#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 30, 2024; 5:24 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Nagalingum N.S., Marshall C., Quental T., Rai H., Little D., & Mathews S. 2011. Recent global radiation of living fossils. Science, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11891] BEGIN TAXA; TITLE Untitled_Taxa_Block; DIMENSIONS NTAX=206; TAXLABELS Abies_firma Araucaria_heterophylla Bowenia_serrulata Ceratozamia_decumbens Ceratozamia_fuscoviridis Ceratozamia_huastecorum Ceratozamia_latifolia Ceratozamia_mexicana Ceratozamia_microstrobila Ceratozamia_miqueliana Ceratozamia_mirandae Ceratozamia_mixeorum Ceratozamia_morettii Ceratozamia_sabatoi Ceratozamia_whitelockiana Ceratozamia_zaragozae Chigua_bernalii Cryptomeria_japonica Cycas_aculeata Cycas_apoa Cycas_armstrongii Cycas_basaltica Cycas_beddomei Cycas_bougainvilleana Cycas_brachycantha Cycas_cairnsiana Cycas_calcicola Cycas_chamaoensis Cycas_chamberlainii Cycas_chevalieri Cycas_circinalis Cycas_clivicola Cycas_collina Cycas_condaoensis Cycas_couttsiana Cycas_debaoensis Cycas_diannanensis Cycas_dolichophylla Cycas_edentata Cycas_elongata Cycas_ferruginea Cycas_fugax Cycas_guizhouensis Cycas_hainanensis Cycas_hongheensis Cycas_lindstromii Cycas_litoralis Cycas_maconochiei Cycas_macrocarpa Cycas_media_ensata Cycas_media_media Cycas_micholitzii Cycas_micronesica Cycas_miquelii Cycas_multipinnata Cycas_nongnoochiae Cycas_ophiolitica Cycas_panzhihuaensis Cycas_pectinata_A Cycas_pectinata_B Cycas_petraea Cycas_platyphylla Cycas_revoluta Cycas_riuminiana Cycas_rumphii Cycas_schumanniana Cycas_seemanii Cycas_segmentifida Cycas_semota Cycas_sexseminifera Cycas_siamensis Cycas_simplicipinna Cycas_sphaerica Cycas_szechuanensis Cycas_taitungensis Cycas_tanqingii Cycas_tansachana Cycas_thouarsii Cycas_tropophylla Cycas_xipholepis Cycas_yorkiana Cycas_zeylanica Dioon_edule Dioon_merolae Dioon_purpusii Dioon_spinulosum Dioon_tomasellii Encephalartos_aemulans Encephalartos_altensteinii Encephalartos_aplanatus Encephalartos_arenarius Encephalartos_barteri Encephalartos_bubalinus Encephalartos_caffer Encephalartos_cerinus Encephalartos_concinnus Encephalartos_cupidus Encephalartos_cycadifolius Encephalartos_dolomiticus Encephalartos_dyerianus 'Encephalartos eugene-maraisii' Encephalartos_ferox 'Encephalartos friderici-guilielmi' Encephalartos_ghellinckii Encephalartos_gratus Encephalartos_hildebrandtii Encephalartos_horridus Encephalartos_humilis Encephalartos_inopinus Encephalartos_ituriensis Encephalartos_kisambo Encephalartos_laevifolius Encephalartos_lanatus Encephalartos_laurentianus Encephalartos_lebomboensis Encephalartos_lehmannii Encephalartos_longifolius Encephalartos_macrostrobilus Encephalartos_manikensis Encephalartos_middleburgensis Encephalartos_msinganus Encephalartos_munchii Encephalartos_natalensis Encephalartos_ngoyanus Encephalartos_nubimontanus Encephalartos_paucidentatus Encephalartos_princeps Encephalartos_pterogonus Encephalartos_schaijesii Encephalartos_schmitzii Encephalartos_sclavoi Encephalartos_senticosus Encephalartos_septentrionalis Encephalartos_tegulaneus Encephalartos_transvenosus Encephalartos_trispinosus Encephalartos_turneri Encephalartos_villosus Encephalartos_whitelockii Encephalartos_woodii Ginkgo_biloba Lepidozamia_hopei Lepidozamia_peroffskyana Macrozamia_crassifolia Macrozamia_diplomera Macrozamia_douglasii Macrozamia_dyeri Macrozamia_elegans Macrozamia_flexuosa Macrozamia_fraseri Macrozamia_glaucophylla Macrozamia_johnsonii Macrozamia_lomandroides Macrozamia_lucida Macrozamia_macdonnellii Macrozamia_miquelii Macrozamia_montana Macrozamia_moorei Macrozamia_mountperriensis 'Macrozamia pauli-guilielmi' Macrozamia_platyrhachis Macrozamia_plurinervia Macrozamia_polymorpha Macrozamia_reducta Macrozamia_riedlei Macrozamia_serpentina Macrozamia_spiralis Macrozamia_stenomera Microcycas_calocoma Pinus_strobus Pseudotsuga_menziesii Stangeria_eriopus Zamia_acuminata Zamia_amblyphyllidia Zamia_angustifolia Zamia_chigua Zamia_dressleri Zamia_elegantissima Zamia_fairchildiana Zamia_furfuracea_A Zamia_furfuracea_B Zamia_hymenophyllidia Zamia_integrifolia Zamia_ipetiensis Zamia_katzeriana Zamia_kickxii Zamia_lacandona Zamia_lawsoniana Zamia_lecointei Zamia_loddigesii Zamia_manicata Zamia_muricata Zamia_neurophyllidia Zamia_obliqua Zamia_paucijuga Zamia_picta Zamia_poeppigiana Zamia_portoricensis Zamia_pseudomonticola Zamia_pumila Zamia_purpurea Zamia_pygmaea Zamia_skinneri Zamia_spartea Zamia_standleyi Zamia_variegata ; END; BEGIN TREES; TITLE Phytochrome_P_phylogram_from_RaxML; LINK TAXA = Untitled_Taxa_Block; TREE RAxML_bestTree_raxml1 = [&R] ((((Cryptomeria_japonica:0.12339882417120213,Araucaria_heterophylla:0.15318431568521815):0.04505579582058126,(Pinus_strobus:0.04289078093991123,(Pseudotsuga_menziesii:0.024667583212123895,Abies_firma:0.03504794132644248):0.002537337952010188):0.09588631626012616):0.03478471844840639,((Cycas_chamaoensis:6.070526438641306E-4,(Cycas_pectinata_A:0.002825428287680212,(((Cycas_clivicola:0.0011275633576255295,Cycas_siamensis:5.638968560722766E-4):5.630782035715173E-4,Cycas_lindstromii:0.003968320381766965):1.76450603265231E-6,((Cycas_panzhihuaensis:0.006823836578466332,(Cycas_pectinata_B:0.0028295657198059944,((Cycas_tansachana:0.0016948857889343813,(Cycas_elongata:0.0028215487639104736,Cycas_condaoensis:0.0016923479311802194):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,Cycas_nongnoochiae:0.0016908258729423605):0.0011320776425195027):5.595784655329092E-4):1.76450603265231E-6,((((Cycas_szechuanensis:0.0016943673330342825,(Cycas_taitungensis:1.76450603265231E-6,Cycas_revoluta:0.0011277644943716435):0.0016985159274320056):5.617989823157447E-4,(Cycas_ferruginea:0.0028312123998770556,(Cycas_fugax:0.003961914640957658,(((((Cycas_debaoensis:5.726413814875444E-4,Cycas_multipinnata:0.0016929209888373801):1.76450603265231E-6,(Cycas_diannanensis:0.0022567712786139785,Cycas_guizhouensis:0.0022591328044234793):1.76450603265231E-6):5.63544842588527E-4,((((Cycas_miquelii:0.00169773085403425,Cycas_sexseminifera:0.001696400747967923):5.608228504938298E-4,Cycas_dolichophylla:0.0028303336598316142):1.76450603265231E-6,(Cycas_aculeata:0.0017266154696477564,Cycas_chevalieri:0.0033893043445518893):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,((Cycas_tanqingii:0.0011265030049825394,Cycas_brachycantha:0.004525460654104191):1.76450603265231E-6,((Cycas_collina:5.646105127533076E-4,Cycas_simplicipinna:0.0022584358527653046):5.62281320124907E-4,Cycas_tropophylla:0.002256659882992164):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):0.0011277127218314346,(Cycas_micholitzii:0.003998211238361141,Cycas_segmentifida:0.004555651561058527):5.33685281228492E-4):5.642498205526194E-4,Cycas_hainanensis:0.002261025324863524):1.76450603265231E-6):5.630159651982146E-4):5.636771549528357E-4):1.76450603265231E-6,Cycas_petraea:0.002826740173273927):5.637266785279094E-4,(Cycas_hongheensis:0.0011271703975539481,(Cycas_macrocarpa:0.0016943904177911702,(Cycas_litoralis:5.635569189767148E-4,(((Cycas_micronesica:1.76450603265231E-6,Cycas_zeylanica:1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,(((Cycas_chamberlainii:1.76450603265231E-6,Cycas_riuminiana:0.0011278506191632041):0.0016934418380388039,(Cycas_edentata:5.622149453614605E-4,Cycas_bougainvilleana:0.002826602343987267):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,((((Cycas_calcicola:0.002261184149769938,Cycas_schumanniana:0.0011277382430283386):1.76450603265231E-6,((((Cycas_couttsiana:0.0011283819320914799,Cycas_cairnsiana:0.00226079134196105):1.76450603265231E-6,(Cycas_semota:5.637943682520595E-4,Cycas_platyphylla:5.638407685791057E-4):1.76450603265231E-6):5.648463187870096E-4,(Cycas_ophiolitica:0.0011282075002049057,((Cycas_yorkiana:5.637993316139832E-4,Cycas_media_ensata:0.0017016346066114653):1.76450603265231E-6,Cycas_basaltica:0.0011290186637447712):1.76450603265231E-6):5.64246649961828E-4):5.63271586214011E-4,Cycas_media_media:0.0016939303667076833):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,(Cycas_apoa:5.635441049095642E-4,Cycas_armstrongii:0.0011298152914639987):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,(Cycas_maconochiei:0.0011271703377491935,Cycas_xipholepis:1.76450603265231E-6):5.637285822070356E-4):5.638293560289752E-4):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,((Cycas_rumphii:0.0011278459251362024,Cycas_thouarsii:0.001128524793016232):1.76450603265231E-6,((Cycas_sphaerica:0.001128621667624119,(Cycas_beddomei:0.0028320671564018374,Cycas_circinalis:0.001128210551751336):1.76450603265231E-6):0.001128951798223845,Cycas_seemanii:0.0016932721436414343):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):5.645360516899476E-4):0.0011276907755815712):1.76450603265231E-6):5.633472490178694E-4):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):0.001087350359852466):0.0659087888833278,(((Lepidozamia_hopei:0.004618708932442535,Lepidozamia_peroffskyana:0.0022481036483455153):0.006979236566784035,((Encephalartos_lanatus:0.0016832896085734264,((Encephalartos_dyerianus:0.0016877135340728814,Encephalartos_cycadifolius:0.0011208805735740733):0.0011241820749090118,((((Encephalartos_transvenosus:0.0016805478668686605,((((Encephalartos_lebomboensis:0.0011416789633101607,(Encephalartos_middleburgensis:0.0022496894261386314,Encephalartos_cupidus:0.0011246197952601929):5.530554006350694E-4):1.76450603265231E-6,((Encephalartos_lehmannii:0.0028618399751198626,((Encephalartos_horridus:0.0034373579808040493,Encephalartos_trispinosus:0.0017139010974720338):1.76450603265231E-6,Encephalartos_arenarius:0.0011423037069078206):1.76450603265231E-6):5.700450376340805E-4,Encephalartos_aemulans:5.731841181422913E-4):0.0011443927623580434):1.76450603265231E-6,((Encephalartos_cerinus:0.0011495992149934918,Encephalartos_princeps:0.0033749945048643965):5.546895620233863E-4,Encephalartos_senticosus:5.594661715022886E-4):1.76450603265231E-6):5.594850735164701E-4,(Encephalartos_turneri:0.0017136898707570808,((((((Encephalartos_laurentianus:0.0034336056304849895,(Encephalartos_ferox:0.0022858077781284666,Encephalartos_gratus:0.003433334181491267):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,((Encephalartos_schmitzii:5.60008900281528E-4,((Encephalartos_bubalinus:1.76450603265231E-6,Encephalartos_msinganus:0.0022865637342404143):1.76450603265231E-6,((Encephalartos_barteri:0.001679447834424541,(Encephalartos_septentrionalis:0.0011194367330142345,Encephalartos_macrostrobilus:1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):5.593466926379151E-4,Encephalartos_schaijesii:5.593628867026346E-4):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):5.59447212855227E-4,((Encephalartos_hildebrandtii:0.002286454454886505,Encephalartos_tegulaneus:0.0022450101994754054):1.76450603265231E-6,(Encephalartos_kisambo:5.589501352533165E-4,Encephalartos_sclavoi:0.0011214838167140405):5.609339927020001E-4):5.598372415414058E-4):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,(Encephalartos_ituriensis:0.0011206075561077335,Encephalartos_whitelockii:0.0011435050883894246):5.601054335394852E-4):5.595591291938214E-4,(Encephalartos_dolomiticus:5.60093102619603E-4,(Encephalartos_nubimontanus:1.76450603265231E-6,'Encephalartos eugene-maraisii':1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):0.0016840332802855506):1.76450603265231E-6,(Encephalartos_pterogonus:0.0016855415503960792,(Encephalartos_concinnus:5.707362723029002E-4,(Encephalartos_manikensis:0.0017146769883870237,Encephalartos_munchii:0.0016811103970453027):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):5.603314064749251E-4):5.560062416345409E-4,Encephalartos_paucidentatus:0.0034384828434639017):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):5.598871243264334E-4,((Encephalartos_longifolius:0.002288154758952367,(Encephalartos_ngoyanus:0.0022575985184703847,Encephalartos_caffer:0.00394978143427232):0.001115106465365231):1.76450603265231E-6,Encephalartos_woodii:0.003372862990838005):5.603426156687093E-4):1.76450603265231E-6,((Encephalartos_villosus:0.001142780501554042,Encephalartos_aplanatus:5.630457109143606E-4):0.0011259862934239163,(Encephalartos_altensteinii:1.76450603265231E-6,Encephalartos_natalensis:1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,Encephalartos_inopinus:0.004496826279447003):5.591594056038564E-4):5.618833247568995E-4):1.76450603265231E-6,(('Encephalartos friderici-guilielmi':5.619754128995395E-4,Encephalartos_ghellinckii:0.001718364263114372):5.64696209986239E-4,(Encephalartos_laevifolius:0.0016809276323015193,Encephalartos_humilis:1.76450603265231E-6):0.0022467467634054296):5.57558665659931E-4):0.006152698886956464):0.001807297216981788,((((Macrozamia_lucida:5.59490161737675E-4,(((((Macrozamia_crassifolia:0.0028054461660946264,Macrozamia_glaucophylla:5.604862615541504E-4):1.76450603265231E-6,((('Macrozamia pauli-guilielmi':5.595220943976322E-4,Macrozamia_dyeri:0.0016823961232939229):1.76450603265231E-6,(Macrozamia_polymorpha:0.002247054453088924,Macrozamia_diplomera:5.595139694849751E-4):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,Macrozamia_platyrhachis:1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):0.0011220383844213974,(Macrozamia_montana:0.0011215953582244414,Macrozamia_reducta:0.001684239425787072):5.580382338566358E-4):1.76450603265231E-6,(Macrozamia_riedlei:1.76450603265231E-6,((Macrozamia_serpentina:5.596737569900026E-4,Macrozamia_johnsonii:0.0022427629416935132):1.76450603265231E-6,(Macrozamia_miquelii:0.0011199205339204837,Macrozamia_mountperriensis:0.002243063331075817):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):5.596724400287E-4):1.76450603265231E-6,(Macrozamia_moorei:5.595687802069044E-4,Macrozamia_douglasii:5.595080748386065E-4):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):5.59593722957576E-4,((Macrozamia_spiralis:5.71611502974862E-4,(Macrozamia_flexuosa:0.0016803260028593879,(Macrozamia_stenomera:0.0011197819885241937,((Macrozamia_lomandroides:1.76450603265231E-6,Macrozamia_macdonnellii:0.0011183772395191125):0.0028051478640480822,Macrozamia_plurinervia:5.596324516813379E-4):5.597330116641671E-4):1.76450603265231E-6):5.595900079194683E-4):5.60465083914097E-4,Macrozamia_elegans:0.00168192549813575):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,Macrozamia_fraseri:0.0016813337057132202):0.0095464510972468,(((((((Zamia_angustifolia:5.529575888331065E-4,(Zamia_pygmaea:1.76450603265231E-6,(Zamia_integrifolia:5.631104528288507E-4,(Zamia_portoricensis:0.0016598733045203897,(Zamia_kickxii:1.76450603265231E-6,(Zamia_pumila:0.0011067724481982528,Zamia_amblyphyllidia:5.526314526082889E-4):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):0.0011067490889646264):5.538479003546188E-4):1.76450603265231E-6):0.001661606087148723,(((Zamia_standleyi:0.004452143636800831,(Zamia_paucijuga:0.0016631607384246122,((Zamia_variegata:5.540721564964769E-4,Zamia_picta:5.5316663131786E-4):5.531571371337502E-4,(Zamia_katzeriana:1.76450603265231E-6,(Zamia_furfuracea_B:0.0011066795740786405,((Zamia_spartea:0.001664441233932175,Zamia_loddigesii:0.001108095174533124):5.538252086136072E-4,(Zamia_furfuracea_A:0.0016604290571288172,Zamia_lawsoniana:1.76450603265231E-6):5.53402154573885E-4):5.529550421281897E-4):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):0.0011108150690405433):0.0011047630046363839):5.548717030418079E-4,(Zamia_lacandona:1.76450603265231E-6,Zamia_purpurea:5.534175039283973E-4):0.0033351130319779787):1.76450603265231E-6,((((((Zamia_muricata:0.0011120717810572302,Zamia_lecointei:0.0027810447026216847):5.492770113112719E-4,Zamia_neurophyllidia:0.0016609573222396868):1.76450603265231E-6,(Zamia_skinneri:0.0011071867538925083,(Zamia_ipetiensis:0.0038879536155841774,((Zamia_manicata:5.529225262193564E-4,Chigua_bernalii:5.526653818041152E-4):5.54142873863649E-4,Zamia_poeppigiana:0.002216679966740313):1.76450603265231E-6):5.52851184569355E-4):1.76450603265231E-6):5.528954756781155E-4,Zamia_elegantissima:0.0033288898830338923):1.76450603265231E-6,(Zamia_chigua:0.0016611160028457022,(Zamia_dressleri:0.003886750141426401,Zamia_obliqua:0.003330215803687761):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6):1.76450603265231E-6,((Zamia_pseudomonticola:5.527005774605342E-4,Zamia_fairchildiana:5.545988314810437E-4):0.0013494221161648146,Zamia_acuminata:0.003173004194298426):0.002151912607723863):5.529013604320432E-4):1.76450603265231E-6):4.541504954994013E-4,Zamia_hymenophyllidia:0.005693558331105106):0.019003305230341588,Microcycas_calocoma:0.02961870699268345):0.03283858768682476,(Stangeria_eriopus:0.05090957528949507,(Ceratozamia_mixeorum:0.005215681325363932,((Ceratozamia_mirandae:0.0011003280801097507,(Ceratozamia_whitelockiana:0.0022050643497187714,Ceratozamia_miqueliana:0.0011204494688816888):5.527386368323537E-4):0.0010998866006533214,((Ceratozamia_decumbens:0.0033175934999473684,Ceratozamia_morettii:0.00165447299692382):0.0011042137315343701,((Ceratozamia_fuscoviridis:0.001093705053629031,(Ceratozamia_huastecorum:0.004362845233745515,((Ceratozamia_latifolia:0.002758423698475972,Ceratozamia_mexicana:0.0022077280476019796):1.76450603265231E-6,Ceratozamia_sabatoi:0.0039368046526150665):0.0011562550167627823):5.519988675241275E-4):6.10014747036575E-4,(Ceratozamia_zaragozae:0.0016539568603404998,Ceratozamia_microstrobila:0.003878315017696199):0.0016568529849962474):5.44868704504655E-4):0.0016588172428460394):3.2065216083350834E-4):0.11793762397261445):0.0347743961319327):0.025616704884516603,Bowenia_serrulata:0.03553792120324037):0.0186862086760518,(Dioon_spinulosum:0.003416824986934135,(Dioon_edule:0.002265197439223004,((Dioon_purpusii:0.002253325993475221,Dioon_merolae:0.001126179395650686):0.0011220205051260662,Dioon_tomasellii:0.0016927509401640046):0.002250064403381306):0.0022475151087260896):0.029945480753989277):0.014901779504943381):9.245232507023376E-4):0.08366409954525757):0.06327671387436398):0.04181812719198888,Ginkgo_biloba:0.04181812719198888); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr48612] END;