#NEXUS

[!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file.


Generated on May 19, 2024; 5:37 GMT

TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Rahman M.Z., Hiroyuki M., Suga H., & Kageyama K. 2013. Phytophthora asiatica sp.
nov., a new species causing leaf and stem blight of kudzu in Japan. Mycological
Progress, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14256]

BEGIN TAXA;
        TITLE  revised_7_lociTaxa;
        DIMENSIONS NTAX=69;
        TAXLABELS
            Phytophthora_bisheria
            Phytophthora_boehmeriae
            Phytophthora_botryosa
            Phytophthora_brassicae
            Phytophthora_cactorum
            Phytophthora_cajani
            Phytophthora_cambivora
            Phytophthora_capsici
            Phytophthora_captiosa
            Phytophthora_cinnamomi
            Phytophthora_cinnamomi_var_parvispora
            Phytophthora_clandestina
            Phytophthora_colocasiae
            Phytophthora_cryptogea
            Phytophthora_cuyabensis
            Phytophthora_drechsleri
            Phytophthora_egasperma
            Phytophthora_erythroseptica
            Phytophthora_europaea
            Phytophthora_fallax
            Phytophthora_foliorum
            Phytophthora_fragariae
            Phytophthora_glovera
            Phytophthora_gonapodyides
            Phytophthora_heveae
            Phytophthora_hibernalis
            Phytophthora_humicola
            Phytophthora_idaei
            Phytophthora_ilicis
            Phytophthora_infestans
            Phytophthora_insolita
            Phytophthora_inundata
            Phytophthora_ipomoeae
            Phytophthora_iranica
            Phytophthora_katsurae
            Phytophthora_kernoviae
            Phytophthora_macrochlamydospora
            Phytophthora_meadii
            Phytophthora_megakarya
            Phytophthora_melonis
            Phytophthora_mexicana
            Phytophthora_multivesiculata
            Phytophthora_multivora
            Phytophthora_nemorosa
            Phytophthora_nicotianae
            Phytophthora_niederhauserii
            Phytophthora_palmivora
            Phytophthora_phaseoli
            Phytophthora_pistaciae
            Phytophthora_porri
            Phytophthora_primulae
            Phytophthora_pseudosyringae
            Phytophthora_pseudotsugae
            Phytophthora_psychrophila
            Phytophthora_quininea
            Phytophthora_ramorum
            Phytophthora_sansomeana
            Phytophthora_sinensis
            Phytophthora_sojae
            Phytophthora_sp_kelmania
            Phytophthora_sp._toku_1
            Phytophthora_sp._toku_3
            Phytophthora_sp._toku_8
            Phytophthora_syringae
            Phytophthora_tentaculata
            Phytophthora_trifolii
            Phytophthora_uliginosa
            Phytophthora_vignae
            Pythium_vexans
            ;
END;

BEGIN TREES;
      TITLE Phytophthora_asiatica_Revised_7_loci_Result;
      LINK TAXA = revised_7_lociTaxa;
      TREE PAUP_1 = [&R] (Pythium_vexans:263.5,(((Phytophthora_boehmeriae:110.0,Phytophthora_kernoviae:174.0):122.0,((Phytophthora_captiosa:54.0,Phytophthora_fallax:50.0):144.0,((Phytophthora_cuyabensis:158.0,Phytophthora_insolita:178.0):85.0,(Phytophthora_macrochlamydospora:12.0,Phytophthora_quininea:13.0):140.0):87.0):79.0):100.0,(((Phytophthora_drechsleri:39.0,((Phytophthora_sansomeana:28.0,Phytophthora_trifolii:102.0):16.0,(Phytophthora_sp_kelmania:16.0,(Phytophthora_cryptogea:7.0,Phytophthora_erythroseptica:10.0):45.0):15.0):17.0):68.0,((Phytophthora_foliorum:89.0,Phytophthora_ramorum:81.0):33.0,(Phytophthora_hibernalis:124.0,(Phytophthora_syringae:125.0,(Phytophthora_porri:68.0,(Phytophthora_brassicae:72.0,Phytophthora_primulae:131.0):24.0):201.0):82.0):60.0):47.0):50.0,((((Phytophthora_cinnamomi:34.0,Phytophthora_cinnamomi_var_parvispora:47.0):53.0,(Phytophthora_uliginosa:18.0,(Phytophthora_europaea:29.0,(Phytophthora_cambivora:27.0,Phytophthora_fragariae:25.0):34.0):20.0):66.0):29.0,((Phytophthora_niederhauserii:28.0,(Phytophthora_sojae:23.0,(Phytophthora_sp._toku_1:2.0,Phytophthora_sp._toku_3:1.0,Phytophthora_sp._toku_8:2.0):22.0):12.0):16.0,(Phytophthora_pistaciae:21.0,((Phytophthora_cajani:4.0,Phytophthora_vignae:14.0):15.0,(Phytophthora_melonis:7.0,Phytophthora_sinensis:2.0):26.0):18.0):14.0):65.0):72.0,(((Phytophthora_gonapodyides:76.0,Phytophthora_egasperma:125.0):30.0,(Phytophthora_humicola:21.0,Phytophthora_inundata:14.0):94.0):120.0,((Phytophthora_pseudosyringae:41.0,(Phytophthora_ilicis:25.0,(Phytophthora_nemorosa:21.0,Phytophthora_psychrophila:21.0):3.0):23.0):72.0,((Phytophthora_heveae:21.0,Phytophthora_katsurae:23.0):80.0,(((Phytophthora_bisheria:124.0,Phytophthora_multivesiculata:128.0):34.0,(Phytophthora_multivora:57.0,((Phytophthora_meadii:16.0,(Phytophthora_botryosa:34.0,Phytophthora_colocasiae:31.0):9.0):66.0,(Phytophthora_glovera:16.0,(Phytophthora_capsici:5.0,Phytophthora_mexicana:8.0):16.0):67.0):42.0):48.0):67.0,((Phytophthora_megakarya:167.0,Phytophthora_palmivora:144.0):83.0,((Phytophthora_nicotianae:148.0,(Phytophthora_tentaculata:57.0,(Phytophthora_clandestina:64.0,Phytophthora_iranica:38.0):34.0):72.0):28.0,((Phytophthora_idaei:21.0,(Phytophthora_cactorum:16.0,Phytophthora_pseudotsugae:14.0):8.0):72.0,(Phytophthora_phaseoli:30.0,(Phytophthora_infestans:13.0,Phytophthora_ipomoeae:20.0):13.0):127.0):28.0):68.0):50.0):44.0):57.0):55.0):55.0):57.0):131.0):263.5);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr66853]


END;