#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 9:52 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Spinks P., Thomson R.C., Lovely G., & Bradley shaffer H. 2009. Assessing what is needed to resolve a molecular phylogeny: simulations and empirical data from Emydid turtles. BMC Evolutionary Biology, 9(56): 56. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S9967] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=66; TAXLABELS Chelonia_mydas Chrysemys_picta_1 Chrysemys_picta_2 Chrysemys_picta_3 Chrysemys_picta_4 Clemmys_guttata_1 Clemmys_guttata_2 Clemmys_guttata_3 Deirochelys_reticularia_1 Deirochelys_reticularia_2 Emys_blandingii_1 Emys_blandingii_2 Emys_blandingii_3 Emys_marmorata_1 Emys_marmorata_2 Emys_marmorata_3 Emys_marmorata_4 Emys_orbicularis_1 Emys_orbicularis_2 Emys_orbicularis_3 Emys_orbicularis_4 Emys_trinacris_1 Emys_trinacris_2 Glyptemys_insculpta_1 Glyptemys_insculpta_2 Glyptemys_insculpta_3 Glyptemys_muhlenbergii_1 Glyptemys_muhlenbergii_2 Glyptemys_muhlenbergii_3 Graptemys_geographica_2 Graptemys_ouachatensis Graptemys_pseudogeographica_1 Graptemys_pseudogeographica_2 Graptemys_pseudogeographica_3 Heosemys_spinosa Malaclemys_terrapin Mauremys_mutica_1 Mauremys_mutica_3 Platysternon_megacephalum Psammobates_pardalis Pseudemys_concinna Pseudemys_concinna_floridana_1 Pseudemys_concinna_floridana_2 Pseudemys_peninsularis_1 Pseudemys_peninsularis_2 Terrapene_carolina_1 Terrapene_carolina_2 Terrapene_carolina_3 Terrapene_carolina_4 Terrapene_carolina_triunguis_1 Terrapene_carolina_triunguis_2 Terrapene_coahuila_1 Terrapene_coahuila_2 Terrapene_coahuila_3 Terrapene_ornata_1 Terrapene_ornata_2 Terrapene_ornata_leuteola Trachemys_s_scripta_1 Trachemys_s_scripta_2 Trachemys_scripta_elegans_1 Trachemys_scripta_elegans_2 Trachemys_stejnegeri_1 Trachemys_stejnegeri_2 Trachemys_taylori_1 Trachemys_taylori_2 Trachemys_taylori_3 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=70; TAXLABELS Chelonia_mydas Chrysemys_picta_1 Chrysemys_picta_2 Chrysemys_picta_3 Chrysemys_picta_4 Clemmys_guttata_1 Clemmys_guttata_2 Clemmys_guttata_3 Deirochelys_reticularia_1 Deirochelys_reticularia_2 Emys_blandingii_1 Emys_blandingii_2 Emys_blandingii_3 Emys_marmorata_1 Emys_marmorata_2 Emys_marmorata_3 Emys_marmorata_4 Emys_orbicularis_1 Emys_orbicularis_2 Emys_orbicularis_3 Emys_orbicularis_4 Emys_trinacris_1 Emys_trinacris_2 Glyptemys_insculpta_1 Glyptemys_insculpta_2 Glyptemys_insculpta_3 Glyptemys_muhlenbergii_1 Glyptemys_muhlenbergii_2 Glyptemys_muhlenbergii_3 Graptemys_caglei_1 Graptemys_caglei_2 Graptemys_geographica_1 Graptemys_geographica_2 Graptemys_ouachatensis Graptemys_pseudogeographica_1 Graptemys_pseudogeographica_2 Graptemys_pseudogeographica_3 Heosemys_spinosa Malaclemys_terrapin Mauremys_mutica_1 Mauremys_mutica_3 Platysternon_megacephalum Psammobates_pardalis Pseudemys_concinna Pseudemys_concinna_floridana_1 Pseudemys_concinna_floridana_2 Pseudemys_nelsoni Pseudemys_peninsularis_1 Pseudemys_peninsularis_2 Terrapene_carolina_1 Terrapene_carolina_2 Terrapene_carolina_3 Terrapene_carolina_4 Terrapene_carolina_triunguis_1 Terrapene_carolina_triunguis_2 Terrapene_coahuila_1 Terrapene_coahuila_2 Terrapene_coahuila_3 Terrapene_ornata_1 Terrapene_ornata_2 Terrapene_ornata_leuteola Trachemys_scripta_elegans_1 Trachemys_scripta_elegans_2 Trachemys_scripta_scripta_1 Trachemys_scripta_scripta_2 Trachemys_stejnegeri_1 Trachemys_stejnegeri_2 Trachemys_taylori_1 Trachemys_taylori_2 Trachemys_taylori_3 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Mauremys_mutica_3 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Pseudemys_nelsoni 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Terrapene_carolina_1 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Terrapene_carolina_4 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Trachemys_taylori_2 ATCAACAACTCACTCATTGATCTACCAAGCCCCTCAAACATCTCTGCTTGATGAAACTTTGGATCCTTATTAGGCACCTGCCTAATTCTACAAACCCTTACTGGAATTTTCTTGGCCATACACTACTCCCCAGACATTTCACTAGCATTCTCATCAGTAGCCCACATTACCCGAGACGTACAATACGGATGACTTATCCGTAATATACATGCTAACGGTGCCTCCCTCTTCTTCATATGCATCTACCTTCATATTGGACGAGGACTTTATTACGGCTCATACATATACAAAGAAACCTGAAACACAGGAATTATCCTACTACTCCTAACAATAGCCACTGCATTCGTAGGCTATGTCCTACCATGAGGCCAAATATCATTCTGAGGTGCAACCGTTATTACCAATTTACTCTCAGCCATCCCATACATTGGTAACACATTAGTGCAATGAATCTGAGGCGGATTCTCAGTAGACAACGCAACCCTCACCCGATTCTTTACCTTTCACTTCCTCCTACCATTTACCATTATAGGTCTAACATTAGTACACCTACTCTTCCTACATGAAACTGGATCAAACAACCCAACAGGGTTAAACTCAAACATCGATAAAATCCCATTCCATCCTTATTTCTCATACAAAGACCTTCTAGGCATCATTTTAATACTAGCCCTCCTACTAACCCTAACATTATTCTCTCCAAATCTTTTAGGGGACCCAGACAACTTCACACCAGCCAACCCCTTATCCACCCCTCCACATATTAAACCAGAATGATACTTTCTTTTCGCCTACGCAATTCTACGATCTATTCCAAATAAATTAGGCGGAGTACTTGCCCTACTACTCTCTATCCTTGTACTATTTCTAATACCCACCCTACACACATCAAAACAACGAACAACCCAATTCCGACCACTTACACAAACCCTATTCTGATGTCTGATCGCTAACCTTTTAGTACTAACATGAATTGGAGGACAACCCGTCGAAAACCCATTTATTACAATCGGCCAAGTAGCCTCTATTCTCCATTTCT??????????????????????????????? Trachemys_taylori_3 ????ACAACTCACTCATTGATCTACCAAGCCCCTCAAACATCTCTGCTTGATGAAACTTTGGATCCTTATTAGGCACCTGCCTAATTCTACAAACCCTTACTGGAATTTTCTTGGCCATACACTACTCCCCAGACATTTCACTAGCATTCTCATCAGTAGCCCACATTACCCGAGACGTACAATACGGATGACTTATCCGTAATATACATGCTAACGGTGCCTCCCTCTTCTTCATATGCATCTACCTTCATATTGGACGAGGACTTTATTACGGCTCATACATATACAAAGAAACCTGAAACACAGGAATTATCCTACTACTCCTAACAATAGCCACTGCATTCGTAGGCTATGTCCTACCATGAGGCCAAATATCATTCTGAGGTGCAACCGTTATTACCAATTTACTCTCAGCCATCCCATACATTGGTAACACATTAGTGCAATGAATCTGAGGCGGATTCTCAGTAGACAACGCAACCCTCACCCGATTCTTTACCTTTCACTTCCTCCTACCATTTACCATTATAGGTCTAACATTAGTACACCTACTCTTCCTACATGAAACTGGATCAAACAACCCAACAGGGTTAAACTCAAACATCGATAAAATCCCATTCCATCCTTATTTCTCATACAAAGACCTTCTAGGCATCATTTTAATACTAGCCCTCCTACTAACCCTAACATTATTCTCTCCAAATCTTTTAGGGGACCCAGACAACTTCACACCAGCCAACCCCTTATCCACCCCTCCACATATTAAACCAGAATGATACTTTCTTTTCGCCTACGCAATTCTACGATCTATTCCAAATAAATTAGGCGGAGTACTTGCCCTACTACTCTCTATCCTTGTACTATTTCTAATACCCACCCTACACACATCAAAACAACGAACAACCCAATTCCGACCACTTACACAAACCCTATTCTGATGTCTGATCGCTAACCTTTTAGTACTAACATGAATTGGAGGACAACCCGTCGAAAACCCATTTATTACAATCGGCCAAGTAGCCTCTATTCTCCATTTCT??????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = cytochrome_b) = N: 1-1070; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = cytochrome_b) = N: 1-1070; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10357; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Chelonia_mydas, 2 Platysternon_megacephalum, 3 Heosemys_spinosa, 4 Psammobates_pardalis, 5 Mauremys_mutica_1, 6 Mauremys_mutica_3, 7 Chrysemys_picta_1, 8 Chrysemys_picta_2, 9 Chrysemys_picta_3, 10 Chrysemys_picta_4, 11 Clemmys_guttata_1, 12 Clemmys_guttata_2, 13 Clemmys_guttata_3, 14 Deirochelys_reticularia_1, 15 Deirochelys_reticularia_2, 16 Emys_blandingii_1, 17 Emys_blandingii_2, 18 Emys_blandingii_3, 19 Emys_marmorata_1, 20 Emys_marmorata_2, 21 Emys_marmorata_3, 22 Emys_marmorata_4, 23 Emys_orbicularis_1, 24 Emys_orbicularis_2, 25 Emys_orbicularis_3, 26 Emys_orbicularis_4, 27 Emys_trinacris_1, 28 Emys_trinacris_2, 29 Glyptemys_insculpta_1, 30 Glyptemys_insculpta_2, 31 Glyptemys_insculpta_3, 32 Glyptemys_muhlenbergii_1, 33 Glyptemys_muhlenbergii_2, 34 Glyptemys_muhlenbergii_3, 35 Graptemys_geographica_2, 36 Graptemys_ouachatensis, 37 Graptemys_pseudogeographica_1, 38 Graptemys_pseudogeographica_2, 39 Graptemys_pseudogeographica_3, 40 Malaclemys_terrapin, 41 Pseudemys_concinna, 42 Pseudemys_concinna_floridana_1, 43 Pseudemys_concinna_floridana_2, 44 Pseudemys_peninsularis_1, 45 Pseudemys_peninsularis_2, 46 Terrapene_carolina_1, 47 Terrapene_carolina_2, 48 Terrapene_carolina_3, 49 Terrapene_carolina_4, 50 Terrapene_coahuila_1, 51 Terrapene_coahuila_2, 52 Terrapene_coahuila_3, 53 Terrapene_ornata_leuteola, 54 Terrapene_carolina_triunguis_1, 55 Terrapene_carolina_triunguis_2, 56 Terrapene_ornata_1, 57 Terrapene_ornata_2, 58 Trachemys_scripta_elegans_1, 59 Trachemys_scripta_elegans_2, 60 Trachemys_s_scripta_1, 61 Trachemys_s_scripta_2, 62 Trachemys_stejnegeri_1, 63 Trachemys_stejnegeri_2, 64 Trachemys_taylori_1, 65 Trachemys_taylori_2, 66 Trachemys_taylori_3; TREE cyt_b = [&R] (1,2,(((3,(5,6)),4),(((((((7,9),10),8),(41,(42,43,45),44)),(((35,(36,(37,38,39))),((((58,(59,61)),60),(62,63)),(64,65,66))),40)),(((((11,12),13),(((((46,48),47),(50,51,52)),(49,(54,55))),(53,56,57))),((((16,18),17),(((19,21),20),22)),(((23,26),(24,25)),(27,28)))),((29,(30,31)),(32,33,34)))),(14,15)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb10358; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Chelonia_mydas, 2 Platysternon_megacephalum, 3 Heosemys_spinosa, 4 Psammobates_pardalis, 5 Mauremys_mutica_1, 6 Mauremys_mutica_3, 7 Chrysemys_picta_1, 8 Chrysemys_picta_2, 9 Chrysemys_picta_3, 10 Chrysemys_picta_4, 11 Clemmys_guttata_1, 12 Clemmys_guttata_2, 13 Clemmys_guttata_3, 14 Deirochelys_reticularia_1, 15 Deirochelys_reticularia_2, 16 Emys_blandingii_1, 17 Emys_blandingii_2, 18 Emys_blandingii_3, 19 Emys_marmorata_1, 20 Emys_marmorata_2, 21 Emys_marmorata_3, 22 Emys_marmorata_4, 23 Emys_orbicularis_1, 24 Emys_orbicularis_2, 25 Emys_orbicularis_3, 26 Emys_orbicularis_4, 27 Emys_trinacris_1, 28 Emys_trinacris_2, 29 Glyptemys_insculpta_1, 30 Glyptemys_insculpta_2, 31 Glyptemys_insculpta_3, 32 Glyptemys_muhlenbergii_1, 33 Glyptemys_muhlenbergii_2, 34 Glyptemys_muhlenbergii_3, 35 Graptemys_caglei_1, 36 Graptemys_caglei_2, 37 Graptemys_geographica_1, 38 Graptemys_geographica_2, 39 Graptemys_ouachatensis, 40 Graptemys_pseudogeographica_1, 41 Graptemys_pseudogeographica_2, 42 Graptemys_pseudogeographica_3, 43 Malaclemys_terrapin, 44 Pseudemys_concinna, 45 Pseudemys_concinna_floridana_1, 46 Pseudemys_concinna_floridana_2, 47 Pseudemys_nelsoni, 48 Pseudemys_peninsularis_1, 49 Pseudemys_peninsularis_2, 50 Terrapene_carolina_1, 51 Terrapene_carolina_2, 52 Terrapene_carolina_3, 53 Terrapene_carolina_4, 54 Terrapene_coahuila_1, 55 Terrapene_coahuila_2, 56 Terrapene_coahuila_3, 57 Terrapene_ornata_leuteola, 58 Terrapene_carolina_triunguis_1, 59 Terrapene_carolina_triunguis_2, 60 Terrapene_ornata_1, 61 Terrapene_ornata_2, 62 Trachemys_scripta_elegans_1, 63 Trachemys_scripta_elegans_2, 64 Trachemys_scripta_scripta_1, 65 Trachemys_scripta_scripta_2, 66 Trachemys_stejnegeri_1, 67 Trachemys_stejnegeri_2, 68 Trachemys_taylori_1, 69 Trachemys_taylori_2, 70 Trachemys_taylori_3; TREE nuDNA = [&R] (1,(2,(((((7,8),9),10),((14,15),(((((((35,36),42),(39,41)),(37,38)),40),(((44,47),((45,46),(48,49))),(66,67))),((43,((68,70),69)),(62,(63,(64,65))))))),((((11,13),12),((((16,(17,18)),(((23,26),(24,25)),(27,28))),((19,(20,21)),22)),(((50,51),((52,54,(55,56)),(53,58,59))),(57,(60,61))))),((29,30,31),(32,(33,34)))))),((3,(5,6)),4)); END;