACAAAATTAAATACCAAAGACGTTTTTTTATAAA----------CTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATCAATTGAGTTGTAGGGAGGGACCTATGTCACCACAAACGGAGACTAAAGCAGGTGT 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TACGGACTTAAATAATTTGAGCGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTGGGTTGAAAAAAAAATAT--AAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTCGTTTAAAAA---------TAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATACTATTTTTAAAATTATTTAATTGAATTT------------TCTTTATTAAT------------------AAAAG---------------------TAAAAAAAAATTATTGAAAATTTATTTTTTAGATATTAGGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTA---ATCTCAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTAAAAATTTTTATTGACATAAACTAGAAGTTTATGTTAGCATAAGCCGATTAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGACTGAAAATCCTCGTGTGTAAGAATAATACGTCGTTTAGGAGCTTTACCGGGGTTAACTAATAAAATACCCCAATTAAAATCTAGTTCTATCAATCAATCAACATCTAATAAAAAAATTTCTCAGTATCGTATTCGTTTGGAAGAGAAACAAAAATTACGTTTTCATTATGGAATAACAGAACGACAATTACTTAATTATGTACGTATTGCTAGAAAAGCAAAAGGGTCAACAGGTGAAGTTTTATTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAATGTTATTTTTCGATTAGGTATGGCTCCTACAATTCCTGGAGCAAGGCAATTAGTAAATCATAGACATATTTTAGTTAATAATCGGATAGTAGATATACCAAGTTATCGGTGTAAACCTCAGGATTTTATTACTATAAAAGATCGACAGAAATCTCAGGCTATAAT---------------TGGTAAAAATCTAGATTTTTATCAAAAATATAAAATACCAAATCATTTAACTTATAATTCTTTAGAAAAAAAAGGATTAGTTAATCAAATACTAGATCGTGAATCAATTGGTTTAAAAATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGTCAGGCTTAACTAAGAACTAA--------TAGTATTTCCAATTACATAC-ATAATAAAAA-TTTGCAACTTCGGAAAGAGAGCCAATAATTTGAGTAATACGCCCTAGATTTTTAGTAAGAAGTGTTGAAGTCCCAAACGTACGAGAATCTGTTTTCATAGAATTTAAAAGTAATAAATTAGTTGCTGATTATATTGAAAAAAA-TATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAAGAAAAGAATTACCTCGACCTAATTACTTATATATAGATATAAGCATATAAAATAAAAAAAATTAAAAAGTGTAA----------GAAATAAATCTTTTTTGCAATCTAAAAATATTAGTAAATAATAAATATATTTAAATAAAAAATATTTAAATAAAAAAATATTTAAATAAATTATTGCCTAATTTATTTTA-TTTTTTTTTTT-ATTTTTTAACACGTTTCTAATCAAATTTTATTTTTATTAATCAGTTTAACATTCAAAAGATTATTAGGTCAATGC-TTAGACAAATAAAACTCATTTATTAAAAATAATCTGAGTTGCATCAAATGTAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAGTAAAATAACTTTGTCTAAAAA-TAGACAAAATTAAATACCAAAGACGTTTTTTTATAAA----------CTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATCAATTGAGTTGTAGGGAGGGACCTATGTCACCACAAACGGAGACTAAAGCAGGTGT 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TACGGACTTAAATAATTTGAGCTTTAGTAAAAAAACTTACTAAATGTGAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAAA--GTAT--AAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTCGTCCAAAAA---------TAAGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCCAACGAATAATATTTCAAAATTTATTTAATTTTATTT------------CATTTATTAATAGAAATAAAAAAATTAATAGAAA---------------------TAAAAAAATTTTATTTAAAATTAATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTA---ATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTATAATTTTTTATTAACATAAAATTATAGTTTATGTTAGGATAAGCCAATTAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTGTAAGAATAATACGTCGTTTAGGAGCTTTACCAGGACTAACTAATAAAATACCCCAGTTAAGATCTAGTTCTATCAATCAATCAACATCTAATAAAAAAATTTCTCAGTATCGTATTCGTTTAGAAGAAAAACAAAAATTACGTTTTCATTATGGAATAACAGAAAGACAATTACTTAATTATGTACGTATTGCTAGAAAAGCAAAAGGATCAACAGGTGAAGTGCTATTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAATGTTATTTTTCGATTAGGTATGACTCCTACAATTCCCGGAGCAAGGCAATTAGTAAATCATAGACATATTTTAGTTAATGATCGTATAGTAAATATACCAAGTTATCGGTGTAAACCTCAGGATTTTATTACTATAAAAGATCGACAAAAATCTCAGGCTATAAT---------------TAGTAAAAATATAGATTTTTATCAAAAATATAAAATACCAAATCATTTAACTTATAGTTATTTAGAAAAAAAAGGATTTGTTAATCAAATACTAGATCGTAAATCAATTGGTTTAAAAATAAATGAATTATTAGTTGTAGAATATTATTCTCGTCAGGCTTAAATAAAAACTAG--------TAGTATTTCTAATTTAGATACATAATAAAA-TTTTGCA-CTCCGGA-------CCAATAATTTGAGTAATACGTCCTATATTTTTAGCAATAAGTGTTGAAGTCCCAAAAGTACGAGAATCTGTTTTCATAAAATTTAGAAGTAATAAATTAGTTGCTGATTATATTCAAAAAA--TATTTAGTATCAACTCGATCATTTAATTATTGAATAAAACAATTACCTCGAACTAATTATTTATATATAGATATAAGCATATTAAATAAAAAAAATTAAAAAGTGTAA----------GAAATACATATTTTTTGCAATCTAAAAATATTAGTAAATAACAAATATATTTAAATAAAAAAAAAAATTTTTATTTTCTTTTTTAAAAA-GAAAATAAATTAGGCGATAGTTTATTTTTTATTATTTATTAATACGTTTTTAATTAAATTTTATTTTTATTAATTAGTTTAACATTCAAAATATTATTAGGTCAATGC-TTAGACAAATAAAACTCATTTACTAAAAATAATATAAGTTGCATCAAATGTAAAAAATAATATACAATGATACTGTTTTGTTATAGTAAAATAACTTTGCCTAAAATATAGACAAAATTAAATACCAAAAATGTTTTTTTATAAAACTAAAAAAACTTATTTGTCGAGCAGACCTCATCCTTGCAAGAGTTATCAATTGAGTTGTAGGGAGGGACCTATGTCACC------------------------ ; END; BEGIN SETS; CHARSET rps4 (CHARACTERS = cpDNA) = 540-1213; CHARSET trnL (CHARACTERS = cpDNA) = 1-539; CHARSET a_r (CHARACTERS = cpDNA) = 1214-1902; CHARSET indels (CHARACTERS = cpDNA) = 86-91 128-136 208-219 231-248 254-274 349-351 964-978 1153-1213 1334-1336 1445-1454 1516-1577 1653 1761 1799-1808; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = cpDNA) = N: 1-1902; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = cpDNA) = N: 1-1902; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6333; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Pyrrhobryum_mnioides_Victoria_Australia_22, 2 Pyrrhobryum_mnioides_ACT_Australia_21, 3 Pyrrhobryum_mnioides_NSW_Australia_20, 4 Pyrrhobryum_mnioides_NSW_Australia_19, 5 Pyrrhobryum_mnioides_Magellanes_Chile_18, 6 Pyrrhobryum_mnioides_Magellanes_Chile_17, 7 Pyrrhobryum_mnioides_Magellanes_Chile_16, 8 Pyrrhobryum_mnioides_Magellanes_Chile_15, 9 Pyrrhobryum_mnioides_Aisen_Chile, 10 Pyrrhobryum_mnioides_P_N_Alerce_Chile_13, 11 Pyrrhobryum_mnioides_P_N_Alerce_Chile_12, 12 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