#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 11, 2024; 18:07 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Chan L.M., Goodman S.M., Nowak M.D., Weisrock D., & Yoder A.D. 2011. Increased population sampling confirms low genetic divergence among Pteropus (Chiroptera: Pteropodidae) fruit bats of Madagascar and other western Indian Ocean islands. PLoS Currents: Tree of Life, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12080] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=109; TAXLABELS Acerodon_celebensis_GQ410231 Cynopterus_brachyotis_AB046321 Eonycteris_spelaea_AB062476 Epomophorus_wahlbergi_DQ445706 Ptenochirus_jagori_AB046325 Pteralopex_acrodonta_EBU9655 Pteropus_aldabrensis_FJ561394 Pteropus_conspicillatus_FJ561378 Pteropus_conspicillatus_FJ561379 Pteropus_conspicillatus_FJ561380 Pteropus_dasymallus_AB042770 Pteropus_giganteus_FJ561381 Pteropus_giganteus_Obrien_et_al._1711 Pteropus_giganteus_gig01 Pteropus_hypomelanus_FJ561382 Pteropus_hypomelanus_FJ561383 Pteropus_hypomelanus_hyp01 Pteropus_livingstonii_liv01 Pteropus_livingstonii_liv02 Pteropus_livingstonii_liv03 Pteropus_livingstonii_liv04 Pteropus_livingstonii_liv05 Pteropus_livingstonii_liv06 Pteropus_niger_FJ561385 Pteropus_niger_Obrien_et_al._nig3 Pteropus_niger_Obrien_et_al._nig4 Pteropus_poliocephalus_FJ561387 Pteropus_poliocephalus_pol01 Pteropus_poliocephalus_pol02 Pteropus_poliocephalus_pol03 Pteropus_poliocephalus_pol04 Pteropus_poliocephalus_pol05 Pteropus_pumilus_FJ561388 Pteropus_pumilus_FJ561389 Pteropus_pumilus_FJ561390 Pteropus_rodricensis_FJ561391 Pteropus_rodricensis_FJ561392 Pteropus_rodricensis_rod01 Pteropus_rodricensis_rod02 Pteropus_rufus_AB085732 Pteropus_rufus_ruf01 Pteropus_rufus_ruf02 Pteropus_rufus_ruf03 Pteropus_rufus_ruf04 Pteropus_rufus_ruf05 Pteropus_rufus_ruf06 Pteropus_rufus_ruf07 Pteropus_rufus_ruf08 Pteropus_rufus_ruf09 Pteropus_rufus_ruf10 Pteropus_rufus_ruf11 Pteropus_rufus_ruf12 Pteropus_rufus_ruf13 Pteropus_rufus_ruf14 Pteropus_rufus_ruf15 Pteropus_rufus_ruf16 Pteropus_rufus_ruf17 Pteropus_rufus_ruf18 Pteropus_rufus_ruf19 Pteropus_rufus_ruf20 Pteropus_rufus_ruf21 Pteropus_rufus_ruf22 Pteropus_rufus_ruf23 Pteropus_rufus_ruf24 Pteropus_rufus_ruf25 Pteropus_rufus_ruf26 Pteropus_rufus_ruf27 Pteropus_rufus_ruf28 Pteropus_rufus_ruf29 Pteropus_rufus_ruf30 Pteropus_rufus_ruf31 Pteropus_rufus_ruf32 Pteropus_rufus_ruf33 Pteropus_rufus_ruf34 Pteropus_rufus_ruf35 Pteropus_rufus_ruf36 Pteropus_rufus_ruf37 Pteropus_rufus_ruf38 Pteropus_rufus_ruf39 Pteropus_scapulatus_AF321050 Pteropus_scapulatus_FJ561377 Pteropus_seychellensis_comorensis_FJ561395_ Pteropus_seychellensis_comorensis_FJ561397 Pteropus_seychellensis_comorensis_FJ561398 Pteropus_seychellensis_comorensis_com01 Pteropus_seychellensis_comorensis_com02 Pteropus_seychellensis_comorensis_com03 Pteropus_seychellensis_comorensis_com04 Pteropus_seychellensis_comorensis_com05 Pteropus_seychellensis_comorensis_com06 Pteropus_seychellensis_comorensis_com07 Pteropus_seychellensis_comorensis_com08 Pteropus_seychellensis_comorensis_com09 Pteropus_seychellensis_comorensis_com10 Pteropus_seychellensis_comorensis_com11 Pteropus_seychellensis_comorensis_com12 Pteropus_seychellensis_comorensis_com13 Pteropus_seychellensis_comorensis_com14 Pteropus_seychellensis_comorensis_com15 Pteropus_seychellensis_seychellensis_FJ561399 Pteropus_seychellensis_seychellensis_FJ561400 Pteropus_vampyrus_AB06326 Pteropus_vampyrus_FJ561401 Pteropus_vampyrus_FJ561402 Pteropus_vampyrus_FJ561403 Pteropus_vampyrus_vam01 Pteropus_voeltzkowi_FJ561404 Pteropus_voeltzkowi_FJ561405 Rousettus_amplexicaudatus_AB046329 ; END; BEGIN TREES; TITLE Bayesian_analysis; LINK TAXA = Taxa; TREE con_50_majrule = [&R] (Ptenochirus_jagori_AB046325:0.651038,Cynopterus_brachyotis_AB046321:1.057596,(((Rousettus_amplexicaudatus_AB046329:1.596716,Epomophorus_wahlbergi_DQ445706:1.210068)0.78:0.174539,Eonycteris_spelaea_AB062476:1.630794)1.00:0.435306,((Acerodon_celebensis_GQ410231:1.29018,(((((Pteropus_dasymallus_AB042770:0.298813,((Pteropus_pumilus_FJ561388:0.046282,Pteropus_pumilus_FJ561389:0.075939)0.70:0.024773,Pteropus_pumilus_FJ561390:0.079783)1.00:0.192512)0.92:0.065199,(((Pteropus_rufus_AB085732:0.02789,((Pteropus_seychellensis_comorensis_com01:0.009421,Pteropus_seychellensis_comorensis_com03:0.018623,Pteropus_seychellensis_comorensis_com06:0.019304,Pteropus_seychellensis_comorensis_com08:0.018356,Pteropus_seychellensis_comorensis_com12:0.018405,Pteropus_seychellensis_comorensis_com13:0.009385,Pteropus_seychellensis_comorensis_FJ561397:0.038197)0.52:0.018322,Pteropus_seychellensis_comorensis_com02:0.009242,Pteropus_seychellensis_comorensis_com04:0.019226,(Pteropus_seychellensis_comorensis_com05:0.009466,Pteropus_seychellensis_comorensis_com07:0.018786,Pteropus_seychellensis_comorensis_com09:0.009368,Pteropus_seychellensis_comorensis_com10:0.009879,Pteropus_seychellensis_comorensis_com14:0.018739)0.97:0.019027,Pteropus_rufus_ruf17:0.028068,Pteropus_seychellensis_comorensis_com11:0.009465,Pteropus_seychellensis_comorensis_com15:0.00927,Pteropus_seychellensis_comorensis_FJ561395_:0.019056,Pteropus_seychellensis_comorensis_FJ561398:0.009596)0.76:0.018782,((Pteropus_rufus_ruf02:0.01927,Pteropus_rufus_ruf07:0.018832,Pteropus_rufus_ruf39:0.009253)0.92:0.018756,Pteropus_rufus_ruf03:0.0095,(Pteropus_rufus_ruf04:0.018715,Pteropus_rufus_ruf05:0.018319,Pteropus_rufus_ruf11:0.009102)0.94:0.018509,Pteropus_rufus_ruf06:0.018684,(Pteropus_rufus_ruf08:0.009574,Pteropus_rufus_ruf10:0.00948)0.98:0.018652,(Pteropus_rufus_ruf01:0.009383,Pteropus_rufus_ruf16:0.009241)0.96:0.018697,Pteropus_rufus_ruf12:0.018847,Pteropus_rufus_ruf14:0.009251,Pteropus_rufus_ruf18:0.018758,Pteropus_rufus_ruf35:0.009482)0.99:0.028429,Pteropus_rufus_ruf09:0.009286,(Pteropus_rufus_ruf13:0.011421,(Pteropus_rufus_ruf22:0.018535,Pteropus_rufus_ruf34:0.009568)0.95:0.027773)0.64:0.018615,((Pteropus_rufus_ruf15:0.008974,Pteropus_rufus_ruf36:0.018609,Pteropus_rufus_ruf38:0.009322)0.97:0.020225,Pteropus_rufus_ruf25:0.020158)0.86:0.019008,Pteropus_rufus_ruf19:0.018706,Pteropus_rufus_ruf20:0.02869,Pteropus_rufus_ruf21:0.018151,(Pteropus_rufus_ruf23:0.029566,Pteropus_rufus_ruf28:0.020435)0.94:0.027852,(Pteropus_rufus_ruf24:0.011252,Pteropus_aldabrensis_FJ561394:0.020133)0.81:0.018591,Pteropus_rufus_ruf26:0.018632,Pteropus_rufus_ruf27:0.018323,(Pteropus_rufus_ruf29:0.00932,Pteropus_rufus_ruf31:0.037476)0.99:0.027929,Pteropus_rufus_ruf30:0.018647,Pteropus_rufus_ruf32:0.019027,Pteropus_rufus_ruf33:0.028217,Pteropus_rufus_ruf37:0.018487,((Pteropus_niger_FJ561385:0.031483,Pteropus_niger_Obrien_et_al._nig3:0.010482)1.00:0.020696,Pteropus_niger_Obrien_et_al._nig4:0.010299,(Pteropus_seychellensis_seychellensis_FJ561399:0.021006,Pteropus_seychellensis_seychellensis_FJ561400:0.032146)1.00:0.031199)1.00:0.062832)0.91:0.026789,(Pteropus_giganteus_gig01:0.010185,(Pteropus_giganteus_FJ561381:0.018909,Pteropus_giganteus_Obrien_et_al._1711:0.009202)0.94:0.018118)1.00:0.077873)0.97:0.037125,(((Pteropus_vampyrus_AB06326:0.059237,Pteropus_vampyrus_vam01:0.031581)0.62:0.016923,Pteropus_vampyrus_FJ561401:0.06337,(Pteropus_vampyrus_FJ561402:0.020753,Pteropus_vampyrus_FJ561403:0.075512)0.76:0.017386)1.00:0.047397,((Pteropus_rodricensis_rod01:0.018707,Pteropus_rodricensis_rod02:0.009857)0.89:0.018382,Pteropus_rodricensis_FJ561391:0.028256,Pteropus_rodricensis_FJ561392:0.074856)1.00:0.198044)0.65:0.021646)0.97:0.06264)1.00:0.300343,(((Pteropus_livingstonii_liv01:0.009345,Pteropus_livingstonii_liv05:0.018738)0.93:0.01802,Pteropus_livingstonii_liv02:0.009181,Pteropus_livingstonii_liv03:0.018208,Pteropus_livingstonii_liv04:0.018049,Pteropus_livingstonii_liv06:0.018017)1.00:0.287804,(Pteropus_voeltzkowi_FJ561404:0.066561,Pteropus_voeltzkowi_FJ561405:0.019512)1.00:0.256083)1.00:0.309936)1.00:0.431961,((((Pteropus_hypomelanus_hyp01:0.035086,Pteropus_hypomelanus_FJ561383:0.009035)0.93:0.033866,Pteropus_hypomelanus_FJ561382:0.021922)1.00:0.270507,(Pteropus_conspicillatus_FJ561378:0.153195,(Pteropus_conspicillatus_FJ561379:0.095763,Pteropus_conspicillatus_FJ561380:0.063404)0.75:0.04721)0.65:0.062317)1.00:0.418256,(((Pteropus_poliocephalus_pol02:0.009222,Pteropus_poliocephalus_pol03:0.00906)1.00:0.02721,Pteropus_poliocephalus_pol05:0.027165,Pteropus_poliocephalus_FJ561387:0.018105)0.64:0.018044,Pteropus_poliocephalus_pol04:0.035405,Pteropus_poliocephalus_pol01:0.018663)1.00:0.522105)0.76:0.124563)1.00:0.364575,(Pteropus_scapulatus_AF321050:0.049974,Pteropus_scapulatus_FJ561377:0.107061)1.00:0.823568)0.89:0.292067)1.00:0.540086,Pteralopex_acrodonta_EBU9655:1.420657)0.90:0.383546)1.00:1.472753); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr49463] END;