#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 16, 2024; 13:41 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hackett J., Maranda L., Yoon H., & Bhattacharya D. 2003. Phylogenetic evidence for the cryptophyte origin of the plastid of Dinophysis (Dinophysiales, Dinophyceae. Journal of Phycology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S963] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=51; TAXLABELS Antithamnion_sp. Bangia_atropurpurea Bangia_fuscopurpurea Bangiopsis_subsimplex Chilomonas_paramecium_NIES_715 Chilomonas_paramecium_SAG_977.2A Chondrus_crispus Chroomonas_placoidea Chroomonas_sp. Compsopogon_coeruleus Cryptomonas_ovata Cyanophora_paradoxa Dinophysis_fortii Dinophysis_norvegica Dixoniella_grisea Emiliania_huxleyi Erythrotrichia_carnea Flintiella_sanguinaria Geminigera_cryophila Glaucosphaera_vacuolata Guillardia_theta Hemiselmis_virescens Heterosigma_akashiwo Isochrysis_sp. Mesostigma_viride Nemalionopsis_tortuosa Nephroselmis_olivacea OCS20 OM283 Odontella_sinensis Palmaria_palmata Pavlova_gyrans Pavlova_lutherii Porphyra_purpurea Porphyridium_aerugineum Proteomonas_salina Pylaiella_littoralis Pyrenomonas_helgolandii Rhodella_violacea Rhodochaete_parvula Rhodosorus_marinus Skeletonema_costatum Stylonema_alsidii Thorea_violacea acumGC06_red acumGC08 acumGC08_red acumGC09 acumWH10_3B acumWH10_3D acutNP09 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Antithamnion_sp. Bangia_fuscopurpurea Bangiopsis_subsimplex Chilomonas_paramecium Chondrus_crispus Chroomonas_sp. Compsopogon_coeruleus Cyanophora_paradoxa 'Dinophysis acuminata-acuta' Dinophysis_norvegica Emiliania_huxleyi Erythrotrichia_carnea Guillardia_theta Heterosigma_akashiwo Isochrysis_sp. Mesostigma_viride Nephroselmis_olivacea Odontella_sinensis Palmaria_palmata Pavlova_gyrans Pavlova_lutherii Porphyra_purpurea Pylaiella_littoralis Pyrenomonas_helgolandii Rhodochaete_parvula Rhodomonas_abbreviata Rhodosorus_marinus Skeletonema_costatum Stylonema_alsidii Thorea_violacea acumGC06_red2 acumGC06_red3 acumGC06_red5 acumGC09_red ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M485] TITLE dino_psbA; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=957; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Antithamnion_sp. TGGGCGCGTTTTTGTACTTGGATTACTATGAATGAAAATAGACTATATATTGGGTGGTTTGGCGTAGTAATGATCCCAACACTATTAACTGCTACATCTGTATTCATCATTGCATGCTTTGCTGCACCTCCAGTTGACATTGACGGTATCCGTGAACCAGTTGCAGGTTCTTTATTATATGGTAACAACATTATTTCTGGTGCTATCATCCCTAGTTCTGCAGCTATCGGTATTCACTTTTATCCAATTTGGGAAGCTGCATCTTTAGATGAATGGTTATATAATGGTGGCCCTTACCAATTAATCGTTCTACATTTCTTATTAGGTGTATGTTGCTACATTGGTCGTGAATGGGAATTCAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCATGGATCTCAGTTGCTTTTACAGCACCTGTAGTAGCAGCATCAGCAGTATTCCTTGTATATCCAATTGGTCAAGGAAGCTTCTCTGATGGTATGCCTTTAGGTATTTCTGGTACATTTAATTTCATGCTTGTATTCCAAGCAGAGCACAACATCTTAATGCACCCTTTACATCAATTAGGTGTTGCTGGTGTATTTGGTGGTTCTTTATTCAGTGCTATGCACGGATCTCTAGTAACTTCTAGTTTAATTCGTGAAACAACTGAAAATGAATCTGCTAATAACGGATACAAATTTGGTCAAGAAGAAGAAACTTATAATATCGTTGCAGCTCATGGCTACTTCGGTCGTTTAATTTTCCAATACGCTAGTTTCAATAACTCTCGTTCATTACATTTCTTCTTAGGTTTATGGCCAGTAGTAGGAATCTGGTTTACATCTATGTCTGTAAGTACAATGGCTTTTAACTTAAATGGTTTTAATTTCAACCAATCAGTTGTAGATAGCCAAGGCCGTGTAATTAATACTTGGGCAGATATTCTTAATAGAGCTAACTTAGGTATGGAAGTAATGCAT Bangia_fuscopurpurea TGGGAACGTTTCTGCTCTTGGATCACTAGTACTGAAAACCGTTTATACATCGGTTGGTTTGGTGTTCTAATGATTCCAACTCTATTAACTGCCACATCTGTATTCATCATTGCATTCGTAGCTGCACCTCCAGTAGACATTGATGGAATTCGTGAACCAGTTGCTGGTTCCCTTCTATACGGAAACAACATCATCTCTGGTGCTGTTATTCCAAGTTCTGCAGCTATCGGTATCCACTTCTACCCAATTTGGGAAGCTGCTTCTTTAGACGAATGGCTATACAACGGTGGTCCTTACCAACTAGTTGTTCTTCATTTCCTAACTGGCGTAGCTTGCTACATTGGTCGTGAGTGGGAACTAAGCTACCGCCTAGGTATGCGTCCATGGATTTCCGTTGCTTTTACTGCTCCAGTAGCAGCTGCAGCAGCAGTATTCCTAGTATATCCAATTGGCCAAGGTAGTTTCTCTGATGGAATGCCTCTAGGTATCTCTGGAACATTCAACTTTATGCTTGTGTTCCAAGCTGAACATAACATTTTAATGCACCCATTCCACCAACTAGGTGTTGCTGGTGTATTCGGTGGTTCTCTGTTCAGTGCTATGCACGGATCTCTAGTTACATCTAGCTTAATTCGTGAAACAAGCGAAAATGAATCTGCTAACTACGGTTACAAATTCGGACAAGAAGAAGAAACTTACAATATCGTTGCAGCTCACGGCTACTTCGGTCGTTTAATCTTCCAATACGCTAGTTTCAACAACTCTCGTTCTCTACATTTCTTCTTAGGTCTATGGCCTGTAGTTGGTATCTGGCTAACAGCTTTATCTGTAAGCACAATGGCATTTAACCTAAACGGTTTCAACTTCAACCAGTCTGTTGTTGATAGCCAAGGTCGTGTAATCAATACATGGGCTGATATCATCAACCGTGCTAACCTAGGTATGGAAGTAATGCAC Bangiopsis_subsimplex TGGGAACGTTTCTGCTCTTGGATTACTAGCACTGAAAACCGTTTATACATCGGTTGGTTTGGTGTATTAATGATCCCTACTTTATTAACTGCCACTTCTGTATACATCATTGCATTCGTTGCTGCTCCTCCAGTAGACATCGATGGTATCCGTGAACCGGTTGCAGGTTCTTTATTATACGGAAACAATATCATTTCTGGTGCTGTTATTCCTAGCTCTGCAGCTATTGGTATTCACTTCTACCCAATTTGGGAAGCTGCATCTTTAGATGAGTGGTTATACAACGGTGGTCCTTACCAATTAGTTGTATTACATTTCTTATTAGGTGTATATTGCTACATGGGTCGTGAATGGGAATTAAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATCGCAGTAGCTTTCTCAGCTCCAGTTGCAGCTGCAACTGCTGTATTCTTGATCTACCCAATCGGTCAAGGTAGCTTCTCTGATGGTATGCCATTAGGTATTTCTGGTACTTTTAACTTCATGCTTGTATTCCAAGCTGAGCATAACATTTTAATGCACCCTTTCCACCAATTAGGTGTTGCTGGTGTATTTGGTGGTTCTTTATTCAGTGCAATGCACGGTTCTCTAGTAACTTCTAGTTTAATTCGTGAAACTACTGAAAACGAATCTGCTAACTACGGATACAAATTTGGACAAGAAGAAGAAACTTACAACATCGTTGCTGCACACGGTTACTTTGGACGTTTAATCTTCCAATATGCTAGTTTCAACAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTCTTAGGTTTATGGCCAGTAGTAGGTATCTGGTTAACTGCGATTTCTGTATCAACTATGGCATTCAACTTAAATGGTTTCAACTTCAACCAATCAGTTGTAGATAGCCAAGGTCGTGTAATCAACACTTGGGCAGATATCTTAAACAGAGCTAACCTAGGTATGGAAGTAATGCAT Chilomonas_paramecium TGGGAACGTTTATGTTCTTGGATTACTAGCACAGACAACCGTTTATATATCGGATGGTTTGGTGTTTTAATGATCCCTACATTATTGACAGCTACAACAGTATACATCATTGCTTTCGTTGCTGCTCCTCCAGTAGATATCGATGGTATTCGTGAGCCTGTTGCAGGTTCATTACTATACGGTAACAACATTATTACTGGTGCTGTTATTCCTTCTTCCGCTTCAATCGGTATTCACTTCTACCCTATTTGGGAAGCTGCTTCCCTAGACGAATGGTTATACAATGGTGGTCCTTACCAACTAATTCTTGACCATTTCTTATTAGGTGTATGTTGTTGGATCGGTCGTGAGTGGGAATTCAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATTTCTGTTGCTTTCACAGCTCCAGTAGCTGCTGCTAGCGCAGTGTTCTTAGTATATCCAATCGGTCAAGGTAGTTTCTCTGATGGTATGCCTCTAGGTATCTCCGGTACGTTTAACTTCATGCTTGTATTCCAAGCTGAACACAACATTTTAATGCACCCATTCCACCAATTAGGTGTTGCTGGTGTATTCGGTGGTTCTCTATTCTCTGCTATGCACGGTTCTCTAGTTACATCTAGTTTAATCCGTGAAACAACTGAGAACGAATCTGCTAACTACGGTTACAAGTTCGGTCAGGAAGAAGAGACTTACAACATCGTAGCTGCACACGGTTACTTTGGTCGTCTAATATTCCAATATGCTAGTTTCAATAACTCCCGTGCTCTTCACTTCTTCTTAGGCTTATGGCCAGTTGTAGGTATTTGGTTTACTGCTTTAGGTGTTATGACTATGGCGTTTAACCTTAACGGTTTTAACTTCAACCAATCTGTTGTTGATAGCCAAGGTCGTGTAATTAACACTTGGGCTGATATTCTTAACCGTGCTAACCTAGGTATGGAAGTAATGCAT Chondrus_crispus TGGGAACGTTTCTGTGCTTGGATTACTAGTACTGAAAACCGTCTATATATTGGTTGGTTTGGTGTACTAATGATACCAACACTACTAACAGCTACATCTGTATTCATCATTGCATTCGTTGCTGCACCTCCAGTTGACATCGATGGTATCCGTGAACCAGTTGCAGGTTCTTTACTTTATGGTAATAACATCATTTCTGGTGCTATTATACCTAGTTCTGCAGCAATTGGTATTCACTTTTATCCTATTTGGGAAGCTGCATCTTTAGATGAGTGGCTATATAATGGTGGCCCATATGAACTAATTGTTCTTCACTTTATTTTAGGTGTATGTTGCTATATTGGTCGTGAATGGGAATTAAGCTACCGTTTAGGTATGCGCCCTTGGATCTCAGTTGCTTTTACAGCTCCTGTAGCAGCAGCAGCAGCAGTATTTCTTGTTTATCCAATTGGTCAAGGAAGCTTCTCTGATGGTATGCCTTTAGGCATCTCTGGTACATTCAATTTTATGCTTGTTTTCCAAGCTGAGCATAACATTCTAATGCATCCTTTCCACCAATTAGGTGTAGCAGGTGTATTTGGGGGTTCTTTATTTAGTGCTATGCATGGTTCTCTTGTAACTTCTAGTTTAATTCGTGAGACAACTGAAAACGAATCAGCTAACAATGGTTACAAGTTTGGTCAAGAAGAAGAAACTTATAATATTGTTGCAGCTCATGGTTACTTTGGACGTTTAATTTTCCAATATGCTAGTTTTAACAACTCTCGTTCGCTACATTTCTTCTTAGGTATGTGGCCTGTTGTAGGTATTTGGTTTACAGCAATGTCTGTTAGTACTATGGCTTTCAATTTAAATGGTTTCAACTTCAATCAATCAGTTGTTGATAGCCAAGGCCGTGTAATTAATACTTGGGCAGATATTTTAAACAGAGCT???????????????????????? Chroomonas_sp. TGGGAACGTTTTTGTTCTTGGATTACTAGCACAGACAACCGTTTATATATCGGTTGGTTTGGTGTTTTAATGATCCCTACATTATTGACAGCTACAACAGTATACATCATTGCTTTCGTTGCTGCTCCTCCAGTAGATATCGATGGTATTCGTGAGCCTGTTGCAGGTTCATTACTATACGGTAACAACATTATTACTGGTGCTGTTATTCCTTCTTCCGCTTCAATCGGTATTCACTTCTACCCTATTTGGGAAGCTGCTTCCCTAGACGAATGGTTATACAATGGTGGTCCTTACCAACTAATTCTTGACCATTTCTTATTAGGTGTATGTTGTTGGATCGGTCGTGAGTGGGAATTCAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATTTCTGTTGCTTTCACAGCTCCAGTAGCTGCTGCTAGCGCAGTGTTCTTAGTATATCCAATCGGTCAAGGTAGTTTCTCTGATGGTATGCCTCTAGGTATCTCCGGTACGTTTAACTTCATGCTTGTATTCCAAGCTGAACACAACATTTTAATGCACCCATTCCACCAATTAGGTGTTGCTGGTGTATTCGGTGGTTCTCTATTCTCTGCTATGCACGGTTCTCTAGTTACATCTAGTTTAATCCGTGAAACAACTGAGAACGAATCTGCTAACTACGGTTACAAGTTCGGTCAGGAAGAAGAGACTTACAACATCGTAGCTGCACACGGTTACTTTGGTCGTCTAATATTCCAATATGCTAGTTTCAATAACTCCCGTGCTCTTCACTTCTTCTTAGGCTTATGGCCAGTTGTAGGTATTTGGTTTACTGCTTTAGGTGTTATGACTATGGCGTTTAACCTTAACGGTTTTAACTTCAACCAATCTGTTGTTGATAGCCAAGGTCGTGTAATTAACACTTGGGCTGATATTCTTAACCGTGCTAACCTAGGTATGGAAGTTATGCAT Compsopogon_coeruleus TGGGAACGTTTCTGCTCTTGGATCACTAGCACAGAAAACCGCTTATATATCGGTTGGTTTGGTGTTTTAATGATTCCTACTTTATTAACAGCTACTACAGTATACATCATTGCATTTATAGCTGCTCCCCCAGTAGATATTGATGGAATACGTGAGCCAGTTGCTGGTTCTCTTTTATACGGCAATAACATCATTAGTGGTGCTGTTATTCCTAGTTCTGCAGCTATTGGTATCCATTTTTACCCAATCTGGGAAGCTGCTTCTTTAGATGAGTGGTTATATAATGGTGGCCCTTACGAGCTAGTAGTATTACACTTCTTTTTAGGTATCTGCTGCTGGATGGGTCGTGAGTGGGAACTTAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATCGCAGTTGCATTCTCTGCTCCAGTTGCTGCTGCTACTGCTGTATTCGTTGTATACCCAATCGGTCAAGGTAGCTTCTCTGATGGTATGCCTTTAGGTATCTCTGGTACATTCAACTTCATGCTTGTATTCCAAGCTGAACATAACATTTTAATGCACCCATTCCACCAACTAGGTGTTGCAGGTGTATTCGGAGGTTCTCTATTTAGTGCTATGCACGGTTCTCTAGTTACATCTAGTTTAATTCGTGAAACTACTGAAAATGAATCTACTAATAACGGTTATAAATTTGGACAAGAAGAAGAAACTTACAACATCGTAGCTGCACACGGCTACTTTGGTCGTTTAATTTTCCAGTACGCTAGTTTTAATAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTCTTAGGACTATGGCCAGTTCTTGGTATTTGGCTAACTGCTTTATCTGTATGTACTATGGCATTCAACTTAAACGGATTTAACTTTAACCAATCTGTTGTTGACAGCCAAGGTCGTGTAATTAACACATGGGCAGATATCATAAACAGAGCTAACCTTGGTATGGAAGTAATGCAT Cyanophora_paradoxa TGGGAACAATTCTGCGGTTTTATCACTAGTACTGAAAACCGTTTATACATCGGTTGGTTCGGTGTATTAATGTTTCCTTTATTATTAACTGCTACTACCTTATTTATCATCGCATTTGTTGCAGCTCCTCCTGTTGACATTGATGGTATTCGTGAACCAGTTGCTGGTTCTTTATTCTATGGTAACAACATTATCAGCGGTGCAGTAATTCCTTCCTCCGCTGCTATCGGTATGCACTTTTACCCAATTTGGGAAGCAGCATCTTTAGATGAATGGCTTTACAATGGTGGTCCTTACCAATTCGTAGTTATGCACTTCCTTTTAGGTGTTGCATGCTATATGGGTCGTGAATGGGAATTAAGCTTCCGTTTAGGTATGCGCCCATGGATTGCTGTAGCATACTCTGCTCCAGTTGCAGCAGCTACTGCTGTATTCTTAATCTACCCAATTGGCCAAGGTAGTTTCTCTGATGGTATGCCTTTAGGTATTTCTGGTACTTTCAACTTCATGTTAGTATTCCAAGCAGAACACAACATTCTTATGCACCCATTCCACATGATGGGTGTTGCTGGTGTATTCGGTGGTTCTTTATTCAGTGCTATGCACGGTTCTTTAGTAACTTCTAGCTTAATCCGCGAAACTACTGAGAACGAATCTGCTAACGCTGGTTATAAATTTGGTCAAGAAGAAGAGACTTACAACATTGTTGCAGCTCACGGTTACTTTGGACGTTTAATTTTCCAATACGCTAGTTTCAACAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTCTTAGCTTTATGGCCAGTAGTAGGTATTTGGTTTACTGCTTTAGGTTTAAGCACTATGGCATTCAACTTAAATGGTTTAAACTTTAACCAATCTGTAGTTGACAGCCAAGGTCGCGTAATCAGCACTTGGGCAGACATCATCAACCGTGCTAACTTAGGTATGGAAGTAATGCAT 'Dinophysis acuminata-acuta' ??????????????????????????????????????CCGTTTATACATCGGTTGGTTTGGTGTATTAATGATTCCTACACTACTTACAGCTACAACTGTATACATCATTGCTTTCATCGCTGCACCTCCAGTTGACATCGATGGTATCCGTGAGCCAGTTGCTGGTTCTCTACTATACGGAAACAACATCATCTCTGGCGCAGTAATTCCTTCATCTGCATCAATCGGTATCCACTTCTACCCAATTTGGGAAGCAGCTTCTCTTGACGAGTGGCTATACAACGGTGGTCCTTACCAACTAATCGTTGACCACTTCCTTCTAGGTGTTTGTGGTTGGATCGGTCGTGAGTGGGAATTCTCTTACCGTCTAGGTATGCGTCCTTGGATTTCTGTTGCTTTCACAGCTCCTGTAGCTGCAGCTTCTGCTGTGTTCCTAGTTTACCCTATCGGACAAGGTAGCTTCTCTGATGGTATGCCTCTAGGTATTTCTGGTACATTCAACTTCATGCTTGTATTCCAAGCTGAGCACAACATCCTTATGCACCCATTCCACCAACTAGGTGTTGCTGGTGTATTCGGTGGTTCTCTATTCTCTGCTATGCACGGTTCACTAGTTACATCTAGTTTAATCCGTGAAACTACTGAGAACGAGTCAGCTAACTACGGTTACAAGTTCGGTCAAGAAGAAGAGACTTACAACATCGTAGCTGCACACGGTTACTTTGGTCGTCTAATTTTCCAATACGCGAGTTTCAACAACTCACGTGCTCTTCACTTCTTCTTAGGTCTATGGCCAGTTGTAGGTATCTGGTTCACAGCTTTAGGTGTAATGACAATGGCATTCAACCTAAACGGTTTCAACTTCAACCAATCAGTTGTTGATAGTCAAGGTCGTGTAATCAACACATGGGCTGACATCCTTAACCGTGCTAACCTAGGTATGGA?????????? Dinophysis_norvegica ???????????????????????????AGCACTGACAACCGTTTATACATCGGTTGGTTTGGTGTATTAATGATTCCTACACTACTTACAGCTACAACTGTATACATCATTGCTTTCATCGCTGCACCTCCAGTTGACATCGATGGTATCCGTGAGCCAGTTGCTGGTTCTCTACTATACGGAAACAACATCATCTCTGGCGCAGTAATTCCTTCATCTGCATCAATCGGTATCCACTTCTACCCAATTTGGGAAGCAGCTTCTCTTGACGAGTGGCTATACAACGGTGGTCCTTACCAACTAATCGTTGACCACTTCCTTCTAGGTGTTTGTGGTTGGATCGGTCGTGAGTGGGAATTCTCTTACCGTCTAGGTATGCGTCCTTGGATTTCTGTTGCTTTCACAGCTCCTGTAGCTGCAGCTTCTGCTGTGTTCCTAGTTTACCCTATCGGACAAGGTAGCTTCTCTGATGGTATGCCTCTAGGTATTTCTGGTACATTCAACTTCATGCTCGTATTCCAAGCTGAGCACAACATCCTTATGCACCCATTCCACCAACTAGGTGTTGCTGGTGTATTCGGTGGTTCTCTATTCTCTGCTATGCACGGTTCACTAGTTACATCTAGTTTAATCCGTGAAACTACTGAGAACGAGTCAGCTAACTACGGTTACAAGTTCGGTCAAGAAGAAGAGACTTACAACATCGTAGCTGCACACGGTTACTTTGGTCGTCTAATTTTCCAATACGCGAGTTTCAACAACTCACGTGCTCTTCACTTCTTCTTAGGTCTATGGCCAGTTGTAGGTATCTGGTTCACAGCTTTAGGTGTAATGACAATGGCATTCAACCTAAACGGTTTCAACTTCAACCAATCAGTTGTTGATAGTCAAGGTCGTGTAATCAACACATGGGCTGACATCCTTAACCGTGCTAACCTAGGTATGGAAGTTATG??? Emiliania_huxleyi TGGGAGCAATTCTGCGCATGGATCACTTCAACTGAGAACAGACTATACATTGGTTGGTTCGGTTGTCTAATGTTCCCTACTCTACTATCTGCTATCTCAGCTTACATTATTGCTTTCATCGCAGCACCTCCAGTAGATATCGATGGTATCCGTGAGCCAGTTGCTGGTTCTCTACTTTACGGTAACAACATCATCTCTGGTGCTGTAGTACCAAGCTCTAACGCTATTGGTGTACACTTCTACCCAATTTGGGAAGCTGCTTCAATTGATGAGTGGTTATACAACGGTGGTACTTACCAACTAGTTGTTCTTCACTTCTTCATTGGTGTATGTGCTTACATCGGTCGTGAGTGGGAACTTTCTTACCGTCTAGGTATGCGTCCATGGATCTGTGTTGCTTTCTCTGCTCCAGTAGCAGCTGCAGCTGCAGTATTCGTAATCTACCCAATCGGTCAAGGTTCATTCTCAGATGGTATGCCTCTAGGTATCTCTGGTACTTTCAACTTCATGCTTGTATTCCAAGCTGAGCACAACATCCTAATGCACCCATTCCACATGCTTGGTGTTGCTGGTGTATTCGGTGGTTCTCTATTCTCAGCTATGCACGGTTCATTAGTAACTTCATCTCTAATCCGTGAGACTACTGAGAACGAGTCAGCTAACTACGGTTACAAGTTCGGTCAAGAAGAAGAGACTTACAACATCGTTGCAGCTCACGGTTACTTCGGTCGTCTAATCTTCCAGTACGCTTCATTCAACAACTCACGTGCTCTTCACTTCTTCTTAGGTGCATGGCCAGTAGTTGGTATCTGGTTCACAGCAATGGGTGTAGCTACTATGGCATTCAACCTAAACGGTTTCAACTTCAACCAATCAGTTGTAGATTCACAAGGTCGTGTAATCAACACTTGGGCTGATATCCTTAACCGTTCAAACCTAGGTATGGAAGTAATGCAC Erythrotrichia_carnea TGGGAACGTTTCTGCTCTTGGATCACAAGCACTGAAAACCGTTTATACATCGGATGGTTTGGTGTTCTAATGATTCCAACTCTATTAACTGCCACTTCAGTATACATCATTGCATTCGTTGCTGCTCCTCCAGTAGACATCGACGGAATTCGTGAACCAGTTGCTGGCTCTTTACTATACGGAAACAACATCATTTCTGGTGCTGTTATCCCTAGTTCAGCTGCTGTAGGTATCCACTTCTACCCAATCTGGGAAGCTGCTTCTCTAGATGAATGGTTATATAATGGCGGACCTTACGAATTAATCGTTCTTCACTTCTTCCTAGGCGTTTGTTGTTGGATGGGCCGTGAGTGGGAATTCAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATCGCTGTTGCTTTCTCTGCTCCTGTTGCTGCTGCAACTGCTGTTTTTATAATCTACCCAATTGGTCAAGGTAGCTTCTCTGATGGTATGCCTCTAGGTATCTCAGGTACTTTTAACTTCATGCTTGTATTCCAAGCTGAACACAATATTCTAATGCACCCATTCCACCAACTAGGTGTTGCTGGTGTATTTGGTGGTTCTTTATTCAGTGCAATGCACGGTTCACTAGTAACATCTAGTTTAATCCGCGAAACTACTGAAAACGAATCTGCTAACAATGGTTACAAATTTGGTCAAGAAGAAGAAACTTACAATATCGTAGCTGCTCATGGTTACTTTGGACGTCTAATCTTCCAATACGCAAGTTTTAACAACTCTCGTTCTCTACACTTCTTCCTAGGTCTATGGCCGGTTGTTGGTATCTGGTTAACTGCTATTTCTGTATCTACAATGGCTTTCAACCTAAATGGTTTCAACTTCAACCAATCTGTAGTTGACAGTCAAGGTCGTGTTATCAACACATGGGCTGACATCATCAATAGAGCAAACCTAGGTATGGAA????????? Guillardia_theta TGGGAACGTTTCTGCTCTTGGATTACTAGCACAGAAAACCGTTTATACATCGGTTGGTTCGGTGTTTTAATGATTCCTACACTATTAACAGCTACAACTGTTTTCATCATTGCTTTTATCGCTGCACCGCCAGTTGATATCGATGGTATTCGTGAGCCTGTTGCTGGTTCATTATTATACGGTAACAACATCATTACTGGTGCTGTTATTCCTTCATCTGCATCTATTGGTATTCACTTCTACCCTATCTGGGAAGCAGCTTCTCTAGACGAGTGGCTATACAACGGTGGTCCTTACCAACTTATCGTTGATCACTTCTTATTAGGTGTTTGTGGATGGATTGGTCGTGAGTGGGAATTCAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCTTGGATTTCTGTTGCATTCACTGCACCAGTTGCTGCAGCGTCAGCTGTATTCTTAGTATATCCAATCGGACAAGGCAGCTTCTCTGATGGTATGCCATTAGGTATTTCTGGTACATTCAACTTCATGCTTGTTTTCCAAGCTGAGCACAACATTTTAATGCACCCATTCCACCAACTAGGTGTTGCTGGTGTATTTGGTGGTTCATTATTCTCAGCTATGCACGGTTCTCTAGTTACTTCTAGCTTAATCCGTGAAACAACAGAAAACGAATCTGCTAACTATGGTTACAAATTCGGTCAAGAAGAAGAGACTTATAACATTGTAGCTGCACACGGTTACTTTGGTCGTCTAATTTTCCAATACGCGAGCTTCAACAACTCTCGTGCATTACACTTCTTCTTAGGTCTATGGCCAGTTGTAGGTATCTGGTTCACAGCATTAGGTATCATGACTATGGCATTCAACTTAAATGGTTTCAACTTCAACCAATCAGTTGTTGACAGCCAAGGTCGTGTTATTAACACTTGGGCAGACATTCTTAACCGTGCTAACTTAGGTATCGAAGTTATGCAC Heterosigma_akashiwo TGGGAGCGTTTCTGCTCTTGGATTACTAGTACTGAAAACCGTTTATACATCGGTTGGTTTGGTGTATTAATGATCCCTACATTATTAACTGCTACTTCTTGTTACATTATCGCATTCATCGCTGCTCCTCCAGTAGACATCGATGGTATTCGTGAGCCAGTTGCTGGTTCTTTAATGTACGGTAACAACATCATTACTGGTGCTGTTATTCCTAGTTCAAACGCTATTGGTGTACACTTCTACCCAATTTGGGAAGCTGCTTCTTTAGACGAGTGGTTATACAATGGTGGTCCTTACCAACTAATCGTTTTACACTTCTTATTAGGTGTTGCTTCTTACATGGGTCGTGAGTGGGAATTAAGCTACCGTTTAGGTATGCGTCCATGGATCTTCGTAGCATTCTCTGCTCCAGTAGCAGCTGCTTCTGCTGTATTCTTAGTATACCCAATTGGACAAGGTTCATTCTCTGATGGTATGCCTTTAGGTATTTCTGGTACTTTCAACTTCATGTTAGTATTCCAAGCTGAGCACAACATTTTAATGCACCCATTCCACATGGCTGGTGTTGCTGGTGTATTTGGTGGTTCTTTATTCAGTGCTATGCACGGTTCTTTAGTAACTTCAAGTTTAATCCGTGAAACAAGCGAAATCGAATCTGCTAACTACGGTTACAAATTTGGTCAAGAAGAAGAAACTTACAACATCGTAGCTGCACACGGTTACTTTGGTCGTTTAATCTTCCAATACGCTTCATTCAACAACTCTCGTGCTCTTCACTTCTTCTTAGCTGCTTGGCCAGTAGTAGGTATCTGGTTAACTGCTTTAGGTGTAAGCACAATGGCATTCAACTTAAACGGTTTCAACTTCAACCAATCTGTAGTTGACAGCCAAGGTCGTGTAATCAACACATGGGCTGACATCATCAACCGTGCTGACTTAGGTATGGAAGTAATGCAT Isochrysis_sp. 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TGGGGTCGTTTCTGTGAATTCATTACAAGCACTGAAAACCGTTTATATATCGGTTGGTTCGGTGTTATTATGATCCCTTGCTTATTAACTGCTATTTCCGTATACATCATTGCTTTCGTTGCAGCTCCTCCAGTTGATATCGATGGTATCCGTGAACCTGTTTCTGGATCTTTACTATATGGTAACAACATTATCAGTGGATCTGTAATTCCTATGAGCAATGCTATTGGTTTACACTTCTACCCAATCTGGGAAGCTGCTTCCTTAGATGAATGGTTATACAACGGTGGTCCTTACCTAATGGTTGTATGCCACTTCTTATTAGGTATTGCTTGCTACATGGGTCGTGAGTGGGAATTAAGCTTCCGTCTAGGTATGCGTCCTTGGATCGCAGTTGCTTACTCTGCACCTGTAGCTGCTGCTACAGCTGTTTTCTTGATCTACCCAATTGGTCAAGGTAGCTTCTCCGATGGTATGCCTTTAGGTATTTCCGGAACTTTCAACTTCATGATTGTTTTCCAAGCTGAACACAACATCCTTATGCACCCATTCCATATGCTTGGTGTTGCAGGTGTTTTCGGTGGCTCTCTATTCAGTGCTATGCATGGTTCTTTAGTTACTTCTAGCTTAATCCGCGAAACAACTGAAAATGAATCTGCTAACGCTGGTTATAAATTTGGTCAAGAAGAAGAAACTTACAATATTGTTGCTGCTCACGGCTATTTTGGTCGTTTAATTTTCCAATATGCTAGTTTCAACAACTCTCGTTCTTTACACTTCTTCTTAGCTGTTTGGCCAGTTGTAGGTATTTGGTTCACTGCTATGGGTATTTCTACTATGGCATTCAACCTAAATGGTTTCAACTTCAACCAATCTGTTGTTGATAGCCAAGGTCGTGTAATCAACACTTGGGCTGATATCATCAACCGTGCTAACTTAGGTATGGAAGTTATGCAT Nephroselmis_olivacea 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Cyanophora_paradoxa 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Emiliania_huxleyi 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Nemalionopsis_tortuosa ACGTGAGAATCTACCCTTAGGAGGGGAATAACAACAGGAAACAGCTGCTAATGCCCCATAT-GCTTAAGGATGAGCTCGCGCCTGATTAGCTAGTTGGTAAATTAAAAGCTTACCAAGGCAACGATCAGTAGCTGGTTTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTTCTACGGAAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGAAGAATGCCTGTGGGTTGTAAACCTCTTTTCTTAGGGAAGAAGCTCTGACGGTACCTAAAGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATTACTGGGCGTAAAGAGTCTGTAGGTTGTTTAGACAGTCTGTTGTTAAATCTTAGGGCTCAACCCTGAATAAACAGTAGAAACTACTAAACTAGAGCATGGTAGGGGTAGAGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAAGAACACCAGTGGCGAAAGCGCTCTACTAGGCCATTGCTGACACTCAGAGACGAAAGCTAGGGGAGCAAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCTGTAAACGATGGATACTAGATGTTGCGCGTGCAGTATCGTAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTATGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAAAACCTTACCAGAATTTGACATGTTGTCACAAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTTTTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGGACTCTAAAAAGACTGCCGGTGACAAGCCGGAGGAAGGTAAGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCTTTATATTCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTTACGACAAAAGGTTGCAAGCTTGTAAAAGTAAGCGAATCCTATAAACGTAGCCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGAAACTCGCCTACATGAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCTACACGGCGGTGAATTCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGCTGGCTATGCCCAAAGTCGCTATTTTAA Nephroselmis_olivacea ACGTAAGAACCTACCCTTTGGAGGGGGATAACGTCTGGAAACAGTCGCTAATACCCCGTAGGGCCAAAGGATGGGCTTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAAGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATGCCGCGTGAGG-ATGAAGGCCCATGGGTTGTAAACTCCTTTTCTCAGAGACGAAGTTCTGACGGTATCTGAGGAAGAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAAGACGGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGCGTTCGTAGGTGGTTCCGAAAGTCCGCTGTCAAAGCCCAGAGCTTAACTCTGGTCCGGCAGTAGAAACTTCGGGGCTTGAGTACGGTAGGGGCAGAGGGAATTTCCGGTGTAACGGTGAAATGTGCAGATCTCGGGAAGAACCCCTAAGGCGAAAGCACTCTGCTGGGCCGTGACTGACACTCATGAACGAAAGCTAGGGGAGCCAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCCGTAAACGATGGATACTAAGTGCTGTGCGACCAGTACTGTAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGGAGTATGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGCCGCGAATGACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGTCTTTAGTTAC------------GGAAGCTCTAAAGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGAGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGCCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGGACAAAGAGTCGCCACCTTGCGAAAGGGAGCTAATCTCAAAAACCCGGCCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGGCGGAATCGCTAGTAATCGCTGGTCAGCTATACAGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGCTGGCCATGCCCAAAGTTGTTACTCTAA OCS20 ACGTGAGAATCTGCCCTTAGGAGGAGGATAACAGCTGGAAACGGTTGCTAATACTCCATAT-GCCTAAGGAGGAGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGGGTAATAGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTTTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGATGACGGCCTGTGGGTTGTAAACCTCTTTTCTCAAGGAAGAAGTTCTGACGGTACTTGAGGAATAAGCATCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGATGCA-GCGTTATCCGGAATCACTGGGCATAAAGCGTCTGTAGGTGGTTTGGTAAGTCTGCTGTTAAAGACTGGGGCTCAACCCCAGAAAAGCAGTGGAAACTGCTAGACTTGAGTGTGGTAGAGGTAGAGGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCACTCTACTGGGCCATAACTGACACTGAGAGACGACAGCTAGGGGAGCAAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCCGTAAACGATGGATACTAGATGTTGCACGTGCAGTATCGTAGCTAAGGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGTCACTGTGAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGTAACCCTTGTCTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTTTAAAGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGAGGACGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGCCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCCGAGACAAAGAGTCGCAAGTTTGCAAAGACAAGCTAATCTCATAAACTCGGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCTATACGGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGCTGTTCATGCCCAAAGTCGTTACCTTAA OM283 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Odontella_sinensis ACGTGAGAATCTGCCTTTAGGAGGGGGACAACAACTGGAAACGGTTGCTAATACCCCATATTGCCTAAAGAGGAGCTCGCGGCTGATTAGCTTGTTGGTAAGGTAATGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTATCTGGTTTGAGAGGACGATCAGACACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGC-TGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGAAGACGGCC-TAGGGTTGTAAACCTCTTTTCTCAGGGAGGAAATCATGACGTTACCTGAGGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAAGACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTCTGTAGGTGGTTTAATAAGTCAACTGTTAAATCTTGAGGCTCAACTTCAAAATCGCAGTCGAAACTATTAGACTAGAGTATAGTAGGGGTAAAGGGAATTTCCAGTGGAGCGGTGAAATGCGTAGAGATTGGAAAGAACACCGATGGCGAAGGCACTTTACTGGGCTATTACTAACACTCAGAGACGAAAGCTAGGGTAGCAAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCTGTAAACAATGGATACTAGATGTTGAACGTGCAGTATTAAAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTATGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGTTTGACATGATACGAATTACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTTTTAGTTGCC----TTT--TATGGAACTCTAAAAAGACTGCCGGTTATAAACCGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACACCCTGGGCTACACACGTGCTACATTGGGCGAGACAATGAGATGCTACTCTGCGAAGACAAGCTAATCTATAAACTCG-TTCTAAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGCTGGTCAGCTATACAGCGGTGAATTCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGCTGGTTATGCCCGAAGTCGTTACTCTAA Palmaria_palmata 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Pavlova_gyrans 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Pavlova_lutherii ACGTGAGAATCTACCTCTAGGAGGGG-----CATT-AAAAAC------------CCCATATCGCCTGGAGATGAGCTCGCGGCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCCACGATCAGTAGCTGATCTGAGAGGATGAACAGCCACACTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTTCGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGATGAAGGCTCGTGGGTCGTAAACCTCTTTTCCCAAGGAAGAAGTTCTGACGGTACTTGGGGAATAAGCATCGGCTAATTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGGAGATGCAAGCGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTCTGTAGGTGGTTTGTTAAGTCTGTTGTTAAAAACTGAAGCTCAACTTCAGGGGTGCGGCAGAAACTGGCAAACTTGAGTGTGGTAGGGGTAGGAGGAATTTCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCATTAGCGAAGGCGTCCTACTGGGCCATAACTGACACTCAGAGACGAAAGCTAGGGGAGCAAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTAGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTCGCGGCTGCGGTGTCGTAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTACGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGATTTGACATACTAGGAATGATACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTTATTTGCCATTCTTAAGTGGGGGACTATAAAGAGACTGCCCGTGAAAAGCGGGAGGAAGGTGAGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTATATCCTGGGCTACACACGTGTTACAATGGTTAGGACAATGAGAAGCCAGCTTGCGAAAGTTAGCAAATCTCTGAAACTTAGCCCAAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACTCGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGC-ATACGGCGGTGAATTCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGTTGGTTATGCCCGAAGTCGTTACTTGAA Porphyra_purpurea ACGTGAGAATCTACCTTTAGGAAAGGCATAACAGTTGGAAACGACTGCTAAAGCCTCATATTGCCTAAAGATGAGCTCGCGCCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACTGCTTACCAAGGCAACGATCAGTAGCTGGTTTGAGAGGACGACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGATGAAGGCTCGTGGGTTGTAAACCTCTTTTCTTAGGGAAGAAGATCTGACGGTACCTAAAGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTCTGTAGGTTGCTTAATAAGTCTGCTGTTAAAGATTGGGGCTTAACCCCAAAGCAGCAGTGGAAACTGTTAAGCTAGAGTATGGTAAGGGTAAAGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAAGAACACCAGAGGCGAAAGCGCTTTACTAGACCATTGCTGACACTCAGAGACGAAAGCTAGGGGAGCGAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCCGTAAACGATGGATACTAGATGTTGCGCGTGCAGTATCGTAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGACTTGACATGTCGCAAATAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTCTAAAGAGACTGCCGGTGACAAGCCGGAGGAAGGTGAGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTATGTCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGCGACAAAGAGTTGCAAACTTGCAAAAGCTAGCTAATCTCGTAAACGCGGCCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCTACACGGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGCTGGCCACGCCCGAAGTCGTTACCCTAA Porphyridium_aerugineum 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Proteomonas_salina 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Pylaiella_littoralis 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Rhodochaete_parvula 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Rhodosorus_marinus 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Skeletonema_costatum 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Stylonema_alsidii 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Thorea_violacea 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acumGC08 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acumGC08_red ??????????????????????GGGGAATAACAGTTGGAAACGATTGCTAATGCCCCATAA-GCTCAGGGATGAGCTCGCGCCTGATTAGCTAGTTGGTAAGATAAAAGCTTACCAAGGCAACGATCAGTAGCTGGTTTGAGAGGACGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTTCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGAAGAATGCCCGTGGGTTGTAAACTTCTTTTCTTAGGGAAGAAGCTCTGACGGTACCTAAAGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTCTGTAGGTGGCTTATAAAGTCCGCTGTTAAATCTTAGGGCTCAACCCTAAGCCAGCAGTAGAAACTTCTAGGCTAGAGTATGGTAGGGGCAGAGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAAGAACACCAGAGGCGAAAGCGCTCTGCTAGGCCATTACTGACACTAAGAGACGAAAGCTAGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? acumGC09 ??????????????????????GGAGGATAACAGCTGGAAACGGTTGCTAATACTCCATAT-GCCTAAGGAGGAGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGGGTAATAGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTTTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAGTTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGATGACGGCCTGTGGGTTGTAAACCTCTTTTCTCAAGGAAGAAGTTCTGACGGTACTTGAGGAATAAGCATCAGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATCACTGTGCATAAAGCGTCTGTAGGTGGTTTGGTAAGTCTGCTGTTAAAGACTGGGGCTCAACCCCAGAAAAGCAGTGGAAACTGCTAGACTTGAGTGTGGTAGAGGTAGAGGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCACTCTACTGGGCCATAACTGACACTGAGAGACGACAGCTAGGGGAGCAAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCCGTAAACGATGGATACTAGATGTTGCACGTGCAGTATCGTAGCTAAGGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGACAAGCGGTGGAGTACGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGTCACTGTGAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGTAACCCTTGTCTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTTTAAAGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGAGGACGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGCCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCCGAGACAAAGAGTCGCAAGTTTGCAAAGACAAGCTAATCTCATAAACTCGGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACCCGCCTACATGAGGTTGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCTATACGGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGCTGTTCATGCTCAAAGTCGTTACCTTAA acumWH10_3B ??????????????????????GGAGGATAACAGCTGGAAACGGTTGCTAATACTCCATAT-GCCTAAGGAGGAGCTCGCGTCTTATTAGTTAGTTGGTAGGGTAATAGCCTACCAAGGCGACGATTAGTAGCTGGTTTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGATGACGGCCTGTGGGTTGTAAACCTCTTTTCTCAAGGAAGAAGTTCTGACGGTACTTGAGGAATAAGCATCGGCTAACCCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATCACTGGGCATAAAGCGTCTGTAGGTGGTTTGGTAAGTCTGCTGTTAAAGACTGGGGCTCAACCCCAGAAAAGCAGTGGAAACTGCTAGACTTGAGTGTGGTAGAGGTAGAGGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAAGGCGTAGATATTAGGAAGACCACCAATGGCGAAGGCACTCTACTGGGCCATAACTGACACTGAGAGACGACAGCTAGGGGAGCAAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCCGTAAACGATGGATACTAGATGTTGCACGTGCAGTATCGTAGCTAAGGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAGTTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGTCACTGTGAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGTAACCCTTGTCTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTTTAAAGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGAGGACGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGCCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGAGACAAAGAGTCGCAAGTTTGCAAAGACAAGCTAATCTCATAAACTCGGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCTATACGGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGCTGTTCATGCCCAAAGTCGTTACCTTAA acumWH10_3D ???????????????????????????????CAGCTGGAAACGGTTGCTAATACTCCATAT-GCCTGAGGAGGAGCCCGCGTCTTATTAGTTAGTTGGTAGGGTAATAGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTTTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGATGACGGCCTGTGGGTTGTAAACCTCTTTTCTCAAGGAAGAAGTTCTGACGGTACTTGAGGAATAAGCATCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATCACTGGGCATAAAGCGTCTGTAGGTGGTTTGGTAAGTCTGCTGTTAAAGACTGGGGCTCAACCCCAGAAAAGCAGTGGAAACTGCTAGACTTGAGTGTGGTAGAGGTAGGGGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAGCACCAATGGCGAAGGCACTCTACTGGGCCATAACTGACACTGAGAGACGACAGCTAGGGGAGCAAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCTTAGCCGTAAACGATGGATACTAGATGTTGCACGTGCAGTATCGTAGCTAAGGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGTCACTGTGAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGTAACCCTTGTCTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTTTAAAGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGAGGACGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGCCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCCGAGACAAAGAGTCGCAAGTTTGCAAAGACAAGCTAATCTCATAAACTCGGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAACCGCCGGTCAGCTATACGGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGCTGTTCATGCCCAAAGTCGTTACCTTAA acutNP09 ??????????????????????GGAGGATAACAGCTGGAAACGGTTGCTAATACTCCATAT-GCCTAAGGAGGAGCTCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGGGTAATAGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTTTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCACGTGAGGGATGACGGCCTGTGGGTTGTAAACCTCTTTTCTCAAGGAAGAAGTTCTGACGGTACTTGAGGAATAAGCATCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATCACTGGGCATAAAGCGTCTGTAGGTGGTTTGGTAAGTCTGCTGTTAAAGACTGGGGCTCAACCCCAGAAAAGCAGTGGAAACTGCTAGACTTGAGTGTGGTAGAGGTAGAGGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCACTCTACTGGGCCATAACTGACACTGAGAGACGACAGCTAGGGGAGCAAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCCGTAAACGATGGATACTAGATGTTGCACGTGCAGTATCGTAGCTAAGGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGTCACTGTGAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGTAACCCTTGTCTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTTTAAAGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGAGGACGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGCCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCCGAGACAAAGAGTCGCAAGTTTGCAAAGACAAGCTAATCTCATAAACTCGGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCTATACGG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = dino_16S_rDNA) = N: 1-1223; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = dino_16S_rDNA) = N: 1-1223; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6401; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Thorea_violacea, 2 Stylonema_alsidii, 3 Skeletonema_costatum, 4 Rhodosorus_marinus, 5 Rhodochaete_parvula, 6 Rhodella_violacea, 7 Pyrenomonas_helgolandii, 8 Pylaiella_littoralis, 9 Proteomonas_salina, 10 Porphyridium_aerugineum, 11 Porphyra_purpurea, 12 Pavlova_lutherii, 13 Pavlova_gyrans, 14 Palmaria_palmata, 15 OM283, 16 Odontella_sinensis, 17 OCS20, 18 Nephroselmis_olivacea, 19 Nemalionopsis_tortuosa, 20 Mesostigma_viride, 21 Isochrysis_sp., 22 Heterosigma_akashiwo, 23 Hemiselmis_virescens, 24 Compsopogon_coeruleus, 25 Chroomonas_sp., 26 Chroomonas_placoidea, 27 Chondrus_crispus, 28 Chilomonas_paramecium_SAG_977.2A, 29 Chilomonas_paramecium_NIES_715, 30 Bangiopsis_subsimplex, 31 Bangia_fuscopurpurea, 32 Bangia_atropurpurea, 33 Antithamnion_sp., 34 acutNP09, 35 acumWH10_3D, 36 acumWH10_3B, 37 acumGC09, 38 acumGC08_red, 39 acumGC08, 40 acumGC06_red, 41 Guillardia_theta, 42 Glaucosphaera_vacuolata, 43 Geminigera_cryophila, 44 Flintiella_sanguinaria, 45 Erythrotrichia_carnea, 46 Emiliania_huxleyi, 47 Dixoniella_grisea, 48 Dinophysis_norvegica, 49 Dinophysis_fortii, 50 Cyanophora_paradoxa, 51 Cryptomonas_ovata; TREE Fig._1 = [&R] (32,(31,(11,((((24,(45,5)),(44,10)),((((30,(4,2)),6),(22,((16,3),8))),(((46,21),(13,12)),(((20,18),50),(((28,29),51),((7,(23,(26,25))),(41,((9,15),(43,(49,(((39,((37,48),(36,35))),34),17))))))))))),((47,42),(((14,38),(1,19)),((40,27),33))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6402; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Cyanophora_paradoxa, 2 Mesostigma_viride, 3 Nephroselmis_olivacea, 4 Pavlova_lutherii, 5 Pavlova_gyrans, 6 Isochrysis_sp., 7 Emiliania_huxleyi, 8 Skeletonema_costatum, 9 Pylaiella_littoralis, 10 Odontella_sinensis, 11 Heterosigma_akashiwo, 12 Rhodomonas_abbreviata, 13 Pyrenomonas_helgolandii, 14 Dinophysis_norvegica, 15 'Dinophysis acuminata-acuta', 16 Guillardia_theta, 17 Chroomonas_sp., 18 Chilomonas_paramecium, 19 Porphyra_purpurea, 20 Bangia_fuscopurpurea, 21 Stylonema_alsidii, 22 Bangiopsis_subsimplex, 23 Rhodosorus_marinus, 24 Rhodochaete_parvula, 25 Erythrotrichia_carnea, 26 Compsopogon_coeruleus, 27 acumGC09_red, 28 Palmaria_palmata, 29 acumGC06_red5, 30 acumGC06_red2, 31 acumGC06_red3, 32 Antithamnion_sp., 33 Thorea_violacea, 34 Chondrus_crispus; TREE Fig._2 = [&R] (34,(33,(32,((31,(30,29)),((28,27),((((26,(25,24)),(23,(22,21))),(((18,17),((16,(13,12)),(15,14))),((((11,(10,8)),9),((7,6),(5,4))),((3,2),1)))),(20,19))))))); END;