#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 13:13 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Zhang P., Papenfuss T., Wake M., Qu L., & Wake D. 2009. Phylogeny and biogeography of the family Salamandridae (Amphibia: Caudata) inferred from complete mitochondrial genomes. Molecular Phylogenetics and Evolution, 49: 586-597. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S9945] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=42; TAXLABELS Ambystoma_mexicanum Andrias_davidianus Calotriton_asper Chioglossa_lusitanica Cynops_cyanurus Cynops_ensicauda Cynops_orientalis Cynops_orphicus Cynops_pyrrhogaster Echinotriton_andersoni Echinotriton_chinhaiensis Euproctus_montanus Euproctus_platycephalus Lissotriton_vulgaris Lyciasalamandra_atifi Lyciasalamandra_avimembris Mertensiella_caucasica Mesotriton_alpestris Neurergus_kaiseri Neurergus_strauchii_strauchii Notophthalmus_meridionalis Notophthalmus_viridescens Ommatotriton_vittatus Pachytriton_brevipes Pachytriton_labiatus Paramesotriton_caudopunctatus Paramesotriton_deloustali Paramesotriton_hongkongensis Paramesotriton_laoensis Pleurodeles_poireti Pleurodeles_waltl Ranodon_sibiricus Rhyacotriton_variegatus Salamandra_salamandra Salamandrina_terdigitata Taricha_granulosa Taricha_rivularis Triturus_cristatus Triturus_marmoratus Tylototriton_asperrimus Tylototriton_wenxianensis Xenopus_tropicalis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=42; TAXLABELS Ambystoma_mexicanum Andrias_davidianus Calotriton_asper Chioglossa_lusitanica Cynops_cyanurus Cynops_ensicauda Cynops_orientalis Cynops_orphicus Cynops_pyrrhogaster Echinotriton_andersoni Echinotriton_chinhaiensis Euproctus_montanus Euproctus_platycephalus Lissotriton_vulgaris Lyciasalamandra_atifi Lyciasalamandra_avimembris Mertensiella_caucasica Mesotriton_alpestris Neurergus_kaiseri Neurergus_strauchii_strauchii Notophthalmus_meridionalis Notophthalmus_viridescens Ommatotriton_vittatus Pachytriton_brevipes Pachytriton_labiatus Paramesotriton_caudopunctatus Paramesotriton_deloustali Paramesotriton_hongkongensis Paramesotriton_laoensis Pleurodeles_poireti Pleurodeles_waltl Ranodon_sibiricus Rhyacotriton_variegatus Salamandra_salamandra Salamandrina_terdigitata Taricha_granulosa Taricha_rivularis Triturus_cristatus Triturus_marmoratus Tylototriton_asperrimus Tylototriton_wenxianensis Xenopus_tropicalis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4472] TITLE Salamandrid_mitogenome_A; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=7330; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 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AAAGATTTGGTCCTAATCTTACTATTAATTATGTTATATTTACACATGCAAGTATCTGCACCCCGGTGAAAATGCCCTAACTAAGGAGCTGATATCAGCATACGCCCATTACATCTTGCTAAGCCACACCCACAAGGGGATCCAGCAGTGATAAACATTGAAATAAGCGGCTTGAACCAGTAATAATCAAAGAGTTGGTTAATCTCGTGCCAGCCACCGCGGTTATACGAGAAACCCAAATTAATAACAACGGCTCAAAGAGCGGTTAAAAATAGTTTAAAAAATTAACTAAGCCGTTATACGCAAAAAATCAAAACGAAAGTAATACTAATGAAGCCGCGAAAGCTATGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAGCCATAAACTTTGTTCCGCCGGAGTACTACGAGCAAAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTCTACACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATTGATAACCCCCAATAACCTCACCACCCATTGCAAAACAGCCTATATACCGCCGCCCAGCTTACCCTTAAGGGAAAACAAGTAAGCAAAATGATAAACATAAAAACGTCAGGTCAAGGTGTAGCACATGGGGTGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTAAAAAACGAAAAACCAAATGAAATTGGAAGGAGGATTTAGCAGTAAAAAGAAAAAGAGTGTTCTTTTTAATTGGCTATAGAGCGCGCACACACCGCCCGTCACCCTCTTCAACATAACTAACCTAAAGAAGAGGAAAGTCGTAACATGGTAAGTTTACCGGAAGGTGAACTTGGAGTAGAAATTATAGCAACTAAAACATTTAAAACTTAAGTATTGGAGAAAGAAATTAAAAGAGCTATAAATAGTACTGCAAAGGAAATATGAAATAGAAATGAAATAAAAACAAATAAAAGAAAAGATTATACCTTCTACCTTTTGCATAATGGTCTAGCAAGTAAGCAAAAAGAATAAAGTTAACCCCCCGAAACTAAGCGAGCTACTTTAAAGCAACAGTGTTAACCCGTCTATGTGGCAAAATAGTGGGATGACTTTTAAGTAGTGGTGAAAAGCCTAACGAGCTTAGTGATAGCTGGTTGCTCAAGAAATGAACTTAATTCAACTTTAAAAGAAACAAATAATATTTTTAAGCTAATTAATAAAGGTACAGCTTTATTAATAAAGGAAACAACCTAGATAATGAATAAAAAGAAATTAAAATTGTTGGCCTAAAAGCAGCCATCATGAAAGCGTCACAGCTCAACCTTATTATCCCAAACAATCAGTATTGAGCCAATCTATAGATGTGCCTATGCTAGAACTAGTAACAAGAAATGTACATGTGTACATCAGAACGAAAACTCACTGATAATTAACTTAGAAAATATAAATATTACGTTAAACCAACACAGGGGTACAAGATTAAAAATTTAAAAAGGAACTCGGCAATCAAGACTTCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCATTAAGATAAGAGGCCCTGCCTGCCCAGTGACAGTTTAACGGCCGCGGTATCATGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACCTGTCTTTTAATTAAAGACCTGTATGAATGGCAAAACGAGAGTCTAACTGTCTCTTTAAATAAATCAGTGAAACTAATCTCCCCGTGCAGAAGCGGGAATGATACCATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAAATTAATTTTAGGTTGGGGCGACCACGGAATAAAGAAAACTTCCGAGATGAGAAGGACACTTCCAAAATAGAAAATTGACCCAATTGATCAACGAACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCTTCTCCAAGAGTTCTTATCGACGAGTAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCAGCTATTAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCAGTTTCTATCTATGTTTAACTTCCCCTAGTACGAAAGGGCCGGGGAAGTTGGGCCAATGAAATAAAGCCCATTGAAAACAACAGCCTATAAAGGTTAATGTAGCTTAAAAAGTGTGACACTGAAAATGCCAAGATAGATCTTAAAACATCTCATAAACACAACCCGTAGCTTAATAAAAGCATCTTACTTACACTAAGAAAATACTTGATAAAACCAAGTCAGATTGAGCTTGAGTGGCAGAGTTCGGTAATAGCAAAAGATCTAAAATCTTTCACCAGAGGTTCAAATCCTCTCTTAAGCAGATACGTGCCCGAAAATAGGGATTACTTTGATAGAGTAAAAAATAGAGGTTCAAACCCTCTCATATCTTTAAAAAATGGTGTAAAGGTGCACAAGGGTTTTGATCCTCTGGGTATAGGTTCAAATCCTAAGTAAAATAAGCTTAAGCTTTTGGGCCCATACCCCAAATATGTTGGTTAAACCCCTTCTTTTACTAAGATTTAAGATACAGACTAAAGACCTTCAAAGCCTTAAGTAGAAGTTTAAACCTTCTAATCCTTGAAGGCCTTAGCTTAATTAAAGTGTTTGATTTGCATTCATTTAATGTGGGGTAAAATCCTGCAGGTCTTATAGATTAAAGCTTGTTTTTTAGCGTTTAGCTGTTAACTAAAAATTTGTAGGATAAAAGCTTCTAATCTAGAGCCTTGTAATGTTAGCATATAAAATTGCAAATTTTAAAGAACGACTCTCGTCGGGGCTTGGTAAAATGGCCGAAAGGTGCAGAGTTGTAGCCTCTGTTATAAAGGTTAATCCTTTTTTTATCAAAGTGACAGATTGGTTGTGGTTAACTTGAAATTAATTTAAGGGGGTTCAATTCCCTCCGGAGATATTAGTAAAACATTACAATTCCTTGTCAAGGGGTTATTACTAGTTAAAATCTTGTATATCTTTAATACTTATGACTTCCAATCATTTAATCTTAGTTTAACTAAGGAAAGATAGTTTATTTAATTTAAATATTAGATTGTGATTCTAATCATGAGAGTTAACTTTCAATACCAAAGAACAAGAGAAACTGCTAATATCTTAATCTGTAGTTAAAATCCACAGTCTACTCACTTTTAAAGGATTATCCATTGGTTTTAGGTATCAAATCTTGGTGCAACCCCAAGTAAAAGTGTTTTTATAGTTGAATACAACATTGATTTTTCAGGTCAAGGGTTTCAGTTAACTCTGACCATGATAGTTTAAAAAACATCGACCTTGTAAGTCAAAACCGAAGACTAAGAACTTCTCAAGGTAAGAGGTAGTTTAAGAATTTTGGCTTTGGGTGCCAGCGGTGGGGGTGAAAATCCTCCCCTCTTGAAACATTGCTAACAATGACTATCGAAACTTTTGTCAGCTTAACCAACCGTTTGTTAACCACCCAAAGTATGTCTATCAATTAAAATTGTTCTATACAACCTTATGTGGCTTCGAGCAGTCACCAGGCGCTCCGGACACTACATAAAGAAATTACCTGTGGCCAGACAGGCCCACCATAGGTGTACAACAAGAAAGAGTTCTACTGAGGGAACGTGTGCCTACTCCGAAACCCACGCTTGACAATTTATTTATAAAATATAAGCAACAGAAAACCTTATCTATGAAACTTTTAACAGAGACTTGTGGTGGAGGAGTACCACGGTACCGGCCGGGCATAGAGAGCGTGAATTAGACGAAGGTGATTGCTAAGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTCCCTGTTGGGGGGGAGTAGTCCCGGACGCGGGTGGTAATTCCTGGGTTACGGAATAAATAAAACGTATCTCACTTGTTGTAAGGCCTCTCCGTGGGAAACCAGCATAAATTGCGGGGGCGCTCCCTTTTGCCGGTATATCGTGAATCAGATTTGAAGCTGTAGAGTGAATAGCCGTAGTGCCATAGGTAGGACGTTATGAAAAGACAGGAGTATTGAACGGGAATGGGACTGTGTATTTAGGGCAGAGCGATTTGAGCCGATTGGGCTCTGTTAGGGTGAAGGTGCTTCCTTGTACCTATTAACTGGATAGGATATTCCCTTGTGGACCCTTGTCGGTACTAAGTTAGTCATCGGGAAAATAATGGTGTACGGTTAGTATAAAGTCCATCCCTCATGGCTTGCTCATAGCCTCTGTCGGGTCAAGGCCCTCGCGTAGGTTAAATGCTAAAGAAAAACAAAAGAGGCGAGAGTAAACGGGTAGAGTCTCCATTTAGGAAGCCTAGAGAGCCTTTATGTAATGGTGTGTTACCACATACGGTCCCGGGACAGGCAGTCACATATGGGGCCTTGACTAGAAAGGACGCCACAATAGTCCGGTTGCTTGATGGACATACAGGGAACTGCTCATTTTACAGCCGCGTCAGGCACTCCAGGAGGCCTATGTGATTCTGTAGTAATGTAAACCAAGCTTCGAACGGATCGCCATCGCAGTCTGAATTAATGGTTTTGTTTGTTATATGCACGTGGTTCCAGAACTGCTGGCTTAAGGTCGTGGAGATGCCAAACAGCAGGACTCGTAGTTGTTTACCCGAGTTGGCTAAGGGGTGTATTGGAGTCGCCGAAGTTTCTGTCTCCAATCTATACCTGTGGGGTTTCTGGGGTTTCTGTATTTGTAGCAACAACAAAAATTAGTCACTAATTTTATGTCTGTTTAACATAGTTTGACTAGGATTGTTTGGCATCGGATGTCACAACGAGGTTTTATATCCAGCGATTGTTATAGATAAGGATTTCGAGAGTGGTGCCTGCATTTGGAGAAATCTGACTAGGATGCTATGGTTGGAGACACTTGTCTTTCTCAGGAAAACCCTCCGAGTAACAGAATACGAATTCCTTTTAGGCGTACATATCATCTCTTCACCGGCGATTCGACTAACCCACCGTTTCTGTGACCTACAACGGGAGCCATACACATACACCATACCAAATCCTACAATTACGGAAAACATAGGCCGGCCTAGAGCATTACTTTCTAAAACAAGATGA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Andrias_davidianus 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Calotriton_asper 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Cynops_orientalis 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Echinotriton_chinhaiensis 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Euproctus_platycephalus 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Lissotriton_vulgaris 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Lyciasalamandra_avimembris 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Mertensiella_caucasica 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Neurergus_kaiseri 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Notophthalmus_meridionalis 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Ommatotriton_vittatus 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Pachytriton_labiatus 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Paramesotriton_caudopunctatus 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Paramesotriton_deloustali 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Paramesotriton_hongkongensis 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Paramesotriton_laoensis 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Pleurodeles_poireti 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Rhyacotriton_variegatus 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Salamandra_salamandra 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Salamandrina_terdigitata 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Taricha_rivularis 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Triturus_cristatus 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Triturus_marmoratus 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Tylototriton_wenxianensis 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4497] TITLE Salamandrid_mitogenome_B; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=7131; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Ambystoma_mexicanum TTTCGGTTCCAAAATGCTATTTGCGCGTTGCCTGTTTGCATGACGCTTGAAATAATTTCCACTTTTTTTTTCTTTGGTGAGTTCTTTGCCATCTCGTAATGTGTTCCCTTTTTCCCGTACGCGCGGCTACCTCGATCACGCCTATCTTCTATCGTCCTTGCTATTCCCTATACCCTCAAACCTTTGCTTTCCTTTTTCTCTTCCGTCTTTCAGATACCTTACCGGGACTTAAATTGTTGACATATTTTCGTGTTCATTCAACCAAACTGATGTTGCTTCTGTTGTTTGCAATTCTATATACGCATCCCCTTTCTCCGTATTGGTCCTAGGCTAGACCTTGCTGTTTTTCTGGTCGTTTCACCTATTTAACAATTCATAATTCTGCTTCTTGGTTAGTCTTCGACTACCGCATATGTTTTGTATCTTCAATTGTCGTCGGACAACACACTGACTCCTGCTTCTTCTTTTTTTTGACTCCAGATTCCATCCCATAGTAAGCCCAACTAACCTTACGTATCACCATGTAACCCCTTAATTATAAACTTCTTTTGCTTTATTCTTTCCATCACACTACAATATTGCTTCCATTTTTCTCCTGTTATTAATAACATCTACTGAAGAGGAAACAAAATTTACATTCCAATACGATGTTATAAGTTTCTACCTGTTTCCAATTACGCTCCTGTACACTCGGTAACCTTCCGCGTTAGAGCATGGCAAGTTCTTTACCCTGATAAGCCCTATCAACACAATTACGCGCTCGCTCCTTTCCGTCTGTATGCTTTTTTGTTTCTTCTTAGGGATTGAGCTAGAACTCTAAGTGAGTTTTTCCATTTTTGTTGCTAACGTCCCCATGAGGCCCGTCCTACTATCTTACCTTTCCGTCTCGCAAGTTAAAGAACTACTCTCTTTGTATCTTACTAAAACCTCTCAGTAGCCTTTCCGTAGTATTTGCTTTCTGTTGATAAATCCAAATGTACCCGAGATTATTGTTTATCTAGGGCTCATTGACAATTAACTTATCCCCATCAGGATGCTTGTGTTCATTCGTTTCTAACCACCCCTCCTCATGGATAAGGTTGATACAGCCTTTTGTTTATGGGTAAGCATTAACGATGTTTTTTTTCCCTTGATTCGGATCTGGCCTTCATTCCTCATGACTTAGTGGGTCTAACCTCGTTCTATTTCTTTCGCGTTATTTTAACGCAACCGTCCAAAATCTACATCAAACTGTTTTTTTTTTTCTTCCATTGACAATCCCACTTCCCATACAGATTTCACTTGCTCAATGGTTCTTTCTTTTTTTCTTACCAAGGTTTGCTCATTTGTTTCACTTTCGTGGACTACCTTATGATCCTTATCTTTTTTCTTGTTAAATTAGTCATTTACTTATTCTTTCTCTTCTTAGATTGATATGAGCATTGCTGTTACTCAGTATTTAACTGCCCCCATTTTTTCTTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCATATCTTTTTCTCGTCTACTTGCGGCCACAACTTGCTGCTCACTCAATCTGTTTTGTTTTCGATATAATATCAATTGTTTCCGCTCCTGTTCCTCACAGCCTATCAGACATTCGTATAACGGCTCTTTTCAACATTTTACTCCTTTTGCCAATACATCCTTTTTACCCTCTTTTGTGCCACGTGAAATTATTGAATTCTCTCTCTTATCTCTTTAGACCTATGCACTCTTTCGTCCGCTTCTCGAAGTTCGTGTATACTCTTCTTCACAACGCCACCCAATTTACTCCCTTTTCCCTACGTTGAGATCATCTCCCTTCTGTCTATGTCCTATGTCATTAGTATTCGTTTCCGAATCCTTTTTATACATACATTTTTCTTCCCTGGGGGTAACATGATTCACCTCATGGTCTTTGTTCCTCTTATCTATCTCCTTTTTTTATTCCCTAACTCGTAACTTCCCTTTTTTCTGGTCCCCGTTCAGTTTAATCAAATTCTCCTTCTCCTTGTTTATGTCACTCTCCCCATCACTCTGGAAAATTTCTCTTTCTTTCTCCCTTATTTTTTTCCTTCTTTTTTGTGTCTCACACAATCCAAGGTACTGCCGTCTCTGTTTTCTTTTTTATATCTTTCCCGCTATACCACTCGCCTTTCTTCTGTTAAGTAGGTAGTTATTTCCTTTTTCTGGCAAAGTGCACTCACTTTCTTGTTTTATCTATTTACAATTGTATTCCCTTTTCGGTTCTTTTCGAAATAAACACGAGTATCTTTTTATCTTTCTCCCATTTTATCTACCTTCCTTTTCGGGAACAGTGCGCATTTACTCGCTCTTTCTTCTAAATGCTCTATTACTATTGTCGTTCTTTATCTAGTATGTCACATACCTCGCTTTCCTTATGGAGTTGTCTTTCCAAATAACTTTTCTGGTTTCGTTGTGACATACTTCACCTGATGTTTCCCTTACCGGTCGCTTTTTCAGTTCCCTTGTCATAAAGCAGGCTTTTGGTACTTCTTGTGGTTTATCATCTCCCTATGGATCTTTCTTAGCAGCTTTCGTGCTTCCCACTATAATCAGGCCCCATATCCAACGAAGTTCTATTCTTTTTTACATTCGATCTTCCTTTGCTGTTTAGCATTCCTTGTAGTTTCTTTTTCTGCAATTCCCTTCTCTTTCTCCGACGCGTCTTTCCCGCAGCAATAATATTAGATATATTTACCTTTCTCTTCTCGCATTACCTAACTTCGTTCTTTTTATGTACCCCATAGTTTAATATCCGTATAAACTTTTCTCTTTCGCTTATCTGATAAACATCGTTAATTTTTTCTTTTTCCAATTATTTGGAGTGTTCTTTTGGGAGGCACACCCTACTTAAGTGATGTTTGTCGTCTACACGATAATTCCAAACTTCTTGTTTCCCGACCATGTACGTCCCTAGCCCTCCTTACGCTTTCGTTTTTGTACTTAAAATCTCCGTGTGCTCCTTCCTGCTCAAATAATTCTCCCGATGTTTTCTGTAACATCTTATCCACTTACTTTTGCGCTTAATAAAAATGATGGTAACTCTCCCGTCTGGTCTTGCCTTCGTTCAACTTACTACCATACGCTCTCTTCCCTCTTAGTGTTTATATAACGCTCTACTAATTTACTTGTCGGGTTCGTTTTACCTAAATTCTCTTCATCCTTTCTTGTTTCTATCATTCATACTCAATCTACCTTAGTTCATATCTGAATCCATCATCGAAACGCAATCCATTCCTACTCACACGTTACATCTTTTCTTTTTTTTATGTTTTTGTTTGTTCTCCACCCATCCTGTTTCCTGGGGTTTACGTCTTCTTTTTTATGGTTTTTCACCCTCCACACACGGATCTTTATGTATTCTTGAATCTATTTTATATACTGAAATGTTACTGGGTTTTCGGTTTTCTTTTTATCGGTCGGCTGCTGGCACTTCACACATGATCAATAAAATTAAAATTAAATAAACCCTCCGAGATATCTAGAAATTCCTAGTAATAAGTCAACTATAGTAAGAATTTTCTATATAACAAATTACAATAAATAAATAATAAAACATTACCAAAATATATTTAATCATTCAATAATTTTTCTATTTTTTATCTAAATTAATAAAAATTTTTTAATTATTAATCAAATATTCTATAATTTTAACAGAAACTCCATACACATATTTATTAAATTTATCTACTAATAAAAAAATATAAACAGATTAAATTATTATTCCTTAATTTACGATCTAACTACAAAACAAACAAGTTACTTTTAAACATAATTTAAATAACGACACAAAAAATTAATGCCCTACTACTGTTTTACCTAAACTATGAATAGAATATCATAGCACTCGCACTAATTATTAATTATCGTATTTTACATTAACAAAAATACTATTAAAATAATTAATTTGTAAGATAAGGATACACAACTTCCAGTCTATTATATATTGCAAATCACACATAATATTGTTTTAAAAATTCAAAAATAATCGTAGTCAGATTATAATATTTAAATTACTAATTCCATTAAATCAAATACCAATAATAAGAATATTTTATAAGCTAACGATTATATTTGTTATCAACTCCTTAAATTATTTAAATACATAATAATATCATAAACTTGTACTTACATCCAATTAAACAAAAATATCTTATGAATCTAACTGATTTTAATAAATTTAATTATAAACAAGAAAATCCAAATTCTTTTCATAAATTGAGATAGACAAAATTACACAATGGGATTTCTTCAGCGCATCCACTCTTAAAATAAATCTTTATAAATAAAATTAACATATATCATAAATACAATATTCTCATTAATATAATATTACATCTCAGTCATATAAACATGGATGTGAATCAATATAGCATAAATAGATCTCAATAAAAATAATATATAATAATTTTCAATTCTTATAATCAACTCTAATATACAAAATCACACTAAAGACATCTTCACCACAAATAGACTAAAAAATAAAATTTAAAAAAAAAAATAAAAATAAAATTTAAGACAATTAAATAAAAACTATATTATAACTTAACTATTTTTCAAAAAAACATATACACCAACATACTAATAAAAACTGTGATAATTCCAATTAAATTAAAAAATAATATTCTTAAAGCTACATTTTCATTAAACTAATCCCCTCTTCAAACATTCATTATCCCTATCCTTGTAATCATATCTTTTAACTCCACCAAAAGCCCAAAACATTCCATTTAACCACCATAATTATAAAACATAACAAAATATATTAATAAAACACACCTCATATTTATAATTCACCTACTTCTCTTTTTAAATCCATGCAAAACTAATAATATAAATTTATTTAAAAAATGGAAATTTATAATTTGACCATAACAGATATTGTCACACTTCTCACATATAAATTTTCATTCAAACTTAAGATACATATACCATCTTATTATTAAATTGAACATTTTATAAACTACTAAACAATCAATTAAAATCATTTACACTTATAAAAAT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Andrias_davidianus 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Calotriton_asper 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Chioglossa_lusitanica 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Cynops_cyanurus 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Cynops_ensicauda 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Cynops_orientalis 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Cynops_orphicus 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Euproctus_montanus 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Lyciasalamandra_atifi 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Lyciasalamandra_avimembris 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Mertensiella_caucasica 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Mesotriton_alpestris 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Neurergus_kaiseri 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Neurergus_strauchii_strauchii 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Notophthalmus_meridionalis 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Notophthalmus_viridescens 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Paramesotriton_caudopunctatus 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Paramesotriton_hongkongensis 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Ranodon_sibiricus 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Rhyacotriton_variegatus 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Salamandra_salamandra 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Taricha_granulosa 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Taricha_rivularis 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Xenopus_tropicalis TCTCGGTTCCAAAATGCTATTTGCGCGTTGCCTGTTTGCATGACGCTTGAAATAATTTCCACTTTTTTTTTCTTTGGTGAGTTCTTTGCCATCTCGTAATGTGTTCCCTTTTTCCCGTACGCGCGGCTACCTCGATCACGCCTATCTTCTATCGTCCTTGCTATTCCCTATACCCTCAAACCTTTGCTTTCCTTTTTCTCTTCCGTCTTTCAGATACCTTACCGGGACTTAAATTGTTGACATATTTTCGTGTTCATTCAACGAAACTGATGTTGCTTCTGTTGTTTGCAATTCTATATACGCATCCCCTTTCTCCGTATTGGTCCTAGGCTAGACCTTGCTGTTTTTCTGGTCGTTTCACCTATTTAACAATTCATAATTCTGCTTCTTGGTTAGTCTTCGACTAACGCATATGTTTCGTATCTTCAATTGTCGTCGGACAACACACTGACTCCTGCTTCTTCTTTTTTTTGACTCCAGATCTCATCCCATAGTAGGCCCAACTAACCTTATACCTCACCATGTAACCCCTTAATTATAAACTTCTTTTGCTTTATTCTTTCCATCACACTACAATATTGCTTCCTTTTTTCTCCTGTTATTAATAACATCTACTGAAGAGGAAACAAAATCTACATTCCGATCCGATGTTATAAGTTTCTACCTGTTTCCAATTACGCTCCTGTACACTCGGTAACCTTCCGCGTTAGAGCATGGCAAGTTCTTTACTCTAATAAGCCCTTTCAACACAATTACGCGCTCGCTCCTTTCCGTCTGTATGCTTTTCTGTTCTTTCTTAGGGATTGAGCTAGAACCCTAAGTGAGTTTTTCCATTTTTGTTGCTAACGTCCCAATGAGGCCCGTCCTACTATCTTACCTTTCCGTCTCGCAAGTTAGAGAACTACTGTCTTTGTATCCTACTAAAACCTCTCAGTAGCCTTTCCGTAGTATTTGCTTTCTGTTGATAAATCCAAATGTACCCGAGATTATTGTTTATCTAGGGCTCCATGACAATTAACTTATCCCCATCCGGATGCTTGTGTTCATCCGTTTCTAACCACCTCTCCTCATGGATAAGGTTGATACAGCCTTTTGTATATGGGTAAGCTTAAACGATGTTTTTTTTCCCTTGATTCGGATCTGGCCTTCATTCCTCATGATTTAGTGGGTCTAACCTCGTTCTATTTCTTTCGCGTTATTTTAACGCCACCGTACACAATCTACATCAAATTGTTTTTCCTCTTCTTCCATTGACAATCCCACTTCCCATACAGATTTCACTTGCTCAATGGTTCTTTCTTTTCTTCTTACCAAGGTTTGCTCATCTGCTTCACTTTCGTGGACTAACATTTGATCCTTATCTTTTTTCCTGGTAAATTAGTCCTTTACTTATTCTTTCTCTTCTTAGATTGATAAGAGCATTGCTGTTACTCAGTATTTAACTGCCCCCACTTTTCCCTCTCTCTCTGCCTCTCTCTCATATGTTTTTCTCGTCTACTTGCGGCCACAACTTGCTGCTCACTCAATCTGTTTTGTTTTCGGTCTTATACCAAATGTTTCGGCTCCTGATCCTCACAGCCTATCAGACATTCGTATAACGGCTTTTTTCAACATTTTACTCCTTTTGCCTTACCATCCTCTTTACCTTCTTTTGTGCCACGTGAAATTATTGAATTCTCTCTCTGATCTCTCTCGTCCATTACTCTCTTTCGTCTGCTTCTCGAAGTTCGTGTATACTCTTCTTCAAAACGCTACCCAATTCACCCCCTTTTCCTAACGTCGAGCTTATCTCGCCTCTCTGTATGTCCTATGTCATTAGTATCCGTTTCCGAATCCTCTTAATCCCTACCTTTTTGTCCCTTGGGGGTAACATGATTCTCCTCATGGTCCTTCTTCATTTTATTTATTTCCCTTTCTACTCCCATCCCCCGCACCCCCCTCTTCTTCTGGTCCTCGTTCAGTTTAATCAAACCTTCCTTCTCCTTGTTTATGTCACTCTCCCCACCACCTCGGAACACTTCTTTTCTTTTCTCCTTTCCCCTTCTCCCTCTTTTCTGTGTCTTCCACAATCCAAGGTACTGCCGTCTCTGTTTTCTTTTTTATATCTTTCCCGCCATACCCCTTGCCTTTCTTCTGTTAAGTAGGTAGTTATTTCCTTTTCCCGTTAAAGTGCCTCCAGTTTCTTGTCGTTAACACCATCAATTCTAATCCCTTTTCGGTTCTTTTCGAAATCCACTCGAGCTTCTTTTTATCTTTCTCCCATTTTATTTATCTTCCTTTTCGGGAACAGTACGCATTTACTCGCTCTTTCTTCTACACGCTCTGTTATTATGGTCGTTCTTTATCTAGCATGTCACATACCTCGCTTTCCTTATGGAGTTGTCTCTCCCAATCACTTTTCTGGTTTCGCTGTGACATACTTCACCTGATGTTTCCCTTACCGGTCGCTTTTTCAGTTCCCTTGTCACAAAGCAGGCTTTCGGTACTTCTTGCGGTTCATCATCTCCCCATTGATCTTCCTTAGCAGCTTTCGTGCTTCCGACTATTTTCAGGCCCAATCTCCCACGAACTTCTATTCTTCTTTACATTGGTTGTGCCTCTGTCGTCTAGCATTCCTTGTAGTTTCTATGTCCGCCATCTTCTCTTCTTTCTCCGACGCGTCTTTCCCGCAGCAATAATATTAGATATCTTTACCTTTCTCCTTCCTAATTACCTACCTTTGTTCTCTTTAAGTACTCCATAGTATACTATATGTATATACCTTTCTCTTTCGCTTATCCGATCCACTTCGTTAATTCTTTCTTTTTCCAATTATTTGGAGTGTTCTTTTGGGACGCACACCCTACTTAAGTGATGTTTGTCGTCTATACGATAATTTTAAATCTCTTGTTTCCCGACCATGTACGTCCCTAGCCCTCCTTACGCTTTCGTTTTTGTACTTAAAACCTCTGTGTGCTCCTTCCCGCTCAAATAATTCTCCCGATGTTTTCTGTATCATCTTATGCACTTACTTTTGCGCTTAGTAAAAATGATGGTAACTCCCCCGTCTGGTCTCGCCTTCGTTCAACTTACTACCACACGCTCTCTTCCCTCCTAGTGTTTTCCTGACGCACTCCTAACTTACTAGTCGGGTTCGTTTCCACTACCTTCTCTTCAACCTTTCTCGTTTCTATCATCCCTACTCATTGTTCTTTAGTCCACATATCAATCCATTATCGAAACGCAGTCAAATCTTACCCATAAGTTACATCTTTTCCCTTTCTTATTCTTTTGTTTGTTCTCCACCCAACCTGTTTCCGCGGGTTTGTGCCTTCTTTTTTATGGTTTTTCACCCTCCACACACGGGGCTTGATTCATTGTGATTTAAAGTTGGTAGATTGGAGTCTTACGGGGTTTTGGGTTTTCTTTTTATGGGAAGGGTGCTAGCACCCTATGCTACAATTACCTCGACCACCCTTCTCAAACCAAATCATATTCCCAAACCCTTCCGTCAATTTACCAATCTACCCTCATCCCCTCAGCACCTCACATTCCAACACTTTCCCAATACACCTACAGCCCTTCATTTTCACTTTCCAAACCAGGTTTTATTCCTCCGACACAACCATATACTGTCAAATTGCAACCAAACATACACCATTATACACAAACTGAAACACAACTTATCGAATTTCTTCATCCAACTGACAAAAGAAATCTACAAATAGTTTTAACAATCACCCCTTACCTTAAAAAAATACCTTAAGGTATACAAGCTGTTTATATACCTTGTCCGAGTTGCCGTCCACTAAACGCCCGATTAATTACCACATAACGACACTAAAATACAGCAACTTAAGGTGATCACAATAATCCCTAAGTTATGATTTTTTATTCAACTTATACAGCGTTACACTATCTTTTCCTTAACATAAACACATACACCTCTTTATCAAACACACACTCCAACCTACTAATTGCGCTGCCCAGAAGCCACAAACAAGACTACATTTAACCCATAACATTTCACCCCAAAATCACAAGTAATCAATAGTAAACAACCAGTACTCTTCATTACAAAGCCTCCTTACCCTCTCTTCAACCTTTCAAAAACATAACTTTACGACAGCCTCAAAAACCCCTATAGTCACCTCACCAAAGTATATTTTCATCCATACCCATCCCATCAGGATGGACTCAAACAAAGACTAAAATAATTAATCACTCTCCACAAACTAATTAAGACAAAATTACACTATGAATGCCCCCCCACACTTTGCTTCCTACGACTAACCCCCACCAACAATACTAAATCACATCGGCAATTTTACAATCCTTAAAACCTAACACTACTCCACAACCGCACACCTGCATACAGAACCCAAATCGGTTTGCAGCTACTTCCATCACCAAAATTCAAATTAAACCCTAAAACCAACAATCATTCCCAGCACAACAACCCGCATAAAAGACAACCCCATCACTACCAATCACTACAAAATAACCTAAGCCTAACACCACCTACAAAACCTAAACCAACCTTATAAGCACAGTACCACAACTCTTCCGACCTACTCCTCAAAATAAAAGCCCCCACATTATCACACATAGTTCAACCCCCATATAAAACACACATCCATCCTCTCAAAATTACTTTTCCATCACACCTCAGCCATCCTCCTACACGCCTAACACCCGAATCCCCACCAATATCTCACACCGCCTCCAACAGAACTAATTATTTCATTCAACAACACGAACCCCTAGCCATCGCTATACAAACCAACCTACCAACCCCCACTCCCAACTCTCACCACCCTCTTTACTCAGGTTAACCCAAAATTACCCACACACTATCACCCCAAAATCAGCAATTTTCTTTGCCACAACAACGAACAACCTCACATTCCCCCATCTTAACCCCCAGCCTATAAACCAAACGCACACATCACTTCACCGATATAACAATCAAATCGCTATCAACCCACTATTCTACCGAAGCCGTCTCCCAGCATAACACA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; END; BEGIN SETS; CHARSET coi_2 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 1-516; CHARSET coiii_3 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 4450-4710; CHARSET nd6_2 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 3264-3425; CHARSET nd4_2 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 2149-2592; CHARSET nd3_3 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 5745-5854; CHARSET coi_3 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 3707-4222; CHARSET nd1_2 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 1382-1700; CHARSET cytb_3 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 4711-5087; CHARSET atp6_3 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 3426-3652; CHARSET atp8_3 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 3653-3706; CHARSET nd5_3 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 6392-6969; CHARSET nd4_3 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 5855-6298; CHARSET nd2_3 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 5407-5744; CHARSET nd2_2 (CHARACTERS = Salamandrid_mitogenome_B) = 1701-2038; CHARSET coii_3 (CHARACTERS = 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Cynops_ensicauda, 7 Cynops_orientalis, 8 Cynops_orphicus, 9 Cynops_pyrrhogaster, 10 Echinotriton_andersoni, 11 Echinotriton_chinhaiensis, 12 Euproctus_montanus, 13 Euproctus_platycephalus, 14 Lissotriton_vulgaris, 15 Lyciasalamandra_atifi, 16 Lyciasalamandra_avimembris, 17 Mertensiella_caucasica, 18 Mesotriton_alpestris, 19 Neurergus_kaiseri, 20 Neurergus_strauchii_strauchii, 21 Notophthalmus_meridionalis, 22 Notophthalmus_viridescens, 23 Ommatotriton_vittatus, 24 Pachytriton_brevipes, 25 Pachytriton_labiatus, 26 Paramesotriton_caudopunctatus, 27 Paramesotriton_deloustali, 28 Paramesotriton_hongkongensis, 29 Paramesotriton_laoensis, 30 Pleurodeles_poireti, 31 Pleurodeles_waltl, 32 Ranodon_sibiricus, 33 Rhyacotriton_variegatus, 34 Salamandra_salamandra, 35 Salamandrina_terdigitata, 36 Taricha_granulosa, 37 Taricha_rivularis, 38 Triturus_cristatus, 39 Triturus_marmoratus, 40 Tylototriton_asperrimus, 41 Tylototriton_wenxianensis, 42 Xenopus_tropicalis; TREE Fig._2 = [&R] ((2,32),(33,(1,(35,(((4,17),(34,(16,15))),(((30,31),((10,11),(40,41))),(((37,36),(21,22)),((12,13),(((18,14),((23,(20,19)),(3,(38,39)))),(((6,9),(5,(8,7))),((26,(28,27)),(29,(25,24))))))))))))); END;