#NEXUS

[!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file.


Generated on May 17, 2024; 18:51 GMT

TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Ivors K., Hayden K., Bonants P., Rizzo D., & Garbelotto M. 2004. AFLP and phylogenetic
analyses of North American and European populations of Phytophthora ramorum.
Molecular Ecology, null.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1129]

BEGIN TAXA;
        TITLE  one_of_1891_SMP_trees;
        DIMENSIONS NTAX=71;
        TAXLABELS
            Peronospora_sparsa
            Phytophthora_arecae
            Phytophthora_botryosa
            Phytophthora_brassicae
            Phytophthora_cactorum_IMI296524
            Phytophthora_cactorum_P25
            Phytophthora_cajani
            Phytophthora_cambivora
            Phytophthora_capsici
            Phytophthora_cinnamomi_P2444_A2
            Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1
            Phytophthora_citricola
            Phytophthora_citrophthora
            Phytophthora_clandestina
            Phytophthora_colocasiae
            Phytophthora_cryptogea
            Phytophthora_drechsleri
            Phytophthora_erythroseptica
            Phytophthora_europaea
            Phytophthora_fragariae_fragariae
            Phytophthora_fragariae_rubi
            Phytophthora_gonapodyides_393
            Phytophthora_gonapodyides_P245
            Phytophthora_heveae
            Phytophthora_hibernalis_379
            Phytophthora_hibernalis_380
            Phytophthora_humicola
            Phytophthora_idaei
            Phytophthora_ilicis
            Phytophthora_infestans
            Phytophthora_inflata
            Phytophthora_inundata
            Phytophthora_iranica
            Phytophthora_katsurae
            Phytophthora_lateralis_PL27
            Phytophthora_lateralis_PL33
            Phytophthora_medicaginis
            Phytophthora_megakarya
            Phytophthora_megasperma_309
            Phytophthora_megasperma_IMI133317
            Phytophthora_melonis
            Phytophthora_mirabilis_CBS678.85
            Phytophthora_multivesiculata_CBS545.96
            Phytophthora_nemorosa
            Phytophthora_nicotianae
            Phytophthora_palmivora
            Phytophthora_phaseoli
            Phytophthora_pistaciae
            Phytophthora_primulae
            Phytophthora_pseudosyringa
            Phytophthora_pseudotsugae
            Phytophthora_psychrophila
            Phytophthora_quercina_IFBQUE4
            Phytophthora_quercina_QUE7
            Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany
            Phytophthora_ramorum_Pr102_US
            Phytophthora_sinensis
            Phytophthora_sojae
            Phytophthora_sp._Apple_Cherry_P462
            Phytophthora_sp._asparagus_UQ2141
            Phytophthora_syringae
            Phytophthora_taxon_Forestsoil_P1054
            Phytophthora_taxon_Oaksoil_P1055
            Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_P510
            Phytophthora_taxon_Raspberry_P896
            Phytophthora_taxon_Salixsoil_P878
            Phytophthora_taxon_Walnut_P532
            Phytophthora_tentaculata
            Phytophthora_trifolii
            Phytophthora_uliginosa
            Phytophthora_vignae
            ;
END;

BEGIN TREES;
      TITLE Tb6808;
      LINK TAXA = one_of_1891_SMP_trees;
      TREE Fig._2 = [&R] (Phytophthora_cambivora,((Phytophthora_fragariae_rubi,Phytophthora_fragariae_fragariae),(Phytophthora_europaea,(Phytophthora_uliginosa,((Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1,Phytophthora_cinnamomi_P2444_A2),(((((Phytophthora_cajani,Phytophthora_vignae),(Phytophthora_melonis,Phytophthora_sinensis)),Phytophthora_pistaciae),Phytophthora_sojae),((((Phytophthora_quercina_QUE7,Phytophthora_quercina_IFBQUE4),((((Phytophthora_multivesiculata_CBS545.96,(((Phytophthora_botryosa,Phytophthora_colocasiae),Phytophthora_citrophthora),(Phytophthora_capsici,(Phytophthora_citricola,Phytophthora_inflata)))),(((Phytophthora_palmivora,Phytophthora_arecae),Phytophthora_megakarya),Peronospora_sparsa)),((Phytophthora_heveae,Phytophthora_katsurae),((Phytophthora_cactorum_IMI296524,(Phytophthora_cactorum_P25,(Phytophthora_idaei,Phytophthora_pseudotsugae))),(((Phytophthora_tentaculata,(Phytophthora_iranica,Phytophthora_clandestina)),Phytophthora_nicotianae),((Phytophthora_mirabilis_CBS678.85,Phytophthora_infestans),Phytophthora_phaseoli))))),(Phytophthora_psychrophila,(Phytophthora_ilicis,Phytophthora_nemorosa,Phytophthora_pseudosyringa)))),(Phytophthora_sp._asparagus_UQ2141,(((((Phytophthora_inundata,Phytophthora_humicola),Phytophthora_taxon_Forestsoil_P1054),(Phytophthora_gonapodyides_P245,(Phytophthora_gonapodyides_393,(Phytophthora_megasperma_IMI133317,Phytophthora_megasperma_309)))),Phytophthora_taxon_Raspberry_P896),(((Phytophthora_taxon_Walnut_P532,Phytophthora_sp._Apple_Cherry_P462),Phytophthora_taxon_Salixsoil_P878),(Phytophthora_taxon_Oaksoil_P1055,Phytophthora_taxon_Pgchlamydo_P510))))),((((((Phytophthora_cryptogea,Phytophthora_erythroseptica),Phytophthora_drechsleri),(Phytophthora_medicaginis,Phytophthora_trifolii)),(Phytophthora_brassicae,Phytophthora_primulae)),Phytophthora_syringae),((Phytophthora_hibernalis_379,Phytophthora_hibernalis_380),((Phytophthora_lateralis_PL27,Phytophthora_lateralis_PL33),(Phytophthora_ramorum_Pr102_US,Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany)))))))))));
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1753]


END;