#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 13:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Van der linde K., Houle D., Spicer G.S., & Steppan S. 2010. A supermatrix-based molecular phylogeny of the family Drosophilidae. Genetics Research, 92(01): 25-38. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10691] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=180; TAXLABELS Ceratitis_capitata Chymomyza_amoena Chymomyza_procnemis Dettopsomyia_nigrovittata Discocerina_obscurella Drosophila_acanthoptera Drosophila_acutilabella Drosophila_adiastola Drosophila_aff._florae Drosophila_affinis Drosophila_albomicans Drosophila_algonquin Drosophila_americana_americana Drosophila_americana_texana Drosophila_ananassae Drosophila_aracataca Drosophila_arawakana Drosophila_auraria Drosophila_azteca Drosophila_biarmipes Drosophila_biauraria Drosophila_bifasciata Drosophila_bipectinata Drosophila_birchii Drosophila_biseriata Drosophila_bizonata Drosophila_bromeliae Drosophila_busckii Drosophila_buzzatii Drosophila_camargoi Drosophila_canalinea Drosophila_cardini Drosophila_caribiana Drosophila_crucigera Drosophila_curviceps Drosophila_elegans Drosophila_ellisoni Drosophila_emarginata Drosophila_equinoxialis Drosophila_ercepeae Drosophila_erecta Drosophila_eugracilis Drosophila_euronotus Drosophila_eurypeza Drosophila_ezoana Drosophila_falleni Drosophila_ficusphila Drosophila_flavohirta Drosophila_flexa Drosophila_funebris Drosophila_fuyamai Drosophila_gaucha Drosophila_greeni Drosophila_grimshawi Drosophila_guanche Drosophila_guaru Drosophila_guttifera Drosophila_gymnobasis Drosophila_hamatofila Drosophila_histrio Drosophila_hubeiensis Drosophila_hydei Drosophila_hypocausta Drosophila_iki Drosophila_immigrans Drosophila_kikkawai Drosophila_lacertosa Drosophila_lini Drosophila_lucipennis Drosophila_lutescens Drosophila_macroptera Drosophila_macrospina Drosophila_maculifrons Drosophila_malerkotliana_malerkotliana Drosophila_malerkotliana_pallens Drosophila_mauritiana Drosophila_mediodiffusa Drosophila_mediostriata Drosophila_melanica Drosophila_melanogaster Drosophila_mercatorum Drosophila_metzii Drosophila_micromelanica Drosophila_mimetica Drosophila_mimica Drosophila_mojavensis Drosophila_montana Drosophila_mulleri Drosophila_nannoptera Drosophila_nasuta Drosophila_nebulosa Drosophila_neocordata Drosophila_neokadai Drosophila_neorepleta Drosophila_neotestacea Drosophila_nigromelanica Drosophila_nikananu Drosophila_obscura Drosophila_occidentalis Drosophila_ornatifrons Drosophila_ornatipennis Drosophila_pallidipennis Drosophila_pallidosa Drosophila_paramelanica Drosophila_paulistorum Drosophila_pavani Drosophila_peninsularis Drosophila_persimilis Drosophila_phaeopleura Drosophila_phalerata Drosophila_pinicola Drosophila_pseudoobscura_bogotana Drosophila_pseudoobscura_pseudoobscura Drosophila_putrida Drosophila_quadrisetata Drosophila_recens Drosophila_repleta Drosophila_repletoides Drosophila_robusta Drosophila_ruberrima Drosophila_rubrifrons Drosophila_rufa Drosophila_saltans Drosophila_santomea Drosophila_sechellia Drosophila_seguyi Drosophila_serrata Drosophila_siamana Drosophila_silvestris Drosophila_simulans Drosophila_soonae Drosophila_stalkeri Drosophila_straubae Drosophila_sturtevanti Drosophila_subobscura Drosophila_sulfurigaster_albostrigata Drosophila_sulfurigaster_bilimbata Drosophila_sulfurigaster_sulfurigaster Drosophila_takahashii Drosophila_tanythrix Drosophila_teissieri Drosophila_testacea Drosophila_tripunctata Drosophila_tsacasi Drosophila_unipunctata Drosophila_varians Drosophila_virilis Drosophila_willistoni Drosophila_yakuba Ephydra_riparia Hirtodrosophila_duncani Hirtodrosophila_pictiventris Hirtodrosophila_spec. Hirtodrosophila_thoracis Leucophenga_varia Liodrosophila_aerea Mycodrosophila_claytonae Mycodrosophila_dimidiata Mycodrosophila_spec. Neogriphoneura_sordida Phortica_picta Rhinoleucophenga_bivisualis Rhinoleucophenga_obesa Scaptodrosophila_deflexa Scaptodrosophila_dorsocentralis Scaptodrosophila_galloi Scaptodrosophila_latifasciaeformis Scaptodrosophila_lebanonensis_casteeli Scaptodrosophila_lebanonensis_lebanonensis Scaptodrosophila_stonei Scaptomyza_adusta Scaptomyza_albovittata Scaptomyza_crassifemur Scaptomyza_palmae Zaprionus_ghesquierei Zaprionus_indianus Zaprionus_inermis Zaprionus_sepsoides Zaprionus_spec. Zaprionus_tuberculatus ; END; BEGIN TREES; TITLE 'published_Fig_3_ML TB'; LINK TAXA = Taxa; TREE Fig._3 = [&R] ((((((((((((((((((((Drosophila_ornatifrons,Drosophila_guaru),Drosophila_mediostriata),(Drosophila_unipunctata,Drosophila_mediodiffusa)),(Drosophila_cardini,(Drosophila_acutilabella,(Drosophila_arawakana,Drosophila_caribiana)))),((((Drosophila_ornatipennis,Drosophila_pallidipennis),Drosophila_metzii),Drosophila_maculifrons),(Drosophila_histrio,(Drosophila_macroptera,Drosophila_rubrifrons)))),Drosophila_macrospina),((Drosophila_phalerata,Drosophila_falleni),((Drosophila_occidentalis,Drosophila_recens),Drosophila_guttifera))),((Drosophila_bizonata,(Drosophila_neotestacea,Drosophila_testacea)),Drosophila_putrida)),Drosophila_tripunctata),(Drosophila_funebris,Drosophila_pinicola)),(((((((Drosophila_sulfurigaster_sulfurigaster,Drosophila_sulfurigaster_bilimbata),(Drosophila_nasuta,Drosophila_albomicans)),Drosophila_sulfurigaster_albostrigata),Drosophila_curviceps),(Drosophila_siamana,Drosophila_hypocausta)),Drosophila_ruberrima),Drosophila_immigrans)),(((Zaprionus_spec.,(((Zaprionus_inermis,(Zaprionus_sepsoides,Zaprionus_tuberculatus)),Zaprionus_indianus),Zaprionus_ghesquierei)),Drosophila_repletoides),Liodrosophila_aerea)),((((Hirtodrosophila_spec.,Hirtodrosophila_pictiventris),Hirtodrosophila_thoracis),Mycodrosophila_spec.),(Mycodrosophila_claytonae,Mycodrosophila_dimidiata))),(((((((((((((((Drosophila_mojavensis,Drosophila_straubae),Drosophila_mulleri),(Drosophila_stalkeri,Drosophila_buzzatii)),Drosophila_hamatofila),(Drosophila_mercatorum,(Drosophila_peninsularis,(Drosophila_neorepleta,Drosophila_repleta)))),Drosophila_hydei),Drosophila_ellisoni),(Drosophila_gaucha,Drosophila_pavani)),Drosophila_canalinea),((Drosophila_aff._florae,Drosophila_bromeliae),(Drosophila_acanthoptera,Drosophila_nannoptera))),Drosophila_flexa),(Drosophila_camargoi,Drosophila_aracataca)),((Drosophila_virilis,(Drosophila_americana_americana,Drosophila_americana_texana)),(Drosophila_montana,Drosophila_ezoana))),((((Drosophila_paramelanica,Drosophila_euronotus),Drosophila_melanica),(Drosophila_nigromelanica,Drosophila_micromelanica)),(((Drosophila_neokadai,Drosophila_quadrisetata),Drosophila_lacertosa),Drosophila_robusta))),(((((((Drosophila_mimica,Drosophila_soonae),Drosophila_iki),Drosophila_tanythrix),Drosophila_adiastola),(((Drosophila_crucigera,Drosophila_grimshawi),Drosophila_gymnobasis),Drosophila_silvestris)),(Drosophila_eurypeza,Drosophila_biseriata)),(((Scaptomyza_crassifemur,Scaptomyza_albovittata),Scaptomyza_palmae),Scaptomyza_adusta)))),Dettopsomyia_nigrovittata),Drosophila_busckii),(((((((((Drosophila_erecta,(Drosophila_teissieri,(Drosophila_santomea,Drosophila_yakuba))),((Drosophila_mauritiana,(Drosophila_simulans,Drosophila_sechellia)),Drosophila_melanogaster)),((Drosophila_flavohirta,(((Drosophila_lutescens,Drosophila_takahashii),Drosophila_mimetica),Drosophila_biarmipes)),Drosophila_eugracilis)),Drosophila_ficusphila),(Drosophila_lucipennis,(Drosophila_fuyamai,Drosophila_elegans))),((((((Drosophila_auraria,Drosophila_biauraria),Drosophila_rufa),((Drosophila_greeni,Drosophila_seguyi),(Drosophila_nikananu,Drosophila_tsacasi))),(Drosophila_kikkawai,Drosophila_lini)),Drosophila_serrata),Drosophila_birchii)),(((((Drosophila_ananassae,Drosophila_pallidosa),Drosophila_phaeopleura),((Drosophila_malerkotliana_malerkotliana,Drosophila_bipectinata),Drosophila_malerkotliana_pallens)),Drosophila_ercepeae),Drosophila_varians)),(((((Drosophila_persimilis,Drosophila_pseudoobscura_bogotana),Drosophila_pseudoobscura_pseudoobscura),((Drosophila_algonquin,Drosophila_affinis),Drosophila_azteca)),((Drosophila_obscura,Drosophila_hubeiensis),Drosophila_bifasciata)),(Drosophila_guanche,Drosophila_subobscura))),(((Drosophila_nebulosa,(Drosophila_willistoni,(Drosophila_paulistorum,Drosophila_equinoxialis))),(Drosophila_saltans,(Drosophila_sturtevanti,(Drosophila_emarginata,Drosophila_neocordata)))),Hirtodrosophila_duncani))),(((((Scaptodrosophila_lebanonensis_lebanonensis,Scaptodrosophila_lebanonensis_casteeli),Scaptodrosophila_galloi),Scaptodrosophila_stonei),Scaptodrosophila_deflexa),(Chymomyza_procnemis,Chymomyza_amoena))),(Scaptodrosophila_dorsocentralis,Scaptodrosophila_latifasciaeformis)),(((Rhinoleucophenga_bivisualis,Rhinoleucophenga_obesa),Phortica_picta),Leucophenga_varia)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr20084] END;