#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 4:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Sérusiaux E., Brand A., Motiejunaite J., Orange A., & Coppins B. 2010. Lecidea doliiformis belongs to Micarea, Catillaria alba to Biatora, and Biatora ligni-mollis occurs in Western Europe. The Bryologist, 113(2): 333-344. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S9932] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=75; TAXLABELS Bacidia_rosella_AY300877 Bacidia_trachona_AY567784 Bacidina_phacodes_AY567725 Bapalmuia_palmularis_AY567781 Biatora_ligni_mollis_EU675998 Biatora_ligni_mollis_GU138665 Biatora_meiocarpa_AM292710 Biatora_pallens_AM292709 Biatora_vernalis_DQ838753 Biatora_veteranorum_AY567771 Biatora_veteranorum_GU138664 Bilimbia_lobulata_AM292712 Bilimbia_sabuletorum_AY567721 Byssoloma_marginatum_AY567777 Byssoloma_subdiscordans_AY567779 Calopadia_foliicola_AY567782 Cliostomum_corrugatum_AY567722 Cliostomum_griffithii_GU138667 Cliostomum_tenerum_AM292722 Crocynia_gossypina_AY567766 Crocynia_pyxinoides_AY584615 Fellhanera_bouteillei_AY567787 Fellhaneropsis_vezdae_AY567744 Frutidella_caesioatra_AY567765 Lasioloma_arachnoideum_AY567783 Lecania_brialmontii_AM292726 Lecania_chlorotiza_AM292727 Lecania_cyrtella_AY300891 Lecania_cyrtellina_AM292730 Lecania_dubitans_AM292732 Lecania_furfuracea_AM292734 Lecania_fuscella_AM292735 Lecania_gerlachei_AM293736 Lecania_inundata_AM292740 Lecania_naegelii_AM292741 Lecania_nylanderiana_AM292742 Lecanora_intumescens_AY567715 Lecidea_sphaerella_AM292749 Lecidella_meiococca_AY567714 Micarea_adnata_AY567751 Micarea_alabastrites_AY567764 Micarea_assimilata_AY567739 Micarea_botryoides_AY567741 Micarea_cinerea_AY567763 Micarea_coppinsii_AY567761 Micarea_denigrata_AY567759 Micarea_doliiformis_GU138666 Micarea_elachista_AY567755 Micarea_erratica_AY567737 Micarea_hedlundii_AY567750 Micarea_intrusa_AY567767 Micarea_lapillicola_AY567735 Micarea_lignaria_var_lignaria_AY567748 Micarea_lithinella_AY567734 Micarea_melaena_AY567743 Micarea_misella_AY567752 Micarea_myriocarpa_AY567736 Micarea_nitschkeana_AY567758 Micarea_paratropa_AY567740 Micarea_peliocarpa_AY567760 Micarea_prasina Micarea_pycnidiophora_AY567754 Micarea_sylvicola_AY567768 Micarea_synotheoides_AY567756 Mycobilimbia_tetramera_AM292750 Psilolechia_leprosa_AY567730 Psilolechia_lucida_AY567729 Psora_decipiens_AY567772 Pyrrhospora_quernea_AY567712 Ramalina_pollinaria_AM292752 Scoliciosporum_chlorococcum_AY567768 Scutula_miliaris_AY567790 Sphaerophorus_globosus_AY256761 Sporopodium_antonianum_AY567785 Toninia_cinereovirens_AY567724 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4634] TITLE mtSSU_matrix_for_studied_species; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=669; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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GCAACATCAACGTAGTTGAATAAAGTTCTGAGCATA-TCTAGATGATGACTTAATATGCTCACGTGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAGCAGGTTTAAAGGGTACTTAGACATCGAATCAAGCCGTTAGGGACTAATTTGATAGAGTTATATGTGATGGGGCTTGGAAGTACTAGTGGAGTAGAGATAAAATGTTACTATACCTCATTTTGAAAGAATGGAATGGCACTGATAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATAGCTTTGGATCGCGAACAGGATTAGATACCCTAATAGTCAAAGCAGAGAATGATGAGTGTCATAGATTATTTTAGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTAAGAGTAACGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCATGAATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGAATTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTTATATGTAGAACGGTTCACCGCTATATTGGATATGATTATAGGGAATAAGACAAGTCATCATGGCCTAAA Sphaerophorus_globosus_AY256761 GTAAGATCGACTCAGTTGAATAAAATTCTGAGTAGAATTATGATTATGACATTGTCTACTCACATGTCTTGACTAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATTGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGCAAATCAAGCCTTAGGGGACTAGTTTGCTAGAGTTTCTTGTGAGGGGGCATTAATGTACTAACGGTGTAGAGATAAAATGTTGTGATACCTCTTTTCGAATGAGGGATTTGGCACTGGTATAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGTAAACTTTGTGTCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAAAGGAGAAAATTATGAATGTCATAGATTAGTTTAGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCGCAAAAAACCTTACCATGAATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGTTCCATTAAATTAACGTAAGCCCTTACTTTATTTTTAAATAAAGTTGTTCCCCACTAGATTGGATAAGATAACAGGGATCAAGACAAGTCATCATGGCCTGAT Sporopodium_antonianum_AY567785 GTAATATTAATTTACTTAAATAAAGTTCTAAATAAAATTATGATAATGACATATTTTATTTATTAGTCTTGGCTAATTTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTATAAGACAAGTGTTATTCATCTTTAACAGGTTTAAAGGGTACCTAGACAGTAAAATAAGCCGTAAGGTACTAATTTACTAGAGTTACTTATAAGGGGGCTAATAGGTACTAGTGGTGGAGAGATGAAATTCTTTGATACCTCGCCCTGGAAGGTGAACATGGCACAGATTAAGGCGTAAGCTTCTCTTTATGTGATAGCTTCATGTAACAAAAAGGATTAGATACCCTCGTAGTTGAGGCAGACAATGATGAGTGTCATAAGGTACTTTACCATATAAACGATAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAAACAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCATGAATATTTACAGGAGCTGCACGGCTGTCTTCAGCTAATGTCGTGAGATTTTGGTTAGCTCCATTAAATTAGCGTAAACCCTTACTTTATTTTTAAATAAAGTAGTTCTCTTTTATATAGGATAAGATAATAGGGGCTAAGACAAGTCATCATGGCCATAA Toninia_cinereovirens_AY567724 GCAACATCAACTTGGTTGAATAAAGTTCTGAGTAA-AGTTAGATAATGACTTAATTTACTCATATGTCTTGACTAAAATACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAGTGGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCTATTAAGGACTAGTTTGCTAGAGTTACTTGTGAAGGGGCTTAAAAGTACTAATGGAGTAGAGATAAAATGCTAGTATACCTTTTTTCGAGAGAATAATATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATAGCTTTGAGTCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCGAAGGAGAGAATGATGAGTGTCATAGATTAATTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTACTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGACCCGCAAAACACCTTACCATGAATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTTTTATGTAGAACGGTTCACCGCTATATTGGATATGATAATAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCCTGAA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = mtSSU_matrix_for_studied_species) = N: 1-669; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = mtSSU_matrix_for_studied_species) = N: 1-669; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10293; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Fellhanera_bouteillei_AY567787, 2 Sporopodium_antonianum_AY567785, 3 Lasioloma_arachnoideum_AY567783, 4 Bapalmuia_palmularis_AY567781, 5 Calopadia_foliicola_AY567782, 6 Bacidia_trachona_AY567784, 7 Byssoloma_subdiscordans_AY567779, 8 Byssoloma_marginatum_AY567777, 9 Biatora_veteranorum_GU138664, 10 Biatora_veteranorum_AY567771, 11 Biatora_ligni_mollis_GU138665, 12 Biatora_ligni_mollis_EU675998, 13 Biatora_pallens_AM292709, 14 Biatora_vernalis_DQ838753, 15 Biatora_meiocarpa_AM292710, 16 Crocynia_gossypina_AY567766, 17 Crocynia_pyxinoides_AY584615, 18 Cliostomum_corrugatum_AY567722, 19 Cliostomum_griffithii_GU138667, 20 Ramalina_pollinaria_AM292752, 21 Cliostomum_tenerum_AM292722, 22 Lecania_furfuracea_AM292734, 23 Lecania_naegelii_AM292741, 24 Lecidea_sphaerella_AM292749, 25 Bilimbia_lobulata_AM292712, 26 Bilimbia_sabuletorum_AY567721, 27 Lecania_brialmontii_AM292726, 28 Lecania_gerlachei_AM293736, 29 Lecania_cyrtella_AY300891, 30 Lecania_dubitans_AM292732, 31 Lecania_cyrtellina_AM292730, 32 Lecania_inundata_AM292740, 33 Lecania_nylanderiana_AM292742, 34 Lecania_fuscella_AM292735, 35 Mycobilimbia_tetramera_AM292750, 36 Bacidina_phacodes_AY567725, 37 Toninia_cinereovirens_AY567724, 38 Scutula_miliaris_AY567790, 39 Lecania_chlorotiza_AM292727, 40 Bacidia_rosella_AY300877, 41 Psora_decipiens_AY567772, 42 Micarea_sylvicola_AY567768, 43 Scoliciosporum_chlorococcum_AY567768, 44 Micarea_intrusa_AY567767, 45 Lecanora_intumescens_AY567715, 46 Lecidella_meiococca_AY567714, 47 Pyrrhospora_quernea_AY567712, 48 Micarea_alabastrites_AY567764, 49 Micarea_cinerea_AY567763, 50 Micarea_peliocarpa_AY567760, 51 Micarea_coppinsii_AY567761, 52 Micarea_denigrata_AY567759, 53 Frutidella_caesioatra_AY567765, 54 Micarea_doliiformis_GU138666, 55 Micarea_paratropa_AY567740, 56 Micarea_assimilata_AY567739, 57 Micarea_erratica_AY567737, 58 Micarea_nitschkeana_AY567758, 59 Micarea_synotheoides_AY567756, 60 Micarea_elachista_AY567755, 61 Micarea_pycnidiophora_AY567754, 62 Micarea_misella_AY567752, 63 Micarea_adnata_AY567751, 64 Micarea_hedlundii_AY567750, 65 Micarea_prasina, 66 Micarea_lignaria_var_lignaria_AY567748, 67 Fellhaneropsis_vezdae_AY567744, 68 Micarea_melaena_AY567743, 69 Micarea_botryoides_AY567741, 70 Micarea_myriocarpa_AY567736, 71 Micarea_lapillicola_AY567735, 72 Micarea_lithinella_AY567734, 73 Psilolechia_leprosa_AY567730, 74 Psilolechia_lucida_AY567729, 75 Sphaerophorus_globosus_AY256761; TREE PAUP_1 = [&R] (75,((((1,2),6),(3,5)),(4,(7,8)))'Pilocarpaceae - MPBS=99',((((9,10),(11,12))'The two species of Biatora studied in the paper. MPBS= 78',13,(14,15),(16,17),(((21,22,23),(25,26)),24,(27,28),(29,30),(31,34),(32,33),35)'Clade with Lecania. Bilimbia and Mycobilimbia MPBS=92'),((18,20),19))Ramalinaceae_no_support_in_MP,((((36,37),38),39),40)'Bacidiaceae MPBS=100',(41,42)'Psoraceae MPBS=91',(43,44),45,46,47,(((48,49),51),50),52,53,(54,((55,56),57))'Clade containing Lecidea doliiformis studied in the paper MPBS=90',58,(((59,60),61),62,(63,(64,65))),66,67,68,69,70,(71,72),(73,74)); END;