#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 4:42 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Van der meijden A., Chiari Y., Mucedda M., Carranza S., Corti C., & Veith M. 2009. Phylogenetic relationships of Sardinian cave salamanders, genus Hydromantes, based on mitochondrial and nuclear DNA sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 51(2): 399-404. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S9938] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=72; TAXLABELS Ensatina_eschscholtzii Hydromantes_ambrosii_ambrosii_52 Hydromantes_ambrosii_ambrosii_53 Hydromantes_ambrosii_bianchii_54 Hydromantes_ambrosii_bianchii_55 Hydromantes_brunus Hydromantes_flavus_17 Hydromantes_flavus_18 Hydromantes_flavus_19 Hydromantes_flavus_20 Hydromantes_flavus_21 Hydromantes_flavus_22 Hydromantes_genei_1 Hydromantes_genei_10 Hydromantes_genei_11 Hydromantes_genei_12 Hydromantes_genei_13 Hydromantes_genei_14 Hydromantes_genei_15 Hydromantes_genei_16 Hydromantes_genei_2 Hydromantes_genei_3 Hydromantes_genei_4 Hydromantes_genei_5 Hydromantes_genei_6 Hydromantes_genei_7 Hydromantes_genei_8 Hydromantes_genei_9 Hydromantes_imperialis_23 Hydromantes_imperialis_24 Hydromantes_imperialis_25 Hydromantes_imperialis_26 Hydromantes_imperialis_27 Hydromantes_imperialis_28 Hydromantes_imperialis_29 Hydromantes_imperialis_30 Hydromantes_imperialis_31 Hydromantes_imperialis_32 Hydromantes_imperialis_33 Hydromantes_imperialis_34 Hydromantes_imperialis_35 Hydromantes_imperialis_36 Hydromantes_imperialis_37 Hydromantes_imperialis_38 Hydromantes_imperialis_39 Hydromantes_italicus_56 Hydromantes_italicus_57 Hydromantes_italicus_58 Hydromantes_italicus_59 Hydromantes_italicus_60 Hydromantes_italicus_61 Hydromantes_platycephalus Hydromantes_sarrabusensis_40 Hydromantes_sarrabusensis_41 Hydromantes_sarrabusensis_42 Hydromantes_shastae Hydromantes_strinatii_62 Hydromantes_strinatii_63 Hydromantes_strinatii_64 Hydromantes_strinatii_65 Hydromantes_strinatii_66 Hydromantes_supramontis_43 Hydromantes_supramontis_44 Hydromantes_supramontis_45 Hydromantes_supramontis_46 Hydromantes_supramontis_47 Hydromantes_supramontis_48 Hydromantes_supramontis_49 Hydromantes_supramontis_50 Hydromantes_supramontis_51 Karsenia_koreana Salamandra_salamandra ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Hydromantes_supramontis_47 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Karsenia_koreana ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACAGATGTGGGGATCATAAATGGGCTGGCTGGTCTAGTGCAGTCAGTGGACGACTACCCTGCTGATACAATCTCTAAACGTTTCAGGTACGATGCTGCATTGGTCGCAACCTTGAAAGACATGGAAGAAGAAATTCTAGAAGGCCTCAAAGCTCAAGAGCTGGACGACTACTTTAGTGGGCCATTCATGGTGGTCATCAAGGAATCTTGTGACGGAATGGGGGATGTTAGTGAGAAGCACGGATGTGGCCCTGCGGTCCCAGAAAAGGCTGTTCGCTTCTCATTCACGGTCATGACCATTGCTGTCCCTCATGACAAGGACAGCGTGAGAATTTTTGAAGAAAGCAAGCCTAACTCAGAGATGTGCTGCAAACCTCTCTGCCTCATGCTGGCTGATGAATCAGACCACGAAACACTGACCGCCATCTTGAGCCCACTCATAGCAGAAAGAGAGGCTATGAAATCTAGTGAACTCATGCTTGAACTAGGGGGCATACTCCGAACCTTCAAATTTGTGTTCAGGGGTACAGGCTATGATGAGAAGCTTGTGAGGGAGGTGGAAGGGCTTGAAGCGTCTGGCTCCGTTTATATTTGTACCCTGTGTGATTCTACACGCCTGGAAGCTGCCCAGAACATTGTCTTCCACTCCATCACCAGGAGCCACACTGAGAACCTGGAGCGCTATGAGATGTGGCGATCCAACTCGCACCATGAGTCAGCCGACGATCTGCGGGACAGAGTGAAGGGGGTGTCTGCCAAGCCCTTCATTGAGACTCTGCCATCCATAGATGCATTACACTGTGACATTGGCAATGCTGCAGAGTTCTACAAGATCTTTCAGCTGGAAATAGGGGAGGTCTACAAGAATCCTGATGCCTCCAAAGAGGAGAGGAAGCGGTGGCAGTCGACTCTCGACAAGCACTTGAGGAAAAAGATGAACTTGAAGCCTATCATGAGAATGAATGGAAACTTTGCACGGAAGCTGATGGCGCATGAGACAGTTGAAGCCGTCTGTGAGCTGATCCGTTCAGAGGAAAGGCGAGTGGCTCTGCGTGAACTCATGGACCTGTATCTGAAGATGAAACCAGTGTGGCGAACATCATGCCCAGCTAAGGAGTGTCCAGAGCTGCTGTGCCAATACAGCTTCAACTCACAACGCTTTGCTGAGCTTTTATCCACCAAGTTCAAGTACAGGTATGAGGGCAAGATCACCAACTACTTTCACAAGACTGCTGCCCCGATGAAGGAAGTGAGTCTCCGAGCCCAAGGCAGCTTGGCGTACCCAGGCCTGAGGACCCATGGGACTCTGGAAGGCATAGGTGGGCCTAAAACCAGCTCACGAGGGGGACTGCCATCGCTAGCAGACACTTTTGAGCAAGTCATCGAGGAGATACTGGAAGACGAGCAGAGCATGAGGCCCAGCGAAGAGAACAAGGACGCGGACTTGTTTACGCCTCGCGTCATGCTGAGCAGTCAAGTGCCTTTGGAGCCCCCTCTTCTGTTTCTGCTGGAGGAGTACAAGAACTACTTAGATGCAGCAAACATGTCAATGAGGGTCCGACGGCACTCCGACCCTGCTCGCCGTGGGGAGCTGAGCGTATGTGACAGTATTAGCGAGTGGGTGACGGCGTCGGACAAAAAGACTGCCGTGGACATGTCAGGACAGACAGTAACTGTTCTAGAAAAAGTCCCAGTTTCTAAAGGCCAACTGAAGCAATATTTCTATGAGACTAAATGCAACCCGATGGGGTACATGAAGGAGGGCTGCCGGGGCATTGACAAGAGGTACTGGAACTCTCAGTGCCGAACTACTCAGTCGTACGTCCGTGCCCTCACCGTGGATAACAAAAAGAAGGTTGGCTGGCGGTTTATAAGAATAGACACTTCCTGTGTATGTACATTGACCATTAAA???? Salamandra_salamandra GCCTAGCCATAAACTTTGATTATC--CGCCAGAGTACTACGAGCTACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACACCCCCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCCCGATAAACCTCACCACCTATTGCCAATACAGCCTATATACCACCGTC--CAGCCCGCCCTTTAAAGGGTAAACAGCAGGC---ATAATTATAAACATAAAAACGTCAGGTCAAGGTGTAGCAGATAAGGTGGAAAGAAATGGGCTACATTTTCTA-ACTTAGAAAACACGGATGATTCTATGAAATAGTTTCTGAAGGAGGATTTAGCAGTAAAAAGAAATAAGAGTGTTCTTTTTAAAACGGCAATAAAGCGCGCTGAATGGCAAAACGAAAGTTCAACTGTCTCTTTAATCCTATCAATAAAATTAATTTTTCCGTGCAGAAGCGGAAATAAATTTATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAAACATAAAATTAATTATATTTATATATTAACCGACAGGTAAAAGATAAATTTGTATAATATAATTTAAG-TTTTGGGTTGGGGCGACCACGGAAGAAAAGAAATCCTCCGAGATAAACAATTTAGAAATACATTTCGAAA-ACTAAGACATTTATTATAAATGATCCACTAAGTGACCAACGAACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTTTCTAAGAGTTCATATCGACGAAAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACGCCCCAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTG??????TTA-GCATTCTCCTCAGTAGCACACATCTGCCGAGATGTAAACTACGGCTGATTAGTACGAAACATTCACGCAAACGGCGCCTCCTTATTTTTTATCTGCATTTACCTACACATTGGGCGAGGCCTTTACTACGGATCTTATATATATAAAGAAACATGAAACATTGGAGTAATTTTATTATTTTTAGTCATAGCCACAGCCTTTGTAGGATATGTCCTTCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGGCGCTACAGTTATCACTAACCTTCTCTCGGCAGTTCCTTACATAGGCGACACCCTAGTTCAATGAATTTGGGGCGGATTTTCAGTAGACAAAGCCACTCTAACCCGTTTCTTTGCATTCCATTTCCTTTTTCCATTTCTAATTACAGGGGCAAGCATCGTCCACCTCTTATTTCTACATGAAACAGGATCAAACAACCCTACTGGAATAACCTCTAACCAAGATAAACTTCCCTTTCACCCATACTTTTCATTTAAAGACATCCTGGGATTTATTATTCTACTTATAATATTAATGGTAATCTCACTGCTTACTCCCAATCTTCTTGGAGACCCGGAAAACTTCACCCGTGCTAACCCTCTAGTCACTCCCCCACACATTCAGCCAGAATGATATTTTCTATTTGCATATGCAATCCTCCGATCTATTCCTAATAAACTGGGAGGGGTAGTAGCACTACTATTATCTATTTTAATTCTTATAATCTTTCCAATACTCCACACATCTAAACAGAAGTGGGCATAATTAATGGGCTGTCCGGTCTGGTGCAGTCTGTCGATGACTACCCTGTAGACACCATCTCAAAACGTTTCAGGTATGACGTTGCGCTGGTCTCCACTCTGAAGGACATGGAGGAGGACATTTTGGAAGGCTTGAAAGCTTATGATCTGGATGACTACTTCAGTGGTCCATTCACGGTGGTCGTGAAGGAGTCGTGTGATGGGATGGGAGATGTCAGTGAGAAGCATGGCTGCGGACCGGCGGTTCCAGAAAAGGCAGTTCGCTTCTCGTTCACAATCATGACCATCGCCGTCCATCACAACAAAGACAGCGTGAGGATTTTTGAAGAAAGCAAGCCAAACTCAGAGTTGTGCTGCAAGCCCCTGTGCCTTATGCTCGCTGATGAATCTGACCATGAGACACTAACCGCCATCTTGAGTCCACTGATAGCAGAAAGAGAGGCCATGAAAGGCAGTGAACTAATGCTTGAACTTGGTGGCATCCTCAGAGCATTCAAGTTTATGTTCAGGGGTACAGGATATGATGAGAAGCTTGTGAGAGAGGTTGAAGGACTAGAGGCCTCGGGCTCAGTCTATATCTGTACCCTTTGTGACTCGACACGTCTTGAAGCCTCCCAGAACATTGTACTCCACTCCATCACCCGGAGTCACAAGCAGAACCTTGAGCGGTACGAGATGTGGAGGTCTAACAGACACCATGAGTCAGCCGACGAGCTGCGGGACAGGGTGAAGGGGGTTTCAGCCAAGCCCTTCATTGAGACCCTCCCTTCCATCGATGCCTTACACTGTGATATTGGGAATGCTGCTGAGTTTTACAAGATATTCCAACTCGAAATAGGGGAGGTCTTCAAGAACCCCAATGCCTCCAAGGAGGAGAGGAAGAGGTGGCAGTCGACTCTGGACAAGCATCTGAGAAAGAAGATGAACTTGAAGCCCATAATGAGAATGAACGGTAACTTCGCAAGGAAACTGATGTCCCAGGAGACCGCTGCCGCCGTGTGTGAGCTCATCCATTCCGAGGAAAGGCGGGTGGCTCTGCGCGAACTCATGGACCTGTACCTGAAAATGAAGCCAGTGTGGCGATCCTCATGCCCAAGCAAGGAGTGCCCAGAACTTCTCTGCCAATATAGCTTCAACTCTCAACGCTTCGCAGAGCTCCTCTCCACCAAGTTCAAGTACCGCTATGAAGGCAAAATCACAAACTATTTCCACAAGACAGCTGCCCCCATGAAAGAAGCCGCCATCAGAGGACCAGGCAGCTTGGCGTACCCAGGTCTGAGGACCCACGGGACGCTGGAGAGCATAGGTGGGCCTCAAAGCAGCTCAAGAGGGGGGCTGCCATCCCTAGCGGACACTTTTGAACAAGTCATTGAGGAGATGCTCGAAGACGAGCAGAGCATGAGGCCCAGTGAGGACAACAAGGACGCTGACATGTACACGTCGCGAGTGATGCTGAGCAGTCAAGTGCCTTTGGAGCCCCCTCTTCTCTTTCTGCTTGAGGAGTACAAAAACTACTTGGATGCTGCAAACATGTCCATGAGGGTCAGGCGTCACTCTGACCCCGCTCGCCGTGGGGAGCTGAGCGTGTGTGACAGTATTAGTGAGTGGGTGACGGCGTCTGACAAAAAGACTGCTGTGGACATGTCGGGGCAGACGGTCACTGTACTAGAGAAAGTTCCGGTTCCCAAAGGCCAACTGAAGCAATACTTCTACGAGACCAAATGCAACCCTATGGGTTACATGAAGGAGGGCTGCAGGGGCATTGACAAGAGGTACTGGAACTCCCAGTGCCGAACTACTCAGTCGTACGTACGCGCGCTCACCATGGATAGCAAGAAGAAAGTGGGCTGGCGGTTTATCAGAATAGACACTTCATGTGTATGTACATTGACCATTAAAAGGG ; END; BEGIN SETS; CHARSET 12S (CHARACTERS = 'Combined, Fig 2') = 1-375; CHARSET BDNF (CHARACTERS = 'Combined, Fig 2') = 2810-3494; CHARSET RAG1 (CHARACTERS = 'Combined, Fig 2') = 1580-2809; CHARSET CytB (CHARACTERS = 'Combined, Fig 2') = 826-1579; CHARSET 16S (CHARACTERS = 'Combined, Fig 2') = 376-825; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Combined, Fig 2') = N: 1-3494; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Combined, Fig 2') = N: 1-3494; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10305; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hydromantes_ambrosii_bianchii_54, 2 Hydromantes_ambrosii_bianchii_55, 3 Hydromantes_ambrosii_ambrosii_52, 4 Hydromantes_ambrosii_ambrosii_53, 5 Hydromantes_flavus_20, 6 Hydromantes_flavus_21, 7 Hydromantes_flavus_22, 8 Hydromantes_flavus_17, 9 Hydromantes_flavus_18, 10 Hydromantes_flavus_19, 11 Hydromantes_genei_7, 12 Hydromantes_genei_8, 13 Hydromantes_genei_9, 14 Hydromantes_genei_10, 15 Hydromantes_genei_11, 16 Hydromantes_genei_12, 17 Hydromantes_genei_13, 18 Hydromantes_genei_14, 19 Hydromantes_genei_15, 20 Hydromantes_genei_16, 21 Hydromantes_genei_5, 22 Hydromantes_genei_6, 23 Hydromantes_genei_4, 24 Hydromantes_genei_1, 25 Hydromantes_genei_2, 26 Hydromantes_genei_3, 27 Hydromantes_imperialis_28, 28 Hydromantes_imperialis_29, 29 Hydromantes_imperialis_30, 30 Hydromantes_imperialis_31, 31 Hydromantes_imperialis_32, 32 Hydromantes_imperialis_33, 33 Hydromantes_imperialis_34, 34 Hydromantes_imperialis_35, 35 Hydromantes_imperialis_36, 36 Hydromantes_imperialis_23, 37 Hydromantes_imperialis_24, 38 Hydromantes_imperialis_25, 39 Hydromantes_imperialis_26, 40 Hydromantes_imperialis_27, 41 Hydromantes_sarrabusensis_40, 42 Hydromantes_sarrabusensis_41, 43 Hydromantes_sarrabusensis_42, 44 Hydromantes_imperialis_37, 45 Hydromantes_imperialis_38, 46 Hydromantes_imperialis_39, 47 Hydromantes_italicus_59, 48 Hydromantes_italicus_60, 49 Hydromantes_italicus_61, 50 Hydromantes_italicus_56, 51 Hydromantes_italicus_57, 52 Hydromantes_italicus_58, 53 Hydromantes_strinatii_62, 54 Hydromantes_strinatii_63, 55 Hydromantes_strinatii_64, 56 Hydromantes_strinatii_65, 57 Hydromantes_strinatii_66, 58 Hydromantes_supramontis_43, 59 Hydromantes_supramontis_44, 60 Hydromantes_supramontis_45, 61 Hydromantes_supramontis_49, 62 Hydromantes_supramontis_50, 63 Hydromantes_supramontis_51, 64 Hydromantes_supramontis_46, 65 Hydromantes_supramontis_47, 66 Hydromantes_supramontis_48, 67 Hydromantes_shastae, 68 Hydromantes_brunus, 69 Hydromantes_platycephalus, 70 Karsenia_koreana, 71 Ensatina_eschscholtzii, 72 Salamandra_salamandra; TREE Fig._2 = [&R] (72,71,(70,((((((1,2),((3,4),(49,((47,48),(51,(50,52)))))),((53,(54,55)),(56,57))),(((5,(6,7)),(8,(9,10))),((((((29,(27,28)),(35,(33,34))),(40,(38,39))),(((30,31),(45,(44,(32,46)))),(36,37))),(43,(41,42))),((60,((58,62),(63,(59,61)))),(65,(64,66)))))),((11,(((12,22),(13,(21,23))),(15,(14,16)))),((25,(18,(19,(17,20)))),(24,26)))),(69,(67,68))))); END;